Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0482
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0482, 331 aa
1>>>pF1KE0482 331 - 331 aa - 331 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7197+/-0.000946; mu= 14.6793+/- 0.057
mean_var=77.1939+/-15.344, 0's: 0 Z-trim(105.9): 24 B-trim: 207 in 2/51
Lambda= 0.145976
statistics sampled from 8650 (8664) to 8650 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.624), E-opt: 0.2 (0.266), width: 16
Scan time: 2.510
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13922.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 ( 402) 2036 438.2 5.2e-123
CCDS13924.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 ( 202) 1231 268.5 3.2e-72
CCDS74851.1 APOL4 gene_id:80832|Hs108|chr22 ( 348) 1216 265.5 4.5e-71
CCDS74852.1 APOL4 gene_id:80832|Hs108|chr22 ( 351) 1216 265.5 4.5e-71
CCDS43014.1 APOL2 gene_id:23780|Hs108|chr22 ( 337) 1041 228.6 5.4e-60
CCDS46702.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 380) 938 207.0 2e-53
CCDS13926.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 398) 938 207.0 2.1e-53
CCDS13925.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 414) 938 207.0 2.2e-53
CCDS13919.1 APOL6 gene_id:80830|Hs108|chr22 ( 343) 530 121.0 1.4e-27
CCDS13920.1 APOL5 gene_id:80831|Hs108|chr22 ( 433) 447 103.6 3e-22
>>CCDS13922.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 (402 aa)
initn: 2036 init1: 2036 opt: 2036 Z-score: 2321.9 bits: 438.2 E(32554): 5.2e-123
Smith-Waterman score: 2036; 100.0% identity (100.0% similar) in 328 aa overlap (4-331:75-402)
10 20 30
pF1KE0 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GYYADARLEVGSTQLRTAGSCSHSFKRSFLEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNE
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 AWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLRTYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKRKIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLRTYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKRKIQ
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 ESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGV
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 GLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNY
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 YEATQTIGSEIRAIRQARARARLPVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YEATQTIGSEIRAIRQARARARLPVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATT
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 SGIFLALDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SGIFLALDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH
350 360 370 380 390 400
>>CCDS13924.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 (202 aa)
initn: 1231 init1: 1231 opt: 1231 Z-score: 1410.1 bits: 268.5 E(32554): 3.2e-72
Smith-Waterman score: 1231; 100.0% identity (100.0% similar) in 202 aa overlap (130-331:1-202)
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 RALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAAS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAAS
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 AVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQT
40 50 60 70 80 90
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 IGSEIRAIRQARARARLPVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATTSGIFLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IGSEIRAIRQARARARLPVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATTSGIFLA
100 110 120 130 140 150
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 LDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH
160 170 180 190 200
>>CCDS74851.1 APOL4 gene_id:80832|Hs108|chr22 (348 aa)
initn: 1270 init1: 639 opt: 1216 Z-score: 1389.5 bits: 265.5 E(32554): 4.5e-71
Smith-Waterman score: 1216; 60.2% identity (85.1% similar) in 322 aa overlap (4-325:28-345)
10 20 30
pF1KE0 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNEAWK
::::::::. .::...::::::.::::..::::
CCDS74 MGSWVQLITSVGVQQNHPGWTVAGQFQEKKRFTEEVIEYFQKKVSPVHLKILLTSDEAWK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 RFVTAAELPRDEADALYEALKKLRTYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKRKIQESI
::: .:::::.::::::::::.: :.::::. .:::..::::::::::::.. ::::::
CCDS74 RFVRVAELPREEADALYEALKNLTPYVAIEDKDMQQKEQQFREWFLKEFPQIRWKIQESI
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 EKLRALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLG
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CCDS74 ERLRVIANEIEKVHRGCVIANVVSGSTG----ILSVIGVMLAPFTAGLSLSITAAGVGLG
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 AASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEA
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CCDS74 IASATAGIASSIVENTYTRSAELTASRLTATSTDQLEALRDILRDITPNVLSFALDFDEA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 TQTIGSEIRAIRQARARARLPVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATTSGI
:. :.......:...: . :. .:: . .. :: .. :: : . :: :. .:::.
CCDS74 TKMIANDVHTLRRSKATVGRPLIAWRYVPINVVETLRTRGAPTRIVRKVARNLGKATSGV
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 FLALDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH
...::::::: .: ::.:::: ::: ::. :::::::: :::.:.: :
CCDS74 LVVLDVVNLVQDSLDLHKGAKSESAESLRQWAQELEENLNELTHIHQSLKAG
300 310 320 330 340
>>CCDS74852.1 APOL4 gene_id:80832|Hs108|chr22 (351 aa)
initn: 1270 init1: 639 opt: 1216 Z-score: 1389.5 bits: 265.5 E(32554): 4.5e-71
Smith-Waterman score: 1216; 60.2% identity (85.1% similar) in 322 aa overlap (4-325:31-348)
10 20 30
pF1KE0 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNE
::::::::. .::...::::::.::::..:
CCDS74 MEGAALLKIFVVCIWVQQNHPGWTVAGQFQEKKRFTEEVIEYFQKKVSPVHLKILLTSDE
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 AWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLRTYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKRKIQ
:::::: .:::::.::::::::::.: :.::::. .:::..::::::::::::.. :::
CCDS74 AWKRFVRVAELPREEADALYEALKNLTPYVAIEDKDMQQKEQQFREWFLKEFPQIRWKIQ
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 ESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGV
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CCDS74 ESIERLRVIANEIEKVHRGCVIANVVSGSTG----ILSVIGVMLAPFTAGLSLSITAAGV
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 GLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNY
::: :::..::..::::..:: ::: :::::::: :.:.......::::::.::. ..
CCDS74 GLGIASATAGIASSIVENTYTRSAELTASRLTATSTDQLEALRDILRDITPNVLSFALDF
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 YEATQTIGSEIRAIRQARARARLPVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATT
:::. :.......:...: . :. .:: . .. :: .. :: : . :: :. .:
CCDS74 DEATKMIANDVHTLRRSKATVGRPLIAWRYVPINVVETLRTRGAPTRIVRKVARNLGKAT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 SGIFLALDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH
::....::::::: .: ::.:::: ::: ::. :::::::: :::.:.: :
CCDS74 SGVLVVLDVVNLVQDSLDLHKGAKSESAESLRQWAQELEENLNELTHIHQSLKAG
300 310 320 330 340 350
>>CCDS43014.1 APOL2 gene_id:23780|Hs108|chr22 (337 aa)
initn: 1059 init1: 760 opt: 1041 Z-score: 1190.6 bits: 228.6 E(32554): 5.4e-60
Smith-Waterman score: 1041; 52.6% identity (79.3% similar) in 333 aa overlap (1-327:1-333)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLR
:. :.. : :. :::...:: .: :::..:::. ::.:::::::::: : .::.::
CCDS43 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLTDDEAWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 TYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKRKIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVVS
.. ...:. ..::.: :.:::::::..::.... :.::::::. .:.:::: ::.::::
CCDS43 SHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKRELEDHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAE
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CCDS43 NSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGMGLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE0 ASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNYYEATQTIGSEIRAIRQARARARL----
: : .. . ::.:: . :::.:.:..:.:..:: :: .:::::.::: .:
CCDS43 ARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLVDNWYQVTQGIGRNIRAIRRARANPQLGAYA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 --PVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGARILSATTSGIFLALDVVNLVYESKHLHE
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CCDS43 PPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAMSRGTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330
pF1KE0 GAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNPCHTH
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CCDS43 GAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIHEMLQPGQDQ
310 320 330
>>CCDS46702.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (380 aa)
initn: 937 init1: 706 opt: 938 Z-score: 1072.5 bits: 207.0 E(32554): 2e-53
Smith-Waterman score: 938; 47.7% identity (75.1% similar) in 333 aa overlap (1-325:42-374)
10 20 30
pF1KE0 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLT
:: :.. : :.: :::.:.:: .: .:::
CCDS46 LCIWVQQNVPSGTDTGDPQSKPLGDWAAGTMDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLT
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 NNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLRTYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKR
.::::. ::.::::::.::: : .:: .: ..:. ..: .:.:.:::::::..:
CCDS46 DNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLARQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKS
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 KIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTA
.....:..:::::.:...::.: ::.::::.: . .:::..:.:. ::::: : ::.:
CCDS46 ELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVSGSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLE
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 AGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLL
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CCDS46 PGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQAHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLA
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260
pF1KE0 NNYYEATQTIGSEIRAIRQARAR--------ARLPVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAV
.: :. :. ::..:::.:.::: : : .: ::: :: :.::. . .
CCDS46 GNTYQLTRGIGKDIRALRRARANLQSVPHASASRPRVTEPISAESGEQVERVNEPSILEM
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 SRGARILSATTSGIFLALDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIY
:::... ... ..::.:::: :::::::::::::: .::::.. ::::::.: :.. :
CCDS46 SRGVKLTDVAPVSFFLVLDVVYLVYESKHLHEGAKSETAEELKKVAQELEEKLNILNNNY
320 330 340 350 360 370
330
pF1KE0 QRLNPCHTH
. :
CCDS46 KILQADQEL
380
>>CCDS13926.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (398 aa)
initn: 937 init1: 706 opt: 938 Z-score: 1072.2 bits: 207.0 E(32554): 2.1e-53
Smith-Waterman score: 938; 47.7% identity (75.1% similar) in 333 aa overlap (1-325:60-392)
10 20 30
pF1KE0 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLT
:: :.. : :.: :::.:.:: .: .:::
CCDS13 AGARVQQNVPSGTDTGDPQSKPLGDWAAGTMDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLT
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 NNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLRTYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKR
.::::. ::.::::::.::: : .:: .: ..:. ..: .:.:.:::::::..:
CCDS13 DNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLARQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKS
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 KIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTA
.....:..:::::.:...::.: ::.::::.: . .:::..:.:. ::::: : ::.:
CCDS13 ELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVSGSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLE
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 AGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLL
:. :: ..:.::::.: .... ..:.: :. :.:.:: .: . . :.:::
CCDS13 PGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQAHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLA
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KE0 NNYYEATQTIGSEIRAIRQARAR--------ARLPVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAV
.: :. :. ::..:::.:.::: : : .: ::: :: :.::. . .
CCDS13 GNTYQLTRGIGKDIRALRRARANLQSVPHASASRPRVTEPISAESGEQVERVNEPSILEM
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 SRGARILSATTSGIFLALDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIY
:::... ... ..::.:::: :::::::::::::: .::::.. ::::::.: :.. :
CCDS13 SRGVKLTDVAPVSFFLVLDVVYLVYESKHLHEGAKSETAEELKKVAQELEEKLNILNNNY
330 340 350 360 370 380
330
pF1KE0 QRLNPCHTH
. :
CCDS13 KILQADQEL
390
>>CCDS13925.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (414 aa)
initn: 937 init1: 706 opt: 938 Z-score: 1072.0 bits: 207.0 E(32554): 2.2e-53
Smith-Waterman score: 938; 47.7% identity (75.1% similar) in 333 aa overlap (1-325:76-408)
10 20 30
pF1KE0 MDSEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLT
:: :.. : :.: :::.:.:: .: .:::
CCDS13 AGARVQQNVPSGTDTGDPQSKPLGDWAAGTMDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLT
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 NNEAWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLRTYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKR
.::::. ::.::::::.::: : .:: .: ..:. ..: .:.:.:::::::..:
CCDS13 DNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLARQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKS
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 KIQESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTA
.....:..:::::.:...::.: ::.::::.: . .:::..:.:. ::::: : ::.:
CCDS13 ELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVSGSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLE
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 AGVGLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLL
:. :: ..:.::::.: .... ..:.: :. :.:.:: .: . . :.:::
CCDS13 PGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQAHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLA
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260
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:::... ... ..::.:::: :::::::::::::: .::::.. ::::::.: :.. :
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330
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. :
CCDS13 KILQADQEL
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..::.. ::.::: ::.::: :.: :: :..:: ::..:..::.:... .:.: .. :.:
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CCDS13 TKRLLTTGQVSSRSRVQVQKAFAGTTLAMTKNARVLGGVMSAFSLGYDLATLSKEWKHLK
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..:: . . ::: : : ...:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]