Result of FASTA (omim) for pFN21AB9778
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9778, 798 aa
  1>>>pF1KB9778 798 - 798 aa - 798 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6638+/-0.00064; mu= 9.4028+/- 0.039
 mean_var=214.5772+/-42.410, 0's: 0 Z-trim(112.5): 291  B-trim: 50 in 1/49
 Lambda= 0.087555
 statistics sampled from 21118 (21435) to 21118 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.597), E-opt: 0.2 (0.251), width:  16
 Scan time: 11.020

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_596867 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 5589 720.4 7.3e-207
NP_002202 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 5589 720.4 7.3e-207
NP_391988 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 801) 5522 712.0 2.6e-204
NP_000203 (OMIM: 173470,187800,273800,608446) inte ( 788) 2408 318.6 6.6e-86
NP_002204 (OMIM: 147561) integrin beta-5 precursor ( 799) 2309 306.1 3.9e-82
XP_006719439 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 782) 2226 295.6 5.4e-79
XP_005268908 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 2226 295.6 5.5e-79
XP_005268909 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 2226 295.6 5.5e-79
NP_000880 (OMIM: 147559) integrin beta-7 precursor ( 798) 2226 295.6 5.5e-79
XP_016861841 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2136 284.2 1.3e-75
XP_016861842 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2136 284.2 1.3e-75
XP_016861840 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2136 284.2 1.3e-75
NP_001290167 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 700) 2009 268.2   9e-71
XP_006724064 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 2009 268.2   9e-71
XP_016883830 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 2009 268.2   9e-71
NP_000202 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 is ( 769) 2009 268.2 9.6e-71
NP_001120963 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 769) 2009 268.2 9.6e-71
NP_001269317 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 746) 1877 251.5 9.8e-66
NP_000879 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 is ( 788) 1877 251.5   1e-65
NP_001269282 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 788) 1877 251.5   1e-65
NP_001269318 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 715) 1812 243.3 2.8e-63
NP_001269283 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 693) 1804 242.3 5.6e-63
NP_001269319 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 650) 1714 230.9 1.4e-59
NP_001269284 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 681) 1695 228.5 7.7e-59
NP_001005731 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1515 206.2   1e-51
NP_001308052 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1515 206.2   1e-51
XP_006721933 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1787) 1515 206.2   1e-51
NP_001005619 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1805) 1515 206.2   1e-51
XP_011523053 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1807) 1515 206.2   1e-51
NP_000204 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) inte (1822) 1515 206.2   1e-51
XP_006721931 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1840) 1515 206.2   1e-51
XP_006721930 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1857) 1515 206.2 1.1e-51
XP_005257366 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1515 206.2 1.1e-51
XP_005257368 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1515 206.2 1.1e-51
XP_006721929 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1910) 1515 206.2 1.1e-51
XP_016861844 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 661) 1185 164.0 1.9e-39
XP_005247493 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 769) 1185 164.1 2.1e-39
XP_016861843 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 683) 1179 163.3 3.2e-39
XP_011513696 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 758) 1101 153.5 3.2e-36
XP_011513695 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 761) 1101 153.5 3.2e-36
NP_002205 (OMIM: 604160) integrin beta-8 precursor ( 769) 1101 153.5 3.2e-36
XP_016867667 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1101 153.5 3.2e-36
XP_016867668 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1101 153.5 3.2e-36
XP_006713693 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 754) 1093 152.5 6.4e-36
XP_011513698 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_016867670 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_016867671 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_016867669 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_016867672 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1051 147.1 2.3e-34
XP_005254157 (OMIM: 604234) PREDICTED: integrin be ( 494)  481 75.0   9e-13


>>NP_596867 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1A pr  (798 aa)
 initn: 5589 init1: 5589 opt: 5589  Z-score: 3834.8  bits: 720.4 E(85289): 7.3e-207
Smith-Waterman score: 5589; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB9 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_596 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
              730       740       750       760       770       780

              790        
pF1KB9 PIYKSAVTTVVNPKYEGK
       ::::::::::::::::::
NP_596 PIYKSAVTTVVNPKYEGK
              790        

>>NP_002202 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1A pr  (798 aa)
 initn: 5589 init1: 5589 opt: 5589  Z-score: 3834.8  bits: 720.4 E(85289): 7.3e-207
Smith-Waterman score: 5589; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
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pF1KB9 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
              370       380       390       400       410       420

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pF1KB9 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
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pF1KB9 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
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pF1KB9 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
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pF1KB9 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
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pF1KB9 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
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pF1KB9 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
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              790        
pF1KB9 PIYKSAVTTVVNPKYEGK
       ::::::::::::::::::
NP_002 PIYKSAVTTVVNPKYEGK
              790        

>>NP_391988 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1D pr  (801 aa)
 initn: 5790 init1: 5522 opt: 5522  Z-score: 3789.1  bits: 712.0 E(85289): 2.6e-204
Smith-Waterman score: 5522; 99.0% identity (99.5% similar) in 795 aa overlap (1-795:1-795)

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pF1KB9 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPT
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pF1KB9 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLV
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pF1KB9 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 LRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF
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pF1KB9 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
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pF1KB9 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
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pF1KB9 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 CHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGTL
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pF1KB9 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 SANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI
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pF1KB9 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEG
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pF1KB9 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 NGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRK
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pF1KB9 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 RDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDTSTCE
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pF1KB9 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 ASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT
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pF1KB9 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_391 CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVEN
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pF1KB9 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
NP_391 PECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTQEN
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              790           
pF1KB9 PIYKSAVTTVVNPKYEGK   
       ::::: ...  ::.:      
NP_391 PIYKSPINNFKNPNYGRKAGL
              790       800 

>>NP_000203 (OMIM: 173470,187800,273800,608446) integrin  (788 aa)
 initn: 1701 init1: 479 opt: 2408  Z-score: 1663.3  bits: 318.6 E(85289): 6.6e-86
Smith-Waterman score: 2480; 45.1% identity (73.7% similar) in 778 aa overlap (25-797:29-787)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB9     MNLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQE
                                   : :   ...:: .:. ..: :.::..     :
NP_000 MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSD-----E
               10        20        30        40        50          

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pF1KB9 GMPT-SARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQ
       ..:  : :::  : : : .: :..:: : .   . ... ......: . .     .::..
NP_000 ALPLGSPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQ-----VTQVS
          60        70        80        90       100            110

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pF1KB9 PQQLVLRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRR
       ::...::::  . ..:... ...::::.:.:::::::::::::: ....::: : ..::.
NP_000 PQRIALRLRPDDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRK
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pF1KB9 ITSDFRIGFGSFVEKTVMPYISTTPAK-LRNPCTSEQN-CTSPFSYKNVLSLTNKGEVFN
       .::..:::::.::.: : ::.  .: . :.::: . .. :   :.::.::.::..   ::
NP_000 LTSNLRIGFGAFVDKPVSPYMYISPPEALENPCYDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFN
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pF1KB9 ELVGKQRISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRN-VTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGG
       : : :: .: : :.::::::::::..::   ::::: ...::::.:::  :.: ::.:.:
NP_000 EEVKKQSVSRNRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGRLAG
              240       250       260       270       280       290

            300        310       320       330       340       350 
pF1KB9 IVLPNDGQCHL-ENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNL
       :: :::::::.  .: :. :  .::::.. ...:::..::. ::::::.   .:.. ..:
NP_000 IVQPNDGQCHVGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSEL
              300       310       320       330       340       350

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB9 IPKSAVGTLSANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGEN
       :: ..::.:: .::::.:::.:::... :.: ::   : : ...:... : :  : .  .
NP_000 IPGTTVGVLSMDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLN--NEVIPG
              360       370       380       390       400          

             420       430       440       450       460       470 
pF1KB9 GRKCSNISIGDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGI
        ..: ...::: :.: :      ::..   :: :.:.:: . . : . . :.: ::... 
NP_000 LKSCMGLKIGDTVSFSIEAKVRGCPQEKEKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCDCACQAQAE
      410       420       430       440       450       460        

             480       490       500       510       520       530 
pF1KB9 PESPKCHEGNGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGEC
       :.: .:..::::::::.:::. : .: .:::: ..    ..:  :  .... .::. :::
NP_000 PNSHRCNNGNGTFECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDE-CSPREGQPVCSQRGEC
      470       480       490       500       510        520       

             540       550       560       570       580       590 
pF1KB9 VCGQCVCRKRDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACD
       .::::::.. :  ..: .::.::::.:.: : .: .:.:.: :.:  : :. ..::  :.
NP_000 LCGQCVCHSSD-FGKI-TGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCN
       530        540        550       560       570       580     

             600       610       620       630       640       650 
pF1KB9 CSLDTSTCEASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRA
       :.  :.:: .::: .:.::: :::: : : .:   :.::: : ::  .:. .::::.:. 
NP_000 CTTRTDTCMSSNGLLCSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDTCEKCPTCPDACTFKKECVECKK
         590       600       610       620       630       640     

             660       670       680       690       700       710 
pF1KB9 FNKGEKKDTCTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNN
       :..:  .:  :  :. .   ..::  .: . .  : :. :  :. :::   : :  ....
NP_000 FDRGALHDENT--CNRYCRDEIESVKEL-KDTGKDAVN-CTYKNEDDCVVRFQYYEDSSG
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pF1KB9 EVMVHVVENPECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKM
       . ...:::.:::: ::::. .. .:...:.::::: :::::::. ::::.::::::.:. 
NP_000 KSILYVVEEPECPKGPDILVVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERA
             710       720       730       740       750       760 

             780       790        
pF1KB9 NAKWDTGENPIYKSAVTTVVNPKYEGK
        :::::..::.:: :..: .:  :.: 
NP_000 RAKWDTANNPLYKEATSTFTNITYRGT
             770       780        

>>NP_002204 (OMIM: 147561) integrin beta-5 precursor [Ho  (799 aa)
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pF1KB9 TS--ARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQ
        :  .:::    : :.::   .::.: .:  . ..  ......:.:      :. :. ::
NP_002 RSITSRCDLRANLVKNGCG-GEIESPASSFHVLRSLPLSSKGSGSA----GWDVIQMTPQ
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       .... :: :.  :: :. ...::::.::::::::: ::::::.:..:::: : .:::..:
NP_002 EIAVNLRPGDKTTFQLQVRQVEDYPVDLYYLMDLSLSMKDDLDNIRSLGTKLAEEMRKLT
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       :.::.::::::.: . :.  :.:    ::: . .   ::.  :.....: ::.. . :::
NP_002 SNFRLGFGSFVDKDISPFSYTAPRYQTNPCIGYKLFPNCVPSFGFRHLLPLTDRVDSFNE
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        : :::.: : :.:::::::..:.:::   :::: .. .::::.::   :.: ::::::.
NP_002 EVRKQRVSRNRDAPEGGFDAVLQAAVCKEKIGWRKDALHLLVFTTDDVPHIALDGKLGGL
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pF1KB9 VLPNDGQCHL-ENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLI
       : :.:::::: : : :: :. .::::.: : .::.::::. :::::..   .::..  ::
NP_002 VQPHDGQCHLNEANEYTASNQMDYPSLALLGEKLAENNINLIFAVTKNHYMLYKNFTALI
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pF1KB9 PKSAVGTLSANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENG
       : ..:  :...:.:.:::::.::::. :.: :      : ... . . :..::.  :.  
NP_002 PGTTVEILDGDSKNIIQLIINAYNSIRSKVELSVWDQPEDLNLFFTATCQDGVSYPGQ--
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pF1KB9 RKCSNISIGDEVQFEISITSNKCPKKDSDS-FKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGI
       ::: ...::: ..::.:. . .::.. ..  : .::.:: . .:: . : : : : : :.
NP_002 RKCEGLKIGDTASFEVSLEARSCPSRHTEHVFALRPVGFRDSLEVGVTYNCTCGC-SVGL
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pF1KB9 -PESPKCHEGNGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGE
        :.: .:. :.::. :: :.:. : .: .:::.  : :.  ..  ::. ... .::. :.
NP_002 EPNSARCN-GSGTYVCGLCECSPGYLGTRCECQDGE-NQSVYQNLCREAEGKPLCSGRGD
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pF1KB9 CVCGQCVCRKRDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSAC
       : :.:: : . .  ..:: : :::::::.: :..:..:.:.: :.:  :.:. .: :. :
NP_002 CSCNQCSCFESE-FGKIY-GPFCECDNFSCARNKGVLCSGHGECHCGECKCHAGYIGDNC
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pF1KB9 DCSLDTSTCEASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCR
       .:: : :::.. .::::. :: : :: :.::.:   :. :: : ::  .:. ...::.: 
NP_002 NCSTDISTCRGRDGQICSERGHCLCGQCQCTEPGAFGEMCEKCPTCPDACSTKRDCVECL
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pF1KB9 AFNKGEKKD-TCTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNG
        ...:.  . :: . :    :: :..  :  :      .  :  : . :: ..:::    
NP_002 LLHSGKPDNQTCHSLCRDEVITWVDTIVKDDQE-----AVLCFYKTAKDCVMMFTYVELP
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pF1KB9 NNEVMVHVVENPECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKE
       ...  . :...::: . :. . :. .::..:.:.::::: :::::. ::::::::::..:
NP_002 SGKSNLTVLREPECGNTPNAMTILLAVVGSILLVGLALLAIWKLLVTIHDRREFAKFQSE
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     770       780       790                  
pF1KB9 KMNAKWDTGENPIYKSAVTTVVNPKYEGK          
       .  :... . ::.:.. ..:                   
NP_002 RSRARYEMASNPLYRKPISTHTVDFTFNKFNKSYNGTVD
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>>XP_006719439 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin beta-7  (782 aa)
 initn: 1946 init1: 506 opt: 2226  Z-score: 1539.1  bits: 295.6 E(85289): 5.4e-79
Smith-Waterman score: 2394; 44.9% identity (72.6% similar) in 749 aa overlap (32-775:48-770)

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pF1KB9 ARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQQLVL
        ::   : :  .::: ...:.:::.... ... ... ..:       :  ::. ::.. .
XP_006 RRCARREELLARGCPLEELEEPRGQQEVLQDQPLSQGARG-------EGATQLAPQRVRV
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pF1KB9 RLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDFR
        :: :::: . ..: ::: ::.::::::::::::::::: :..::  :. .....: . :
XP_006 TLRPGEPQQLQVRFLRAEGYPVDLYYLMDLSYSMKDDLERVRQLGHALLVRLQEVTHSVR
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pF1KB9 IGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSE-QNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQR
       :::::::.:::.:..::.:.:::.:: .. . : ::::...:::::. ...:.. ::.: 
XP_006 IGFGSFVDKTVLPFVSTVPSKLRHPCPTRLERCQSPFSFHHVLSLTGDAQAFEREVGRQS
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pF1KB9 ISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQ
       .::::::::::::::.:.:.:   ::::::.:::::..:  :: ::::::::: .:.::.
XP_006 VSGNLDSPEGGFDAILQAALCQEQIGWRNVSRLLVFTSDDTFHTAGDGKLGGIFMPSDGH
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pF1KB9 CHLENN-MYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLIPKSAVGT
       :::..: .:. :  .::::.....: ::  ::: :::::    :::.::..:::::::: 
XP_006 CHLDSNGLYSRSTEFDYPSVGQVAQALSAANIQPIFAVTSAALPVYQELSKLIPKSAVGE
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pF1KB9 LSANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVN--GTGENGRKCSN
       :: .::::.:::.:::::::: : ::...:  :: :::.: :..  .  : .:.  .:..
XP_006 LSEDSSNVVQLIMDAYNSLSSTVTLEHSSLPPGVHISYESQCEGPEKREGKAEDRGQCNH
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pF1KB9 ISIGDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKC
       . :.. : : .:. ...:   .   ...: :::.::. : :. .:.:.: :.  :..:.:
XP_006 VRINQTVTFWVSLQATHC-LPEPHLLRLRALGFSEELIVELHTLCDCNC-SDTQPQAPHC
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pF1KB9 HEGNGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSS-EICSNNGECVCGQC
        .:.: ..::.: :  ::.:: ::::. :..: :... ::  :..  .::..:.: ::.:
XP_006 SDGQGHLQCGVCSCAPGRLGRLCECSVAELSSPDLESGCRAPNGTGPLCSGKGHCQCGRC
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pF1KB9 VCRKRDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTGSACDCSLDT
        :  ..      ::..::::. .:.: .:..::: : :.: ::.:. : :: ::.:: : 
XP_006 SCSGQS------SGHLCECDDASCERHEGILCGGFGRCQCGVCHCHANRTGRACECSGDM
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pF1KB9 STCEASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGE
       ..: . .: .:.:.: :.:. :.: :  . :  :..:  :   : .:..:..: ::  : 
XP_006 DSCISPEGGLCSGHGRCKCNRCQCLDG-YYGALCDQCPGCKTPCERHRDCAECGAFRTGP
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pF1KB9 KKDTCTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVH
          .:.  :.. :.: . .      :.  :  . :::. .:.  :.:    .. . :...
XP_006 LATNCSTACAHTNVTLALA------PILDD--GWCKERTLDNQLFFFLVEDDARGTVVLR
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pF1KB9 VVENPECPTGPDIIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWD
       :   :.   .     :: : :.::: .::.:.: ..: . :.::::...::::... .: 
XP_006 V--RPQEKGADHTQAIVLGCVGGIVAVGLGLVLAYRLSVEIYDRREYSRFEKEQQQLNWK
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        780       790        
pF1KB9 TGENPIYKSAVTTVVNPKYEGK
                             
XP_006 QLLGFGSRLAS           
             780             

>>XP_005268908 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin beta-7  (798 aa)
 initn: 2029 init1: 506 opt: 2226  Z-score: 1539.0  bits: 295.6 E(85289): 5.5e-79
Smith-Waterman score: 2477; 45.0% identity (72.9% similar) in 771 aa overlap (32-796:48-791)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB9 NLQPIFWIGLISSVCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPTS
                                     : :: .:: . :.:.:: . .:   :   .
XP_005 ESELDAKIPSTGDATEWRNPHLSMLGSCQPAPSCQKCILSHPSCAWCKQLNFTASGEAEA
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        :: :::: . ..: ::: ::.::::::::::::::::: :..::  :. .....: . :
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XP_005 RV--RPQEKGADHTQAIVLGCVGGIVAVGLGLVLAYRLSVEIYDRREYSRFEKEQQQLNW
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pF1KB9 DTGENPIYKSAVTTVVNPKYEGK     
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XP_005 KQDSNPLYKSAITTTINPRFQEADSPTL
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>>NP_000880 (OMIM: 147559) integrin beta-7 precursor [Ho  (798 aa)
 initn: 2029 init1: 506 opt: 2226  Z-score: 1539.0  bits: 295.6 E(85289): 5.5e-79
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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