FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9563, 2322 aa 1>>>pF1KB9563 2322 - 2322 aa - 2322 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5164+/-0.000391; mu= 20.8417+/- 0.025 mean_var=109.0959+/-22.475, 0's: 0 Z-trim(114.7): 170 B-trim: 1215 in 2/58 Lambda= 0.122792 statistics sampled from 24505 (24683) to 24505 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16 Scan time: 23.030 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001888 (OMIM: 601172) chondroitin sulfate prote (2322) 15395 2739.6 0 NP_001159605 (OMIM: 219000,607830) extracellular m (1976) 312 67.6 1.8e-09 XP_006714379 (OMIM: 219000,607830) PREDICTED: extr (3936) 312 67.8 3.1e-09 NP_079350 (OMIM: 219000,607830) extracellular matr (4012) 312 67.8 3.1e-09 NP_001161707 (OMIM: 608946) FRAS1-related extracel (2139) 258 58.0 1.4e-06 XP_016876043 (OMIM: 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RATVWMLRLEPLHTQNTQQETLTTAHLEATLEEAGPSPPTFHYEVVQAPRKGNLQLQGTR 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 pF1KB9 LSDGQGFTQDDIQAGRVTYGATARASEAVEDTFRFRVTAPPYFSPLYTFPIHIGGDPDAP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LSDGQGFTQDDIQAGRVTYGATARASEAVEDTFRFRVTAPPYFSPLYTFPIHIGGDPDAP 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 pF1KB9 VLTNVLLVVPEGGEGVLSADHLFVKSLNSASYLYEVMERPRHGRLAWRGTQDKTTMVTSF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VLTNVLLVVPEGGEGVLSADHLFVKSLNSASYLYEVMERPRHGRLAWRGTQDKTTMVTSF 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KB9 TNEDLLRGRLVYQHDDSETTEDDIPFVATRQGESSGDMAWEEVRGVFRVAIQPVNDHAPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 TNEDLLRGRLVYQHDDSETTEDDIPFVATRQGESSGDMAWEEVRGVFRVAIQPVNDHAPV 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KB9 QTISRIFHVARGGRRLLTTDDVAFSDADSGFADAQLVLTRKDLLFGSIVAVDEPTRPIYR 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NP_997 SEKSRAGIAISAFNLKDLRQGHINYVQSVHKGVEPVEDRFVFRCSDGINFS-ERQFFPIV 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1360 1370 1380 1390 1400 pF1KB9 VLPAA--IP-LEAQNFSVPEGGSLTLAPPLLRVSGPYFPTLLGLSLQVLEPPQHGALQKE ..:. : . ..: : :: ::.. :.: .. : : :.. . . : :: .... NP_997 IIPTNDEQPEMFMREFMVMEGMSLVIDTPILNAADADVP-LDDLTFTITQFPTHGHIMNQ 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1410 1420 1430 1440 1450 1460 pF1KB9 DGPQARTLSAFSW-RMVEEQLIRYVHDGSETLTDSFVLMANASEMDRQSHPVAFTVT--V . . .:. ...: . : : :: ::: ::::. .. .: : :: : NP_997 LINGTVLVESFTLDQIIESSSIIYEHDDSETQEDSFVI-----KLTDGKHSVEKTVLIIV 1250 1260 1270 1280 1290 1470 1480 1490 1500 1510 1520 pF1KB9 LPVNDQPPILTTNTGLQMWEGATAPIPAEALRSTDGDSGSEDLVYTIEQ-PSNGRVVLRG .::.:. : .: :.::.. : : : . : .:: :: ...::: :. :..: . : NP_997 IPVDDETPRMTINNGLEIEIGDTKIINNKILMATDLDSEDKSLVYIIRYGPGHGLLQRRK 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1530 1540 1550 1560 1570 pF1KB9 APG-----TEVRSFTQAQLDGGLVLFSHRGT--LDGGFRFRLSDGEHTSPGHFFRVTAQK : : .::: ..: .:. . : : . ..: ..:: . ..: :. NP_997 PTGAFENITLGMNFTQDEVDRNLIQYVHLGQEGIRDLIKFDVTDGINPLIDRYFYVSIGS 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1580 1590 1600 1610 1620 1630 pF1KB9 QVLLSLKGSQTLTVCPGSVQPLSSQTLRASSSAGTDPQLLLYRVVRGPQLGRLFHAQQDS NP_997 IDIVFPDVISKGVSLKEGGKVTLTTDLLSTSDLNSPDENLVFTITRAPMRGHLECTDQPG 1420 1430 1440 1450 1460 1470 >-- initn: 233 init1: 101 opt: 245 Z-score: 224.0 bits: 55.8 E(85289): 9.8e-06 Smith-Waterman score: 291; 22.7% identity (52.0% similar) in 538 aa overlap (1023-1521:1425-1929) 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KB9 ESSGDMAWEEVRGVFRVAIQPVNDHAPVQTISRIFHVARGGRRLLTTDDVAFSDADSGFA ::. . .::. :::: .. :: .: NP_997 KFDVTDGINPLIDRYFYVSIGSIDIVFPDVISKGVSLKEGGKVTLTTDLLSTSDLNS--P 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KB9 DAQLVLT-RKDLLFGSIVAVDEPTRPIYRFTQEDLRKRRVLFVHSGADRGWI---QLQVS : .::.: . . : . .:.: : ::: .: .. ..:.. :. . ..::. NP_997 DENLVFTITRAPMRGHLECTDQPGVSITSFTQLQLAGNKIYYIHTADDEVKMDSFEFQVT 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KB9 DGQHQATALLEVQASEPYLR--VANGSSLVVPQGGQGTIDTAVLHLDTNLDIRSGDEV-H ::.. . .... :. . :.. .::: .. . : : .. : . :.. . NP_997 DGRNPVFRTFRISISDVDNKKPVVTIHKLVVSESENKLITPFELTVE---DRDTPDKLLK 1520 1530 1540 1550 1560 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KB9 YHVTAGPRWGQLVRAG-QPATAFSQQDLLDGAVLYSHNGSLSPRDTMAFSVEAGPVHTD- . .: : :.:. . .:. .:..::: .. . :.:.:. : .:...:.: : .::: NP_997 FTITQVPIHGHLLFNNTRPVMVFTKQDLNENLISYKHDGTESSEDSFSFTVTDG-THTDF 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1230 1240 1250 1260 pF1KB9 -------------ATLQVTIALEGPLAPLKLVRHKKIYVFQGEAA-----EIRRDQLEAA .... . .: ... .: ... :. : :.. NP_997 YVFPDTVFETRRPQVMKIQVLAVDNSVP-QIAVNKGASTLRTLATGHLGFMITSKILKVE 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KB9 QEAVPPADIVFSVKSPPSAGYLVMVSRGALADEPPSLDPVQSFSQEAVDTGRVLY-LHSR .. .. : : :. :::. ...: . .:.: .: .. : :. 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XP_016 HGRVELNGFPLN-SGGTFSWGDLHTLKVRYQHDGTEVLQDDLLLEVTDG---TNSAEFVL 840 850 860 870 880 1470 1480 1490 1500 1510 pF1KB9 TVTVLPVNDQPPILTTNTG--LQMWEGATAPIPAEALRSTDGDSGSEDLVYTI-EQPSNG : :.::::.::.: .. .. ::. . : .: . .:: :: . :...: ..:..: XP_016 HVEVFPVNDEPPVLKADLMPVMNCSEGGEVVITSEYIFATDVDSDNLKLMFVIAREPQHG 890 900 910 920 930 940 1520 1530 1540 1550 1560 1570 pF1KB9 RVVLRGAPGTEVRSFTQAQLDGGLVLFSHRGTLDG------GFRFRLSDGEHTSPGHFFR :.: : :. : .:.: .. . : ..: : : . . .:::: : : XP_016 --VVRRA-GVTVDQFSQRDVISEAVTYKHTGGEIGLMPCFDTITLVVSDGE---AGPFVN 950 960 970 980 990 1000 1580 1590 1600 1610 pF1KB9 VTAQK--QVLLSLKGS-----QTLTVCPGSVQPLS-------------SQTLRASSSAGT . . . :..: ..:: : . :: : : .: .. ..: XP_016 GCCYNGPNPSVPLHASFPVYDLNITVYPVDNQPPSIAIGPVFVVDEGCSTALTVNHLSAT 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1620 1630 1640 1650 1660 pF1KB9 DPQL----LLYRVVRGPQLGRLFHA------QQDSTGEALVNFTQAEVYAGNILY--EHE ::. : . .: ::.: : . .... : .. .: .. : .: : .. 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