Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8808
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8808, 355 aa
1>>>pF1KB8808 355 - 355 aa - 355 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7459+/-0.0012; mu= 13.8815+/- 0.071
mean_var=124.9514+/-40.333, 0's: 0 Z-trim(102.9): 317 B-trim: 943 in 2/46
Lambda= 0.114737
statistics sampled from 6608 (7158) to 6608 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.552), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16
Scan time: 2.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 2339 399.3 2.7e-111
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 1095 193.3 2.6e-49
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 999 177.4 1.6e-44
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 995 176.8 2.5e-44
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 975 173.5 2.5e-43
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 957 170.5 2e-42
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 927 165.6 6.5e-41
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 925 165.2 7.7e-41
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 925 165.2 8e-41
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 918 164.0 1.7e-40
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 781 141.4 1.2e-33
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 738 134.2 1.6e-31
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 721 131.5 1.2e-30
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 715 130.4 2.2e-30
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 699 127.8 1.4e-29
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 699 127.8 1.4e-29
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 696 127.3 2e-29
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 696 127.3 2e-29
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 688 126.0 5.1e-29
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 688 126.0 5.2e-29
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 652 120.0 3.2e-27
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 344) 636 117.3 1.9e-26
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 356) 636 117.4 1.9e-26
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 628 116.0 4.8e-26
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14 ( 391) 611 113.3 3.6e-25
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 604 112.0 7.4e-25
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 600 111.4 1.2e-24
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 600 111.5 1.3e-24
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 596 110.7 1.9e-24
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 596 110.8 2e-24
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 596 110.8 2e-24
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 549 103.0 4.2e-22
CCDS9410.1 LPAR6 gene_id:10161|Hs108|chr13 ( 344) 540 101.4 1.1e-21
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 540 101.5 1.2e-21
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 540 101.5 1.3e-21
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 397) 540 101.5 1.3e-21
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 400) 540 101.5 1.3e-21
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 403) 540 101.5 1.3e-21
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 406) 540 101.5 1.3e-21
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 418) 540 101.5 1.3e-21
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 420) 540 101.5 1.3e-21
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 446) 540 101.6 1.4e-21
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 493) 540 101.6 1.5e-21
CCDS9943.1 BDKRB1 gene_id:623|Hs108|chr14 ( 353) 532 100.1 2.9e-21
CCDS329.1 OPRD1 gene_id:4985|Hs108|chr1 ( 372) 527 99.3 5.4e-21
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 527 99.4 5.5e-21
CCDS8927.1 GPR182 gene_id:11318|Hs108|chr12 ( 404) 522 98.5 1e-20
CCDS2148.1 GPR17 gene_id:2840|Hs108|chr2 ( 367) 507 96.0 5.3e-20
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14 ( 391) 507 96.0 5.5e-20
CCDS14441.1 LPAR4 gene_id:2846|Hs108|chrX ( 370) 505 95.7 6.7e-20
>>CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 2339 init1: 2339 opt: 2339 Z-score: 2111.7 bits: 399.3 E(32554): 2.7e-111
Smith-Waterman score: 2339; 99.7% identity (100.0% similar) in 355 aa overlap (1-355:1-355)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVL
::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDAELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 VVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 MFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAIRLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAIRLV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPVIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPVIY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB8 AFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 AFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
310 320 330 340 350
>>CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 1087 init1: 1060 opt: 1095 Z-score: 998.7 bits: 193.3 E(32554): 2.6e-49
Smith-Waterman score: 1095; 45.5% identity (75.8% similar) in 347 aa overlap (2-345:8-351)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNS
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CCDS26 MNPTDIADTTLDESI--YSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVFGLLGNS
10 20 30 40 50
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pF1KB8 LVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYY
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CCDS26 VVVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKMISWMYL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 IGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQV
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CCDS26 VGFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPGFLFSTC
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 ASEDGVLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKT
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CCDS26 YTERNHTYCKTKYSLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQHCKNEKKN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCC
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CCDS26 KAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATETLAFVHCC
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 VNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIF---NYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSV
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CCDS26 LNPIIYFFLGEKFRKYILQLF-KTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQSTMDHDLH
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 DYIL
CCDS26 DAL
360
>>CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 (352 aa)
initn: 1015 init1: 557 opt: 999 Z-score: 913.0 bits: 177.4 E(32554): 1.6e-44
Smith-Waterman score: 999; 42.0% identity (75.0% similar) in 348 aa overlap (1-346:1-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVL
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CCDS27 MDYQVSSPIYDI-NYYT----SEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILIL
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pF1KB8 VVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSS
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CCDS27 INCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSG
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pF1KB8 MFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGV
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CCDS27 IFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGIIFTRSQKEGLH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB8 LQCYS-FYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKT-KAIR
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CCDS27 YTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRCRNEKKRHRAVR
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240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPV
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CCDS27 LIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPI
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300 310 320 330 340 350
pF1KB8 IYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
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CCDS27 IYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQEISVGL
300 310 320 330 340 350
>>CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 964 init1: 570 opt: 995 Z-score: 909.3 bits: 176.8 E(32554): 2.5e-44
Smith-Waterman score: 995; 41.5% identity (75.7% similar) in 342 aa overlap (9-346:20-351)
10 20 30 40
pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFS
::: :: : ..:: .. : :: .: :.:.:.
CCDS46 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDY----GAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFG
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 LLGNSLVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVV
..:: ::.:.:. ::::. .::.::::::.:::::....:. .. ..::::..:::.
CCDS46 FVGNMLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLF
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 SGFYYIGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLL
.:.:.::.....::: :...:::::.::::.:::.::. .:.. . .::.:..:..: .
CCDS46 TGLYHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGI
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 VFYQVASEDGVLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQ
.: . .::.: : .. . :. : .. :::::..:. :...:: ::. : ::.
CCDS46 IFTKCQKEDSVYVCGPYFPR---GWNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 NHNKT-KAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEII
:..: .:.:... ..:. .:::.:.:.:..:.... . :..: ..:: ::.::: .
CCDS46 NEKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 SFTHCCVNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMP---RESCEKSSSCQQHS
..::::.::.:::::::::...:: .:.: .. : .: : ::. . .: . :
CCDS46 GMTHCCINPIIYAFVGEKFRRYLSVFFRKHITKRFC---KQCPVFYRETVDGVTSTNTPS
300 310 320 330 340 350
350
pF1KB8 SRSSSVDYIL
.
CCDS46 TGEQEVSAGL
360
>>CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 942 init1: 429 opt: 975 Z-score: 891.4 bits: 173.5 E(32554): 2.5e-43
Smith-Waterman score: 975; 42.6% identity (76.0% similar) in 329 aa overlap (11-337:12-335)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDGELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILV
:.:.. : : ..::. .. : :: .: :.::..:.:: ::.::
CCDS27 METPNTTEDYDTTTEFDYGD--ATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIGLVGNILVVLV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQT-YYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFY
:: :.:...:..::::::.:::::.:..:: : : :.:::: .:::..::::: :.:
CCDS27 LVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKILSGFYYTGLY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 SSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASED
: .::: :...:::::.::::.::..::. .:. . .: ::.:..: : : .. :
CCDS27 SEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPGLYFSKTQWEF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 GVLQCYSFYNQQTLK-WKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAI
: . ...:. ::.: .:.:..::..:. ....:: :.. : : :..:.::.
CCDS27 THHTCSLHFPHESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKILLRRPNEKKSKAV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 RLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNP
::.....: .:::.:.:...... .... . : :..: :..:::.:..:::::::
CCDS27 RLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQVTEVIAYTHCCVNP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 VIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
::::::::.:.:.: ..:.. .. .: . .: : ..
CCDS27 VIYAFVGERFRKYLRQLFHR---RVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPSTGEHELSAGF
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CCDS54 CDMRKDLRLALSVTETVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGK-CLAVL--CGRSVH
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340 350
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CCDS54 VDFSSSESQRSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
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CCDS27 VMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFYHT
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CCDS27 GLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIFYETE
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CCDS27 ELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTLLRCPSKKKY
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CCDS27 IVF
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CCDS54 MAICYTGIIKTLLRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCE
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CCDS54 RSKHLDLVMLVTEVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHR---HLLMHLGRYIPFL
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CCDS54 PSEKLERTSSVSPSTAEPELSIVF
360 370
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CCDS43 MDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIV-VFGTVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFA
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CCDS43 LTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHYLINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFG
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CCDS43 SIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVWAAAILVAAPQFMFTK-QKENE
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CCDS43 CLGDYPEVLQEI--WPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKL
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CCDS43 ILLVVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPSCDMRKDLRLALSVTETVAFSHCCLNPLI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]