Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8759
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8759, 201 aa
1>>>pF1KB8759 201 - 201 aa - 201 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6483+/-0.000936; mu= 11.0076+/- 0.056
mean_var=80.5881+/-16.447, 0's: 0 Z-trim(106.3): 202 B-trim: 287 in 1/50
Lambda= 0.142869
statistics sampled from 8690 (8928) to 8690 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 1.720
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 1359 289.7 8.3e-79
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 1072 230.5 5.3e-61
CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 696 153.0 1.2e-37
CCDS73011.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 ( 199) 493 111.2 4.5e-25
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 444 101.1 5.2e-22
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 435 99.2 1.9e-21
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 428 97.8 5e-21
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 428 97.8 5e-21
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 419 95.9 1.8e-20
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 418 95.7 2.1e-20
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 418 95.7 2.1e-20
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 413 94.7 4.3e-20
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 409 93.9 7.3e-20
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 409 93.9 7.8e-20
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 405 93.0 1.3e-19
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 405 93.1 1.4e-19
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 402 92.5 2.4e-19
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 400 92.0 2.6e-19
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 400 92.0 2.7e-19
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 400 92.0 2.8e-19
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 399 91.8 3.4e-19
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 397 91.4 4e-19
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 397 91.4 4.4e-19
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 393 90.6 7.2e-19
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 392 90.4 8.7e-19
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 392 90.4 8.7e-19
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 392 90.4 9.5e-19
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 390 89.9 1.1e-18
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 386 89.1 2e-18
CCDS1459.1 RAB29 gene_id:8934|Hs108|chr1 ( 203) 383 88.5 3e-18
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 384 88.8 3e-18
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 379 87.6 4.3e-18
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 373 86.5 1.3e-17
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 373 86.5 1.3e-17
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 370 85.8 2e-17
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 369 85.6 2.4e-17
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 362 84.2 5.9e-17
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 361 84.0 6.8e-17
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 361 84.0 7.4e-17
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 357 83.2 1.4e-16
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 355 82.7 1.7e-16
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 353 82.3 2.3e-16
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 353 82.3 2.3e-16
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 352 82.1 2.7e-16
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 352 82.2 3e-16
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 351 81.9 3.1e-16
CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 204) 348 81.3 4.5e-16
CCDS33683.1 RABL2B gene_id:11158|Hs108|chr22 ( 229) 348 81.3 5e-16
CCDS5210.1 RAB32 gene_id:10981|Hs108|chr6 ( 225) 346 80.9 6.5e-16
CCDS76258.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 ( 157) 342 80.0 8.6e-16
>>CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX (201 aa)
initn: 1359 init1: 1359 opt: 1359 Z-score: 1528.3 bits: 289.7 E(32554): 8.3e-79
Smith-Waterman score: 1359; 100.0% identity (100.0% similar) in 201 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 WDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 WDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VLGNKVDKEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VLGNKVDKEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQLE
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 HCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
:::::::::::::::::::::
CCDS14 HCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
190 200
>>CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX (201 aa)
initn: 1072 init1: 1072 opt: 1072 Z-score: 1208.6 bits: 230.5 E(32554): 5.3e-61
Smith-Waterman score: 1072; 76.1% identity (91.5% similar) in 201 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQI
:.::: :.:::::::::::::::::::::::::.: ::::::::::.::::::.:::.::
CCDS14 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 WDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPFV
:::::::::.:::::::::.::::::::::: :::.::.::.::::::::::.:: ::::
CCDS14 WDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFPFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VLGNKVDKEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQLE
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CCDS14 ILGNKIDISERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATEDRSD
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 HCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
: . :..:. : .::::
CCDS14 HLIQTDTVNLHRKPKPSSSCC
190 200
>>CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 (207 aa)
initn: 710 init1: 679 opt: 696 Z-score: 789.6 bits: 153.0 E(32554): 1.2e-37
Smith-Waterman score: 696; 52.2% identity (80.8% similar) in 203 aa overlap (2-201:3-205)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQ
: :..:::::.:::.::::.::::.::..::..: :::..::.... :: :.::.:
CCDS30 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IWDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPF
::::::::::.:: . ::::::::.:.:.: ..:..: .:. ::. :. .:::.:::
CCDS30 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VVLGNKVDKEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQL
::::::.: :.:::.:..::.::. ... ::.:::::. :: ::. .:..: : ..
CCDS30 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB8 E-HCMLGHTI--DLNSGSKAGSSCC
: . . . : : :. .::.. :
CCDS30 ELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
190 200
>>CCDS73011.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 (199 aa)
initn: 481 init1: 285 opt: 493 Z-score: 563.7 bits: 111.2 E(32554): 4.5e-25
Smith-Waterman score: 493; 40.9% identity (69.2% similar) in 198 aa overlap (4-201:5-199)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQ
:.. ::.:..: ::::.::...:: . : . :.:. .:.. . . . ::
CCDS73 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IWDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPF
::::.:::::.:. . ::.:.: :.:.:.: : .::: : :. . . : . .:.
CCDS73 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGD-VLAKIVPMEQSYPM
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VVLGNKVDKEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQL
:.::::.: ::.: : :: :: :. : ::.:.:::.: ::. ::: . ..:. ...
CCDS73 VLLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREK-DIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSI
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 EHCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
. : ..: : : ... : ::
CCDS73 LENHLTESIKL-SPDQSRSRCC
180 190
>>CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 (216 aa)
initn: 449 init1: 348 opt: 444 Z-score: 508.6 bits: 101.1 E(32554): 5.2e-22
Smith-Waterman score: 444; 40.5% identity (73.4% similar) in 173 aa overlap (7-178:11-178)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFV
:.::.:.::.:::::.:..:.. :.:. .. :::::: .:...:::. .
CCDS10 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 TLQIWDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEH
::::::::::.... . .:::: ::.... . ..::. : ::. .:: .
CCDS10 KAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHAD----SN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 FPFVVLGNKVD-KEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAV
. ....::: : .. : : :.::... .:: ..:::: :.::: .::. . .. .
CCDS10 IVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNG-LSFIETSALDSTNVEAAFQTILTEIYRI
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 EEQLEHCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
:
CCDS10 VSQKQMSDRRENDMSPSNNVVPIHVPPTTENKPKVQCCQNI
180 190 200 210
>>CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 (218 aa)
initn: 420 init1: 348 opt: 435 Z-score: 498.5 bits: 99.2 E(32554): 1.9e-21
Smith-Waterman score: 435; 39.9% identity (73.4% similar) in 173 aa overlap (7-178:11-178)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFV
:.::.:.::.:::::.:..:.. :.:. .. :::::: .:...:::. .
CCDS12 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 TLQIWDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEH
::::::::::.... . .:::: ::.... . ..::. : ::. .:: .
CCDS12 KAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHAD----SN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 FPFVVLGNKVD-KEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAV
. ....::: : .. : : :.::... .: . ..:::: :.::: ::.. . .. .
CCDS12 IVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKN-NLSFIETSALDSTNVEEAFKNILTEIYRI
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 EEQLEHCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
:
CCDS12 VSQKQIADRAAHDESPGNNVVDISVPPTTDGQKPNKLQCCQNL
180 190 200 210
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 406 init1: 328 opt: 428 Z-score: 491.0 bits: 97.8 E(32554): 5e-21
Smith-Waterman score: 428; 40.5% identity (73.8% similar) in 168 aa overlap (7-173:8-170)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQ
:.:..:.::.::::. :. :. . :.. . :::..: : .:.::. . ::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IWDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPF
::::::::::... : .:::: .:.... ...::.:. :: ... .:. .: :.
CCDS10 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHAS-SDVER---
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VVLGNKVDKED-RQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQ
..:::: : .: :::. :... .. : .::::::...:: :: .:...
CCDS10 MILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYG-IKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNR
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 LEHCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
CCDS10 KMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 402 init1: 327 opt: 428 Z-score: 491.0 bits: 97.8 E(32554): 5e-21
Smith-Waterman score: 428; 39.8% identity (72.7% similar) in 176 aa overlap (7-180:8-178)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQ
:.:..:.::.::::. .. :. . :.: . :::..: : .:.::. . ::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IWDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPF
::::::::::... : .:::: .:.... ...::.:. :: ... .:.. : :.
CCDS12 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASA-DVEK---
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VVLGNKVDKED-RQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLA-VEE
..:::: : .: :::. :... .. : ..::::: . :: :: .:.. : ...
CCDS12 MILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYG-IKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDK
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 QLEHCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
.::
CCDS12 KLEGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
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..:::: : : :.: :.:. :.: ..:::::.. :: :: .:..:
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::....:..:::::::. :.. . :: . ::::.: . . ::: . :
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CCDS71 MLVGNKIDKENREVDRNEGLKFARKHS-MLFIEASAKTCDGVQCAFEELVEKIIQTPGLW
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CCDS71 ESENQNKGVKLSHREEGQGGGACGGYCSVL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]