Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8645
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8645, 266 aa
1>>>pF1KB8645 266 - 266 aa - 266 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5525+/-0.00101; mu= 13.7957+/- 0.061
mean_var=79.2011+/-15.512, 0's: 0 Z-trim(105.4): 170 B-trim: 11 in 1/47
Lambda= 0.144115
statistics sampled from 8203 (8388) to 8203 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.258), width: 16
Scan time: 1.650
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13916.1 RASD2 gene_id:23551|Hs108|chr22 ( 266) 1769 377.4 5.7e-105
CCDS11185.1 RASD1 gene_id:51655|Hs108|chr17 ( 281) 1015 220.6 9.3e-58
CCDS58519.1 RASD1 gene_id:51655|Hs108|chr17 ( 122) 471 107.3 5.3e-24
CCDS6687.1 DIRAS2 gene_id:54769|Hs108|chr9 ( 199) 380 88.5 3.9e-18
CCDS12092.1 DIRAS1 gene_id:148252|Hs108|chr19 ( 198) 355 83.3 1.4e-16
CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3 ( 183) 319 75.8 2.4e-14
CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 ( 204) 315 75.0 4.7e-14
CCDS14632.1 RAP2C gene_id:57826|Hs108|chrX ( 183) 314 74.8 4.9e-14
CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 ( 183) 313 74.6 5.7e-14
CCDS12774.1 RRAS gene_id:6237|Hs108|chr19 ( 218) 309 73.8 1.2e-13
CCDS7699.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11 ( 170) 306 73.1 1.5e-13
CCDS8702.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 188) 306 73.1 1.6e-13
CCDS7698.1 HRAS gene_id:3265|Hs108|chr11 ( 189) 306 73.1 1.6e-13
CCDS8703.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 189) 306 73.1 1.6e-13
CCDS8984.1 RAP1B gene_id:5908|Hs108|chr12 ( 184) 301 72.1 3.2e-13
CCDS840.1 RAP1A gene_id:5906|Hs108|chr1 ( 184) 299 71.6 4.3e-13
CCDS877.1 NRAS gene_id:4893|Hs108|chr1 ( 189) 298 71.4 5.1e-13
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 ( 206) 296 71.1 7.3e-13
CCDS1123.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 219) 289 69.6 2.1e-12
CCDS58037.1 RIT1 gene_id:6016|Hs108|chr1 ( 236) 289 69.6 2.2e-12
CCDS62431.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 153) 282 68.1 4.3e-12
CCDS3100.1 MRAS gene_id:22808|Hs108|chr3 ( 208) 282 68.1 5.5e-12
CCDS11921.1 RIT2 gene_id:6014|Hs108|chr18 ( 217) 282 68.2 5.7e-12
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 278 67.3 9.5e-12
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 272 66.1 2.3e-11
>>CCDS13916.1 RASD2 gene_id:23551|Hs108|chr22 (266 aa)
initn: 1769 init1: 1769 opt: 1769 Z-score: 1998.0 bits: 377.4 E(32554): 5.7e-105
Smith-Waterman score: 1769; 100.0% identity (100.0% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB8 NSDLKYIKAKVLREGQARERDKCTIQ
::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NSDLKYIKAKVLREGQARERDKCTIQ
250 260
>>CCDS11185.1 RASD1 gene_id:51655|Hs108|chr17 (281 aa)
initn: 1129 init1: 980 opt: 1015 Z-score: 1150.4 bits: 220.6 E(32554): 9.3e-58
Smith-Waterman score: 1143; 62.0% identity (84.1% similar) in 276 aa overlap (1-265:6-280)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDF
:.: . .. ::.:::: ::::.::.:.:::..::::::.::::: ::::::::
CCDS11 MKLAAMIKKMCPSDSELSIPAKNCYRMVILGSSKVGKTAIVSRFLTGRFEDAYTPTIEDF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 HRKVYNIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQ
::: :.:::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::.::..:
CCDS11 HRKFYSIRGEVYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRDSFEEVQRLRQQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 ILEVKSCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGD-ENCAYFEVSAK
::..:::::::::: ...:.::::::.:. .. :.: : : ::. : . :::::.:::
CCDS11 ILDTKSCLKNKTKENVDVPLVICGNKGDR-DFYREVDQREIEQLVGDDPQRCAYFEISAK
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB8 KNTNVDEMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEM---------
::...:.:: .::.::::: :::: ::::.:::: :..: . . ... .
CCDS11 KNSSLDQMFRALFAMAKLPSEMSPDLHRKVSVQYCDVLHKKALRNKKLLRAGSGGGGGDP
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB8 -DAYGMVSPFARRPSVNSDLKYIKAKVLREGQARERDKCTIQ
::.:.:.::::::::.::: ::. :. .::.....:.:
CCDS11 GDAFGIVAPFARRPSVHSDLMYIREKASAGSQAKDKERCVIS
240 250 260 270 280
>>CCDS58519.1 RASD1 gene_id:51655|Hs108|chr17 (122 aa)
initn: 471 init1: 471 opt: 471 Z-score: 544.3 bits: 107.3 E(32554): 5.3e-24
Smith-Waterman score: 471; 75.6% identity (91.1% similar) in 90 aa overlap (1-90:6-95)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDF
:.: . .. ::.:::: ::::.::.:.:::..::::::.::::: ::::::::
CCDS58 MKLAAMIKKMCPSDSELSIPAKNCYRMVILGSSKVGKTAIVSRFLTGRFEDAYTPTIEDF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 HRKVYNIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQ
::: :.:::..::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HRKFYSIRGEVYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTDPRHQVLPQEQNQGERGRAPGHLRQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 ILEVKSCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKK
CCDS58 QG
>>CCDS6687.1 DIRAS2 gene_id:54769|Hs108|chr9 (199 aa)
initn: 402 init1: 331 opt: 380 Z-score: 439.0 bits: 88.5 E(32554): 3.9e-18
Smith-Waterman score: 448; 43.1% identity (73.6% similar) in 174 aa overlap (18-191:6-170)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
:.::..:.::. :::::.: ::..: :...: ::.:: .:.:
CCDS66 MPEQSNDYRVAVFGAGGVGKSSLVLRFVKGTFRESYIPTVEDTYRQVI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
. .. :.: ::.:.: ::::.:::: : .::::.:. .:.:..:.: . .:: :.:
CCDS66 SCDKSICTLQITDTTGSHQFPAMQRLSISKGHAFILVYSITSRQSLEELKPIYEQICEIK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
. .. .:... ::: :.. :.: ..::: :. .::..:.::: : ::
CCDS66 G-------DVESIPIMLVGNKCDESP-SREVQSSEAEALAR-TWKCAFMETSAKLNHNVK
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
:.: :... :
CCDS66 ELFQELLNLEKRRTVSLQIDGKKSKQQKRKEKLKGKCVIM
160 170 180 190
>>CCDS12092.1 DIRAS1 gene_id:148252|Hs108|chr19 (198 aa)
initn: 377 init1: 309 opt: 355 Z-score: 411.0 bits: 83.3 E(32554): 1.4e-16
Smith-Waterman score: 444; 44.2% identity (72.7% similar) in 172 aa overlap (18-189:6-167)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
:.::.::.::. :::::.: ::..: :.: : ::::: .:.:
CCDS12 MPEQSNDYRVVVFGAGGVGKSSLVLRFVKGTFRDTYIPTIEDTYRQVI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
. .. :.: ::.:.: ::::.:::: : .::::::. ...:..:. . : :...:
CCDS12 SCDKSVCTLQITDTTGSHQFPAMQRLSISKGHAFILVFSVTSKQSLEELGPIYKLIVQIK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
. ... .:... ::: : : :.: : ::. :. . .::..:.::: : ::
CCDS12 GSVED-------IPVMLVGNKCD--ETQREVDTREAQA-VAQEWKCAFMETSAKMNYNVK
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
:.: :...
CCDS12 ELFQELLTLETRRNMSLNIDGKRSGKQKRTDRVKGKCTLM
160 170 180 190
>>CCDS3170.1 RAP2B gene_id:5912|Hs108|chr3 (183 aa)
initn: 364 init1: 297 opt: 319 Z-score: 371.0 bits: 75.8 E(32554): 2.4e-14
Smith-Waterman score: 380; 41.2% identity (73.9% similar) in 165 aa overlap (20-183:4-157)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
:..::::.. ::::... .:..: : ..: ::::::.::
CCDS31 MREYKVVVLGSGGVGKSALTVQFVTGSFIEKYDPTIEDFYRKEI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
.. .. :.::::.:.. : .:: : : .:. ::::.:: :..::...: .. ::..::
CCDS31 EVDSSPSVLEILDTAGTEQFASMRDLYIKNGQGFILVYSLVNQQSFQDIKPMRDQIIRVK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKND-HGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNV
. ..::.. ::: : .:: :.: :.. :. . .: ..:.:::....:
CCDS31 --------RYERVPMILVGNKVDLEGE--REVSYGEGKALAE-EWSCPFMETSAKNKASV
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 DEMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPS
::.:
CCDS31 DELFAEIVRQMNYAAQPNGDEGCCSACVIL
160 170 180
>>CCDS7814.1 RRAS2 gene_id:22800|Hs108|chr11 (204 aa)
initn: 353 init1: 287 opt: 315 Z-score: 365.8 bits: 75.0 E(32554): 4.7e-14
Smith-Waterman score: 369; 38.7% identity (65.4% similar) in 191 aa overlap (17-203:12-192)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
...::.::.:.. ::::... .:... : .: ::::: . :
CCDS78 MAAAGWRDGSGQEKYRLVVVGGGGVGKSALTIQFIQSYFVTDYDPTIEDSYTKQC
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
: .::::::.:.. : :::. . ::. :.::::. .: ::.:. ..:.:::.::
CCDS78 VIDDRAARLDILDTAGQEEFGAMREQYMRTGEGFLLVFSVTDRGSFEEIYKFQRQILRVK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
. :.::.. ::: : . ::: :.. :. . . .:.:.::: :::
CCDS78 --------DRDEFPMILIGNKADLDHQ-RQVTQEEGQQLAR-QLKVTYMEASAKIRMNVD
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEM----SPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFAR
. :. : . . .:. :: ::
CCDS78 QAFHELVRVIRKFQEQECPPSPEPTRKEKDKKGCHCVIF
170 180 190 200
>>CCDS14632.1 RAP2C gene_id:57826|Hs108|chrX (183 aa)
initn: 328 init1: 296 opt: 314 Z-score: 365.4 bits: 74.8 E(32554): 4.9e-14
Smith-Waterman score: 377; 40.9% identity (73.8% similar) in 164 aa overlap (20-183:4-157)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
:..::::.. ::::... .:..: : ..: ::::::.::
CCDS14 MREYKVVVLGSGGVGKSALTVQFVTGTFIEKYDPTIEDFYRKEI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
.. .. :.::::.:.. : .:: : : .:. ::::.:: :..::...: .. ::..::
CCDS14 EVDSSPSVLEILDTAGTEQFASMRDLYIKNGQGFILVYSLVNQQSFQDIKPMRDQIVRVK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
: .:... ::: : : :.: ..:.. :.. . .: ..:.:::... ::
CCDS14 RYEK--------VPLILVGNKVDL-EPEREVMSSEGRALAQ-EWGCPFMETSAKSKSMVD
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
:.:
CCDS14 ELFAEIVRQMNYSSLPEKQDQCCTTCVVQ
160 170 180
>>CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 (183 aa)
initn: 332 init1: 297 opt: 313 Z-score: 364.3 bits: 74.6 E(32554): 5.7e-14
Smith-Waterman score: 381; 41.5% identity (73.2% similar) in 164 aa overlap (20-183:4-157)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTPTIEDFHRKVY
:..::::.. ::::... .:..: : ..: ::::::.::
CCDS94 MREYKVVVLGSGGVGKSALTVQFVTGTFIEKYDPTIEDFYRKEI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 NIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVKRLQKQILEVK
.. .. :.::::.:.. : .:: : : .:. ::::.:: :..::...: .. ::..::
CCDS94 EVDSSPSVLEILDTAGTEQFASMRDLYIKNGQGFILVYSLVNQQSFQDIKPMRDQIIRVK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SCLKNKTKEAAELPMVICGNKNDHGELCRQVPTTEAELLVSGDENCAYFEVSAKKNTNVD
: .:... ::: : : :.: ..:.. :. . .: ..:.:::..: ::
CCDS94 RYEK--------VPVILVGNKVDL-ESEREVSSSEGRALAE-EWGCPFMETSAKSKTMVD
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EMFYVLFSMAKLPHEMSPALHRKISVQYGDAFHPRPFCMRRVKEMDAYGMVSPFARRPSV
:.:
CCDS94 ELFAEIVRQMNYAAQPDKDDPCCSACNIQ
160 170 180
>>CCDS12774.1 RRAS gene_id:6237|Hs108|chr19 (218 aa)
initn: 373 init1: 289 opt: 309 Z-score: 358.7 bits: 73.8 E(32554): 1.2e-13
Smith-Waterman score: 395; 39.0% identity (69.0% similar) in 187 aa overlap (15-199:25-201)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MMKTLSSGNCTLSVPAKNSYRMVVLGASRVGKSSIVSRFLNGRFEDQYTP
: ......::.:.. ::::... .:... : ..: :
CCDS12 MSSGAASGTGRGRPRGGGPGPGDPPPSETHKLVVVGGGGVGKSALTIQFIQSYFVSDYDP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 TIEDFHRKVYNIRGDMYQLDILDTSGNHPFPAMRRLSILTGDVFILVFSLDNRESFDEVK
:::: . :. .. : .::::::.:.. : :::. . .: :.:::....:.::.::
CCDS12 TIEDSYTKICSVDGIPARLDILDTAGQEEFGAMREQYMRAGHGFLLVFAINDRQSFNEVG
70 80 90 100 110 120
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