Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8201
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8201, 203 aa
1>>>pF1KB8201 203 - 203 aa - 203 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5935+/-0.000943; mu= 12.1272+/- 0.057
mean_var=80.6383+/-15.999, 0's: 0 Z-trim(106.0): 220 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.142825
statistics sampled from 8495 (8732) to 8495 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.268), width: 16
Scan time: 1.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 1320 281.4 2.6e-76
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 880 190.8 5.1e-49
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 857 186.0 1.4e-47
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 819 178.2 3e-45
CCDS72921.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 122) 795 173.1 6.3e-44
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 713 156.4 1.2e-38
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 704 154.5 4.1e-38
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 674 148.3 3.1e-36
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 654 144.2 5.2e-35
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 625 138.3 4e-33
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 615 136.2 1.5e-32
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 611 135.4 2.6e-32
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 607 134.5 4.6e-32
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 606 134.3 5.4e-32
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 604 133.9 7e-32
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 600 133.1 1.1e-31
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 597 132.4 1.8e-31
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 597 132.5 2e-31
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 593 131.6 3.3e-31
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 592 131.4 3.8e-31
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 588 130.7 7.5e-31
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 571 127.1 7.8e-30
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 570 126.9 8.8e-30
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 567 126.3 1.4e-29
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 563 125.5 2.4e-29
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 557 124.2 5.7e-29
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 555 123.8 7.7e-29
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 543 121.3 4.2e-28
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 542 121.1 4.6e-28
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 541 120.9 5.7e-28
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 533 119.3 1.8e-27
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 527 118.0 4.1e-27
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 525 117.6 5.3e-27
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 519 116.3 9.8e-27
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 509 114.4 6.7e-26
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 501 112.7 1.7e-25
CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 496 111.7 4.3e-25
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 494 111.2 4.6e-25
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 498 112.4 6.9e-25
CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 492 110.9 7.5e-25
CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 491 110.7 8.7e-25
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 484 109.1 1.5e-24
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 484 109.2 1.9e-24
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 484 109.2 2.2e-24
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 483 109.0 2.2e-24
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 483 109.0 2.3e-24
CCDS9768.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 208) 480 108.4 3.3e-24
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 480 108.4 3.6e-24
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 477 107.8 5.7e-24
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 471 106.5 1.2e-23
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 1320 init1: 1320 opt: 1320 Z-score: 1483.6 bits: 281.4 E(32554): 2.6e-76
Smith-Waterman score: 1320; 100.0% identity (100.0% similar) in 203 aa overlap (1-203:1-203)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 GNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
:::::::::::::::::::::::
CCDS10 GNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 872 init1: 872 opt: 880 Z-score: 993.5 bits: 190.8 E(32554): 5.1e-49
Smith-Waterman score: 880; 63.6% identity (88.8% similar) in 206 aa overlap (1-202:1-206)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
:::.::.:::::::::::::::::..::.:: ::.:.::::::::::::....:::::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
.:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::.::.::...:.:.::. :::..::
CCDS10 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
:::::. ::.:.::...::: ..::.:.::::::: ::.::: .:::::. : . . . .
CCDS10 NKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDS
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 GNKPPSTDLKTCDKKNTN----KCSLG
.. . .: .... . .:::
CCDS10 NSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 853 init1: 853 opt: 857 Z-score: 967.9 bits: 186.0 E(32554): 1.4e-47
Smith-Waterman score: 857; 62.1% identity (88.3% similar) in 206 aa overlap (1-202:1-206)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
:::.::.::::::::::::::::...::.:: ::.:.::::::::::::....::.::::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
.:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::.::.::...:.:.::: ::...::
CCDS12 IWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
::::.. ::.:.::...::: ..::.:.:::::...::..:: .::::: : . ::
CCDS12 NKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGN
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 GNKPPSTDLK-TCDKKNTN---KCSLG
. . . .: : :... . .: :
CCDS12 SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 833 init1: 812 opt: 819 Z-score: 925.8 bits: 178.2 E(32554): 3e-45
Smith-Waterman score: 819; 66.7% identity (91.1% similar) in 180 aa overlap (3-182:4-183)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKL
:.:: ::::::::::::::::...::..: ::.:.::::::::::.::...::::::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 QVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLL
:.:::::::::.::::.::::::::.::::::. ::::::..:...: :.:. :::.::
CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSG
::::::. :: : : .....::::::::::::::...:...:: .::.::: :. .. .
CCDS17 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPN
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB8 NGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
. :
CCDS17 SENVDISSGGGVTGWKSKCC
190 200
>>CCDS72921.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (122 aa)
initn: 795 init1: 795 opt: 795 Z-score: 902.1 bits: 173.1 E(32554): 6.3e-44
Smith-Waterman score: 795; 100.0% identity (100.0% similar) in 122 aa overlap (82-203:1-122)
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IEGKKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENAS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENAS
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 AGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 AGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILL
40 50 60 70 80 90
180 190 200
pF1KB8 KSGGRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 KSGGRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
100 110 120
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 713 Z-score: 807.6 bits: 156.4 E(32554): 1.2e-38
Smith-Waterman score: 713; 50.7% identity (81.6% similar) in 201 aa overlap (1-200:4-204)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKI
: ::.::::::::::::::.::..:::.:.....::::::.::::::....:: :
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERL
:::.:::::::::.:::..::::: :::.:::.::..::.:...:.. : . :: .:..:
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRR
:.:::::. .:. :. : ..: :: :.:::::.. ::...: ..: .: . :
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB8 SGNGNKPPSTDLKTCD-KKNTNKCSLG
...: . .. ... :.. . :
CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 682 init1: 682 opt: 704 Z-score: 797.7 bits: 154.5 E(32554): 4.1e-38
Smith-Waterman score: 704; 54.3% identity (84.2% similar) in 184 aa overlap (1-184:1-184)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
: ::.::::::::::::::.::..:::.:.....::::::.::::::....:: ::::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
.:::::::::.:::..::::: :::.:::.::..:. :...:.. : . :: .:..::.:
CCDS31 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
:: :. .:. :.. : ..: :: :.:::::.. ::..:: ..: .: . : ...
CCDS31 NKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASG
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 GNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
:..:
CCDS31 GERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
190 200
>>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa)
initn: 713 init1: 674 opt: 674 Z-score: 764.0 bits: 148.3 E(32554): 3.1e-36
Smith-Waterman score: 674; 53.5% identity (88.2% similar) in 170 aa overlap (1-170:1-170)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
::: :: ::.::::::::::::::. ::....:....:::::.:::..:....: :...:
CCDS76 MAKQYDVLFRLLLIGDSGVGKTCLLCRFTDNEFHSSHISTIGVDFKMKTIEVDGIKVRIQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLLG
.::::::::..::: ::: :.::.:::::..:.:...:..:.... : : ::...:.:
CCDS76 IWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGVQKILIG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGN
:: : : ::.: .::...::.:.:. :.:::: ...:. :.:. :.. .:
CCDS76 NKADEEQKRQVGREQGQQLAKEYGMDFYETSACTNLNIKESFTRLTELVLQAHRKELEGL
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 GNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
CCDS76 RMRASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC
190 200 210
>>CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (201 aa)
initn: 652 init1: 517 opt: 654 Z-score: 742.0 bits: 144.2 E(32554): 5.2e-35
Smith-Waterman score: 654; 48.5% identity (81.2% similar) in 202 aa overlap (1-200:1-200)
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.:::::::::.:::..::::. :.:.:::.:. .:: :.. :.. :..: . : :.:.:
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.. ..:. : ..: ..:
CCDS41 QQQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
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>>CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 (256 aa)
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:: ::..:.::::::::::..:: . :
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.:.:::.::::. ...:..: :.:::.:::::::::...: :::: : ...:.::.:..
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