Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7719
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7719, 427 aa
1>>>pF1KB7719 427 - 427 aa - 427 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3982+/-0.000769; mu= 12.5794+/- 0.047
mean_var=93.1872+/-18.451, 0's: 0 Z-trim(110.8): 123 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.132861
statistics sampled from 11764 (11890) to 11764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16
Scan time: 3.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 ( 427) 2897 565.2 4.2e-161
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 ( 477) 2897 565.2 4.7e-161
CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 434) 965 194.9 1.3e-49
CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 473) 965 194.9 1.4e-49
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 ( 397) 534 112.3 8.9e-25
CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 296) 479 101.7 1e-21
CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 309) 479 101.7 1.1e-21
CCDS41428.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 314) 479 101.7 1.1e-21
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 339) 479 101.7 1.2e-21
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 340) 479 101.7 1.2e-21
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 348) 479 101.7 1.2e-21
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 352) 479 101.7 1.2e-21
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 357) 479 101.7 1.2e-21
CCDS53409.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 319) 437 93.6 2.9e-19
CCDS58673.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 363) 426 91.5 1.4e-18
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 460) 426 91.6 1.7e-18
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 402) 385 83.7 3.5e-16
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 447) 385 83.7 3.9e-16
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 453) 385 83.7 3.9e-16
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 387) 381 82.9 5.8e-16
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3 ( 461) 375 81.8 1.5e-15
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 410) 368 80.5 3.4e-15
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 451) 368 80.5 3.7e-15
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 490) 368 80.5 4e-15
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 472) 353 77.6 2.9e-14
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 482) 353 77.6 2.9e-14
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 351 77.2 3.5e-14
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 351 77.2 3.6e-14
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 347 76.4 5.3e-14
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 476) 344 75.9 9.5e-14
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 486) 344 75.9 9.7e-14
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 395) 337 74.5 2.1e-13
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 417) 337 74.5 2.2e-13
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 442) 337 74.5 2.3e-13
CCDS74728.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 449) 337 74.5 2.3e-13
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 452) 337 74.5 2.3e-13
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 464) 337 74.5 2.4e-13
CCDS13330.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 474) 337 74.5 2.4e-13
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 336 74.3 2.7e-13
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 336 74.3 2.7e-13
CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 435) 335 74.1 2.9e-13
CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 458) 335 74.1 3e-13
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 340) 331 73.3 4e-13
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 463) 331 73.4 5.2e-13
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 475) 330 73.2 6.1e-13
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 476) 330 73.2 6.1e-13
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 ( 508) 328 72.8 8.4e-13
CCDS6220.2 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8 ( 445) 327 72.6 8.6e-13
CCDS83303.1 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8 ( 408) 326 72.4 9.1e-13
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 ( 596) 327 72.7 1.1e-12
>>CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 (427 aa)
initn: 2897 init1: 2897 opt: 2897 Z-score: 3005.7 bits: 565.2 E(32554): 4.2e-161
Smith-Waterman score: 2897; 100.0% identity (100.0% similar) in 427 aa overlap (1-427:1-427)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 PFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 RPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFSG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 DSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 DSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 TKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 NTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 NTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLE
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 VFGNEIS
:::::::
CCDS87 VFGNEIS
>>CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12 (477 aa)
initn: 2897 init1: 2897 opt: 2897 Z-score: 3005.0 bits: 565.2 E(32554): 4.7e-161
Smith-Waterman score: 2897; 100.0% identity (100.0% similar) in 427 aa overlap (1-427:51-477)
10 20 30
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDR
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VEEAFGSEVSVRPHRRAPLGSTYLPPAPSGMEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDR
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 ATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTCPFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ATGFHFNAMTCEGCKGFFRRSMKRKALFTCPFNGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMM
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSLRPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KEFILTDEEVQRKREMILKRKEEEALKDSLRPKLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDF
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 CQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFSGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFSGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEE
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEV
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 IMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEH
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 VLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLLMAICIVSPDRPGVQDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADL
390 400 410 420 430 440
400 410 420
pF1KB7 RSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RSLNEEHSKQYRCLSFQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
450 460 470
>>CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (434 aa)
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Smith-Waterman score: 1050; 42.2% identity (70.8% similar) in 408 aa overlap (21-423:38-430)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
:.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS43 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB7 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
.:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS43 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 RKEEEALKDSLRPK-LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPS
.: :.. . : . :.:::. .: :.::. ::.: :.: : .:: : ...:
CCDS43 KKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----E
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 RPNSRHTPSF--SGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSM
:.: ..:: .. :. .: : .. : .. . : : . :. . .:.
CCDS43 LPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSL
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 LPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSW
:::.::. .: .. .:.:::.: :::: :::: :::..:.:. .:: : :. . .:
CCDS43 LPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTW
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 TCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGV
:: .: . : : .: . :.::..::. ::::.:::::.::..:: . :::::::
CCDS43 ECGR--LSYCLED-TAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 QDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLS
. ... .:.... ::..::.: .: :. ..:. :.. :..:::.: .:... : .
CCDS43 LQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQD
360 370 380 390 400 410
410 420
pF1KB7 FQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
..: :::. :.::
CCDS43 IHPFA----TPLMQELFGITGS
420 430
>>CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (473 aa)
initn: 969 init1: 297 opt: 965 Z-score: 1003.7 bits: 194.9 E(32554): 1.4e-49
Smith-Waterman score: 1050; 42.2% identity (70.8% similar) in 408 aa overlap (21-423:77-469)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
:.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS29 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100
pF1KB7 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
.:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS29 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 RKEEEALKDSLRPK-LSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPS
.: :.. . : . :.:::. .: :.::. ::.: :.: : .:: : ...:
CCDS29 KKSERTGTQPLGVQGLTEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRLPGVLSSGC----E
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 RPNSRHTPSF--SGDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSM
:.: ..:: .. :. .: : .. : .. . : : . :. . .:.
CCDS29 LPESLQAPSREEAAKWSQVRKDLC----SLKVSLQLRGEDGSVWNYKPPADSGGKEIFSL
230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 LPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSW
:::.::. .: .. .:.:::.: :::: :::: :::..:.:. .:: : :. . .:
CCDS29 LPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKGAAFELCQLRFNTVFNAETGTW
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 TCGNQDYKYRVSDVTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGV
:: .: . : : .: . :.::..::. ::::.:::::.::..:: . :::::::
CCDS29 ECGR--LSYCLED-TAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHEEEYVLMQAISLFSPDRPGV
340 350 360 370 380 390
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 QDAALIEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQY-RCLS
. ... .:.... ::..::.: .: :. ..:. :.. :..:::.: .:... : .
CCDS29 LQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAMLTELRSINAQHTQRLLRIQD
400 410 420 430 440 450
410 420
pF1KB7 FQPECSMKLTPLVLEVFGNEIS
..: :::. :.::
CCDS29 IHPFA----TPLMQELFGITGS
460 470
>>CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3 (397 aa)
initn: 882 init1: 297 opt: 534 Z-score: 558.3 bits: 112.3 E(32554): 8.9e-25
Smith-Waterman score: 976; 40.8% identity (67.1% similar) in 407 aa overlap (21-423:38-393)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MEAMAASTSLPDPGDFDRNVPRICGVCGDRATGFHFNAMTCEGCKGFFRR
:.:: ::::.:::.:::.::::::::::::
CCDS54 SWNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB7 SMKRKALFTCPF-NGDCRITKDNRRHCQACRLKRCVDIGMMKEFILTDEEVQRKREMILK
.:::.: . ::: .: :.::. .::.::::::..:.. :: ::.:..:: :...: .: .
CCDS54 AMKRNARLRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIKR
70 80 90 100 110 120
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CCDS44 QVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCG--PLRYTIED
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CCDS44 EICS
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CCDS41 -----------------------------------PTLA---PVLPLVTHFADINTFMVL
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CCDS41 QVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCG--PLRYTIED
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CCDS41 EICS
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pF1KB7 RP-KLSEEQQRIIAILLDAHHKTYDPTYSDFCQFRPPVRVNDGGGSHPSRPNSRHTPSFS
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CCDS44 -PVQLSKEQEELIRTLLGAHTRHMGTMFEQFVQFRPPAHLF----IH-------HQPL--
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pF1KB7 GDSSSSCSDHCITSSDMMDSSSFSNLDLSEEDSDDPSVTLELSQLSMLPHLADLVSYSIQ
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CCDS44 -----------------------------------PTLA---PVLPLVTHFADINTFMVL
150 160 170
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pF1KB7 KVIGFAKMIPGFRDLTSEDQIVLLKSSAIEVIMLRSNESFTMDDMSWTCGNQDYKYRVSD
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CCDS44 QVIKFTKDLPVFRSLPIEDQISLLKGAAVEICHIVLNTTFCLQTQNFLCG--PLRYTIED
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pF1KB7 VTKAGHSLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSP-----DRPGVQDAALIEA
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CCDS44 GARVGFQVEFLELLFHFHGTLRKLQLQEPEYVLLAAMALFSPAPYLTDRPGVTQRDEIDQ
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pF1KB7 IQDRLSNTLQTYIRC--RHP---PPGSHLLY--AKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRCLSFQ
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CCDS44 LQEEMALTLQSYIKGQQRRPRDRSPGTPWIHWSGKMLGPKIGPGSKGAQWLQ
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410 420
pF1KB7 PECSMKLTPLVLEVFGNEIS
427 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 09:15:22 2016 done: Fri Nov 4 09:15:22 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]