Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4062
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4062, 175 aa
1>>>pF1KB4062 175 - 175 aa - 175 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6612+/-0.000953; mu= 10.6781+/- 0.058
mean_var=82.3640+/-18.967, 0's: 0 Z-trim(105.6): 158 B-trim: 589 in 2/49
Lambda= 0.141321
statistics sampled from 8310 (8506) to 8310 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16
Scan time: 1.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 ( 175) 1173 248.7 1.4e-66
CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 ( 181) 860 184.9 2.3e-47
CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 ( 181) 856 184.1 4e-47
CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 ( 180) 809 174.5 3.1e-44
CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 ( 180) 797 172.0 1.7e-43
CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 181) 668 145.7 1.4e-35
CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 574) 632 138.7 5.7e-33
CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 569) 567 125.5 5.5e-29
CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 ( 192) 558 123.3 8.2e-29
CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10 ( 179) 552 122.1 1.8e-28
CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 ( 179) 550 121.7 2.4e-28
CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 546) 540 120.0 2.4e-27
CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 184) 528 117.2 5.5e-27
CCDS2512.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 192) 527 117.0 6.6e-27
CCDS63169.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 201) 527 117.0 6.8e-27
CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10 ( 182) 514 114.3 3.9e-26
CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7 ( 200) 504 112.3 1.7e-25
CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17 ( 179) 480 107.4 4.8e-24
CCDS73510.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 135) 478 106.9 5e-24
CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13 ( 196) 471 105.6 1.8e-23
CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17 ( 201) 452 101.7 2.7e-22
CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3 ( 186) 448 100.9 4.5e-22
CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2 ( 142) 444 100.0 6.4e-22
CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3 ( 186) 418 94.8 3.1e-20
CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1 ( 186) 402 91.5 3e-19
CCDS74086.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17 ( 88) 361 82.9 5.4e-17
CCDS74087.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17 ( 141) 361 83.1 7.9e-17
CCDS58557.1 ARL17B gene_id:100506084|Hs108|chr17 ( 177) 361 83.1 9.5e-17
CCDS45718.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17 ( 177) 361 83.1 9.5e-17
CCDS45717.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17 ( 125) 355 81.8 1.7e-16
CCDS54137.1 ARL17B gene_id:100506084|Hs108|chr17 ( 125) 355 81.8 1.7e-16
CCDS82144.1 ARL17B gene_id:100506084|Hs108|chr17 ( 95) 353 81.3 1.8e-16
CCDS82146.1 ARL17A gene_id:51326|Hs108|chr17 ( 95) 353 81.3 1.8e-16
CCDS13533.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 201) 357 82.4 1.8e-16
CCDS55770.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 157) 352 81.3 3.1e-16
CCDS54850.1 ARL15 gene_id:54622|Hs108|chr5 ( 204) 337 78.3 3.2e-15
CCDS4177.1 SAR1B gene_id:51128|Hs108|chr5 ( 198) 320 74.8 3.4e-14
CCDS46630.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 173) 317 74.2 4.7e-14
CCDS7298.1 SAR1A gene_id:56681|Hs108|chr10 ( 198) 316 74.0 6e-14
CCDS4400.1 ARL10 gene_id:285598|Hs108|chr5 ( 244) 313 73.4 1.1e-13
CCDS68172.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20 ( 154) 292 69.0 1.5e-12
CCDS73004.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1 ( 147) 288 68.2 2.5e-12
CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3 ( 428) 294 69.7 2.5e-12
>>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 (175 aa)
initn: 1173 init1: 1173 opt: 1173 Z-score: 1309.0 bits: 248.7 E(32554): 1.4e-66
Smith-Waterman score: 1173; 100.0% identity (100.0% similar) in 175 aa overlap (1-175:1-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNVKFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNVKFN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 VWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAIILIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 VWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAIILIF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB4 ANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 ANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
130 140 150 160 170
>>CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 (181 aa)
initn: 897 init1: 836 opt: 860 Z-score: 963.9 bits: 184.9 E(32554): 2.3e-47
Smith-Waterman score: 860; 69.5% identity (90.2% similar) in 174 aa overlap (2-175:6-179)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
:..:....:.:::::::.:::::::::::::::::. ::::::.::::::: :::
CCDS87 MGNIFGNLLKSLIGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
..:.:::::::::::::::::. .::::::::: ::.:..:::.:: :.. . :.:::.
CCDS87 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
.:.::::::::.::. :: .:::: .: ::::.: .:::::::::::: ::... :.
CCDS87 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLANQLKNK
130 140 150 160 170 180
CCDS87 K
>>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 (181 aa)
initn: 876 init1: 851 opt: 856 Z-score: 959.5 bits: 184.1 E(32554): 4e-47
Smith-Waterman score: 856; 67.6% identity (88.3% similar) in 179 aa overlap (1-175:1-179)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGKVLSKIF----GNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
::......: :.:::::::.:::::::::::::::::. ::::::.::::::: :::
CCDS15 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
..:.:::::::::::::::::. .::::::::: ::.:..:::.:: :.. . :.:::.
CCDS15 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
.:.::::::::.::. :: .:::: .: ::::.: .:::::::::::: ::... ..
CCDS15 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQ
130 140 150 160 170 180
CCDS15 K
>>CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 (180 aa)
initn: 840 init1: 799 opt: 809 Z-score: 907.7 bits: 174.5 E(32554): 3.1e-44
Smith-Waterman score: 809; 67.1% identity (90.4% similar) in 167 aa overlap (4-170:8-174)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
..:.:::.:.:::::.:::::::::::::::::. ::::::.::::::: :::
CCDS34 MGLTVSALFSRIFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
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CCDS34 ICFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVQESADELQKMLQEDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
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CCDS34 LLVFANKQDMPNAMPVSELTDKLGLQHLRSRTWYVQATCATQGTGLYDGLDWLSHELSKR
130 140 150 160 170 180
>>CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 (180 aa)
initn: 825 init1: 783 opt: 797 Z-score: 894.5 bits: 172.0 E(32554): 1.7e-43
Smith-Waterman score: 797; 65.5% identity (88.9% similar) in 171 aa overlap (1-171:5-175)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
.....:..::.:.:::::.:::::::::::::::::. ::::::.::::::: :::
CCDS28 MGLTISSLFSRLFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
. :.::::::::.:::::.::. .::::::::: ::.::.:. .::.... :.:::.
CCDS28 ICFTVWDVGGQDRIRPLWKHYFQNTQGLIFVVDSNDRERIQEVADELQKMLLVDELRDAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
.:.::::::::.:: :. .:::: .:.:.:::: .:::.: :::::: ::..
CCDS28 LLLFANKQDLPNAMAISEMTDKLGLQSLRNRTWYVQATCATQGTGLYEGLDWLSNELSKR
130 140 150 160 170 180
>>CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 (181 aa)
initn: 668 init1: 668 opt: 668 Z-score: 752.3 bits: 145.7 E(32554): 1.4e-35
Smith-Waterman score: 668; 55.2% identity (84.3% similar) in 172 aa overlap (4-175:8-179)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKN
..:..::..:::::.::::.::::::::.:..:. ::::::.:::::::::::
CCDS44 MGGFFSSIFSSLFGTREMRILILGLDGAGKTTILYRLQVGEVVTTIPTIGFNVETVTYKN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 VKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAI
.::.:::.::: .::: :: ::..:...:.::: ::::: ...:: .....:.: ::
CCDS44 LKFQVWDLGGQTSIRPYWRCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRIGISKSELVAMLEEEELRKAI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 ILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
...::::::. .:: :. ..::: ..::.: . . ::.: :: :.. ::. . ::
CCDS44 LVVFANKQDMEQAMTSSEMANSLGLPALKDRKWQIFKTSATKGTGLDEAMEWLVETLKSR
130 140 150 160 170 180
CCDS44 Q
>>CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 (574 aa)
initn: 639 init1: 521 opt: 632 Z-score: 705.5 bits: 138.7 E(32554): 5.7e-33
Smith-Waterman score: 632; 57.2% identity (83.0% similar) in 159 aa overlap (13-170:404-562)
10 20 30 40
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTI
:.:.. ::::.:::::::.::: . . :
CCDS39 FTEVADHIQLDASIPVTFTKDNRVHIGPKMEIRVVTLGLDGAGKTTILFKLKQDEFMQPI
380 390 400 410 420 430
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 PTVGFNVETVTYKNVKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQE
::.::::::: :::.::..:::::. :.::::.::: .::...:::: . ::::.::..:
CCDS39 PTIGFNVETVEYKNLKFTIWDVGGKHKLRPLWKHYYLNTQAVVFVVDSSHRDRISEAHSE
440 450 460 470 480 490
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 LHRIINDREMRDAIILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIR-DRNWYVQPSCATSGDG
: ......:.:::..::::::::. :.. .:: : :.: .. :.::.: : :: :
CCDS39 LAKLLTEKELRDALLLIFANKQDVAGALSVEEITELLSLHKLCCGRSWYIQGCDARSGMG
500 510 520 530 540 550
170
pF1KB4 LYEGLTWLTSNYKS
::::: ::.
CCDS39 LYEGLDWLSRQLVAAGVLDVA
560 570
>>CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 (569 aa)
initn: 572 init1: 521 opt: 567 Z-score: 633.9 bits: 125.5 E(32554): 5.5e-29
Smith-Waterman score: 567; 55.8% identity (83.0% similar) in 147 aa overlap (13-158:404-550)
10 20 30 40
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTI
:.:.. ::::.:::::::.::: . . :
CCDS43 FTEVADHIQLDASIPVTFTKDNRVHIGPKMEIRVVTLGLDGAGKTTILFKLKQDEFMQPI
380 390 400 410 420 430
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 PTVGFNVETVTYKNVKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQE
::.::::::: :::.::..:::::. :.::::.::: .::...:::: . ::::.::..:
CCDS43 PTIGFNVETVEYKNLKFTIWDVGGKHKLRPLWKHYYLNTQAVVFVVDSSHRDRISEAHSE
440 450 460 470 480 490
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 LHRIINDREMRDAIILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIR-DRNWYVQPSCATSGDG
: ......:.:::..::::::::. :.. .:: : :.: .. :.::.: : :
CCDS43 LAKLLTEKELRDALLLIFANKQDVAGALSVEEITELLSLHKLCCGRSWYIQGCDARSVFQ
500 510 520 530 540 550
170
pF1KB4 LYEGLTWLTSNYKS
CCDS43 IICDQYTGKEVVTEKG
560
>>CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 (192 aa)
initn: 545 init1: 243 opt: 558 Z-score: 630.7 bits: 123.3 E(32554): 8.2e-29
Smith-Waterman score: 558; 44.1% identity (81.9% similar) in 177 aa overlap (1-175:1-177)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTY-KNVKF
::.. :: .:. ..:.::::.:::.:.::::::....:::::.::::: . .:...
CCDS31 MGSLGSKNPQTKQAQVLLLGLDSAGKSTLLYKLKLAKDITTIPTIGFNVEMIELERNLSL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 NVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAIILI
.:::::::.:.: .: : .:.::..::: .:..:..:.......:......... ...
CCDS31 TVWDVGGQEKMRTVWGCYCENTDGLVYVVDSTDKQRLEESQRQFEHILKNEHIKNVPVVL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 FANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRI-RDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
.:::::.: :. ..: . . . .. :::::::: :: .:.:: .:. ::. ::
CCDS31 LANKQDMPGALTAEDITRMFKVKKLCSDRNWYVQPCCALTGEGLAQGFRKLTGFVKSHMK
130 140 150 160 170 180
CCDS31 SRGDTLAFFKQN
190
>>CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10 (179 aa)
initn: 545 init1: 545 opt: 552 Z-score: 624.6 bits: 122.1 E(32554): 1.8e-28
Smith-Waterman score: 552; 44.3% identity (75.3% similar) in 174 aa overlap (1-171:1-174)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGKVLSKI---FGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNV
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