Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA0012
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0012, 786 aa
1>>>pF1KA0012 786 - 786 aa - 786 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7343+/-0.00139; mu= 13.2556+/- 0.082
mean_var=118.1403+/-25.737, 0's: 0 Z-trim(100.9): 132 B-trim: 297 in 2/49
Lambda= 0.117998
statistics sampled from 6164 (6301) to 6164 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.531), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16
Scan time: 3.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33973.1 TLR1 gene_id:7096|Hs108|chr4 ( 786) 5165 891.8 0
CCDS3446.1 TLR6 gene_id:10333|Hs108|chr4 ( 796) 3630 630.5 3.2e-180
CCDS3445.1 TLR10 gene_id:81793|Hs108|chr4 ( 811) 2509 439.7 9.2e-123
CCDS3784.1 TLR2 gene_id:7097|Hs108|chr4 ( 784) 1183 213.9 8e-55
CCDS14152.1 TLR8 gene_id:51311|Hs108|chrX (1041) 514 100.1 1.9e-20
CCDS14153.1 TLR8 gene_id:51311|Hs108|chrX (1059) 514 100.1 2e-20
CCDS31033.1 TLR5 gene_id:7100|Hs108|chr1 ( 858) 454 89.9 2e-17
CCDS6818.1 TLR4 gene_id:7099|Hs108|chr9 ( 839) 410 82.4 3.5e-15
CCDS14151.1 TLR7 gene_id:51284|Hs108|chrX (1049) 406 81.7 6.6e-15
CCDS2848.1 TLR9 gene_id:54106|Hs108|chr3 (1032) 369 75.4 5.2e-13
>>CCDS33973.1 TLR1 gene_id:7096|Hs108|chr4 (786 aa)
initn: 5165 init1: 5165 opt: 5165 Z-score: 4761.2 bits: 891.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5165; 99.9% identity (99.9% similar) in 786 aa overlap (1-786:1-786)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNISQNYISEL
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CCDS33 MTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNISQNYISEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 WTSDILSLSKLRILIISHNTIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISCHPTVNLKHLD
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CCDS33 WTSDILSLSKLRILIISHNRIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISCHPTVNLKHLD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 LSFNAFDALPICKEFGNMSQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLNISKVLLVLGETYGEKED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LSFNAFDALPICKEFGNMSQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLNISKVLLVLGETYGEKED
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 PEGLQDFNTESLHIVFPTNKEFHFILDVSVKTVANLELSNIKCVLEDNKCSYFLSILAKL
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CCDS33 PEGLQDFNTESLHIVFPTNKEFHFILDVSVKTVANLELSNIKCVLEDNKCSYFLSILAKL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 QTNPKLSNLTLNNIETTWNSFIRILQLVWHTTVWYFSISNVKLQGQLDFRDFDYSGTSLK
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CCDS33 QTNPKLSNLTLNNIETTWNSFIRILQLVWHTTVWYFSISNVKLQGQLDFRDFDYSGTSLK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHMLCPSKISPFLHLDFSNNLL
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CCDS33 ALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHMLCPSKISPFLHLDFSNNLL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 TDTVFENCGHLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSYDEKKGDCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TDTVFENCGHLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSYDEKKGDCS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 WTKSLLSLNMSSNILTDTIFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSIPKQVVKLEALQELNVAFNSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 WTKSLLSLNMSSNILTDTIFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSIPKQVVKLEALQELNVAFNSL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 TDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELGEFVKNID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELGEFVKNID
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 QVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGTLLKDFHMSELSCNITLLIVTIVATMLVLAVTVTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGTLLKDFHMSELSCNITLLIVTIVATMLVLAVTVTSL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 CSYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVKNELLPNLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 CSYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVKNELLPNLE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 KEGMQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KEGMQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 EGSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWANLRAAINIKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EGSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWANLRAAINIKL
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 TEQAKK
::::::
CCDS33 TEQAKK
>>CCDS3446.1 TLR6 gene_id:10333|Hs108|chr4 (796 aa)
initn: 3630 init1: 2821 opt: 3630 Z-score: 3348.9 bits: 630.5 E(32554): 3.2e-180
Smith-Waterman score: 3630; 69.4% identity (88.0% similar) in 777 aa overlap (5-781:12-786)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNIS
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CCDS34 MTKDKEPIVKSFHFVCLMIIIVGTRIQFSDGNEFAVDKSKRGLIHVPKDLPLKTKVLDMS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 QNYISELWTSDILSLSKLRILIISHNTIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISCHPT
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CCDS34 QNYIAELQVSDMSFLSELTVLRLSHNRIQLLDLSVFKFNQDLEYLDLSHNQLQKISCHPI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 VNLKHLDLSFNAFDALPICKEFGNMSQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLNISKVLLVLGE
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CCDS34 VSFRHLDLSFNDFKALPICKEFGNLSQLNFLGLSAMKLQKLDLLPIAHLHLSYILLDLRN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 TYGEKEDPEGLQDFNTESLHIVFPTNKEFHFILDVSVKTVANLELSNIKCVLEDNKCSYF
: .... :.:: .:...::.:: .. : . ...::.:.. :.:.::: :.:..:. :
CCDS34 YYIKENETESLQILNAKTLHLVFHPTSLFAIQVNISVNTLGCLQLTNIK--LNDDNCQVF
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 LSILAKLQTNPKLSNLTLNNIETTWNSFIRILQLVWHTTVWYFSISNVKLQGQLDFRDFD
...:..: . : :.:::.:::::. ..:..:..: : :..: :. . .. .::
CCDS34 IKFLSELTRGSTLLNFTLNHIETTWKCLVRVFQFLWPKPVEYLNIYNLTIIESIREEDFT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 YSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHMLCPSKISPFLHL
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CCDS34 YSKTTLKALTIEHITNQVFLFSQTALYTVFSEMNIMMLTISDTPFIHMLCPHAPSTFKFL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 DFSNNLLTDTVFENCGHLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSYD
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CCDS34 NFTQNVFTDSIFEKCSTLVKLETLILQKNGLKDLFKVGLMTKDMPSLEILDVSWNSLESG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 EKKGDCSWTKSLLSLNMSSNILTDTIFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSIPKQVVKLEALQEL
..: .:.:..:.. ::.:::.:::..::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS34 RHKENCTWVESIVVLNLSSNMLTDSVFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSVPKQVVKLEALQEL
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 NVAFNSLTDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELG
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CCDS34 NVAFNSLTDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCELR
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 EFVKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGTLLKDFHMSELSCNITLLIVTIVATMLVL
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CCDS34 EFVKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGSPLKDFHMSELSCNITLLIVTIGATMLVL
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 AVTVTSLCSYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVKN
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::: :::.
CCDS34 AVTVTSLCIYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSEHDSAWVKS
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 ELLPNLEKEGMQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYF
::.: :::: .::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ELVPYLEKEDIQICLHERNFVPGKSIVENIINCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYF
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 AHHNLFHEGSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWANLR
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CCDS34 AHHNLFHEGSNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIR
720 730 740 750 760 770
780
pF1KA0 AAINIKLTEQAKK
::.:.:::
CCDS34 AAFNMKLTLVTENNDVKS
780 790
>>CCDS3445.1 TLR10 gene_id:81793|Hs108|chr4 (811 aa)
initn: 2473 init1: 604 opt: 2509 Z-score: 2317.5 bits: 439.7 E(32554): 9.2e-123
Smith-Waterman score: 2509; 49.6% identity (77.1% similar) in 787 aa overlap (1-780:4-779)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNISQNYI
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CCDS34 MRLIRNIYIFCSIVMTAEGDAPELPEERELMTNCSNMSLRKVPADLTPATTTLDLSYNLL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 SELWTSDILSLSKLRILIISHNTIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISCHPTVNLK
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CCDS34 FQLQSSDFHSVSKLRVLILCHNRIQQLDLKTFEFNKELRYLDLSNNRLKSVTWYLLAGLR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 HLDLSFNAFDALPICKEFGNMSQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLNISKVLLVLGETYGE
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CCDS34 YLDLSFNDFDTMPICEEAGNMSHLEILGLSGAKIQKSDFQKIAHLHLNTVF--LGFRTLP
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 KEDPEGLQDFNTESLHIVFPTNKEFHFILDVSVKTVANLELSNIKCVLEDNKCSYFLSIL
. . .: .:: .::::.: . .: .: ..:: ::..:: :.: : :.:
CCDS34 HYEEGSLPILNTTKLHIVLPMDTNFWVLLRDGIKTSKILEMTNI-----DGK-SQFVSYE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 AKLQT---NPKLSNLTLNNIETTWNSFIRILQLVWHTTVWYFSISNVKLQGQ--LDFRDF
. . : : : : ::... :.... :::.::::.: .:.: :: . :. :: .:
CCDS34 MQRNLSLENAKTSVLLLNKVDLLWDDLFLILQFVWHTSVEHFQIRNVTFGGKAYLDHNSF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 DYSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHMLCPSKISPFLH
:::.: ........: :: . :. :: ....:.:.:.:.:...: ::: :. . : .
CCDS34 DYSNTVMRTIKLEHVHFRVFYIQQDKIYLLLTKMDIENLTISNAQMPHMLFPNYPTKFQY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 LDFSNNLLTDTVFENCGHLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSY
:.:.::.::: .:. .: .:.::::. :.:. :: .. .... :..::.::: ...
CCDS34 LNFANNILTDELFKRTIQLPHLKTLILNGNKLETLSLVSCFANNTP-LEHLDLSQNLLQH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 DEKKGDCSWTKSLLSLNMSSNILTDTIFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSIPKQVVKLEALQE
. . .::: ......:.: : :.:..::::: :..:::..:.:...::....: ::.:
CCDS34 KNDE-NCSWPETVVNMNLSYNKLSDSVFRCLPKSIQILDLNNNQIQTVPKETIHLMALRE
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 LNVAFNSLTDLPGCGSFSSLSVLIIDHNSVSHPSADFFQSCQKMRSIKAGDNPFQCTCEL
::.::: :::::::. :: :::: :. : . :: :: ::::......:: :::.:::::
CCDS34 LNIAFNFLTDLPGCSHFSRLSVLNIEMNFILSPSLDFVQSCQEVKTLNAGRNPFRCTCEL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 GEFVKNIDQVSSEVLEGWPDSYKCDYPESYRGTLLKDFHMSELSCNITLLIVTIVATMLV
.:.. .. : .. :: ::: :.:: . ::: ::: :. ::::: .:::::::. :::
CCDS34 KNFIQ-LETYSEVMMVGWSDSYTCEYPLNLRGTRLKDVHLHELSCNTALLIVTIVVIMLV
540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 LAVTVTSLCSYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVK
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CCDS34 LGLAVAFCCLHFDLPWYLRMLGQCTQTWHRVRKTTQEQLKRNVRFHAFISYSEHDSLWVK
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 NELLPNLEKE--GMQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYE
:::.:::::: .. :::.: : ::::: :::.. :::::::::::::::::.::::::
CCDS34 NELIPNLEKEDGSILICLYESYFDPGKSISENIVSFIEKSYKSIFVLSPNFVQNEWCHYE
650 660 670 680 690 700
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 LYFAHHNLFHEGSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWA
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CCDS34 FYFAHHNLFHENSDHIILILLEPIPFYCIPTRYHKLKALLEKKAYLEWPKDRRKCGLFWA
710 720 730 740 750 760
780
pF1KA0 NLRAAINIKLTEQAKK
:::::::...
CCDS34 NLRAAINVNVLATREMYELQTFTELNEESRGSTISLMRTDCL
770 780 790 800 810
>>CCDS3784.1 TLR2 gene_id:7097|Hs108|chr4 (784 aa)
initn: 975 init1: 467 opt: 1183 Z-score: 1097.7 bits: 213.9 E(32554): 8e-55
Smith-Waterman score: 1249; 30.2% identity (65.3% similar) in 775 aa overlap (21-776:28-782)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNIS
:: . . . :...: .:. :.. . :..:
CCDS37 MPHTLWMVWVLGVIISLSKEESSNQASLSCDRNGICKGSSGSLNSIPSGLTEAVKSLDLS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 QNYISELWTSDILSLSKLRILIISHNTIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISC---
.: :. . .::. .:. :... : :. .. . :. ::.::::.: : ..:
CCDS37 NNRITYISNSDLQRCVNLQALVLTSNGINTIEEDSFSSLGSLEHLDLSYNYLSNLSSSWF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KA0 HPTVNLKHLDLSFNAFDALPICKEFGNMSQLKFLGLSTTH-LEKSSVLPIAHLNISKVLL
.: .: :.: : . .: . :.....:..: ... . : . .: :.. . :
CCDS37 KPLSSLTFLNLLGNPYKTLGETSLFSHLTKLQILRVGNMDTFTKIQRKDFAGLTFLEELE
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 VLGETYGEKEDPEGLQDFNTESLHIVFPTNKEFHFILDVSVKTVANLELSNIKCV-LEDN
. . .. .:..:..... : :... :. ..:.. : .. :...:. :.:.
CCDS37 I-DASDLQSYEPKSLKSIQNVS-HLILHM-KQHILLLEIFVDVT-----SSVECLELRDT
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KA0 KCSYF-LSILAKLQTNPKLSNLTLNNIETTWNSFIRILQLVWHTT-VWYFSISNVKLQGQ
. : .: :. .:: ....:. :.. : .:......:. . . . . ... :.:
CCDS37 DLDTFHFSELSTGETNSLIKKFTFRNVKITDESLFQVMKLLNQISGLLELEFDDCTLNGV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 LDFRDFDYSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNM-----NIKNFTVSGTRMVHM
.:: : . . ... .. . .:. :.. .:.. .: .:: .... .
CCDS37 GNFRASD-NDRVIDPGKVETLTIRRLHIPRFYLFYDLSTLYSLTERVKRITVENSKVFLV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KA0 LC--PSKISPFLHLDFSNNLLTDTVFEN--C-GHLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQ
: .... . .::.:.::... ..: : :.::::..:.: : : .:
CCDS37 PCLLSQHLKSLEYLDLSENLMVEEYLKNSACEDAWPSLQTLILRQNHLASLEKTGETLLT
360 370 380 390 400 410
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CCDS37 LKNLTNIDISKNS--FHSMPETCQWPEKMKYLNLSSTRI-HSVTGCIPKTLEILDVSNNN
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CCDS37 LNLFS---LNLPQLKELYISRNKLMTLPDASLLPMLLVLKISRNAITTFSKEQLDSFHTL
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CCDS37 FVLSENFVKSEWCKYELDFSHFRLFDENNDAAILILLEPIEKKAIPQRFCKLRKIMNTKT
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CCDS37 YLEWPMDEAQREGFWVNLRAAIKS
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:: :....:.: . : ::...:::..::. . .. . . :. : ..
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CCDS14 SVTDWVINELRYHLEESRDKNVLLCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTKKYA
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CCDS14 KAEGLFWQTLR---NVVLTENDSRYNNMYVDSIKQY
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CCDS31 SLKSIDFSSNQI--FLVCEHELEPLQGKTLSFFSLAANSLYSRVSVDWGKCMNPFRNMVL
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CCDS31 EILDVSGNGWTVDITGNFSNAISKSQAFSLILAHHIMGAGFGFHNIKDPDQNTFAGLARS
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.: .: :.: .: :. .. ..... . ... :. .... ... .. ..
CCDS31 LS-YNLLGELYSSNF-YGLPKVAYIDLQK---NHIAIIQDQTFKFLEKLQTLDLRDNALT
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:: : ..:: : : . :: .: .. :.: .: .:. : ...:
CCDS31 PHLQILILNQNRFSSCSGDQTPSENPSLEQLFLGENMLQLAWETELCWDVFEGLS-HLQV
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CCDS31 LYLNHNYLNSLPPGVFSHLTALRGLSLNSNRLTVLSHNDLPANLEILDISRNQLLAPNPD
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CCDS31 VFVS---LSVLDITHNKFICECELSTFINWLNH-TNVTIAGPPADIYCVYPDSFSGVSL-
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: .: .:. .. .. ..... .::.: : . : . . . ..: : : .
CCDS31 -FSLSTEGCDEEEVLKSLKFSLFIVCTVTLTLFLMTILTVTKFRGFCFICYKTAQRLVFK
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. : .. :.. .:..: ::.: :: .:. .. ...:..::.::::..
CCDS31 DHPQGTEPDMYKYDAYLCFSSKDFTWVQNALLKHLDTQYSDQNRFNLCFEERDFVPGENR
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CCDS31 IANIQDAIWNSRKIVCLVSRHFLRDGWCLEAFSYAQGRCLSDLNSALIMVVVGSLSQYQL
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pF1KA0 PSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWANLRAAINIKLTEQAKK
......... .. ::.::.. . : : .: : : :. :
CCDS31 -MKHQSIRGFVQKQQYLRWPEDLQDVGWFLHKLSQQILKKEKEKKKDNNIPLQTVATIS
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CCDS68 LPFSTKNLDLSFNPLRHLGSYSFFSFPELQVLDLSRCEIQTIEDGAYQSLSHLSTLILTG
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: :: : ...:. . :. : ...:... : .:: .:... : .... . . :
CCDS68 NPIQSLALGAFSGLSSLQKLVAVETNLASLENFPIGHLKTLKELNVAHNLIQSFKLPEYF
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CCDS68 SNLTNLEHLDLSSNKIQS---IYCTDLRVLHQMPLLNLSLDLSLNPMNFIQPGAFKEIRL
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CCDS68 HKLTLRNNFDSLNVMKTCIQGLAGLEVHRL--VLGEFRNEGNLEKFDKSALEGL-CNLTI
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CCDS68 EEFRLAYLDYYLDDIIDLFNCL--TNVSSFSLVSVTIERVKDFSYNFGWQHLELVNCKFG
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pF1KA0 QVVS------DVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFT---VSGTRMVHMLCPSK----ISPFLH
: . . : .. . ::.... .. .: . . : :. . . .
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420 430 440 450 460
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... : . .:: :.:..: . .. :: : . ::: . ..... :
CCDS68 AFN---GIFNGLSSLEVLKMAGNSFQENFLPDIFTELR-NLTFLDLSQCQLEQLSPTAFN
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530 540 550 560 570 580
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.: : :::: :.. : . . ..: . ..: : . .: : :: :::
CCDS68 LTQNDFACTCEHQSFLQWIKDQRQLLVE--VERMECATPSDKQG-------MPVLSLNIT
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CCDS68 CQMNKTIIGVSVLSVLVVSVVAVLVYKFYFHLMLLAGCIKYGRGENI----------YDA
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CCDS68 FVIYSSQDEDWVRNELVKNLE-EGVPPFQLCLHYRDFIPGVAIAANIIHEGFHKSRKVIV
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:.: .:.::.:: .: .:. : . ..:.:.:. . . .. . .: :..: ::
CCDS68 VVSQHFIQSRWCIFEYEIAQTWQFLSSRAGIIFIVLQKVEK-TLLRQQVELYRLLSRNTY
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760 770 780
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CCDS68 LEWEDSVLGRHIFWRRLRKALLDGKSWNPEGTVGTGCNWQEATSI
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: :: .. . .. .. .. ... . . :.. ...: : .: .. .:
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. : ...::. . . : :...:. .:::::: :: .:.::. : .::.: .
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CCDS14 LDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNNLKMLLLHHNRFLCTCDAVWFVWWVNHTEVTIPYLATD
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. :. .. . : : . . . ::: :. .: . :: ::. .:: ..
CCDS14 IYHFCK-AKIKGYQRLI-----SPDCCYDAFIVYDTKDPAVTEWVLAELVAKLEDPREKH
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pF1KA0 MQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHEGS
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CCDS14 FNLCLEERDWLPGQPVLENLSQSIQLSKKTVFVMTDKYAKTENFKIAFYLSHQRLMDEKV
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pF1KA0 AKK
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CCDS28 GNLRVLDLSENFLYKCITKTKAFQGLTQLRKLNLSFNYQKRVSFAHLSLAPSFGSLVALK
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CCDS28 ELDMHGIFFRSLDETTLRPLARLPMLQTLR-LQMNFINQAQLGIFRAF--PGLRYVDLSD
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CCDS28 NRISGASELTA-TMGEADGGEKVWLQPGDLAPAPVDTPSSEDFRPNCSTLNFT-LDLSRN
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CCDS28 NLVTVQPEMFAQLSHLQCLRLSHNCISQAVNGSQF-LPLTGLQVLDLSHNKLDLYHEHSF
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CCDS28 TELPRLEALDLSYNSQPFGMQGVGHNFSFV-AHLRTLRHLSLAHNNIHSQVSQQLCS--T
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CCDS28 RLRDNYLAFFKWWSLHFLPKLEVLDLAGNQLKALTNGSLPAGTRLRRLDVSCNSISFVAP
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.: :.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]