Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7011
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7011, 1045 aa
1>>>pF1KB7011 1045 - 1045 aa - 1045 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4144+/-0.00108; mu= 2.7971+/- 0.065
mean_var=202.0470+/-40.488, 0's: 0 Z-trim(110.6): 122 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.090229
statistics sampled from 11622 (11745) to 11622 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16
Scan time: 4.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9487.1 FARP1 gene_id:10160|Hs108|chr13 (1045) 6988 923.1 0
CCDS66572.1 FARP1 gene_id:10160|Hs108|chr13 (1076) 5080 674.8 2.7e-193
CCDS33424.1 FARP2 gene_id:9855|Hs108|chr2 (1054) 3387 454.4 5.9e-127
CCDS63197.1 FARP2 gene_id:9855|Hs108|chr2 ( 647) 1729 238.4 3.7e-62
CCDS63198.1 FARP2 gene_id:9855|Hs108|chr2 ( 638) 1725 237.9 5.2e-62
CCDS35397.1 FRMD7 gene_id:90167|Hs108|chrX ( 714) 1459 203.3 1.5e-51
CCDS78504.1 FRMD7 gene_id:90167|Hs108|chrX ( 699) 1134 161.0 8.1e-39
CCDS11838.1 EPB41L3 gene_id:23136|Hs108|chr18 (1087) 949 137.0 2.1e-31
CCDS62381.1 EPB41L3 gene_id:23136|Hs108|chr18 ( 865) 940 135.8 3.9e-31
CCDS62382.1 EPB41L3 gene_id:23136|Hs108|chr18 ( 883) 940 135.8 3.9e-31
CCDS82237.1 EPB41L3 gene_id:23136|Hs108|chr18 ( 918) 940 135.8 4.1e-31
CCDS82236.1 EPB41L3 gene_id:23136|Hs108|chr18 ( 756) 938 135.5 4.1e-31
CCDS47474.1 EPB41L2 gene_id:2037|Hs108|chr6 ( 673) 929 134.3 8.5e-31
CCDS59037.1 EPB41L2 gene_id:2037|Hs108|chr6 ( 747) 928 134.2 1e-30
CCDS56450.1 EPB41L2 gene_id:2037|Hs108|chr6 ( 852) 929 134.4 1e-30
CCDS5141.1 EPB41L2 gene_id:2037|Hs108|chr6 (1005) 928 134.3 1.3e-30
CCDS58770.1 EPB41L1 gene_id:2036|Hs108|chr20 ( 701) 919 133.0 2.2e-30
CCDS53289.1 EPB41 gene_id:2035|Hs108|chr1 ( 720) 912 132.1 4.2e-30
CCDS2129.1 PTPN4 gene_id:5775|Hs108|chr2 ( 926) 913 132.3 4.7e-30
CCDS53288.1 EPB41 gene_id:2035|Hs108|chr1 ( 864) 912 132.2 4.8e-30
CCDS13272.1 EPB41L1 gene_id:2036|Hs108|chr20 ( 779) 909 131.7 5.8e-30
CCDS331.1 EPB41 gene_id:2035|Hs108|chr1 ( 588) 897 130.1 1.4e-29
CCDS58771.1 EPB41L1 gene_id:2036|Hs108|chr20 ( 880) 900 130.6 1.5e-29
CCDS13271.1 EPB41L1 gene_id:2036|Hs108|chr20 ( 881) 900 130.6 1.5e-29
CCDS332.1 EPB41 gene_id:2035|Hs108|chr1 ( 641) 897 130.1 1.5e-29
CCDS54392.1 EPB41L5 gene_id:57669|Hs108|chr2 ( 505) 819 119.9 1.4e-26
CCDS54393.1 EPB41L5 gene_id:57669|Hs108|chr2 ( 687) 808 118.6 4.7e-26
CCDS82506.1 EPB41L5 gene_id:57669|Hs108|chr2 ( 732) 808 118.6 5e-26
CCDS2130.1 EPB41L5 gene_id:57669|Hs108|chr2 ( 733) 808 118.6 5e-26
CCDS330.1 EPB41 gene_id:2035|Hs108|chr1 ( 775) 777 114.6 8.6e-25
CCDS43860.1 EPB41L4B gene_id:54566|Hs108|chr9 ( 518) 760 112.3 2.8e-24
CCDS10107.2 FRMD5 gene_id:84978|Hs108|chr15 ( 570) 754 111.5 5.3e-24
CCDS43859.1 EPB41L4B gene_id:54566|Hs108|chr9 ( 900) 756 111.9 6.5e-24
CCDS59133.1 FRMD3 gene_id:257019|Hs108|chr9 ( 556) 734 108.9 3.1e-23
CCDS43840.1 FRMD3 gene_id:257019|Hs108|chr9 ( 597) 734 108.9 3.3e-23
CCDS75852.1 FRMD3 gene_id:257019|Hs108|chr9 ( 553) 702 104.7 5.6e-22
CCDS43350.1 EPB41L4A gene_id:64097|Hs108|chr5 ( 686) 682 102.2 4.1e-21
CCDS6776.1 PTPN3 gene_id:5774|Hs108|chr9 ( 913) 662 99.6 3.2e-20
CCDS73716.1 FRMD5 gene_id:84978|Hs108|chr15 ( 414) 549 84.7 4.4e-16
CCDS31878.1 FGD6 gene_id:55785|Hs108|chr12 (1430) 523 81.6 1.3e-14
CCDS81679.1 FGD4 gene_id:121512|Hs108|chr12 ( 673) 479 75.7 3.6e-13
CCDS8727.1 FGD4 gene_id:121512|Hs108|chr12 ( 766) 479 75.8 4.1e-13
CCDS76544.1 FGD4 gene_id:121512|Hs108|chr12 ( 851) 479 75.8 4.4e-13
CCDS76545.1 FGD4 gene_id:121512|Hs108|chr12 ( 878) 479 75.8 4.6e-13
CCDS43849.1 FGD3 gene_id:89846|Hs108|chr9 ( 725) 461 73.4 2e-12
CCDS48000.1 PTPN3 gene_id:5774|Hs108|chr9 ( 737) 433 69.8 2.5e-11
CCDS4536.1 MYLIP gene_id:29116|Hs108|chr6 ( 445) 417 67.6 6.9e-11
CCDS48001.1 PTPN3 gene_id:5774|Hs108|chr9 ( 782) 419 68.0 9.3e-11
>>CCDS9487.1 FARP1 gene_id:10160|Hs108|chr13 (1045 aa)
initn: 6988 init1: 6988 opt: 6988 Z-score: 4926.1 bits: 923.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6988; 99.9% identity (100.0% similar) in 1045 aa overlap (1-1045:1-1045)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGEIEQRPTPGSRLGAPENSGISTLERGQKPPPTPSGKLVSIKIQMLDDTQEAFEVPQRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MGEIEQRPTPGSRLGAPENSGISTLERGQKPPPTPSGKLVSIKIQMLDDTQEAFEVPQRA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PGKVLLDAVCNHLNLVEGDYFGLEFPDHKKITVWLDLLKPIVKQIRRPKHVVVKFVVKFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 PGKVLLDAVCNHLNLVEGDYFGLEFPDHKKITVWLDLLKPIVKQIRRPKHVVVKFVVKFF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PPDHTQLQEELTRYLFALQVKQDLAQGRLTCNDTSAALLISHIVQSEIGDFDEALDREHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 PPDHTQLQEELTRYLFALQVKQDLAQGRLTCNDTSAALLISHIVQSEIGDFDEALDREHL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 AKNKYIPQQDALEDKIVEFHHNHIGQTPAESDFQLLEIARRLEMYGIRLHPAKDREGTKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 AKNKYIPQQDALEDKIVEFHHNHIGQTPAESDFQLLEIARRLEMYGIRLHPAKDREGTKI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NLAVANTGILVFQGFTKINAFNWAKVRKLSFKRKRFLIKLRPDANSAYQDTLEFLMASRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 NLAVANTGILVFQGFTKINAFNWAKVRKLSFKRKRFLIKLRPDANSAYQDTLEFLMASRD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 FCKSFWKICVEHHAFFRLFEEPKPKPKPVLFSRGSSFRFSGRTQKQVLDYVKEGGHKKVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FCKSFWKICVEHHAFFRLFEEPKPKPKPVLFSRGSSFRFSGRTQKQVLDYVKEGGHKKVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 FERKHSKIHSIRSLASQPTELNSEVLEQSQQSTSLTFGEGAESPGGQSCRRGKEPKVSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 FERKHSKIHSIRSLASQPTELNSEVLEQSQQSTSLTFGEGAESPGGQSCRRGKEPKVSAG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 EPGSHPSPAPRRSPAGNKQADGAASAPTEEEEEVVKDRTQQSKPQPPQPSTGSLTGSPHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 EPGSHPSPAPRRSPAGNKQADGAASAPTEEEEEVVKDRTQQSKPQPPQPSTGSLTGSPHL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 SELSVNSQGGVAPANVTLSPNLSPDTKQASPLISPLLNDQACPRTDDEDEGRRKRFPTDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SELSVNSQGGVAPANVTLSPNLSPDTKQASPLISPLLNDQACPRTDDEDEGRRKRFPTDK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 AYFIAKEVSTTERTYLKDLEVITSWFQSTVSKEDAMPEALKSLIFPNFEPLHKFHTNFLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 AYFIAKEVSTTERTYLKDLEVITSWFQSTVSKEDAMPEALKSLIFPNFEPLHKFHTNFLK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 EIEQRLALWEGRSNAQIRDYQRIGDVMLKNIQGMKHLAAHLWKHSEALEALENGIKSSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 EIEQRLALWEGRSNAQIRDYQRIGDVMLKNIQGMKHLAAHLWKHSEALEALENGIKSSRR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 LENFCRDFELQKVCYLPLNTFLLRPLHRLMHYNQVLERLCKHHPPSHADFRDCRAALAEI
::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LENFCRDFELQKVCYLPLNTFLLRPLHRLMHYKQVLERLCKHHPPSHADFRDCRAALAEI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB7 TEMVAQLHGTMIKMENFQKLHELKKDLIGIDNLVVPGREFIRLGSLSKLSGKGLQQRMFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 TEMVAQLHGTMIKMENFQKLHELKKDLIGIDNLVVPGREFIRLGSLSKLSGKGLQQRMFF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB7 LFNDVLLYTSRGLTASNQFKVHGQLPLYGMTIEESEDEWGVPHCLTLRGQRQSIIVAASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LFNDVLLYTSRGLTASNQFKVHGQLPLYGMTIEESEDEWGVPHCLTLRGQRQSIIVAASS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB7 RSEMEKWVEDIQMAIDLAEKSSSPAPEFLASSPPDNKSPDEATAADQESEDDLSASRTSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 RSEMEKWVEDIQMAIDLAEKSSSPAPEFLASSPPDNKSPDEATAADQESEDDLSASRTSL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB7 ERQAPHRGNTMVHVCWHRNTSVSMVDFSIAVENQLSGNLLRKFKNSNGWQKLWVVFTNFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ERQAPHRGNTMVHVCWHRNTSVSMVDFSIAVENQLSGNLLRKFKNSNGWQKLWVVFTNFC
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB7 LFFYKSHQDNHPLASLPLLGYSLTIPSESENIQKDYVFKLHFKSHVYYFRAESEYTFERW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 LFFYKSHQDNHPLASLPLLGYSLTIPSESENIQKDYVFKLHFKSHVYYFRAESEYTFERW
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB7 MEVIRSATSSASRPHVLSHKESLVY
:::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MEVIRSATSSASRPHVLSHKESLVY
1030 1040
>>CCDS66572.1 FARP1 gene_id:10160|Hs108|chr13 (1076 aa)
initn: 5077 init1: 5077 opt: 5080 Z-score: 3583.6 bits: 674.8 E(32554): 2.7e-193
Smith-Waterman score: 6916; 97.0% identity (97.1% similar) in 1076 aa overlap (1-1045:1-1076)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGEIEQRPTPGSRLGAPENSGISTLERGQKPPPTPSGKLVSIKIQMLDDTQEAFEVPQRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MGEIEQRPTPGSRLGAPENSGISTLERGQKPPPTPSGKLVSIKIQMLDDTQEAFEVPQRA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB7 PGKVLLDAVCNHLNLVEGDYFGLEFPDHKKITVWLDLLKPIVKQIRRPKHVVVKFVVKFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PGKVLLDAVCNHLNLVEGDYFGLEFPDHKKITVWLDLLKPIVKQIRRPKHVVVKFVVKFF
70 80 90 100 110 120
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pF1KB7 PPDHTQLQEELTRYLFALQVKQDLAQGRLTCNDTSAALLISHIVQSEIGDFDEALDREHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PPDHTQLQEELTRYLFALQVKQDLAQGRLTCNDTSAALLISHIVQSEIGDFDEALDREHL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 AKNKYIPQQDALEDKIVEFHHNHIGQTPAESDFQLLEIARRLEMYGIRLHPAKDREGTKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AKNKYIPQQDALEDKIVEFHHNHIGQTPAESDFQLLEIARRLEMYGIRLHPAKDREGTKI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NLAVANTGILVFQGFTKINAFNWAKVRKLSFKRKRFLIKLRPDANSAYQDTLEFLMASRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 NLAVANTGILVFQGFTKINAFNWAKVRKLSFKRKRFLIKLRPDANSAYQDTLEFLMASRD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 FCKSFWKICVEHHAFFRLFEEPKPKPKPVLFSRGSSFRFSGRTQKQVLDYVKEGGHKKVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 FCKSFWKICVEHHAFFRLFEEPKPKPKPVLFSRGSSFRFSGRTQKQVLDYVKEGGHKKVQ
310 320 330 340 350 360
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pF1KB7 FERKHSKIHSIRSLASQPTELNSEVLEQSQQSTSLTFGEGAESPGGQSCRRGKEPKVSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 FERKHSKIHSIRSLASQPTELNSEVLEQSQQSTSLTFGEGAESPGGQSCRRGKEPKVSAG
370 380 390 400 410 420
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pF1KB7 EPGSHPSPAPRRSPAGNKQADGAASAPTEEEEEVVKDRTQQSKPQPPQPSTGSLTGSPHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 EPGSHPSPAPRRSPAGNKQADGAASAPTEEEEEVVKDRTQQSKPQPPQPSTGSLTGSPHL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB7 SELSVNSQGGVAPANVTLSPNLSPDTKQASPLISPLLNDQACPRTDDEDEGRRKRFPTDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SELSVNSQGGVAPANVTLSPNLSPDTKQASPLISPLLNDQACPRTDDEDEGRRKRFPTDK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB7 AYFIAKEVSTTERTYLKDLEVITSWFQSTVSKEDAMPEALKSLIFPNFEPLHKFHTNFLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AYFIAKEVSTTERTYLKDLEVITSWFQSTVSKEDAMPEALKSLIFPNFEPLHKFHTNFLK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB7 EIEQRLALWEGRSNAQIRDYQRIGDVMLKNIQGMKHLAAHLWKHSEALEALENGIKSSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 EIEQRLALWEGRSNAQIRDYQRIGDVMLKNIQGMKHLAAHLWKHSEALEALENGIKSSRR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB7 LENFCRDFELQKVCYLPLNTFLLRPLHRLMHYNQVLERLCKHHPPSHADFRDCRAALAEI
::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LENFCRDFELQKVCYLPLNTFLLRPLHRLMHYKQVLERLCKHHPPSHADFRDCRAALAEI
670 680 690 700 710 720
730 740 750
pF1KB7 TEMVAQLHGTMIKMENFQKLHELKKDLIGIDNLVVPGR----------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TEMVAQLHGTMIKMENFQKLHELKKDLIGIDNLVVPGRPGSFSLIRTPHLGQARRIPCAP
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800
pF1KB7 ---------EFIRLGSLSKLSGKGLQQRMFFLFNDVLLYTSRGLTASNQFKVHGQLPLYG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ERRPLLLVKEFIRLGSLSKLSGKGLQQRMFFLFNDVLLYTSRGLTASNQFKVHGQLPLYG
790 800 810 820 830 840
810 820 830 840 850 860
pF1KB7 MTIEESEDEWGVPHCLTLRGQRQSIIVAASSRSEMEKWVEDIQMAIDLAEKSSSPAPEFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MTIEESEDEWGVPHCLTLRGQRQSIIVAASSRSEMEKWVEDIQMAIDLAEKSSSPAPEFL
850 860 870 880 890 900
870 880 890 900 910 920
pF1KB7 ASSPPDNKSPDEATAADQESEDDLSASRTSLERQAPHRGNTMVHVCWHRNTSVSMVDFSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ASSPPDNKSPDEATAADQESEDDLSASRTSLERQAPHRGNTMVHVCWHRNTSVSMVDFSI
910 920 930 940 950 960
930 940 950 960 970 980
pF1KB7 AVENQLSGNLLRKFKNSNGWQKLWVVFTNFCLFFYKSHQDNHPLASLPLLGYSLTIPSES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AVENQLSGNLLRKFKNSNGWQKLWVVFTNFCLFFYKSHQDNHPLASLPLLGYSLTIPSES
970 980 990 1000 1010 1020
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KB7 ENIQKDYVFKLHFKSHVYYFRAESEYTFERWMEVIRSATSSASRPHVLSHKESLVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ENIQKDYVFKLHFKSHVYYFRAESEYTFERWMEVIRSATSSASRPHVLSHKESLVY
1030 1040 1050 1060 1070
>>CCDS33424.1 FARP2 gene_id:9855|Hs108|chr2 (1054 aa)
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CCDS33 GKEE
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>>CCDS63198.1 FARP2 gene_id:9855|Hs108|chr2 (638 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]