Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5664
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5664, 378 aa
1>>>pF1KB5664 378 - 378 aa - 378 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9062+/-0.000955; mu= 13.9234+/- 0.058
mean_var=219.9816+/-90.837, 0's: 0 Z-trim(106.6): 211 B-trim: 1038 in 2/48
Lambda= 0.086473
statistics sampled from 8644 (9054) to 8644 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 2.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6680.1 S1PR3 gene_id:1903|Hs108|chr9 ( 378) 2497 325.2 5.9e-89
CCDS777.1 S1PR1 gene_id:1901|Hs108|chr1 ( 382) 1262 171.1 1.4e-42
CCDS12229.1 S1PR2 gene_id:9294|Hs108|chr19 ( 353) 1006 139.1 5.6e-33
CCDS12105.1 S1PR4 gene_id:8698|Hs108|chr19 ( 384) 852 120.0 3.6e-27
CCDS6777.1 LPAR1 gene_id:1902|Hs108|chr9 ( 364) 762 108.7 8.3e-24
CCDS700.1 LPAR3 gene_id:23566|Hs108|chr1 ( 353) 724 104.0 2.2e-22
CCDS12240.1 S1PR5 gene_id:53637|Hs108|chr19 ( 398) 696 100.6 2.6e-21
CCDS12407.1 LPAR2 gene_id:9170|Hs108|chr19 ( 351) 666 96.7 3.3e-20
CCDS9319.1 GPR12 gene_id:2835|Hs108|chr13 ( 334) 433 67.6 1.8e-11
>>CCDS6680.1 S1PR3 gene_id:1903|Hs108|chr9 (378 aa)
initn: 2497 init1: 2497 opt: 2497 Z-score: 1710.5 bits: 325.2 E(32554): 5.9e-89
Smith-Waterman score: 2497; 100.0% identity (100.0% similar) in 378 aa overlap (1-378:1-378)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MATALPPRLQPVRGNETLREHYQYVGKLAGRLKEASEGSTLTTVLFLVICSFIVLENLMV
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CCDS66 MATALPPRLQPVRGNETLREHYQYVGKLAGRLKEASEGSTLTTVLFLVICSFIVLENLMV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LIAIWKNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLSPTVWFLREGSMFV
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CCDS66 LIAIWKNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLSPTVWFLREGSMFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALGASTCSLLAIAIERHLTMIKMRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFTLGALPILGWNCLH
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CCDS66 ALGASTCSLLAIAIERHLTMIKMRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFTLGALPILGWNCLH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 NLPDCSTILPLYSKKYIAFCISIFTAILVTIVILYARIYFLVKSSSRKVANHNNSERSMA
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CCDS66 NLPDCSTILPLYSKKYIAFCISIFTAILVTIVILYARIYFLVKSSSRKVANHNNSERSMA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLIDVACRVQACPILFKAQWFIVLAVLNSAMNPVIYTL
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CCDS66 LLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLIDVACRVQACPILFKAQWFIVLAVLNSAMNPVIYTL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ASKEMRRAFFRLVCNCLVRGRGARASPIQPALDPSRSKSSSSNNSSHSPKVKEDLPHTAP
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CCDS66 ASKEMRRAFFRLVCNCLVRGRGARASPIQPALDPSRSKSSSSNNSSHSPKVKEDLPHTAP
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB5 SSCIMDKNAALQNGIFCN
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CCDS66 SSCIMDKNAALQNGIFCN
370
>>CCDS777.1 S1PR1 gene_id:1901|Hs108|chr1 (382 aa)
initn: 1295 init1: 816 opt: 1262 Z-score: 877.8 bits: 171.1 E(32554): 1.4e-42
Smith-Waterman score: 1275; 55.8% identity (81.6% similar) in 353 aa overlap (21-362:28-375)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MATALPPRLQPVRGNETLREHYQYVGKLAGRLKEASEGST-LTTVLFLVICSF
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CCDS77 MGPTSVPLVKAHRSSVSDYVNYDIIVRHYNYTGKL--NISADKENSIKLTSVVFILICCF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 IVLENLMVLIAIWKNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLSPTVWF
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CCDS77 IILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LREGSMFVALGASTCSLLAIAIERHLTMIKMRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFTLGALP
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CCDS77 LREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKMKLHNGSNNFRLFLLISACWVISLILGGLP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ILGWNCLHNLPDCSTILPLYSKKYIAFCISIFTAILVTIVILYARIYFLVKSSSRKVANH
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CCDS77 IMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRSRRLTFR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 NN-------SERSMALLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLIDVACRVQACPILFKAQWFIV
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CCDS77 KNISKASRSSEKSLALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LAVLNSAMNPVIYTLASKEMRRAFFRLV--CNCLV-RGRGARASPIQPALDPSRSKSSSS
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CCDS77 LAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMSCCKCPSGDSAGKFKRPIIAGMEFSRSKS---
300 310 320 330 340 350
350 360 370
pF1KB5 NNSSHSPKVKEDLPHTAPSSCIMDKNAALQNGIFCN
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CCDS77 DNSSHPQKDEGDNPETIMSSGNVNSSS
360 370 380
>>CCDS12229.1 S1PR2 gene_id:9294|Hs108|chr19 (353 aa)
initn: 967 init1: 693 opt: 1006 Z-score: 705.5 bits: 139.1 E(32554): 5.6e-33
Smith-Waterman score: 1006; 47.9% identity (77.7% similar) in 336 aa overlap (18-349:14-341)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MATALPPRLQPVRGNETLREHYQYVGKLAGRLKEASEGSTLTTVLFLVICSFIVLENLMV
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CCDS12 MGSLYSEYLNPNKVQEHYNYT-KETLETQETT-SRQVASAFIVILCCAIVVENLLV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LIAIWKNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLSPTVWFLREGSMFV
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CCDS12 LIAVARNSKFHSAMYLFLGNLAASDLLAGVAFVANTLLSGSVTLRLTPVQWFAREGSAFI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALGASTCSLLAIAIERHLTMIKMRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFTLGALPILGWNCLH
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CCDS12 TLSASVFSLLAIAIERHVAIAKVKLYGSDKSCRMLLLIGASWLISLVLGGLPILGWNCLG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 NLPDCSTILPLYSKKYIAFCISIFTAILVTIVILYARIYFLVKSSSRKVANHNNSERSMA
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CCDS12 HLEACSTVLPLYAKHYVLCVVTIFSIILLAIVALYVRIYCVVRSSHADMA----APQTLA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLIDVACRVQACPILFKAQWFIVLAVLNSAMNPVIYTL
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CCDS12 LLKTVTIVLGVFIVCWLPAFSILLLDYACPVHSCPILYKAHYFFAVSTLNSLLNPVIYTW
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB5 ASKEMRRAFFR-LVC---NCLVRGRGARASPIQPALDPSRSKSSSSNNSSHSPKVKEDLP
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CCDS12 RSRDLRREVLRPLQCWRPGVGVQGRRRGGTPGHHLL-PLRS-SSSLERGMHMPTSPTFLE
300 310 320 330 340
360 370
pF1KB5 HTAPSSCIMDKNAALQNGIFCN
CCDS12 GNTVV
350
>>CCDS12105.1 S1PR4 gene_id:8698|Hs108|chr19 (384 aa)
initn: 822 init1: 418 opt: 852 Z-score: 601.3 bits: 120.0 E(32554): 3.6e-27
Smith-Waterman score: 858; 42.8% identity (69.0% similar) in 348 aa overlap (21-355:28-375)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MATALPPRLQPVRGNETLREHYQYVGKLAGRLKEASEGSTLTTVLFLVICSFI
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CCDS12 MNATGTPVAPESCQQLAAGGHSRLIVLHYNHSGRLAGRGGPEDGGLGALRGLSVAASCLV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 VLENLMVLIAIWKNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLSPTVWFL
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CCDS12 VLENLLVLAAITSHMRSRRWVYYCLVNITLSDLLTGAAYLANVLLSGARTFRLAPAQWFL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 REGSMFVALGASTCSLLAIAIERHLTMIK-MRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFTLGALP
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CCDS12 REGLLFTALAASTFSLLFTAGERFATMVRPVAESGATKTSRVYGFIGLCWLLAALLGMLP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ILGWNCLHNLPDCSTILPLYSKKYIAFCISIFTAILVTIVILYARIYFLVKSSSRKVANH
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CCDS12 LLGWNCLCAFDRCSSLLPLYSKRYILFCLVIFAGVLATIMGLYGAIFRLVQASGQKAPRP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NNSERSMALLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLIDV-ACRVQACPILFKAQWFIVLAVLNS
... ::.::.... .:..::.::: :.: :: . . : : .:...::::::
CCDS12 AARRKARRLLKTVLMILLAFLVCWGPLFGLLLADVFGSNLWAQEYLRGMDWILALAVLNS
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KB5 AMNPVIYTLASKEMRRAFFR-LVCNCL---VRGRG---ARASPIQPA---LDPS-RSKSS
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CCDS12 AVNPIIYSFRSREVCRAVLSFLCCGCLRLGMRGPGDCLARAVEAHSGASTTDSSLRPRDS
310 320 330 340 350 360
350 360 370
pF1KB5 SSNNSSHSPKVKEDLPHTAPSSCIMDKNAALQNGIFCN
.. : : ...: :
CCDS12 FRGSRSLSFRMREPLSSISSVRSI
370 380
>>CCDS6777.1 LPAR1 gene_id:1902|Hs108|chr9 (364 aa)
initn: 706 init1: 501 opt: 762 Z-score: 540.9 bits: 108.7 E(32554): 8.3e-24
Smith-Waterman score: 762; 38.4% identity (70.9% similar) in 333 aa overlap (15-340:27-347)
10 20 30 40
pF1KB5 MATALPPRLQPVRGNETLREHYQYVGK-LAGRLKEASEGSTLTTVLFL
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CCDS67 MAAISTSIPVISQPQFTAMNEPQCFYNESIAFFYNRSGKHLA---TEWNTVSKLVMGLGI
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 VICSFIVLENLMVLIAIWKNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLS
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CCDS67 TVCIFIMLANLLVMVAIYVNRRFHFPIYYLMANLAAADFFAGLAYFYLMFNTGPNTRRLT
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 PTVWFLREGSMFVALGASTCSLLAIAIERHLTMIKMRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFT
..:.::.: . ..: ::. .:::::::::.:...:. . . .:: ..: . : .:..
CCDS67 VSTWLLRQGLIDTSLTASVANLLAIAIERHITVFRMQLHTRMSNRRVVVVIVVIWTMAIV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 LGALPILGWNCLHNLPDCSTILPLYSKKYIAFCISIFTAI-LVTIVILYARIYFLVKSSS
.::.: .::::. .. .::.. :::: .:..: .::. . .:..:.:::.:. :.. .
CCDS67 MGAIPSVGWNCICDIENCSNMAPLYSDSYLVF-WAIFNLVTFVVMVVLYAHIFGYVRQRT
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 RKVANHNNSERS-----MALLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLIDVACRVQACPILFKAQ
... :... : :.::.:::::...:: ::.: ..:.:.:: : : .: .
CCDS67 MRMSRHSSGPRRNRDTMMSLLKTVVIVLGAFIICWTPGLVLLLLDVCC--PQCDVLAYEK
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 WFIVLAVLNSAMNPVIYTLASKEMRRAFFRLVCNCLVRGRGARASPIQPALDPSRSKSSS
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CCDS67 FFLLLAEFNSAMNPIIYSYRDKEMSATFRQILC-CQ-RSE----NPTGPTEGSDRSASSL
300 310 320 330 340
350 360 370
pF1KB5 SNNSSHSPKVKEDLPHTAPSSCIMDKNAALQNGIFCN
CCDS67 NHTILAGVHSNDHSVV
350 360
>>CCDS700.1 LPAR3 gene_id:23566|Hs108|chr1 (353 aa)
initn: 637 init1: 480 opt: 724 Z-score: 515.4 bits: 104.0 E(32554): 2.2e-22
Smith-Waterman score: 724; 37.1% identity (69.0% similar) in 313 aa overlap (38-341:27-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 RLQPVRGNETLREHYQYVGKLAGRLKEASEGSTLTTVLFL--VICSFIVLENLMVLIAIW
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CCDS70 MNECHYDKHMDFFYNRSNTDTVDDWTGTKLVIVLCVGTFFCLFIFFSNSLVIAAVI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLSPTVWFLREGSMFVALGAS
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CCDS70 KNRKFHFPFYYLLANLAAADFFAGIAYVFLMFNTGPVSKTLTVNRWFLRQGLLDSSLTAS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TCSLLAIAIERHLTMIKMRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFTLGALPILGWNCLHNLPDC
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CCDS70 LTNLLVIAVERHMSIMRMRVHSNLTKKRVTLLILLVWAIAIFMGAVPTLGWNCLCNISAC
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 STILPLYSKKYIAF-CISIFTAILVTIVILYARIYFLVKSSSRKVANHNN---SERS--M
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CCDS70 SSLAPIYSRSYLVFWTVSNLMAFLI-MVVVYLRIYVYVKRKTNVLSPHTSGSISRRRTPM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 ALLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLID-VACRVQACPILFKAQWFIVLAVLNSAMNPVIY
:..::. :...:..::.: ....:.: . :: : . .::..::.:::..::.::
CCDS70 KLMKTVMTVLGAFVVCWTPGLVVLLLDGLNCR--QCGVQHVKRWFLLLALLNSVVNPIIY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TLASKEMRRAFFRLVCNCLVRGRGARASPIQPALDPSRSKSSSSNNSSHSPKVKEDLPHT
. ...: .. ...: :. . : :. ::: ..:
CCDS70 SYKDEDMYGTMKKMIC-CFSQENPERRPSRIPSTVLSRSDTGSQYIEDSISQGAVCNKST
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB5 APSSCIMDKNAALQNGIFCN
CCDS70 S
>>CCDS12240.1 S1PR5 gene_id:53637|Hs108|chr19 (398 aa)
initn: 991 init1: 684 opt: 696 Z-score: 496.0 bits: 100.6 E(32554): 2.6e-21
Smith-Waterman score: 994; 44.3% identity (72.7% similar) in 359 aa overlap (9-356:6-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MATALPPRLQPVRGNETLREHYQYVGKLAGRLKEASEGSTLTTVLFLVICSFIVLENLMV
:.:. .:.. ::.:.::: : . . : .:. :..:.::::::: :
CCDS12 MESGLLRPAPVSEVIVLHYNYTGKLRGARYQPGAGLRADAVVCLAVCAFIVLENLAV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LIAIWKNNKFHNRMYFFIGNLALCDLLAGIAYKVNILMSGKKTFSLSPTVWFLREGSMFV
:... .. .:: :....:.:.: ::::: :: .:::.:: :..:::..:: :::..::
CCDS12 LLVLGRHPRFHAPMFLLLGSLTLSDLLAGAAYAANILLSGPLTLKLSPALWFAREGGVFV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALGASTCSLLAIAIERHLTMIKMRPYDANKRHRVFLLIGMCWLIAFTLGALPILGWNCLH
:: ::. ::::::.:: ::: . : ...: :.. . . : ... :: :: ::::::
CCDS12 ALTASVLSLLAIALERSLTMARRGPAPVSSRGRTLAMAAAAWGVSLLLGLLPALGWNCLG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 NLPDCSTILPLYSKKYIAFCISIFTAILVTIVILYARIYFLVKSSSRKVANHNNSE----
: :::.::::.: :. ::. :..::..: :::::: :....:.. . ..
CCDS12 RLDACSTVLPLYAKAYVLFCVLAFVGILAAICALYARIYCQVRANARRLPARPGTAGTTS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 -------RSMALLRTVVIVVSVFIACWSPLFILFLIDVACRVQACPILFKAQWFIVLAVL
::.:::::. .:. .:.:::.:::.:.:.:::: ...::.:..:. :. ::.
CCDS12 TRARRKPRSLALLRTLSVVLLAFVACWGPLFLLLLLDVACPARTCPVLLQADPFLGLAMA
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NSAMNPVIYTLASKEMRRAFFRLVCNCLVRGRGARASPIQPALDPSRSKSSSSNNSSHSP
:: .::.::::.....:.:..:::: : :: . . ::: :..:.: . :
CCDS12 NSLLNPIIYTLTNRDLRHALLRLVC-C---GRHSCGR------DPSGSQQSASAAEA-SG
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