Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5418
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5418, 484 aa
1>>>pF1KB5418 484 - 484 aa - 484 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.3102+/-0.00138; mu= -23.0260+/- 0.080
mean_var=412.0281+/-93.694, 0's: 0 Z-trim(106.9): 168 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.063185
statistics sampled from 9146 (9279) to 9146 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.285), width: 16
Scan time: 1.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2331.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 ( 484) 3371 322.4 6.9e-88
CCDS54427.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 ( 526) 3371 322.4 7.4e-88
CCDS4437.1 CLK4 gene_id:57396|Hs108|chr5 ( 481) 2639 255.6 8.4e-68
CCDS1107.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 ( 498) 1840 182.8 7.3e-46
CCDS72939.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 ( 499) 1828 181.7 1.6e-45
CCDS10265.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 ( 490) 1642 164.8 1.9e-40
CCDS45304.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 ( 638) 1642 164.8 2.4e-40
>>CCDS2331.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 (484 aa)
initn: 3371 init1: 3371 opt: 3371 Z-score: 1691.3 bits: 322.4 E(32554): 6.9e-88
Smith-Waterman score: 3371; 100.0% identity (100.0% similar) in 484 aa overlap (1-484:1-484)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKRRKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESR
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CCDS23 MRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKRRKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SINEKDYHSRRYIDEYRNDYTQGCEPGHRQRDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYKSKHRIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 SINEKDYHSRRYIDEYRNDYTQGCEPGHRQRDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYKSKHRIH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 HSTSHRRSHGKSHRRKRTRSVEDDEEGHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFGKVVECID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 HSTSHRRSHGKSHRRKRTRSVEDDEEGHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFGKVVECID
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 HKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVLEHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEHHGHICIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 HKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVLEHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEHHGHICIV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAYQICKSVNFLHSNKLTHTDLKPENILFVQSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 FELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAYQICKSVNFLHSNKLTHTDLKPENILFVQSD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 YTEAYNPKIKRDERTLINPDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILALGWSQPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 YTEAYNPKIKRDERTLINPDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILALGWSQPC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 DVWSIGCILIEYYLGFTVFPTHDSKEHLAMMERILGPLPKHMIQKTRKRKYFHHDRLDWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DVWSIGCILIEYYLGFTVFPTHDSKEHLAMMERILGPLPKHMIQKTRKRKYFHHDRLDWD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EHSSAGRYVSRRCKPLKEFMLSQDVEHERLFDLIQKMLEYDPAKRITLREALKHPFFDLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 EHSSAGRYVSRRCKPLKEFMLSQDVEHERLFDLIQKMLEYDPAKRITLREALKHPFFDLL
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 KKSI
::::
CCDS23 KKSI
>>CCDS54427.1 CLK1 gene_id:1195|Hs108|chr2 (526 aa)
initn: 3371 init1: 3371 opt: 3371 Z-score: 1690.8 bits: 322.4 E(32554): 7.4e-88
Smith-Waterman score: 3371; 100.0% identity (100.0% similar) in 484 aa overlap (1-484:43-526)
10 20 30
pF1KB5 MRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKR
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PERRGSPLRGDLLGFQNVREPSSCGETLSGMRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKR
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 RKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESRSINEKDYHSRRYIDEYRNDYTQGCEPGHRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESRSINEKDYHSRRYIDEYRNDYTQGCEPGHRQ
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 RDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYKSKHRIHHSTSHRRSHGKSHRRKRTRSVEDDEEGHLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYKSKHRIHHSTSHRRSHGKSHRRKRTRSVEDDEEGHLI
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 CQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFGKVVECIDHKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFGKVVECIDHKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVL
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 EHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEHHGHICIVFELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEHHGHICIVFELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAY
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 QICKSVNFLHSNKLTHTDLKPENILFVQSDYTEAYNPKIKRDERTLINPDIKVVDFGSAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QICKSVNFLHSNKLTHTDLKPENILFVQSDYTEAYNPKIKRDERTLINPDIKVVDFGSAT
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 YDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILALGWSQPCDVWSIGCILIEYYLGFTVFPTHDSKEHLAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILALGWSQPCDVWSIGCILIEYYLGFTVFPTHDSKEHLAM
380 390 400 410 420 430
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 MERILGPLPKHMIQKTRKRKYFHHDRLDWDEHSSAGRYVSRRCKPLKEFMLSQDVEHERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MERILGPLPKHMIQKTRKRKYFHHDRLDWDEHSSAGRYVSRRCKPLKEFMLSQDVEHERL
440 450 460 470 480 490
460 470 480
pF1KB5 FDLIQKMLEYDPAKRITLREALKHPFFDLLKKSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FDLIQKMLEYDPAKRITLREALKHPFFDLLKKSI
500 510 520
>>CCDS4437.1 CLK4 gene_id:57396|Hs108|chr5 (481 aa)
initn: 2160 init1: 2160 opt: 2639 Z-score: 1330.7 bits: 255.6 E(32554): 8.4e-68
Smith-Waterman score: 2639; 79.1% identity (90.7% similar) in 484 aa overlap (1-482:1-480)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MRHSKRTYCPDWDDKD-WDYGKWRSSSSHKRRKRSHSSAQENKRCKYNHS-KMCDSHYLE
:::::::.:::::... : . ..:. ::::..:::::.:::..:: .:. : : ::::
CCDS44 MRHSKRTHCPDWDSRESWGHESYRG--SHKRKRRSHSSTQENRHCKPHHQFKESDCHYLE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SRSINEKDYHSRRYIDEYRNDYTQGCEPGHRQRDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYKSKHR
.::.::.::..:::.::::::: .: : : .:: :: :. : :::: :: ::: : : :
CCDS44 ARSLNERDYRDRRYVDEYRNDYCEGYVPRHYHRDIESGYRIHCSKSSVRSRRSSPKRK-R
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 IHHSTSHRRSHGKSHRRKRTRSVEDDEEGHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFGKVVEC
.: .::. :..:::::::.::.:::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS44 NRHCSSHQ-SRSKSHRRKRSRSIEDDEEGHLICQSGDVLRARYEIVDTLGEGAFGKVVEC
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 IDHKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVLEHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEHHGHIC
::: : :::::::::: :: ::::::::::::::.:::::.::::::::::.::::.:
CCDS44 IDHGMDGMHVAVKIVKNVGRYREAARSEIQVLEHLNSTDPNSVFRCVQMLEWFDHHGHVC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 IVFELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAYQICKSVNFLHSNKLTHTDLKPENILFVQ
:::::::::::::::::.::::..::::.::::::.:.:::: ::::::::::::::::.
CCDS44 IVFELLGLSTYDFIKENSFLPFQIDHIRQMAYQICQSINFLHHNKLTHTDLKPENILFVK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 SDYTEAYNPKIKRDERTLINPDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILALGWSQ
:::. :: :.::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SDYVVKYNSKMKRDERTLKNTDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILALGWSQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 PCDVWSIGCILIEYYLGFTVFPTHDSKEHLAMMERILGPLPKHMIQKTRKRKYFHHDRLD
::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::.:.::::::::::::::..::
CCDS44 PCDVWSIGCILIEYYLGFTVFQTHDSKEHLAMMERILGPIPQHMIQKTRKRKYFHHNQLD
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 WDEHSSAGRYVSRRCKPLKEFMLSQDVEHERLFDLIQKMLEYDPAKRITLREALKHPFFD
::::::::::: ::::::::::: .: :::.::::...::::::..:::: :::.:::::
CCDS44 WDEHSSAGRYVRRRCKPLKEFMLCHDEEHEKLFDLVRRMLEYDPTQRITLDEALQHPFFD
420 430 440 450 460 470
480
pF1KB5 LLKKSI
::::
CCDS44 LLKKK
480
>>CCDS1107.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 (498 aa)
initn: 1759 init1: 1719 opt: 1840 Z-score: 936.9 bits: 182.8 E(32554): 7.3e-46
Smith-Waterman score: 1840; 55.4% identity (80.7% similar) in 487 aa overlap (1-481:1-482)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKRRKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESR
: : .: . . .. ..:: . ..::.:: ::... : . . ::....::
CCDS11 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRRE----DSYHVRSR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 SI-----NEKDYHSRRYIDEYR-NDYTQGCEPGHRQRDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYK
: ... ..::: :: :::.. .. . :.. :. . .:: :: ::: .
CCDS11 SSYDDRSSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 SKHRIHHSTSHRRSHGKSHRRKRTRSVEDDEEGHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFGK
::: .. :. :...:: .:..::::: ::::: . :: :. :::::.:::::.::.
CCDS11 -KHRRRRRRSRTFSRSSSHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFGR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 VVECIDHKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVLEHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEHH
::.:.::. :: .::.::.:::..: :::: ::.:::..: ::.. ::::..::..:
CCDS11 VVQCVDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDYH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 GHICIVFELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAYQICKSVNFLHSNKLTHTDLKPENI
::.:: ::::::::.::.:.:..::. . ..:.::.:.:..:.:::.:::::::::::::
CCDS11 GHMCISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPENI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 LFVQSDYTEAYNPKIKRDERTLINPDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILAL
:::.::: .:: . :::::.. . ..::::::::.: :::::.::::::::::::: :
CCDS11 LFVNSDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILEL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 GWSQPCDVWSIGCILIEYYLGFTVFPTHDSKEHLAMMERILGPLPKHMIQKTRKRKYFHH
::::::::::::::..:::.:::.: :::..::::::::::::.:..::.::::.:::..
CCDS11 GWSQPCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFYR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 DRLDWDEHSSAGRYVSRRCKPLKEFMLSQDVEHERLFDLIQKMLEYDPAKRITLREALKH
::::::..:::::: . ::::.... :. ::..:::::..::::.::::.:: :::.:
CCDS11 GRLDWDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQH
420 430 440 450 460 470
480
pF1KB5 PFFDLLKKSI
::: :.
CCDS11 PFFARLRAEPPNKLWDSSRDISR
480 490
>>CCDS72939.1 CLK2 gene_id:1196|Hs108|chr1 (499 aa)
initn: 1794 init1: 1754 opt: 1828 Z-score: 931.0 bits: 181.7 E(32554): 1.6e-45
Smith-Waterman score: 1828; 55.3% identity (80.5% similar) in 488 aa overlap (1-481:1-483)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKRRKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESR
: : .: . . .. ..:: . ..::.:: ::... : . . ::....::
CCDS72 MPHPRRYHSSERGSRGSYREHYRSRKHKRRRSRSWSSSSDRTRRRRRE----DSYHVRSR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 SI-----NEKDYHSRRYIDEYR-NDYTQGCEPGHRQRDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYK
: ... ..::: :: :::.. .. . :.. :. . .:: :: ::: .
CCDS72 SSYDDRSSDRRVYDRRYCGSYRRNDYSRDRGDAYYDTDYRHSYEYQRENSSYRSQRSSRR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 SKHRIHHSTSHRRSHGKS-HRRKRTRSVEDDEEGHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFG
::: .. :. :...: : .:..::::: ::::: . :: :. :::::.:::::.::
CCDS72 -KHRRRRRRSRTFSRSSSQHSSRRAKSVEDDAEGHLIYHVGDWLQERYEIVSTLGEGTFG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 KVVECIDHKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVLEHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEH
.::.:.::. :: .::.::.:::..: :::: ::.:::..: ::.. ::::..::..
CCDS72 RVVQCVDHRRGGARVALKIIKNVEKYKEAARLEINVLEKINEKDPDNKNLCVQMFDWFDY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 HGHICIVFELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAYQICKSVNFLHSNKLTHTDLKPEN
:::.:: ::::::::.::.:.:..::. . ..:.::.:.:..:.:::.::::::::::::
CCDS72 HGHMCISFELLGLSTFDFLKDNNYLPYPIHQVRHMAFQLCQAVKFLHDNKLTHTDLKPEN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ILFVQSDYTEAYNPKIKRDERTLINPDIKVVDFGSATYDDEHHSTLVSTRHYRAPEVILA
::::.::: .:: . :::::.. . ..::::::::.: :::::.:::::::::::::
CCDS72 ILFVNSDYELTYNLEKKRDERSVKSTAVRVVDFGSATFDHEHHSTIVSTRHYRAPEVILE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LGWSQPCDVWSIGCILIEYYLGFTVFPTHDSKEHLAMMERILGPLPKHMIQKTRKRKYFH
:::::::::::::::..:::.:::.: :::..::::::::::::.:..::.::::.:::.
CCDS72 LGWSQPCDVWSIGCIIFEYYVGFTLFQTHDNREHLAMMERILGPIPSRMIRKTRKQKYFY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 HDRLDWDEHSSAGRYVSRRCKPLKEFMLSQDVEHERLFDLIQKMLEYDPAKRITLREALK
. ::::::..:::::: . ::::.... :. ::..:::::..::::.::::.:: :::.
CCDS72 RGRLDWDENTSAGRYVRENCKPLRRYLTSEAEEHHQLFDLIESMLEYEPAKRLTLGEALQ
420 430 440 450 460 470
480
pF1KB5 HPFFDLLKKSI
:::: :.
CCDS72 HPFFARLRAEPPNKLWDSSRDISR
480 490
>>CCDS10265.1 CLK3 gene_id:1198|Hs108|chr15 (490 aa)
initn: 1549 init1: 1549 opt: 1642 Z-score: 839.4 bits: 164.8 E(32554): 1.9e-40
Smith-Waterman score: 1642; 51.2% identity (75.0% similar) in 484 aa overlap (1-477:1-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRHSKRTYCPDWDDKDWDYGKWRSSSSHKRRKRSHSSAQENKRCKYNHSKMCDSHYLESR
:.: :: :. : .: .: .:.::.: .:. : .: . . .::
CCDS10 MHHCKRYRSPE-PDPYLSY-RW-------KRRRSYSREHEG-RLRYPSRREPPPRRSRSR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 SINEKDYHSRRYIDEYRNDYTQGCE---PGHRQRDHESRYQNHSSKSSGRSGRSSYKSKH
: .. :. ::: : :.. : :: :. . . . : .: :. . : :
CCDS10 SHDRLPYQ-RRY-RERRDSDTYRCEERSPSFGEDYYGPSRSRHRRRSRERGPYRTRKHAH
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RIHH----STSHRRSHGKSHRRKRTRSVEDDEEGHLICQSGDVLSARYEIVDTLGEGAFG
. :. : : :.... .. .::::::.::::.:. :: :. ::::: .::::.::
CCDS10 HCHKRRTRSCSSASSRSQQSSKRSSRSVEDDKEGHLVCRIGDWLQERYEIVGNLGEGTFG
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 KVVECIDHKAGGRHVAVKIVKNVDRYCEAARSEIQVLEHLNTTDPNSTFRCVQMLEWFEH
:::::.:: : .::.::..:: .: :::: ::.::.... : .. : :: : .::.
CCDS10 KVVECLDHARGKSQVALKIIRNVGKYREAARLEINVLKKIKEKDKENKFLCVLMSDWFNF
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 HGHICIVFELLGLSTYDFIKENGFLPFRLDHIRKMAYQICKSVNFLHSNKLTHTDLKPEN
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CCDS10 HGHMCIAFELLGKNTFEFLKENNFQPYPLPHVRHMAYQLCHALRFLHENQLTHTDLKPEN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]