Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4582
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4582, 628 aa
1>>>pF1KB4582 628 - 628 aa - 628 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4086+/-0.00121; mu= 15.6041+/- 0.073
mean_var=149.3945+/-29.221, 0's: 0 Z-trim(108.1): 89 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.104932
statistics sampled from 9893 (9977) to 9893 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16
Scan time: 1.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9054.1 NTN4 gene_id:59277|Hs108|chr12 ( 628) 4618 711.6 7.8e-205
CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7 (1786) 1284 207.4 1.4e-52
CCDS83218.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 ( 772) 1263 203.8 7e-52
CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 (1761) 1263 204.2 1.2e-51
CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798) 1256 203.2 2.6e-51
CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1 (1172) 1007 165.3 4.3e-40
CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17 ( 604) 804 134.2 4.9e-31
CCDS45838.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18 (3277) 811 136.1 7.3e-31
CCDS42419.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18 (3333) 811 136.1 7.4e-31
CCDS33502.1 LAMA5 gene_id:3911|Hs108|chr20 (3695) 803 134.9 1.8e-30
CCDS5138.1 LAMA2 gene_id:3908|Hs108|chr6 (3122) 613 106.1 7.5e-22
CCDS44180.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 ( 539) 583 100.7 5.3e-21
CCDS10469.1 NTN3 gene_id:4917|Hs108|chr16 ( 580) 556 96.6 9.6e-20
CCDS1516.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (1546) 540 94.7 9.9e-19
CCDS31025.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (5202) 540 95.3 2.2e-18
CCDS33068.1 NTN5 gene_id:126147|Hs108|chr19 ( 489) 522 91.4 3e-18
CCDS6946.1 NTNG2 gene_id:84628|Hs108|chr9 ( 530) 499 88.0 3.6e-17
CCDS30785.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 ( 438) 359 66.7 7.5e-11
>>CCDS9054.1 NTN4 gene_id:59277|Hs108|chr12 (628 aa)
initn: 4618 init1: 4618 opt: 4618 Z-score: 3790.9 bits: 711.6 E(32554): 7.8e-205
Smith-Waterman score: 4618; 100.0% identity (100.0% similar) in 628 aa overlap (1-628:1-628)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEKACNPRMGNLALGRKLWADTTCGQNATEL
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CCDS90 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEKACNPRMGNLALGRKLWADTTCGQNATEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 YCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHLPSAMADSSFRFPRTWWQSAEDVHREKIQLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 YCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHLPSAMADSSFRFPRTWWQSAEDVHREKIQLD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATFGLEDDVVKKGAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATFGLEDDVVKKGAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 CTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQLLKRQSCPCQRND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 CTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQLLKRQSCPCQRND
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRPVKAPGTFHMVHGKCMCKHNTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 LNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRPVKAPGTFHMVHGKCMCKHNTA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 GSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNVWEASGNRSGGVCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 GSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNVWEASGNRSGGVCD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 DCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGSAVLPANSVTFCDPSNGDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 DCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGSAVLPANSVTFCDPSNGDC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 PCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFGDYGCRPCDCAGSCDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 PCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFGDYGCRPCDCAGSCDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 VHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKGT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 HVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPESWTDRGCTCPILNPGLEYLVAGHEDIRTGKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 HVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPESWTDRGCTCPILNPGLEYLVAGHEDIRTGKL
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB4 IVNMKSFVQHWKPSLGRKVMDILKRECK
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 IVNMKSFVQHWKPSLGRKVMDILKRECK
610 620
>>CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7 (1786 aa)
initn: 1357 init1: 346 opt: 1284 Z-score: 1057.7 bits: 207.4 E(32554): 1.4e-52
Smith-Waterman score: 1313; 40.5% identity (63.2% similar) in 519 aa overlap (30-514:30-537)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRC-EKACNPRMGNLALGR--KLWADTTCGQNA
: : .: : :.: .:: :: . .::: .
CCDS57 MGLLQLLAFSFLALCRARVRAQEPEFSYGCAEGSCYPATGDLLIGRAQKLSVTSTCGLHK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 TELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHL-P-SAMAD---SSFRFPRT--WWQSAE
: ::. :. . . :: ::. :. : : : . . ..: : :::: .
CCDS57 PEPYCIVSHLQE----DKKCFICNSQDPYHETLNPDSHLIENVVTTFAPNRLKIWWQSEN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB4 DVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATF-G
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CCDS57 GVENVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLIERSSDFGKTWGVYRYFAYDCEASFPG
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 LEDDVVKK--GAICTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQ
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CCDS57 ISTGPMKKVDDIICDSRYSDIEPSTEGEVIFRALDPAFKIEDPYSPRIQNLLKITNLRIK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 LLKRQSCPCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRPVKAPGTFH
..: .. . : : .. .::.::..:.:.::: :::..: :: :: .. :
CCDS57 FVKLHTLGDNLLDSRMEIREKYYYAVYDMVVRGNCFCYGHASECAPVDGFNE-EVEG---
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 MVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNV
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CCDS57 MVHGHCMCRHNTKGLNCELCMDFYHDLPWRPAEGRNS--NACKKCNCNEHSISCHFDMAV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 WEASGNRSGGVCDDCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGSAVLPA
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CCDS57 YLATGNVSGGVCDDCQHNTMGRNCEQCKPFYYQHPERDIRDPNFCERCTCDPAGSQNEGI
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KB4 NSVTFCDPSNG----DCPCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFGD---YGCRPCDCA--GS----
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CCDS57 CD-SYTDFSTGLIAGQCRCKLNVEGEHCDVCKEGFYDLSSEDPFGCKSCACNPLGTIPGG
420 430 440 450 460
460 470 480 490 500
pF1KB4 --CDPITGDCISSHTDIDWYHE--VPDFRPVHNKSEPAWEWE-DAQGF---SALLHSGKC
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CCDS57 NPCDSETGHCYCKRLVTGQHCDQCLPEHWGLSNDLDGCRPCDCDLGGALNNSCFAESGQC
470 480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 ECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAHDKGTHVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTL
:. . .:
CCDS57 SCRPHMIGRQCNEVEPGYYFATLDHYLYEAEEANLGPGVSIVERQYIQDRIPSWTGAGFV
530 540 550 560 570 580
>>CCDS83218.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 (772 aa)
initn: 1165 init1: 382 opt: 1263 Z-score: 1044.9 bits: 203.8 E(32554): 7e-52
Smith-Waterman score: 1280; 41.8% identity (67.6% similar) in 466 aa overlap (30-463:23-476)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEK-ACNPRMGNLALGR--KLWADTTCGQNA
:.. ::.: :.: .:: .: :..::: .
CCDS83 MQFQLTLFLHLGWLSYSKAQDDCNRGACHPTTGDLLVGRNTQLMASSTCGLSR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 TELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAH-LPSAMADS----SFRFPRT--WWQSAE
.. ::. : : .: :: :.. .:. . :.. . ::. : :::: .
CCDS83 AQKYCILSY---LEGEQ-KCFICDSRFPYDPYDQPNSHTIENVIVSFEPDREKKWWQSEN
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 DVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATFGL
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CCDS83 GLDHVSIRLDLEALFRFSHLILTFKTFRPAAMLVERSTDYGHNWKVFKYFAKDCATSFPN
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB4 EDDVVKKGA---ICTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQ
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CCDS83 ITSGQAQGVGDIVCDSKYSDIEPSTGGEVVLKVLDPSFEIENPYSPYIQDLVTLTNLRIN
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 LLKRQSC--PCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRP--VKAP
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CCDS83 FTKLHTLGDALLGRRQNDSLDKY-YYALYEMIVRGSCFCNGHASECRPMQKMRGDVFSPP
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 GTFHMVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWE-AADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCH
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CCDS83 G---MVHGQCVCQHNTDGPNCERCKDFFQDAPWRPAADLQD---NACRSCSCNSHSSRCH
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 FDVNVWEASGNRSGGVCDDCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGS
::.... :::. :::::.:::::::::.:.::.: :::: . .: : :: :: : : :.
CCDS83 FDMTTYLASGGLSGGVCEDCQHNTEGQHCDRCRPLFYRDPLKTISDPYACIPCECDPDGT
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KB4 AVLPANSVTFCDPS----NGDCPCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFG---DYGCRPCDCA--G
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CCDS83 -ISGGICVSHSDPALGSVAGQCLCKENVEGAKCDQCKPNHYGLSATDPLGCQPCDCNPLG
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500
pF1KB4 S-----CDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRPVHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCEC
: :: ::.:.
CCDS83 SLPFLTCDVDTGQCLCLSYVTGAHCEECTVGYWGLGNHLHGCSPCDCDIGGAYSNVCSPK
470 480 490 500 510 520
>>CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 (1761 aa)
initn: 1292 init1: 382 opt: 1263 Z-score: 1040.6 bits: 204.2 E(32554): 1.2e-51
Smith-Waterman score: 1280; 41.8% identity (67.6% similar) in 466 aa overlap (30-463:23-476)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEK-ACNPRMGNLALGR--KLWADTTCGQNA
:.. ::.: :.: .:: .: :..::: .
CCDS34 MQFQLTLFLHLGWLSYSKAQDDCNRGACHPTTGDLLVGRNTQLMASSTCGLSR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 TELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAH-LPSAMADS----SFRFPRT--WWQSAE
.. ::. : : .: :: :.. .:. . :.. . ::. : :::: .
CCDS34 AQKYCILSY---LEGEQ-KCFICDSRFPYDPYDQPNSHTIENVIVSFEPDREKKWWQSEN
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 DVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWKPYKYFATNCSATFGL
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CCDS34 GLDHVSIRLDLEALFRFSHLILTFKTFRPAAMLVERSTDYGHNWKVFKYFAKDCATSFPN
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB4 EDDVVKKGA---ICTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDTENPYSAKVQEQLKITNLRVQ
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CCDS34 ITSGQAQGVGDIVCDSKYSDIEPSTGGEVVLKVLDPSFEIENPYSPYIQDLVTLTNLRIN
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 LLKRQSC--PCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRP--VKAP
. : .. :. ... .::.:..::.:::::::::..: :.. .: . :
CCDS34 FTKLHTLGDALLGRRQNDSLDKY-YYALYEMIVRGSCFCNGHASECRPMQKMRGDVFSPP
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 GTFHMVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWE-AADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCH
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CCDS34 G---MVHGQCVCQHNTDGPNCERCKDFFQDAPWRPAADLQD---NACRSCSCNSHSSRCH
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 FDVNVWEASGNRSGGVCDDCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRPFSAPDACKPCSCHPVGS
::.... :::. :::::.:::::::::.:.::.: :::: . .: : :: :: : : :.
CCDS34 FDMTTYLASGGLSGGVCEDCQHNTEGQHCDRCRPLFYRDPLKTISDPYACIPCECDPDGT
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KB4 AVLPANSVTFCDPS----NGDCPCKPGVAGRRCDRCMVGYWGFG---DYGCRPCDCA--G
. . :. ::. :.: :: .: : .::.: ...:.. ::.:::: :
CCDS34 -ISGGICVSHSDPALGSVAGQCLCKENVEGAKCDQCKPNHYGLSATDPLGCQPCDCNPLG
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500
pF1KB4 S-----CDPITGDCISSHTDIDWYHEVPDFRPVHNKSEPAWEWEDAQGFSALLHSGKCEC
: :: ::.:.
CCDS34 SLPFLTCDVDTGQCLCLSYVTGAHCEECTVGYWGLGNHLHGCSPCDCDIGGAYSNVCSPK
470 480 490 500 510 520
>>CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798 aa)
initn: 1428 init1: 366 opt: 1256 Z-score: 1034.8 bits: 203.2 E(32554): 2.6e-51
Smith-Waterman score: 1293; 39.4% identity (61.3% similar) in 553 aa overlap (7-514:23-549)
10 20 30 40
pF1KB4 MGSCARLLLLWGCTVVAAGLSGVAGVSSRCEKACNPRMGNLALG
:: . . :.. : : : : . .: : :.: .:
CCDS27 MELTSRERGRGQPLPWELRLGLLLSVLAATLAQAPAPDVPGCS---RGSCYPATGDLLVG
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB4 R--KLWADTTCGQNATELYCFYSENTDLTCRQPKCDKCNAAYPHLAHL-PSAM----ADS
: .: :..::: :. . ::. :. : . :: :.. : :. : . . .
CCDS27 RADRLTASSTCGLNGPQPYCIVSHLQD----EKKCFLCDSRRPFSARDNPHSHRIQNVVT
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 SFRFPR--TWWQSAEDVHREKIQLDLEAEFYFTHLIVMFKSPRPAAMVLDRSQDFGKTWK
:: : .:::: . . :::::::::.:::::. ::. :::::...:: :::.::.
CCDS27 SFAPQRRAAWWQSENGIPAVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLVERSADFGRTWH
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB4 PYKYFATNCSATF-GLE-------DDVVKKGAICTSKYSSPFPCTGGEVIFKALSPPYDT
:.::. .:.: : :. :::: : :.:: : : ::::...:.:
CCDS27 VYRYFSYDCGADFPGVPLAPPRHWDDVV-----CESRYSEIEPSTEGEVIYRVLDPAIPI
180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB4 ENPYSAKVQEQLKITNLRVQLLKRQSCPCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGH
.:::...:. ::::::::.: . .. . : .: .. .::.:...:.:.::: ::
CCDS27 PDPYSSRIQNLLKITNLRVNLTRLHTLGDNLLDPRREIREKYYYALYELVVRGNCFCYGH
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270 280 290 300 310 320
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: .:. :.: :.:: . . ::. .:.: :: :.: ::..: :..:..
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: ::: :.: :: ::: .:.: . . : : :.. :
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CCDS42 KDISIGGQCVCNGHAEVC-------NINNPEKLF----RCECQHHTCGETCDRCCTGYNQ
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CCDS42 AGVNCEQCAKGYYRPYGVPVDAPDGCIPCSCDP--------EHADGCEQGSGRCHCKPNF
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CCDS42 HGDNCEKCAIGYYNF-PFCLRIPIFPVSTPSSEDPVAGDI--KGCDCNLEGVLPEICDAH
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pF1KB4 NKS--EPAWEWE--DA--QGFSALLHSGKCECKEQTLGNAKAFCGMKYSYVLKIKILSAH
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CCDS42 GRCLCRPGVEGPRCDTCRSGFYSFPICQACWCS--ALGSYQMPCSSVTGQCECRPGVTGQ
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pF1KB4 DKGTHVEVNVKIKKVLKSTKLKIFRGKRTLYPESWTDRGCTCPILNPGLEYLVAGHEDIR
CCDS42 RCDRCLSGAYDFPHCQGSSSACDPAGTINSNLGYCQCKLHVEGPTCSRCKLLYWNLDKEN
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CCDS33 MAKRLCAGSALCVRGPRGPAPLLLVGLALLGAARAREEAGGGFSLHPPYFNLAEGARIAA
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CCDS33 SATCGEEAPARGSPRPTEDLYCKLVGGPVAGGDPNQTIRGQYCDICTAANSNKAHPASNA
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CCDS33 IDGTER----WWQSPPLSRGLEYNEVNVTLDLGQVFHVAYVLIKFANSPRPDLWVLERSM
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CCDS33 DFGRTYQPWQFFASSKRDCLERFGPQTLERITRDDAAICTTEYSRIVPLENGEIVVSLVN
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