Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDB1439
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB1439, 2273 aa
1>>>pF1KSDB1439 2273 - 2273 aa - 2273 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6221+/-0.000476; mu= 20.8592+/- 0.030
mean_var=142.1664+/-28.848, 0's: 0 Z-trim(112.9): 249 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.107566
statistics sampled from 21679 (21938) to 21679 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.257), width: 16
Scan time: 22.660
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000341 (OMIM: 153800,248200,601691,601718,60411 (2273) 15305 2389.0 0
XP_016869871 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2242) 3708 589.3 1.7e-166
XP_005251830 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2263) 3708 589.3 1.7e-166
XP_016869869 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 3708 589.3 1.7e-166
XP_016869867 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 3708 589.3 1.7e-166
XP_016869870 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 3708 589.3 1.7e-166
XP_016869868 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 3708 589.3 1.7e-166
XP_011516641 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 3708 589.3 1.7e-166
XP_011516642 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 3708 589.3 1.7e-166
XP_005251833 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2203) 3706 589.0 2.1e-166
XP_011516644 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2142) 3705 588.8 2.3e-166
XP_006722681 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1365) 2882 460.9 4.6e-128
XP_011525938 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1365) 2882 460.9 4.6e-128
XP_011525934 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1994) 2882 461.1 6e-128
XP_011525931 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2137) 2882 461.1 6.4e-128
NP_061985 (OMIM: 605414,608907) ATP-binding casset (2146) 2882 461.1 6.4e-128
XP_011525930 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2146) 2882 461.1 6.4e-128
XP_016881631 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2061) 2576 413.6 1.2e-113
XP_011516646 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (1565) 2533 406.8 1e-111
XP_006717059 (OMIM: 600047) PREDICTED: ATP-binding (2435) 2288 369.0 3.9e-100
NP_001597 (OMIM: 600047) ATP-binding cassette sub- (2436) 2288 369.0 3.9e-100
NP_997698 (OMIM: 600047) ATP-binding cassette sub- (2466) 2288 369.0 3.9e-100
NP_005493 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) ATP- (2261) 2246 362.5 3.4e-98
XP_011516643 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2286) 2246 362.5 3.4e-98
NP_056472 (OMIM: 242500,601277,607800) ATP-binding (2277) 1862 302.9 3e-80
NP_775099 (OMIM: 242500,601277,607800) ATP-binding (2595) 1862 302.9 3.3e-80
XP_011509253 (OMIM: 242500,601277,607800) PREDICTE (2598) 1847 300.6 1.6e-79
XP_011513444 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4298) 1836 299.1 7.6e-79
XP_011513443 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4329) 1836 299.1 7.7e-79
XP_016867257 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4396) 1836 299.1 7.8e-79
XP_016867256 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4433) 1836 299.1 7.8e-79
XP_011513441 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4456) 1836 299.1 7.8e-79
XP_011513440 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4468) 1836 299.1 7.9e-79
XP_011513439 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4602) 1836 299.1 8e-79
XP_011525932 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2103) 1774 289.2 3.6e-76
XP_011525936 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1487) 1752 285.6 3e-75
XP_011525937 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1487) 1752 285.6 3e-75
XP_016881632 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1487) 1752 285.6 3e-75
XP_011525935 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1631) 1752 285.7 3.2e-75
XP_006722680 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1636) 1752 285.7 3.2e-75
XP_006722679 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (2128) 1687 275.7 4.2e-72
XP_011513445 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4030) 1627 266.6 4.2e-69
XP_011513446 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4024) 1619 265.4 1e-68
XP_011525933 (OMIM: 605414,608907) PREDICTED: ATP- (1997) 1394 230.2 2e-58
XP_011513438 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (4861) 1297 215.5 1.3e-53
XP_011513435 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (5013) 1297 215.5 1.3e-53
XP_011513434 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (5028) 1297 215.5 1.3e-53
NP_689914 (OMIM: 607807) ATP-binding cassette sub- (5058) 1297 215.5 1.3e-53
XP_011513432 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (5059) 1297 215.5 1.3e-53
XP_011513433 (OMIM: 607807) PREDICTED: ATP-binding (5028) 1196 199.8 6.8e-49
>>NP_000341 (OMIM: 153800,248200,601691,601718,604116) r (2273 aa)
initn: 15305 init1: 15305 opt: 15305 Z-score: 12836.3 bits: 2389.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 15305; 100.0% identity (100.0% similar) in 2273 aa overlap (1-2273:1-2273)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGFVRQIQLLLWKNWTLRKRQKIRFVVELVWPLSLFLVLIWLRNANPLYSHHECHFPNKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MGFVRQIQLLLWKNWTLRKRQKIRFVVELVWPLSLFLVLIWLRNANPLYSHHECHFPNKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD MPSAGMLPWLQGIFCNVNNPCFQSPTPGESPGIVSNYNNSILARVYRDFQELLMNAPESQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MPSAGMLPWLQGIFCNVNNPCFQSPTPGESPGIVSNYNNSILARVYRDFQELLMNAPESQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HLGRIWTELHILSQFMDTLRTHPERIAGRGIRIRDILKDEETLTLFLIKNIGLSDSVVYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HLGRIWTELHILSQFMDTLRTHPERIAGRGIRIRDILKDEETLTLFLIKNIGLSDSVVYL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LINSQVRPEQFAHGVPDLALKDIACSEALLERFIIFSQRRGAKTVRYALCSLSQGTLQWI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LINSQVRPEQFAHGVPDLALKDIACSEALLERFIIFSQRRGAKTVRYALCSLSQGTLQWI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EDTLYANVDFFKLFRVLPTLLDSRSQGINLRSWGGILSDMSPRIQEFIHRPSMQDLLWVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EDTLYANVDFFKLFRVLPTLLDSRSQGINLRSWGGILSDMSPRIQEFIHRPSMQDLLWVT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RPLMQNGGPETFTKLMGILSDLLCGYPEGGGSRVLSFNWYEDNNYKAFLGIDSTRKDPIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RPLMQNGGPETFTKLMGILSDLLCGYPEGGGSRVLSFNWYEDNNYKAFLGIDSTRKDPIY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SYDRRTTSFCNALIQSLESNPLTKIAWRAAKPLLMGKILYTPDSPAARRILKNANSTFEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SYDRRTTSFCNALIQSLESNPLTKIAWRAAKPLLMGKILYTPDSPAARRILKNANSTFEE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LEHVRKLVKAWEEVGPQIWYFFDNSTQMNMIRDTLGNPTVKDFLNRQLGEEGITAEAILN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LEHVRKLVKAWEEVGPQIWYFFDNSTQMNMIRDTLGNPTVKDFLNRQLGEEGITAEAILN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD FLYKGPRESQADDMANFDWRDIFNITDRTLRLVNQYLECLVLDKFESYNDETQLTQRALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FLYKGPRESQADDMANFDWRDIFNITDRTLRLVNQYLECLVLDKFESYNDETQLTQRALS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LLEENMFWAGVVFPDMYPWTSSLPPHVKYKIRMDIDVVEKTNKIKDRYWDSGPRADPVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LLEENMFWAGVVFPDMYPWTSSLPPHVKYKIRMDIDVVEKTNKIKDRYWDSGPRADPVED
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610 620 630 640 650 660
pF1KSD FRYIWGGFAYLQDMVEQGITRSQVQAEAPVGIYLQQMPYPCFVDDSFMIILNRCFPIFMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FRYIWGGFAYLQDMVEQGITRSQVQAEAPVGIYLQQMPYPCFVDDSFMIILNRCFPIFMV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LAWIYSVSMTVKSIVLEKELRLKETLKNQGVSNAVIWCTWFLDSFSIMSMSIFLLTIFIM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HGRILHYSDPFILFLFLLAFSTATIMLCFLLSTFFSKASLAAACSGVIYFTLYLPHILCF
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pF1KSD AWQDRMTAELKKAVSLLSPVAFGFGTEYLVRFEEQGLGLQWSNIGNSPTEGDEFSFLLSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AWQDRMTAELKKAVSLLSPVAFGFGTEYLVRFEEQGLGLQWSNIGNSPTEGDEFSFLLSM
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pF1KSD QMMLLDAAVYGLLAWYLDQVFPGDYGTPLPWYFLLQESYWLGGEGCSTREERALEKTEPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QMMLLDAAVYGLLAWYLDQVFPGDYGTPLPWYFLLQESYWLGGEGCSTREERALEKTEPL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
NP_000 TEETEDPEHPEGIHDSFFEREHPGWVPGVCVKNLVKIFEPCGRPAVDRLNITFYENQITA
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pF1KSD FLGHNGAGKTTTLSILTGLLPPTSGTVLVGGRDIETSLDAVRQSLGMCPQHNILFHHLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FLGHNGAGKTTTLSILTGLLPPTSGTVLVGGRDIETSLDAVRQSLGMCPQHNILFHHLTV
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pF1KSD AEHMLFYAQLKGKSQEEAQLEMEAMLEDTGLHHKRNEEAQDLSGGMQRKLSVAIAFVGDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AEHMLFYAQLKGKSQEEAQLEMEAMLEDTGLHHKRNEEAQDLSGGMQRKLSVAIAFVGDA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KVVILDEPTSGVDPYSRRSIWDLLLKYRSGRTIIMSTHHMDEADLLGDRIAIIAQGRLYC
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pF1KSD SGTPLFLKNCFGTGLYLTLVRKMKNIQSQRKGSEGTCSCSSKGFSTTCPAHVDDLTPEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SGTPLFLKNCFGTGLYLTLVRKMKNIQSQRKGSEGTCSCSSKGFSTTCPAHVDDLTPEQV
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1210 1220 1230 1240 1250 1260
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LDGDVNELMDVVLHHVPEAKLVECIGQELIFLLPNKNFKHRAYASLFRELEETLADLGLS
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1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD SFGISDTPLEEIFLKVTEDSDSGPLFAGGAQQKRENVNPRHPCLGPREKAGQTPQDSNVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SFGISDTPLEEIFLKVTEDSDSGPLFAGGAQQKRENVNPRHPCLGPREKAGQTPQDSNVC
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pF1KSD SPGAPAAHPEGQPPPEPECPGPQLNTGTQLVLQHVQALLVKRFQHTIRSHKDFLAQIVLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SPGAPAAHPEGQPPPEPECPGPQLNTGTQLVLQHVQALLVKRFQHTIRSHKDFLAQIVLP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ATFVFLALMLSIVIPPFGEYPALTLHPWIYGQQYTFFSMDEPGSEQFTVLADVLLNKPGF
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1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD GNRCLKEGWLPEYPCGNSTPWKTPSVSPNITQLFQKQKWTQVNPSPSCRCSTREKLTMLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GNRCLKEGWLPEYPCGNSTPWKTPSVSPNITQLFQKQKWTQVNPSPSCRCSTREKLTMLP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ECPEGAGGLPPPQRTQRSTEILQDLTDRNISDFLVKTYPALIRSSLKSKFWVNEQRYGGI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SIGGKLPVVPITGEALVGFLSDLGRIMNVSGGPITREASKEIPDFLKHLETEDNIKVWFN
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pF1KSD NKGWHALVSFLNVAHNAILRASLPKDRSPEEYGITVISQPLNLTKEQLSEITVLTTSVDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NKGWHALVSFLNVAHNAILRASLPKDRSPEEYGITVISQPLNLTKEQLSEITVLTTSVDA
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pF1KSD VVAICVIFSMSFVPASFVLYLIQERVNKSKHLQFISGVSPTTYWVTNFLWDIMNYSVSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VVAICVIFSMSFVPASFVLYLIQERVNKSKHLQFISGVSPTTYWVTNFLWDIMNYSVSAG
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pF1KSD LVVGIFIGFQKKAYTSPENLPALVALLLLYGWAVIPMMYPASFLFDVPSTAYVALSCANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LVVGIFIGFQKKAYTSPENLPALVALLLLYGWAVIPMMYPASFLFDVPSTAYVALSCANL
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pF1KSD FIGINSSAITFILELFENNRTLLRFNAVLRKLLIVFPHFCLGRGLIDLALSQAVTDVYAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FIGINSSAITFILELFENNRTLLRFNAVLRKLLIVFPHFCLGRGLIDLALSQAVTDVYAR
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
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