Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5528
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5528, 1423 aa
1>>>pF1KB5528 1423 - 1423 aa - 1423 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8001+/-0.00128; mu= -6.0791+/- 0.076
mean_var=354.5597+/-74.136, 0's: 0 Z-trim(111.2): 118 B-trim: 331 in 1/51
Lambda= 0.068113
statistics sampled from 12088 (12194) to 12088 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16
Scan time: 6.340
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13407.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1424) 9584 957.2 0
CCDS13406.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1420) 9565 955.3 0
CCDS54472.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1415) 4086 416.9 2.1e-115
CCDS47872.1 NCOA2 gene_id:10499|Hs108|chr8 (1464) 2532 264.2 2e-69
CCDS1713.1 NCOA1 gene_id:8648|Hs108|chr2 (1399) 1487 161.5 1.6e-38
CCDS42660.1 NCOA1 gene_id:8648|Hs108|chr2 (1440) 1487 161.5 1.6e-38
CCDS1712.1 NCOA1 gene_id:8648|Hs108|chr2 (1441) 1487 161.5 1.6e-38
>>CCDS13407.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1424 aa)
initn: 8346 init1: 8346 opt: 9584 Z-score: 5105.2 bits: 957.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 9584; 99.9% identity (99.9% similar) in 1424 aa overlap (1-1423:1-1424)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSGLGENLDPLASDSRKRKLPCDTPGQGLTCSGEKRRREQESKYIEELAELISANLSDID
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CCDS13 MSGLGENLDPLASDSRKRKLPCDTPGQGLTCSGEKRRREQESKYIEELAELISANLSDID
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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CCDS13 NFNVKPDKCAILKETVRQIRQIKEQGKTISNDDDVQKADVSSTGQGVIDKDSLGPLLLQA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LDGFLFVVNRDGNIVFVSENVTQYLQYKQEDLVNTSVYNILHEEDRKDFLKNLPKSTVNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LDGFLFVVNRDGNIVFVSENVTQYLQYKQEDLVNTSVYNILHEEDRKDFLKNLPKSTVNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VSWTNETQRQKSHTFNCRMLMKTPHDILEDINASPEMRQRYETMQCFALSQPRAMMEEGE
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CCDS13 VSWTNETQRQKSHTFNCRMLMKTPHDILEDINASPEMRQRYETMQCFALSQPRAMMEEGE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS13 DLQSCMICVARRITTGERTFPSNPESFITRHDLSGKVVNIDTNSLRSSMRPGFEDIIRRC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IQRFFSLNDGQSWSQKRHYQEAYLNGHAETPVYRFSLADGTIVTAQTKSKLFRNPVTNDR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HGFVSTHFLQREQNGYRPNPNPVGQGIRPPMAGCNSSVGGMSMSPNQGLQMPSSRAYGLA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DPSTTGQMSGARYGGSSNIASLTPGPGMQSPSSYQNNNYGLNMSSPPHGSPGLAPNQQNI
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490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MISPRNRGSPKIASHQFSPVAGVHSPMASSGNTGNHSFSSSSLSALQAISEGVGTSLLST
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550 560 570 580 590 600
pF1KB5 LSSPGPKLDNSPNMNITQPSKVSNQDSKSPLGFYCDQNPVESSMCQSNSRDHLSDKESKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LSSPGPKLDNSPNMNITQPSKVSNQDSKSPLGFYCDQNPVESSMCQSNSRDHLSDKESKE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 SSVEGAENQRGPLESKGHKKLLQLLTCSSDDRGHSSLTNSPLDSSCKESSVSVTSPSGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSVEGAENQRGPLESKGHKKLLQLLTCSSDDRGHSSLTNSPLDSSCKESSVSVTSPSGVS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 SSTSGGVSSTSNMHGSLLQEKHRILHKLLQNGNSPAEVAKITAEATGKDTSSITSCGDGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSTSGGVSSTSNMHGSLLQEKHRILHKLLQNGNSPAEVAKITAEATGKDTSSITSCGDGN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 VVKQEQLSPKKKENNALLRYLLDRDDPSDALSKELQPQVEGVDNKMSQCTSSTIPSSSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VVKQEQLSPKKKENNALLRYLLDRDDPSDALSKELQPQVEGVDNKMSQCTSSTIPSSSQE
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790 800 810 820 830 840
pF1KB5 KDPKIKTETSEEGSGDLDNLDAILGDLTSSDFYNNSISSNGSHLGTKQQVFQGTNSLGLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KDPKIKTETSEEGSGDLDNLDAILGDLTSSDFYNNSISSNGSHLGTKQQVFQGTNSLGLK
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850 860 870 880 890 900
pF1KB5 SSQSVQSIRPPYNRAVSLDSPVSVGSSPPVKNISAFPMLPKQPMLGGNPRMMDSQENYGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSQSVQSIRPPYNRAVSLDSPVSVGSSPPVKNISAFPMLPKQPMLGGNPRMMDSQENYGS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SMGGPNRNVTVTQTPSSGDWGLPNSKAGRMEPMNSNSMGRPGGDYNTSLPRPALGGSIPT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LPLRSNSIPGARPVLQQQQQMLQMRPGEIPMGMGANPYGQAAASNQLGSWPDGMLSMEQV
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB5 SHGTQNRPLLRNSLDDLVGPPSNLEGQSDERALLDQLHTLLSNTDATGLEEIDRALGIPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SHGTQNRPLLRNSLDDLVGPPSNLEGQSDERALLDQLHTLLSNTDATGLEEIDRALGIPE
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pF1KB5 LVNQGQALEPKQDAFQGQEAAVMMDQKAGLYGQTYPAQGPPMQGGFHLQGQSPSFNSMMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LVNQGQALEPKQDAFQGQEAAVMMDQKAGLYGQTYPAQGPPMQGGFHLQGQSPSFNSMMN
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB5 QMNQQGNFPLQGMHPRANIMRPRTNTPKQLRMQLQQRLQGQQFLNQSRQALELKMENPTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QMNQQGNFPLQGMHPRANIMRPRTNTPKQLRMQLQQRLQGQQFLNQSRQALELKMENPTA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250
pF1KB5 GGAAVMRPMMQPQVSSQ-GFLNAQMVAQRSRELLSHHFRQQRVAMMMQQQQQQQQQQQQQ
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GGAAVMRPMMQPQVSSQQGFLNAQMVAQRSRELLSHHFRQQRVAMMMQQQQQQQQQQQQQ
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KB5 QQQQQQQQQQQQQQQQTQAFSPPPNVTASPSMDGLLAGPTMPQAPPQQFPYQPNYGMGQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QQQQQQQQQQQQQQQQTQAFSPPPNVTASPSMDGLLAGPTMPQAPPQQFPYQPNYGMGQQ
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1320 1330 1340 1350 1360 1370
pF1KB5 PDPAFGRVSSPPNAMMSSRMGPSQNPMMQHPQAASIYQSSEMKGWPSGNLARNSSFSQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PDPAFGRVSSPPNAMMSSRMGPSQNPMMQHPQAASIYQSSEMKGWPSGNLARNSSFSQQQ
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1380 1390 1400 1410 1420
pF1KB5 FAHQGNPAVYSMVHMNGSSGHMGQMNMNPMPMSGMPMGPDQKYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FAHQGNPAVYSMVHMNGSSGHMGQMNMNPMPMSGMPMGPDQKYC
1390 1400 1410 1420
>>CCDS13406.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1420 aa)
initn: 8441 init1: 8260 opt: 9565 Z-score: 5095.1 bits: 955.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 9565; 99.8% identity (99.8% similar) in 1423 aa overlap (1-1423:1-1420)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSGLGENLDPLASDSRKRKLPCDTPGQGLTCSGEKRRREQESKYIEELAELISANLSDID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MSGLGENLDPLASDSRKRKLPCDTPGQGLTCSGEKRRREQESKYIEELAELISANLSDID
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NFNVKPDKCAILKETVRQIRQIKEQGKTISNDDDVQKADVSSTGQGVIDKDSLGPLLLQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NFNVKPDKCAILKETVRQIRQIKEQGKTISNDDDVQKADVSSTGQGVIDKDSLGPLLLQA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LDGFLFVVNRDGNIVFVSENVTQYLQYKQEDLVNTSVYNILHEEDRKDFLKNLPKSTVNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LDGFLFVVNRDGNIVFVSENVTQYLQYKQEDLVNTSVYNILHEEDRKDFLKNLPKSTVNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VSWTNETQRQKSHTFNCRMLMKTPHDILEDINASPEMRQRYETMQCFALSQPRAMMEEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VSWTNETQRQKSHTFNCRMLMKTPHDILEDINASPEMRQRYETMQCFALSQPRAMMEEGE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DLQSCMICVARRITTGERTFPSNPESFITRHDLSGKVVNIDTNSLRSSMRPGFEDIIRRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DLQSCMICVARRITTGERTFPSNPESFITRHDLSGKVVNIDTNSLRSSMRPGFEDIIRRC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IQRFFSLNDGQSWSQKRHYQEAYLNGHAETPVYRFSLADGTIVTAQTKSKLFRNPVTNDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IQRFFSLNDGQSWSQKRHYQEAYLNGHAETPVYRFSLADGTIVTAQTKSKLFRNPVTNDR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 HGFVSTHFLQREQNGYRPNPNPVGQGIRPPMAGCNSSVGGMSMSPNQGLQMPSSRAYGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HGFVSTHFLQREQNGYRPNPNPVGQGIRPPMAGCNSSVGGMSMSPNQGLQMPSSRAYGLA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DPSTTGQMSGARYGGSSNIASLTPGPGMQSPSSYQNNNYGLNMSSPPHGSPGLAPNQQNI
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pF1KB5 MISPRNRGSPKIASHQFSPVAGVHSPMASSGNTGNHSFSSSSLSALQAISEGVGTSLLST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MISPRNRGSPKIASHQFSPVAGVHSPMASSGNTGNHSFSSSSLSALQAISEGVGTSLLST
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pF1KB5 LSSPGPKLDNSPNMNITQPSKVSNQDSKSPLGFYCDQNPVESSMCQSNSRDHLSDKESKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LSSPGPKLDNSPNMNITQPSKVSNQDSKSPLGFYCDQNPVESSMCQSNSRDHLSDKESKE
550 560 570 580 590 600
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pF1KB5 SSVEGAENQRGPLESKGHKKLLQLLTCSSDDRGHSSLTNSPLDSSCKESSVSVTSPSGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSVEGAENQRGPLESKGHKKLLQLLTCSSDDRGHSSLTNSPLDSSCKESSVSVTSPSGVS
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670 680 690 700 710 720
pF1KB5 SSTSGGVSSTSNMHGSLLQEKHRILHKLLQNGNSPAEVAKITAEATGKDTSSITSCGDGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSTSGGVSSTSNMHGSLLQEKHRILHKLLQNGNSPAEVAKITAEATGKDTSSITSCGDGN
670 680 690 700 710 720
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pF1KB5 VVKQEQLSPKKKENNALLRYLLDRDDPSDALSKELQPQVEGVDNKMSQCTSSTIPSSSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VVKQEQLSPKKKENNALLRYLLDRDDPSDALSKELQPQVEGVDNKMSQCTSSTIPSSSQE
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pF1KB5 KDPKIKTETSEEGSGDLDNLDAILGDLTSSDFYNNSISSNGSHLGTKQQVFQGTNSLGLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KDPKIKTETSEEGSGDLDNLDAILGDLTSSDFYNNSISSNGSHLGTKQQVFQGTNSLGLK
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850 860 870 880 890 900
pF1KB5 SSQSVQSIRPPYNRAVSLDSPVSVGSSPPVKNISAFPMLPKQPMLGGNPRMMDSQENYGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSQSVQSIRPPYNRAVSLDSPVSVGSSPPVKNISAFPMLPKQPMLGGNPRMMDSQENYGS
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pF1KB5 SMGGPNRNVTVTQTPSSGDWGLPNSKAGRMEPMNSNSMGRPGGDYNTSLPRPALGGSIPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SMGGPNRNVTVTQTPSSGDWGLPNSKAGRMEPMNSNSMGRPGGDYNTSLPRPALGGSIPT
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pF1KB5 LPLRSNSIPGARPVLQQQQQMLQMRPGEIPMGMGANPYGQAAASNQLGSWPDGMLSMEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LPLRSNSIPGARPVLQQQQQMLQMRPGEIPMGMGANPYGQAAASNQLGSWPDGMLSMEQV
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pF1KB5 SHGTQNRPLLRNSLDDLVGPPSNLEGQSDERALLDQLHTLLSNTDATGLEEIDRALGIPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SHGTQNRPLLRNSLDDLVGPPSNLEGQSDERALLDQLHTLLSNTDATGLEEIDRALGIPE
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pF1KB5 LVNQGQALEPKQDAFQGQEAAVMMDQKAGLYGQTYPAQGPPMQGGFHLQGQSPSFNSMMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LVNQGQALEPKQDAFQGQEAAVMMDQKAGLYGQTYPAQGPPMQGGFHLQGQSPSFNSMMN
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB5 QMNQQGNFPLQGMHPRANIMRPRTNTPKQLRMQLQQRLQGQQFLNQSRQALELKMENPTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QMNQQGNFPLQGMHPRANIMRPRTNTPKQLRMQLQQRLQGQQFLNQSRQALELKMENPTA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB5 GGAAVMRPMMQPQVSSQGFLNAQMVAQRSRELLSHHFRQQRVAMMMQQQQQQQQQQQQQQ
::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GGAAVMRPMMQPQ---QGFLNAQMVAQRSRELLSHHFRQQRVAMMMQQQQQQQQQQQQQQ
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pF1KB5 QQQQQQQQQQQQQQQTQAFSPPPNVTASPSMDGLLAGPTMPQAPPQQFPYQPNYGMGQQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QQQQQQQQQQQQQQQTQAFSPPPNVTASPSMDGLLAGPTMPQAPPQQFPYQPNYGMGQQP
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1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB5 DPAFGRVSSPPNAMMSSRMGPSQNPMMQHPQAASIYQSSEMKGWPSGNLARNSSFSQQQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DPAFGRVSSPPNAMMSSRMGPSQNPMMQHPQAASIYQSSEMKGWPSGNLARNSSFSQQQF
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1390 1400 1410 1420
pF1KB5 AHQGNPAVYSMVHMNGSSGHMGQMNMNPMPMSGMPMGPDQKYC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AHQGNPAVYSMVHMNGSSGHMGQMNMNPMPMSGMPMGPDQKYC
1380 1390 1400 1410 1420
>>CCDS54472.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1415 aa)
initn: 6196 init1: 3841 opt: 4086 Z-score: 2185.4 bits: 416.9 E(32554): 2.1e-115
Smith-Waterman score: 9396; 98.0% identity (98.0% similar) in 1433 aa overlap (1-1423:1-1415)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSGLGENLDPLASDSRKRKLPCDTPGQGLTCSGEKRRREQESKYIEELAELISANLSDID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MSGLGENLDPLASDSRKRKLPCDTPGQGLTCSGEKRRREQESKYIEELAELISANLSDID
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NFNVKPDKCAILKETVRQIRQIKEQGKTISNDDDVQKADVSSTGQGVIDKDSLGPLLLQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NFNVKPDKCAILKETVRQIRQIKEQGKTISNDDDVQKADVSSTGQGVIDKDSLGPLLLQA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LDGFLFVVNRDGNIVFVSENVTQYLQYKQEDLVNTSVYNILHEEDRKDFLKNLPKSTVNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LDGFLFVVNRDGNIVFVSENVTQYLQYKQEDLVNTSVYNILHEEDRKDFLKNLPKSTVNG
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