Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5439
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5439, 207 aa
1>>>pF1KB5439 207 - 207 aa - 207 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5974+/-0.00102; mu= 11.6934+/- 0.061
mean_var=83.0027+/-17.021, 0's: 0 Z-trim(105.4): 206 B-trim: 268 in 1/49
Lambda= 0.140776
statistics sampled from 8177 (8414) to 8177 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.258), width: 16
Scan time: 1.740
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 1364 286.8 6.6e-78
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 696 151.1 4.5e-37
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 688 149.5 1.4e-36
CCDS73011.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 ( 199) 618 135.2 2.6e-32
CCDS76258.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 ( 157) 461 103.3 8.6e-23
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 437 98.5 3.2e-21
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 437 98.5 3.6e-21
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 434 97.9 4.8e-21
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 430 97.1 8.7e-21
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 429 96.9 9.7e-21
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 427 96.5 1.3e-20
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 426 96.2 1.5e-20
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 426 96.3 1.5e-20
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 425 96.1 1.7e-20
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 424 95.8 1.9e-20
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 423 95.6 2.1e-20
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 421 95.2 3e-20
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 417 94.4 5.2e-20
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 417 94.4 5.4e-20
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 416 94.2 5.9e-20
CCDS8281.1 RAB38 gene_id:23682|Hs108|chr11 ( 211) 416 94.2 6.1e-20
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 416 94.2 6.2e-20
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 415 94.0 7.2e-20
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 414 93.8 7.8e-20
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 411 93.2 1.2e-19
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 410 93.0 1.6e-19
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 404 91.8 3.3e-19
CCDS1459.1 RAB29 gene_id:8934|Hs108|chr1 ( 203) 403 91.6 3.7e-19
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 402 91.4 4.5e-19
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 401 91.2 5.4e-19
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 400 91.0 5.6e-19
CCDS5210.1 RAB32 gene_id:10981|Hs108|chr6 ( 225) 400 91.0 6.1e-19
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 398 90.6 7.9e-19
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 396 90.1 9.6e-19
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 395 90.0 1.3e-18
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 393 89.6 1.6e-18
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 389 88.7 2.6e-18
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 389 88.8 2.8e-18
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 389 88.8 2.9e-18
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 389 88.8 2.9e-18
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 388 88.5 3.2e-18
CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX ( 221) 385 87.9 5e-18
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 379 86.7 1.1e-17
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 379 86.7 1.1e-17
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 378 86.5 1.3e-17
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 377 86.3 1.5e-17
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 377 86.4 1.7e-17
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 377 86.4 1.7e-17
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 376 86.1 1.7e-17
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 373 85.5 2.7e-17
>>CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 (207 aa)
initn: 1364 init1: 1364 opt: 1364 Z-score: 1512.1 bits: 286.8 E(32554): 6.6e-78
Smith-Waterman score: 1364; 100.0% identity (100.0% similar) in 207 aa overlap (1-207:1-207)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB5 ELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
190 200
>>CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX (201 aa)
initn: 710 init1: 679 opt: 696 Z-score: 779.1 bits: 151.1 E(32554): 4.5e-37
Smith-Waterman score: 696; 52.2% identity (80.8% similar) in 203 aa overlap (3-205:2-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
: :..:::::.:::.::::.::::.::..::..: :::..::.... :: :.::.:
CCDS14 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
::::::::::.:: . ::::::::.:.:.: ..:..: .:. ::. :. .:::.:::
CCDS14 IWDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
::::::.: :.:::.:..::.::. ... ::.:::::. :: ::. .:..: : ..
CCDS14 VVLGNKVDKEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQL
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB5 ELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
: . . . : : :. .::.. :
CCDS14 E-HCMLGHTI--DLNSGSKAGSSCC
180 190 200
>>CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX (201 aa)
initn: 675 init1: 675 opt: 688 Z-score: 770.3 bits: 149.5 E(32554): 1.4e-36
Smith-Waterman score: 688; 50.7% identity (79.6% similar) in 201 aa overlap (5-205:4-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
:. :.:::.:::.::::.::::.::..::..: :::..::.:.. :: ..::::
CCDS14 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
::::::::::.:: . ::::.:::.:.:.: ..:..:..:. ::. :. ..::.:::
CCDS14 IWDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFPF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
:.::::::. .:::.:..::::: .... ::::::::.: :: ::. .: .: : .
CCDS14 VILGNKIDISERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATEDRS
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB5 ELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
. . . ..: . . : :. :
CCDS14 DHLIQ-TDTVNLHR--KPKPSSSCC
180 190 200
>>CCDS73011.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 (199 aa)
initn: 584 init1: 390 opt: 618 Z-score: 693.5 bits: 135.2 E(32554): 2.6e-32
Smith-Waterman score: 618; 49.2% identity (77.4% similar) in 195 aa overlap (1-195:1-192)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
:. :::: ::.::.: :::::::..:::.: : ..:..:.::..:.: ... : . .:
CCDS73 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
::::.:::::.:. .::.:.: :.:.:::: ..:..:: :: . : . : . ...:.
CCDS73 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPME-QSYPM
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
:.::::::: .:.: . ::.:: :. :::::.:::. ::: :::. .: ::.. .
CCDS73 VLLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREKD-IPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSI
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB5 ELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
: :.. : :::. .
CCDS73 -LENHLTESIKLSPDQSRSRCC
180 190
>>CCDS76258.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 (157 aa)
initn: 449 init1: 390 opt: 461 Z-score: 522.7 bits: 103.3 E(32554): 8.6e-23
Smith-Waterman score: 461; 50.4% identity (81.2% similar) in 133 aa overlap (1-133:1-132)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
:. :::: ::.::.: :::::::..:::.: : ..:..:.::..:.: ... : . .:
CCDS76 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
::::.:::::.:. .::.:.: :.:.:::: ..:..:: :: . : . : . ...:.
CCDS76 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGDVLAKIVPME-QSYPM
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
:.::::::: .:.
CCDS76 VLLGNKIDLADRKYQSILENHLTESIKLSPDQSRSRCC
120 130 140 150
>>CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (216 aa)
initn: 423 init1: 329 opt: 437 Z-score: 494.4 bits: 98.5 E(32554): 3.2e-21
Smith-Waterman score: 437; 39.7% identity (68.6% similar) in 204 aa overlap (9-206:22-215)
10 20 30 40
pF1KB5 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLT
.:...::.:.:::.::. ..:. .: . ..:::: :::
CCDS11 MAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 KEVMVDDRLVTMQIWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFL
. : .:: : ..:::::::::..::. .::::. ..:.:.: .:: .: :.
CCDS11 QTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDTFARAKNWVKELQ
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 IQASPRDPENFPFVVLGNKIDLEN-RQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAF
:::: :. ... ::: :: . : : ..:::. . :.. ..::::: :.::.. :
CCDS11 RQASP----NIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYA-DDNSLLFMETSAKTAMNVNEIF
130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KB5 QTIARNALKQETEVELYNEFPEP-----IKLDKNDRAKASAESCSC
..::.. :.: . : : . :..:. :. : . ::
CCDS11 MAIAKKLPKNEPQ----NATGAPGRNRGVDLQENNPASRS-QCCSN
180 190 200 210
>>CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (249 aa)
initn: 423 init1: 329 opt: 437 Z-score: 493.5 bits: 98.5 E(32554): 3.6e-21
Smith-Waterman score: 437; 39.7% identity (68.6% similar) in 204 aa overlap (9-206:55-248)
10 20 30
pF1KB5 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYK
.:...::.:.:::.::. ..:. .: . .
CCDS58 LWTTTAGRAMAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQE
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 ATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQIWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKT
.:::: :::. : .:: : ..:::::::::..::. .::::. ..:.:.: .::
CCDS58 STIGAAFLTQTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDTFAR
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 LDSWRDEFLIQASPRDPENFPFVVLGNKIDLEN-RQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAK
.: :. :::: :. ... ::: :: . : : ..:::. . :.. ..:::::
CCDS58 AKNWVKELQRQASP----NIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYA-DDNSLLFMETSAK
150 160 170 180 190
160 170 180 190 200
pF1KB5 EAINVEQAFQTIARNALKQETEVELYNEFPEP-----IKLDKNDRAKASAESCSC
:.::.. :..::.. :.: . : : . :..:. :. : . ::
CCDS58 TAMNVNEIFMAIAKKLPKNEPQ----NATGAPGRNRGVDLQENNPASRS-QCCSN
200 210 220 230 240
>>CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 (208 aa)
initn: 445 init1: 320 opt: 434 Z-score: 491.3 bits: 97.9 E(32554): 4.8e-21
Smith-Waterman score: 434; 37.0% identity (69.5% similar) in 200 aa overlap (9-207:14-208)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDR
.:...::...::::::..... .:.: :.:::: :::.: ....::
CCDS30 MSAGGDFGNPLRKFKLVFLGEQSVGKTSLITRFMYDSFDNTYQATIGIDFLSKTMYLEDR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LVTMQIWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDP
: .:.:::::::::.:: .. : . :.:.:.: :.:. ..: :. . .
CCDS30 TVRLQLWDTAGQERFRSLIPSYIRDSTVAVVVYDITNLNSFQQTSKWIDDVRTERGS---
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ENFPFVVLGNKIDL-ENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNAL
. ....::: :: ..::.. .... .. .. ..::::: . ::.: :. .:
CCDS30 -DVIIMLVGNKTDLADKRQITIEEGEQRA-KELSVMFIETSAKTGYNVKQLFRRVASALP
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB5 KQETEVELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
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