Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5244
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5244, 356 aa
1>>>pF1KB5244 356 - 356 aa - 356 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8499+/-0.00089; mu= 3.9335+/- 0.054
mean_var=274.5804+/-55.100, 0's: 0 Z-trim(115.7): 30 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.077400
statistics sampled from 16210 (16236) to 16210 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.803), E-opt: 0.2 (0.499), width: 16
Scan time: 2.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2283.1 NEUROD1 gene_id:4760|Hs108|chr2 ( 356) 2432 284.1 1.2e-76
CCDS8886.1 NEUROD4 gene_id:58158|Hs108|chr12 ( 331) 1102 135.6 6e-32
CCDS11338.1 NEUROD2 gene_id:4761|Hs108|chr17 ( 382) 1092 134.5 1.4e-31
CCDS5434.1 NEUROD6 gene_id:63974|Hs108|chr7 ( 337) 1011 125.4 6.9e-29
>>CCDS2283.1 NEUROD1 gene_id:4760|Hs108|chr2 (356 aa)
initn: 2432 init1: 2432 opt: 2432 Z-score: 1489.3 bits: 284.1 E(32554): 1.2e-76
Smith-Waterman score: 2432; 99.7% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:1-356)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS22 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLETMNAEEDSLRNGGEEE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 DEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 TNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSSHVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 TNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSSHVF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 HVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 MHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
310 320 330 340 350
>>CCDS8886.1 NEUROD4 gene_id:58158|Hs108|chr12 (331 aa)
initn: 1187 init1: 714 opt: 1102 Z-score: 687.1 bits: 135.6 E(32554): 6e-32
Smith-Waterman score: 1207; 52.9% identity (77.9% similar) in 357 aa overlap (1-354:1-329)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDD---LEAMNAEEDSLRNGG
:.:.. .: ::: . ::: :. :.::.: .: ... : ... :.::.
CCDS88 MSKTFVKSKEMGEL--VNTPSWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHDSI----
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGL
:::::::.: .::::::::::::::::::::. ::.:::::::.:::::
CCDS88 -----------EEEEEEEEDGEKPKRRGPKKKKMTKARLERFRARRVKANARERTRMHGL
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
: ::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::.:..:..:. .::. ::::::
CCDS88 NDALDNLRRVMPCYSKTQKLSKIETLRLARNYIWALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
:::.:::::::::.:.. : :...: : .: . :: ..:::::::::::: :..
CCDS88 QPTSNLVAGCLQLGPQSVLLEKHEDKSPICDSA---ISVHNFNYQSPGLPSPPYGHMET-
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 HVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
:..:.: :..... : : : : ::..: ..:::.:::::.::::.:.. : ..::.:
CCDS88 HLLHLK--PQVFKSLGESSFGSHLPDCSTPPYEGPLTPPLSISGNFSLKQDGSPDLEKSY
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
.: :::...:.... :.. :.. ..:: ..::: ::.::. :: ...:::..:
CCDS88 SFMPHYPSSSLSSGHVHSTPFQA-GTPRYDVPID--MSYDSYPHHG--IGTQLNTVFTE
280 290 300 310 320 330
>>CCDS11338.1 NEUROD2 gene_id:4761|Hs108|chr17 (382 aa)
initn: 1075 init1: 811 opt: 1092 Z-score: 680.3 bits: 134.5 E(32554): 1.4e-31
Smith-Waterman score: 1092; 51.5% identity (69.5% similar) in 361 aa overlap (6-356:31-382)
10 20 30
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGP-PSWTDECLSSQDEEH
:..: : : .: :. ...
CCDS11 MLTRLFSEPGLLSDVPKFASWGDGEDDEPRSDKGDAPPPPPPAPGPGAPGPARAAKPVPL
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 EADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKA
.... . : :: : :::::.: ::::: .: . ..::.:::::.:::::
CCDS11 RGEEGTEATLAEVKEEGEL--GGEEEEE----EEEEEGLDEAEGERPKKRGPKKRKMTKA
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 RLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALS
:::: ::::.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RLERSKLRRQKANARERNRMHDLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 EILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASF
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CCDS11 EILRSGKRPDLVSYVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNSRNFLTEQGADGAGRFHGSGGPF
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 PVHPYSYQSP---GLPSPPYGTMDSSHVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFD-
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CCDS11 AMHPYPYPCSRLAGAQCQAAGGLGGGAAHALRT--HGYCAAYETLYAAAGGGGASPDYNS
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KB5 ----GPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRC
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CCDS11 SEYEGPLSPPLCLNGNFSLKQDSSPDHEKSYHYSMHYSALPGSRPTGHGLVF-GSSAVRG
300 310 320 330 340 350
330 340 350
pF1KB5 EIPIDNIMSFDSHSHHER-VMSAQLNAIFHD
. .:..:.: : ::.: : .:::.::.
CCDS11 GVHSENLLSYDMHLHHDRGPMYEELNAFFHN
360 370 380
>>CCDS5434.1 NEUROD6 gene_id:63974|Hs108|chr7 (337 aa)
initn: 941 init1: 724 opt: 1011 Z-score: 632.1 bits: 125.4 E(32554): 6.9e-29
Smith-Waterman score: 1053; 49.9% identity (71.9% similar) in 359 aa overlap (1-356:2-337)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEE
.: ..:: .: :. : ... :: ..... : :. . . . :.. . :
CCDS54 MLTLPFDESVVM--PESQMCRKFSREC----EDQKQIKKPESFSKQIVLRGKSIKRAPGE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNA
: : : ::::..::::.. :.::: .::: :: :::: :.::..:::::::::::::
CCDS54 ETEKE--EEEEDREEEDENGLPRRRGLRKKKTTKLRLERVKFRRQEANARERNRMHGLND
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: :::..:::.::::::::
CCDS54 ALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRIGKRPDLLTFVQNLCKGLSQP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 TTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPP-YGTMDSSH
:::::::::::: :.:: :. . : . ..: .: :.:: : .:: .::.:.:.
CCDS54 TTNLVAGCLQLNARSFLMGQGGEAAHHTRSPYSTF--YP-PYHSPELTTPPGHGTLDNSK
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 VFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPP-LSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
.. :. : .: : :.:: .:.::.:.:::::: .. :: ::.:.: . .. :::
CCDS54 SMK----PYNYCSAYESFYESTSPECASPQFEGPLSPPPINYNGIFSLKQEETLDYGKNY
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERV-MSAQLNAIFHD
. ::: :. : ..:..: ..: :. . .: : . . . :. .:::.::.
CCDS54 NYGMHYCAVPPRGPLGQGAMF--------RLPTDSHFPYDLHLRSQSLTMQDELNAVFHN
290 300 310 320 330
356 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 16:25:58 2016 done: Thu Nov 3 16:25:59 2016
Total Scan time: 2.880 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]