Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3682
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3682, 752 aa
1>>>pF1KB3682 752 - 752 aa - 752 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4569+/-0.000499; mu= 15.0982+/- 0.031
mean_var=118.8704+/-22.942, 0's: 0 Z-trim(111.6): 79 B-trim: 51 in 1/52
Lambda= 0.117635
statistics sampled from 20221 (20295) to 20221 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16
Scan time: 10.900
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016860272 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) P ( 752) 5032 866.2 0
NP_009330 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) sign ( 750) 5010 862.4 0
XP_006712781 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) P ( 750) 5010 862.4 0
NP_644671 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) sign ( 712) 4762 820.3 0
XP_005257673 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 769) 2643 460.7 9.9e-129
XP_016880464 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 769) 2643 460.7 9.9e-129
NP_003141 (OMIM: 102582,147060,615952) signal tran ( 769) 2643 460.7 9.9e-129
XP_005257674 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 770) 2643 460.7 9.9e-129
NP_644805 (OMIM: 102582,147060,615952) signal tran ( 770) 2643 460.7 9.9e-129
XP_011523447 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 770) 2643 460.7 9.9e-129
XP_016880465 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 721) 2614 455.8 2.8e-127
XP_016880462 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 721) 2614 455.8 2.8e-127
XP_016880463 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 721) 2614 455.8 2.8e-127
XP_016880461 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 722) 2614 455.8 2.8e-127
XP_011523448 (OMIM: 102582,147060,615952) PREDICTE ( 722) 2614 455.8 2.8e-127
NP_998827 (OMIM: 102582,147060,615952) signal tran ( 722) 2614 455.8 2.8e-127
XP_006712782 (OMIM: 600558,612253) PREDICTED: sign ( 748) 2569 448.2 5.8e-125
NP_001230764 (OMIM: 600558,612253) signal transduc ( 748) 2569 448.2 5.8e-125
NP_003142 (OMIM: 600558,612253) signal transducer ( 748) 2569 448.2 5.8e-125
XP_011510007 (OMIM: 600558,612253) PREDICTED: sign ( 748) 2569 448.2 5.8e-125
NP_005410 (OMIM: 600556,616636) signal transducer ( 851) 1849 326.0 3.9e-88
XP_011536999 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 859) 1847 325.7 5e-88
NP_938146 (OMIM: 600556,616636) signal transducer ( 847) 1791 316.2 3.6e-85
XP_011537000 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 855) 1789 315.9 4.6e-85
XP_016860273 (OMIM: 600558,612253) PREDICTED: sign ( 500) 1634 289.4 2.5e-77
XP_011537001 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 592) 1465 260.7 1.2e-68
XP_016875393 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 607) 1300 232.7 3.4e-60
XP_011537002 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 615) 1298 232.4 4.3e-60
XP_005269168 (OMIM: 600556,616636) PREDICTED: sign ( 464) 1032 187.2 1.3e-46
XP_016880466 (OMIM: 245590,604260) PREDICTED: sign ( 693) 830 153.0 3.8e-36
NP_036580 (OMIM: 245590,604260) signal transducer ( 787) 830 153.1 4.2e-36
NP_001275648 (OMIM: 601511) signal transducer and ( 764) 800 148.0 1.4e-34
NP_001275647 (OMIM: 601511) signal transducer and ( 794) 800 148.0 1.4e-34
NP_003143 (OMIM: 601511) signal transducer and act ( 794) 800 148.0 1.4e-34
XP_005257681 (OMIM: 601511) PREDICTED: signal tran ( 761) 785 145.4 8.2e-34
NP_001171551 (OMIM: 601512) signal transducer and ( 737) 550 105.5 8.1e-22
NP_001171552 (OMIM: 601512) signal transducer and ( 737) 550 105.5 8.1e-22
NP_003144 (OMIM: 601512) signal transducer and act ( 847) 550 105.6 9e-22
XP_006719638 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 847) 550 105.6 9e-22
NP_001171549 (OMIM: 601512) signal transducer and ( 847) 550 105.6 9e-22
NP_001171550 (OMIM: 601512) signal transducer and ( 847) 550 105.6 9e-22
XP_005257683 (OMIM: 245590,604260) PREDICTED: sign ( 497) 436 86.0 4e-16
NP_001275649 (OMIM: 601511) signal transducer and ( 763) 394 79.1 7.7e-14
XP_011537011 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 755) 285 60.6 2.8e-08
XP_011537010 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 755) 285 60.6 2.8e-08
XP_011537006 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 285 60.6 3.2e-08
XP_011537008 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 285 60.6 3.2e-08
XP_011537009 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 285 60.6 3.2e-08
XP_011537005 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 285 60.6 3.2e-08
XP_011537007 (OMIM: 601512) PREDICTED: signal tran ( 865) 285 60.6 3.2e-08
>>XP_016860272 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) PREDI (752 aa)
initn: 5032 init1: 5032 opt: 5032 Z-score: 4623.5 bits: 866.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5032; 100.0% identity (100.0% similar) in 752 aa overlap (1-752:1-752)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MWMSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MWMSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DLLSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DLLSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 AQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 WKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 QVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNAGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNAGTR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILWYNMLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILWYNMLV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 AEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 WTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLKDQQPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLKDQQPGT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 FLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYKVMAAEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYKVMAAEN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 IPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYSRPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVSEVHPSRLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYSRPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVSEVHPSRLQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750
pF1KB3 TTDNLLPMSPEEFDEVSRIVGSVEFDSMMNTV
::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TTDNLLPMSPEEFDEVSRIVGSVEFDSMMNTV
730 740 750
>>NP_009330 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) signal t (750 aa)
initn: 5010 init1: 5010 opt: 5010 Z-score: 4603.3 bits: 862.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5010; 100.0% identity (100.0% similar) in 750 aa overlap (3-752:1-750)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MWMSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DLLSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 DLLSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILEN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 AQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 AQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 WKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 WKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNK
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 QVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 QVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNAGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 KVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNAGTR
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILWYNMLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILWYNMLV
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 AEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 AEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIP
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 WTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLKDQQPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 WTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLKDQQPGT
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 FLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYKVMAAEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYKVMAAEN
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 IPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYSRPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVSEVHPSRLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 IPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYSRPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVSEVHPSRLQ
660 670 680 690 700 710
730 740 750
pF1KB3 TTDNLLPMSPEEFDEVSRIVGSVEFDSMMNTV
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TTDNLLPMSPEEFDEVSRIVGSVEFDSMMNTV
720 730 740 750
>>XP_006712781 (OMIM: 600555,613796,614162,614892) PREDI (750 aa)
initn: 5010 init1: 5010 opt: 5010 Z-score: 4603.3 bits: 862.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5010; 100.0% identity (100.0% similar) in 750 aa overlap (3-752:1-750)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MWMSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DLLSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DLLSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILEN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 AQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 WKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 WKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNK
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 QVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 QVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 KVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNAGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNAGTR
360 370 380 390 400 410
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