Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3348
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3348, 703 aa
1>>>pF1KB3348 703 - 703 aa - 703 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8063+/-0.000404; mu= 17.5702+/- 0.025
mean_var=84.9217+/-17.424, 0's: 0 Z-trim(113.4): 301 B-trim: 415 in 1/53
Lambda= 0.139176
statistics sampled from 22366 (22674) to 22366 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.624), E-opt: 0.2 (0.266), width: 16
Scan time: 12.120
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000535 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide tr ( 703) 4630 940.1 0
NP_001276972 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide ( 686) 4513 916.6 0
NP_061313 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide tr ( 653) 4256 865.0 0
XP_011536398 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1602 332.2 4.6e-90
XP_016874592 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1602 332.2 4.6e-90
NP_062571 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub- ( 766) 1602 332.2 4.6e-90
XP_011536397 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1602 332.2 4.6e-90
NP_001229943 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette s ( 681) 1491 309.9 2.2e-83
NP_982269 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub- ( 683) 1491 309.9 2.2e-83
NP_000584 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide tr ( 808) 1415 294.6 9.7e-79
XP_011536400 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 548) 1384 288.3 5.3e-77
XP_005253615 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 548) 1384 288.3 5.3e-77
NP_001278951 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide ( 547) 1347 280.9 9.2e-75
NP_036221 (OMIM: 605454) ATP-binding cassette sub- ( 738) 1147 240.8 1.4e-62
NP_009119 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette sub- ( 718) 1105 232.4 4.8e-60
NP_001269220 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 735) 1105 232.4 4.9e-60
NP_001269222 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 630) 1085 228.3 7e-59
XP_011542437 (OMIM: 605454) PREDICTED: ATP-binding ( 559) 1069 225.1 5.9e-58
NP_001269221 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 693) 1014 214.1 1.5e-54
NP_001157413 (OMIM: 611785) ATP-binding cassette s (1257) 937 198.8 1.1e-49
XP_011542438 (OMIM: 605454) PREDICTED: ATP-binding ( 442) 893 189.7 2.1e-47
NP_062570 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub- ( 723) 895 190.2 2.4e-47
NP_000918 (OMIM: 120080,171050,612244) multidrug r (1280) 850 181.3 2e-44
NP_061338 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1232) 843 179.9 5.1e-44
XP_011514615 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1232) 843 179.9 5.1e-44
XP_011514614 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1247) 843 179.9 5.2e-44
XP_011514613 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1251) 843 179.9 5.2e-44
XP_011514612 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1259) 843 179.9 5.2e-44
NP_000434 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1279) 843 179.9 5.3e-44
NP_061337 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1286) 843 179.9 5.3e-44
XP_011514611 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1287) 843 179.9 5.3e-44
XP_016867812 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1294) 843 179.9 5.3e-44
XP_011514610 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1294) 843 179.9 5.3e-44
XP_011510382 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE ( 936) 791 169.4 5.7e-41
XP_016860654 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1314) 791 169.5 7.5e-41
NP_003733 (OMIM: 601847,603201,605479) bile salt e (1321) 791 169.5 7.6e-41
XP_006712880 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1335) 791 169.5 7.6e-41
XP_011510379 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1355) 791 169.5 7.7e-41
XP_011510380 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1355) 791 169.5 7.7e-41
XP_011510383 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE ( 763) 782 167.5 1.7e-40
XP_011514617 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1074) 743 159.8 5.1e-38
NP_005680 (OMIM: 111600,605452,609153,614497,61540 ( 842) 724 155.9 5.9e-37
NP_001229942 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette s ( 703) 719 154.9 1e-36
XP_016860655 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1098) 704 152.0 1.2e-35
XP_016874593 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 485) 692 149.3 3.2e-35
XP_011513288 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 675 146.1 5.4e-34
XP_016866945 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 675 146.1 5.4e-34
XP_011513287 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r ( 841) 675 146.1 5.4e-34
XP_011513285 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1048) 675 146.1 6.4e-34
XP_016866944 (OMIM: 612509) PREDICTED: multidrug r (1063) 675 146.1 6.5e-34
>>NP_000535 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide transp (703 aa)
initn: 4630 init1: 4630 opt: 4630 Z-score: 5024.2 bits: 940.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4630; 100.0% identity (100.0% similar) in 703 aa overlap (1-703:1-703)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
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190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVG
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SYVQTLVYIYGDMLSNVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNR
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pF1KB3 PDRPVLKGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PDRPVLKGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHC
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pF1KB3 YLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDV
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610 620 630 640 650 660
pF1KB3 GEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGDRTVLVIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGDRTVLVIA
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pF1KB3 HRLQAVQRAHQILVLQEGKLQKLAQLQEGQDLYSRLVQQRLMD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HRLQAVQRAHQILVLQEGKLQKLAQLQEGQDLYSRLVQQRLMD
670 680 690 700
>>NP_001276972 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide tra (686 aa)
initn: 4513 init1: 4513 opt: 4513 Z-score: 4897.4 bits: 916.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4513; 99.9% identity (100.0% similar) in 686 aa overlap (1-686:1-686)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
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pF1KB3 FQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHM
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pF1KB3 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVG
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pF1KB3 SYVQTLVYIYGDMLSNVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SYVQTLVYIYGDMLSNVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PDRPVLKGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQVLLDEKPISQYEHC
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pF1KB3 YLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLHSQVVSVGQEPVLFSGSVRNNIAYGLQSCEDDKVMAAAQAAHADDFIQEMEHGIYTDV
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pF1KB3 GEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGDRTVLVIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEKGSQLAAGQKQRLAIARALVRDPRVLILDEATSALDVQCEQALQDWNSRGDRTVLVIA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB3 HRLQAVQRAHQILVLQEGKLQKLAQLQEGQDLYSRLVQQRLMD
::::.:::::::::::::::::::::
NP_001 HRLQTVQRAHQILVLQEGKLQKLAQL
670 680
>>NP_061313 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide transp (653 aa)
initn: 4249 init1: 4249 opt: 4256 Z-score: 4618.8 bits: 865.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4256; 99.5% identity (99.5% similar) in 648 aa overlap (1-648:1-648)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MRLPDLRPWTSLLLVDAALLWLLQGPLGTLLPQGLPGLWLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PPGAQEKEQDQVNNKVLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GGDFDPHAFASAIFFMCLFSFGSSLSAGCRGGCFTYTMSRINLRIREQLFSSLLRQDLGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FQETKTGELNSRLSSDTTLMSNWLPLNANVLLRSLVKVVGLYGFMLSISPRLTLLSLLHM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PFTIAAEKVYNTRHQEVLREIQDAVARAGQVVREAVGGLQTVRSFGAEEHEVCRYKEALE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 QCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QCRQLYWRRDLERALYLLVRRVLHLGVQMLMLSCGLQQMQDGELTQGSLLSFMIYQESVG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 SYVQTLVYIYGDMLSNVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SYVQTLVYIYGDMLSNVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
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pF1KB3 NVGAAEKVFSYMDRQPNLPSPGTLAPTTLQGVVKFQDVSFAYPNRPDRPVLKGLTFTLRP
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>>NP_982269 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub-fami (683 aa)
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pF1KB3 WLEGTLRLGGLWGLLKLRGLLGFVGTLLLPLCLATPLTVSLRALVAGASRAPPARVASAP
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NP_982 WFWALFVWTYISLGASFLLWWLLSTVRPGTQALEPGAATEAEGFPGSGRPPPEQASGATL
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NP_982 ARALVRNPPVLILDEATSALDAESEYLCAG
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>>NP_000584 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide transp (808 aa)
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10 20 30
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pF1KB3 WLEGTLRLGGLW----GLLKL-----------RGLLGFVGTLLLPLCLATPLTVSLRALV
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NP_000 WAVGLSRWAVLWLGACGVLRATVGSKSENAGAQGWLAALKPLAAALGLALPGLALFRELI
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pF1KB3 A-GA-SRAPPARV---ASAPWSWLLVGYGAAGLSWSLWAVLSP---PGAQEKEQDQVNNK
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NP_000 SWGAPGSADSTRLLHWGSHP-TAFVVSYAAALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVR--
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pF1KB3 VLMWRLLKLSRPDLPLLVAAFFFLVLAVLGETLIPHYSGRVIDILGGDFDPHAFASAIFF
::: . : . ..::. ::: :: ..::. : . : . .:. . .
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NP_000 MSILTIASAVLEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVFGAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTE
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NP_000 GEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLDGKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQV
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703 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 12:58:39 2016 done: Thu Nov 3 12:58:40 2016
Total Scan time: 12.120 Total Display time: 0.210
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]