Result of FASTA (omim) for pFN21AB3043
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3043, 1152 aa
  1>>>pF1KB3043 1152 - 1152 aa - 1152 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4600+/-0.000446; mu= 21.4756+/- 0.028
 mean_var=78.0621+/-16.319, 0's: 0 Z-trim(109.0): 189  B-trim: 103 in 1/52
 Lambda= 0.145162
 statistics sampled from 16969 (17175) to 16969 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.545), E-opt: 0.2 (0.201), width:  16
 Scan time: 14.890

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_000623 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M i (1152) 7598 1602.1       0
NP_001139280 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha- (1153) 7586 1599.6       0
XP_011544152 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte (1091) 7073 1492.2       0
XP_016878705 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 917) 5946 1256.1       0
NP_000878 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isoform  (1163) 4569 967.8       0
NP_001273304 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isofo (1169) 4569 967.8       0
NP_005344 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isoform  (1161) 4479 948.9       0
XP_011544143 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1160) 4467 946.4       0
NP_001305114 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isofo (1162) 4467 946.4       0
XP_006721108 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 613) 4057 860.4       0
XP_011544153 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 622) 4057 860.4       0
XP_011544140 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1179) 3770 800.5       0
XP_011544154 (OMIM: 151510) PREDICTED: integrin al ( 798) 3319 705.9 2.5e-202
XP_011544156 (OMIM: 151510) PREDICTED: integrin al ( 614) 2688 573.7 1.2e-162
XP_011544138 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 2407 515.0 1.1e-144
XP_011544141 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1173) 2086 447.8 1.8e-124
XP_016878704 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1164) 1941 417.4 2.5e-115
NP_002200 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isoform  (1170) 1682 363.2 5.4e-99
XP_005255370 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1169) 1624 351.0 2.4e-95
XP_006721107 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1087) 1570 339.7 5.8e-92
NP_001107852 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isofo (1086) 1569 339.5 6.8e-92
XP_011544139 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 1535 332.4   1e-89
XP_011544145 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1028) 1533 331.9 1.2e-89
XP_011544137 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1190) 1533 332.0 1.4e-89
XP_011544151 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1074) 1525 330.3   4e-89
XP_011544150 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 690) 1431 310.5 2.4e-83
XP_011544148 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 790) 1431 310.5 2.6e-83
XP_011544147 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 813) 1431 310.5 2.7e-83
XP_011544146 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 998) 1431 310.6 3.2e-83
XP_011544149 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 778) 1415 307.1 2.7e-82
XP_011544144 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1103) 1415 307.3 3.5e-82
XP_011522130 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1137) 1345 292.6 9.3e-78
XP_011522129 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1163) 1345 292.6 9.4e-78
NP_002199 (OMIM: 604682) integrin alpha-E precurso (1179) 1339 291.4 2.3e-77
XP_011522127 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1185) 1339 291.4 2.3e-77
XP_016880075 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1191) 1339 291.4 2.3e-77
XP_011522125 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1217) 1339 291.4 2.3e-77
XP_016858112 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1180) 1282 279.4 8.9e-74
XP_016880076 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al ( 848) 1208 263.8 3.2e-69
NP_001004439 (OMIM: 604789) integrin alpha-11 prec (1188) 1045 229.8 7.9e-59
XP_005254285 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1086) 1038 228.3   2e-58
XP_011519665 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1119)  933 206.3 8.6e-52
NP_002194 (OMIM: 192974,614200) integrin alpha-2 p (1181)  907 200.9 3.9e-50
XP_011508385 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1002)  860 191.0 3.2e-47
NP_001289970 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1024)  860 191.0 3.2e-47
NP_001289969 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1036)  860 191.0 3.2e-47
XP_016858115 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1100)  860 191.0 3.4e-47
XP_005277493 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1105)  860 191.0 3.4e-47
XP_016858113 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143)  860 191.0 3.5e-47
XP_016858114 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143)  860 191.0 3.5e-47


>>NP_000623 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M isofo  (1152 aa)
 initn: 7598 init1: 7598 opt: 7598  Z-score: 8594.2  bits: 1602.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7598; 100.0% identity (100.0% similar) in 1152 aa overlap (1-1152:1-1152)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MALRVLLLTALTLCHGFNLDTENAMTFQENARGFGQSVVQLQGSRVVVGAPQEIVAANQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MALRVLLLTALTLCHGFNLDTENAMTFQENARGFGQSVVQLQGSRVVVGAPQEIVAANQR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 GSLYQCDYSTGSCEPIRLQVPVEAVNMSLGLSLAATTSPPQLLACGPTVHQTCSENTYVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GSLYQCDYSTGSCEPIRLQVPVEAVNMSLGLSLAATTSPPQLLACGPTVHQTCSENTYVK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 GLCFLFGSNLRQQPQKFPEALRGCPQEDSDIAFLIDGSGSIIPHDFRRMKEFVSTVMEQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GLCFLFGSNLRQQPQKFPEALRGCPQEDSDIAFLIDGSGSIIPHDFRRMKEFVSTVMEQL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 KKSKTLFSLMQYSEEFRIHFTFKEFQNNPNPRSLVKPITQLLGRTHTATGIRKVVRELFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KKSKTLFSLMQYSEEFRIHFTFKEFQNNPNPRSLVKPITQLLGRTHTATGIRKVVRELFN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 ITNGARKNAFKILVVITDGEKFGDPLGYEDVIPEADREGVIRYVIGVGDAFRSEKSRQEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ITNGARKNAFKILVVITDGEKFGDPLGYEDVIPEADREGVIRYVIGVGDAFRSEKSRQEL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 NTIASKPPRDHVFQVNNFEALKTIQNQLREKIFAIEGTQTGSSSSFEHEMSQEGFSAAIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NTIASKPPRDHVFQVNNFEALKTIQNQLREKIFAIEGTQTGSSSSFEHEMSQEGFSAAIT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 SNGPLLSTVGSYDWAGGVFLYTSKEKSTFINMTRVDSDMNDAYLGYAAAIILRNRVQSLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SNGPLLSTVGSYDWAGGVFLYTSKEKSTFINMTRVDSDMNDAYLGYAAAIILRNRVQSLV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 LGAPRYQHIGLVAMFRQNTGMWESNANVKGTQIGAYFGASLCSVDVDSNGSTDLVLIGAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LGAPRYQHIGLVAMFRQNTGMWESNANVKGTQIGAYFGASLCSVDVDSNGSTDLVLIGAP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 HYYEQTRGGQVSVCPLPRGRARWQCDAVLYGEQGQPWGRFGAALTVLGDVNGDKLTDVAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HYYEQTRGGQVSVCPLPRGRARWQCDAVLYGEQGQPWGRFGAALTVLGDVNGDKLTDVAI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 GAPGEEDNRGAVYLFHGTSGSGISPSHSQRIAGSKLSPRLQYFGQSLSGGQDLTMDGLVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GAPGEEDNRGAVYLFHGTSGSGISPSHSQRIAGSKLSPRLQYFGQSLSGGQDLTMDGLVD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 LTVGAQGHVLLLRSQPVLRVKAIMEFNPREVARNVFECNDQVVKGKEAGEVRVCLHVQKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LTVGAQGHVLLLRSQPVLRVKAIMEFNPREVARNVFECNDQVVKGKEAGEVRVCLHVQKS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 TRDRLREGQIQSVVTYDLALDSGRPHSRAVFNETKNSTRRQTQVLGLTQTCETLKLQLPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TRDRLREGQIQSVVTYDLALDSGRPHSRAVFNETKNSTRRQTQVLGLTQTCETLKLQLPN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 CIEDPVSPIVLRLNFSLVGTPLSAFGNLRPVLAEDAQRLFTALFPFEKNCGNDNICQDDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CIEDPVSPIVLRLNFSLVGTPLSAFGNLRPVLAEDAQRLFTALFPFEKNCGNDNICQDDL
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 SITFSFMSLDCLVVGGPREFNVTVTVRNDGEDSYRTQVTFFFPLDLSYRKVSTLQNQRSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SITFSFMSLDCLVVGGPREFNVTVTVRNDGEDSYRTQVTFFFPLDLSYRKVSTLQNQRSQ
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 RSWRLACESASSTEVSGALKSTSCSINHPIFPENSEVTFNITFDVDSKASLGNKLLLKAN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RSWRLACESASSTEVSGALKSTSCSINHPIFPENSEVTFNITFDVDSKASLGNKLLLKAN
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB3 VTSENNMPRTNKTEFQLELPVKYAVYMVVTSHGVSTKYLNFTASENTSRVMQHQYQVSNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VTSENNMPRTNKTEFQLELPVKYAVYMVVTSHGVSTKYLNFTASENTSRVMQHQYQVSNL
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB3 GQRSLPISLVFLVPVRLNQTVIWDRPQVTFSENLSSTCHTKERLPSHSDFLAELRKAPVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GQRSLPISLVFLVPVRLNQTVIWDRPQVTFSENLSSTCHTKERLPSHSDFLAELRKAPVV
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB3 NCSIAVCQRIQCDIPFFGIQEEFNATLKGNLSFDWYIKTSHNHLLIVSTAEILFNDSVFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NCSIAVCQRIQCDIPFFGIQEEFNATLKGNLSFDWYIKTSHNHLLIVSTAEILFNDSVFT
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB3 LLPGQGAFVRSQTETKVEPFEVPNPLPLIVGSSVGGLLLLALITAALYKLGFFKRQYKDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LLPGQGAFVRSQTETKVEPFEVPNPLPLIVGSSVGGLLLLALITAALYKLGFFKRQYKDM
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150  
pF1KB3 MSEGGPPGAEPQ
       ::::::::::::
NP_000 MSEGGPPGAEPQ
             1150  

>>NP_001139280 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M is  (1153 aa)
 initn: 4314 init1: 4314 opt: 7586  Z-score: 8580.7  bits: 1599.6 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7586; 99.9% identity (99.9% similar) in 1153 aa overlap (1-1152:1-1153)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MALRVLLLTALTLCHGFNLDTENAMTFQENARGFGQSVVQLQGSRVVVGAPQEIVAANQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MALRVLLLTALTLCHGFNLDTENAMTFQENARGFGQSVVQLQGSRVVVGAPQEIVAANQR
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_001 NVTSENNMPRTNKTEFQLELPVKYAVYMVVTSHGVSTKYLNFTASENTSRVMQHQYQVSN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGQRSLPISLVFLVPVRLNQTVIWDRPQVTFSENLSSTCHTKERLPSHSDFLAELRKAPV
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VNCSIAVCQRIQCDIPFFGIQEEFNATLKGNLSFDWYIKTSHNHLLIVSTAEILFNDSVF
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TLLPGQGAFVRSQTETKVEPFEVPNPLPLIVGSSVGGLLLLALITAALYKLGFFKRQYKD
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       :::::::::::::
NP_001 MMSEGGPPGAEPQ
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Smith-Waterman score: 7073; 99.3% identity (99.4% similar) in 1084 aa overlap (71-1152:8-1091)

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RRQTQVLGLTQTCETLKLQLPNCIEDPVSPIVLRLNFSLVGTPLSAFGNLRPVLAEDAQR
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pF1KB3 LFTALFPFEKNCGNDNICQDDLSITFSFMSLDCLVVGGPREFNVTVTVRNDGEDSYRTQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LFTALFPFEKNCGNDNICQDDLSITFSFMSLDCLVVGGPREFNVTVTVRNDGEDSYRTQV
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pF1KB3 TFFFPLDLSYRKVSTLQNQRSQRSWRLACESASSTEVSGALKSTSCSINHPIFPENSEVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TFFFPLDLSYRKVSTLQNQRSQRSWRLACESASSTEVSGALKSTSCSINHPIFPENSEVT
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pF1KB3 FNITFDVDSKASLGNKLLLKANVTSENNMPRTNKTEFQLELPVKYAVYMVVTSHGVSTKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FNITFDVDSKASLGNKLLLKANVTSENNMPRTNKTEFQLELPVKYAVYMVVTSHGVSTKY
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_011 LLALITAALYKLGFFKRQYKDMMSEGGPPGAEPQ
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pF1KB3 VAIGAPGEEDNRGAVYLFHGTSGSGISPSHSQRIAGSKLSPRLQYFGQSLSGGQDLTMDG
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NP_000 LVDLAVGARGQVLLLRTRPVLWVGVSMQFIPAEIPRSAFECREQVVSEQTLVQSNICLYI
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pF1KB3 QKSTRDRLREGQIQSVVTYDLALDSGRPHSRAVFNETKNSTRRQTQVLGLTQTCETLKLQ
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NP_000 DKRSKNLLGSRDLQSSVTLDLALDPGRLSPRATFQETKNRSLSRVRVLGLKAHCENFNLL
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pF1KB3 LPNCIEDPVSPIVLRLNFSLVGTPLSAFGNLRPVLAEDAQRLFTALFPFEKNCGNDNICQ
       ::.:.:: :.::.:::::.::: :: :: ::::.:: :::: ::: .::::::: :.:::
NP_000 LPSCVEDSVTPITLRLNFTLVGKPLLAFRNLRPMLAADAQRYFTASLPFEKNCGADHICQ
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pF1KB3 DDLSITFSFMSLDCLVVGGPREFNVTVTVRNDGEDSYRTQVTFFFPLDLSYRKVSTLQNQ
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       .:. .                       
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       :::::::::::::::::::: :..::::::: ::::.:::::::::::::::: ::: ::
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NP_001 MDLAVGARGQVLLLRSLPVLKVGVAMRFSPVEVAKAVYRCWEEKPSALEAGDATVCLTIQ
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NP_001 KSSLDQL--GDIQSSVRFDLALDPGRLTSRAIFNETKNPTLTRRKTLGLGIHCETLKLLL
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NP_001 DLGVTLSFSGLQTLTVGSSLELNVIVTVWNAGEDSYGTVVSLYYPAGLSHRRVSGAQKQP
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NP_001 HQSALRLACETVP-TEDEG-LRSSRCSVNHPIFHEGSNGTFIVTFDVSYKATLGDRMLMR
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NP_001 ASASSENNKASSSKATFQLELPVKYAVYTMISRQEESTKYFNFATSDEKKMKEAEHRYRV
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NP_001 NNLSQRDLAISINFWVPVLLNGVAVWDVVMEAPSQSLP--CVSERKPPQHSDFLTQISRS
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NP_001 PMLDCSIADCLQFRCDVPSFSVQEELDFTLKGNLSFGWVRETLQKKVLVVSVAEITFDTS
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pF1KB3 VFTLLPGQGAFVRSQTETKVEPFEVPNPLPLIVGSSVGGLLLLALITAALYKLGFFKRQY
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NP_001 VYSQLPGQEAFMRAQMEMVLEEDEVYNAIPIIMGSSVGALLLLALITATLYKLGFFKRHY
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pF1KB3 KDMMSEGGPPGAEPQ              
       :.:. .                       
NP_001 KEMLEDKPEDTATFSGDDFSCVAPNVPLS
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 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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