Result of FASTA (omim) for
pFN21AB3021
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3021, 928 aa
1>>>pF1KB3021 928 - 928 aa - 928 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7472+/-0.000375; mu= 6.9992+/- 0.024
mean_var=198.6145+/-40.017, 0's: 0 Z-trim(120.0): 18 B-trim: 100 in 2/59
Lambda= 0.091006
statistics sampled from 34727 (34745) to 34727 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.698), E-opt: 0.2 (0.407), width: 16
Scan time: 10.960
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000312 (OMIM: 109800,180200,182280,259500,61404 ( 928) 6084 811.9 0
XP_011533473 (OMIM: 109800,180200,182280,259500,61 ( 841) 5479 732.4 2.2e-210
XP_011527260 (OMIM: 116957) PREDICTED: retinoblast ( 733) 346 58.4 1.5e-07
XP_006723905 (OMIM: 116957) PREDICTED: retinoblast ( 896) 346 58.5 1.7e-07
XP_016883481 (OMIM: 116957) PREDICTED: retinoblast ( 964) 346 58.5 1.9e-07
XP_011527257 (OMIM: 116957) PREDICTED: retinoblast (1013) 346 58.5 1.9e-07
NP_899662 (OMIM: 116957) retinoblastoma-like prote (1014) 346 58.5 1.9e-07
NP_002886 (OMIM: 116957) retinoblastoma-like prote (1068) 346 58.5 2e-07
XP_011521555 (OMIM: 180203) PREDICTED: retinoblast ( 923) 308 53.5 5.7e-06
XP_016879002 (OMIM: 180203) PREDICTED: retinoblast ( 923) 308 53.5 5.7e-06
NP_001310540 (OMIM: 180203) retinoblastoma-like pr (1065) 308 53.6 6.4e-06
NP_001310539 (OMIM: 180203) retinoblastoma-like pr (1090) 308 53.6 6.5e-06
NP_001310538 (OMIM: 180203) retinoblastoma-like pr (1115) 308 53.6 6.6e-06
NP_005602 (OMIM: 180203) retinoblastoma-like prote (1139) 308 53.6 6.7e-06
NP_001310537 (OMIM: 180203) retinoblastoma-like pr (1139) 308 53.6 6.7e-06
NP_001310211 (OMIM: 116957) retinoblastoma-like pr ( 641) 253 46.2 0.00063
NP_001310210 (OMIM: 116957) retinoblastoma-like pr ( 641) 253 46.2 0.00063
>>NP_000312 (OMIM: 109800,180200,182280,259500,614041) r (928 aa)
initn: 6084 init1: 6084 opt: 6084 Z-score: 4326.6 bits: 811.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6084; 99.9% identity (99.9% similar) in 928 aa overlap (1-928:1-928)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MPPKTPRKTAATAAAAAAEPPAPPPPPPPEEDPEQDSGPEDLPLVRLEFEETEEPDFTAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MPPKTPRKTAATAAAAAAEPPAPPPPPPPEEDPEQDSGPEDLPLVRLEFEETEEPDFTAL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 CQKLKIPDHVRERAWLTWEKVSSVDEVLGGYIQKKKELWGICIFIAAVDLDEMSFTFTEL
::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CQKLKIPDHVRERAWLTWEKVSSVDGVLGGYIQKKKELWGICIFIAAVDLDEMSFTFTEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 QKNIEISVHKFFNLLKEIDTSTKVDNAMSRLLKKYDVLFALFSKLERTCELIYLTQPSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QKNIEISVHKFFNLLKEIDTSTKVDNAMSRLLKKYDVLFALFSKLERTCELIYLTQPSSS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 ISTEINSALVLKVSWITFLLAKGEVLQMEDDLVISFQLMLCVLDYFIKLSPPMLLKEPYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ISTEINSALVLKVSWITFLLAKGEVLQMEDDLVISFQLMLCVLDYFIKLSPPMLLKEPYK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 TAVIPINGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVKNVYFKNFIPFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TAVIPINGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVKNVYFKNFIPFM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NSLGLVTSNGLPEVENLSKRYEEIYLKNKDLDARLFLDHDKTLQTDSIDSFETQRTPRKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NSLGLVTSNGLPEVENLSKRYEEIYLKNKDLDARLFLDHDKTLQTDSIDSFETQRTPRKS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 NLDEEVNVIPPHTPVRTVMNTIQQLMMILNSASDQPSENLISYFNNCTVNPKESILKRVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NLDEEVNVIPPHTPVRTVMNTIQQLMMILNSASDQPSENLISYFNNCTVNPKESILKRVK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 DIGYIFKEKFAKAVGQGCVEIGSQRYKLGVRLYYRVMESMLKSEEERLSIQNFSKLLNDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DIGYIFKEKFAKAVGQGCVEIGSQRYKLGVRLYYRVMESMLKSEEERLSIQNFSKLLNDN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 IFHMSLLACALEVVMATYSRSTSQNLDSGTDLSFPWILNVLNLKAFDFYKVIESFIKAEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IFHMSLLACALEVVMATYSRSTSQNLDSGTDLSFPWILNVLNLKAFDFYKVIESFIKAEG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 NLTREMIKHLERCEHRIMESLAWLSDSPLFDLIKQSKDREGPTDHLESACPLNLPLQNNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NLTREMIKHLERCEHRIMESLAWLSDSPLFDLIKQSKDREGPTDHLESACPLNLPLQNNH
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 TAADMYLSPVRSPKKKGSTTRVNSTANAETQATSAFQTQKPLKSTSLSLFYKKVYRLAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TAADMYLSPVRSPKKKGSTTRVNSTANAETQATSAFQTQKPLKSTSLSLFYKKVYRLAYL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 RLNTLCERLLSEHPELEHIIWTLFQHTLQNEYELMRDRHLDQIMMCSMYGICKVKNIDLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RLNTLCERLLSEHPELEHIIWTLFQHTLQNEYELMRDRHLDQIMMCSMYGICKVKNIDLK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 FKIIVTAYKDLPHAVQETFKRVLIKEEEYDSIIVFYNSVFMQRLKTNILQYASTRPPTLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FKIIVTAYKDLPHAVQETFKRVLIKEEEYDSIIVFYNSVFMQRLKTNILQYASTRPPTLS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 PIPHIPRSPYKFPSSPLRIPGGNIYISPLKSPYKISEGLPTPTKMTPRSRILVSIGESFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PIPHIPRSPYKFPSSPLRIPGGNIYISPLKSPYKISEGLPTPTKMTPRSRILVSIGESFG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 TSEKFQKINQMVCNSDRVLKRSAEGSNPPKPLKKLRFDIEGSDEADGSKHLPGESKFQQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TSEKFQKINQMVCNSDRVLKRSAEGSNPPKPLKKLRFDIEGSDEADGSKHLPGESKFQQK
850 860 870 880 890 900
910 920
pF1KB3 LAEMTSTRTRMQKQKMNDSMDTSNKEEK
::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LAEMTSTRTRMQKQKMNDSMDTSNKEEK
910 920
>>XP_011533473 (OMIM: 109800,180200,182280,259500,614041 (841 aa)
initn: 5479 init1: 5479 opt: 5479 Z-score: 3898.0 bits: 732.4 E(85289): 2.2e-210
Smith-Waterman score: 5479; 99.9% identity (100.0% similar) in 841 aa overlap (88-928:1-841)
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 TALCQKLKIPDHVRERAWLTWEKVSSVDEVLGGYIQKKKELWGICIFIAAVDLDEMSFTF
.:::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MGGYIQKKKELWGICIFIAAVDLDEMSFTF
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 TELQKNIEISVHKFFNLLKEIDTSTKVDNAMSRLLKKYDVLFALFSKLERTCELIYLTQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TELQKNIEISVHKFFNLLKEIDTSTKVDNAMSRLLKKYDVLFALFSKLERTCELIYLTQP
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SSSISTEINSALVLKVSWITFLLAKGEVLQMEDDLVISFQLMLCVLDYFIKLSPPMLLKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSSISTEINSALVLKVSWITFLLAKGEVLQMEDDLVISFQLMLCVLDYFIKLSPPMLLKE
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 PYKTAVIPINGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVKNVYFKNFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PYKTAVIPINGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVKNVYFKNFI
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 PFMNSLGLVTSNGLPEVENLSKRYEEIYLKNKDLDARLFLDHDKTLQTDSIDSFETQRTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PFMNSLGLVTSNGLPEVENLSKRYEEIYLKNKDLDARLFLDHDKTLQTDSIDSFETQRTP
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 RKSNLDEEVNVIPPHTPVRTVMNTIQQLMMILNSASDQPSENLISYFNNCTVNPKESILK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RKSNLDEEVNVIPPHTPVRTVMNTIQQLMMILNSASDQPSENLISYFNNCTVNPKESILK
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 RVKDIGYIFKEKFAKAVGQGCVEIGSQRYKLGVRLYYRVMESMLKSEEERLSIQNFSKLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RVKDIGYIFKEKFAKAVGQGCVEIGSQRYKLGVRLYYRVMESMLKSEEERLSIQNFSKLL
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 NDNIFHMSLLACALEVVMATYSRSTSQNLDSGTDLSFPWILNVLNLKAFDFYKVIESFIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NDNIFHMSLLACALEVVMATYSRSTSQNLDSGTDLSFPWILNVLNLKAFDFYKVIESFIK
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 AEGNLTREMIKHLERCEHRIMESLAWLSDSPLFDLIKQSKDREGPTDHLESACPLNLPLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AEGNLTREMIKHLERCEHRIMESLAWLSDSPLFDLIKQSKDREGPTDHLESACPLNLPLQ
460 470 480 490 500 510
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 NNHTAADMYLSPVRSPKKKGSTTRVNSTANAETQATSAFQTQKPLKSTSLSLFYKKVYRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NNHTAADMYLSPVRSPKKKGSTTRVNSTANAETQATSAFQTQKPLKSTSLSLFYKKVYRL
520 530 540 550 560 570
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 AYLRLNTLCERLLSEHPELEHIIWTLFQHTLQNEYELMRDRHLDQIMMCSMYGICKVKNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AYLRLNTLCERLLSEHPELEHIIWTLFQHTLQNEYELMRDRHLDQIMMCSMYGICKVKNI
580 590 600 610 620 630
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 DLKFKIIVTAYKDLPHAVQETFKRVLIKEEEYDSIIVFYNSVFMQRLKTNILQYASTRPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLKFKIIVTAYKDLPHAVQETFKRVLIKEEEYDSIIVFYNSVFMQRLKTNILQYASTRPP
640 650 660 670 680 690
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 TLSPIPHIPRSPYKFPSSPLRIPGGNIYISPLKSPYKISEGLPTPTKMTPRSRILVSIGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TLSPIPHIPRSPYKFPSSPLRIPGGNIYISPLKSPYKISEGLPTPTKMTPRSRILVSIGE
700 710 720 730 740 750
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 SFGTSEKFQKINQMVCNSDRVLKRSAEGSNPPKPLKKLRFDIEGSDEADGSKHLPGESKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SFGTSEKFQKINQMVCNSDRVLKRSAEGSNPPKPLKKLRFDIEGSDEADGSKHLPGESKF
760 770 780 790 800 810
900 910 920
pF1KB3 QQKLAEMTSTRTRMQKQKMNDSMDTSNKEEK
:::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QQKLAEMTSTRTRMQKQKMNDSMDTSNKEEK
820 830 840
>>XP_011527260 (OMIM: 116957) PREDICTED: retinoblastoma- (733 aa)
initn: 664 init1: 235 opt: 346 Z-score: 256.6 bits: 58.4 E(85289): 1.5e-07
Smith-Waterman score: 644; 27.1% identity (56.7% similar) in 630 aa overlap (59-616:23-623)
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 PEEDPEQDSGPEDLPLVRLEFEETEEPDFTALCQKLKIPDHVRERAWLTWEKVSSVDEVL
::::.:.. . .: ... .
XP_011 MFEDKPHAEGAAVVAAAGEALQALCQELNLDEGSAAEA------LDDFTAIR
10 20 30 40
90 100 110 120 130
pF1KB3 GGY-IQKKKELWGIC-IFIAAVD----------LDEMSFTFTELQKNIEISVHKFFNLLK
:.: .. . : : ...: .. ..:.. .. ..:. .::. .:
XP_011 GNYSLEGEVTHWLACSLYVACRKSIIPTVGKGIMEGNCVSLTRILRSAKLSLIQFFSKMK
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180
pF1KB3 E-IDTST---KVDNAMSRLLKKYDVLFALFSKLERTCELIYLTQ-------PSSSISTEI
. .: :. . . . :: ....: ..:.: : :. . : : . .:
XP_011 KWMDMSNLPQEFRERIERLERNFEVSTVIFKKYEPIFLDIFQNPYEEPPKLPRSRKQRRI
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NSAL--VLKVSWITFLLAKGEVLQMEDDLVISFQLMLCVLDYFIKLSPPMLLKEPYKTAV
.. ... : :. .::. .. :::: :..:.:: :: .. .. . .
XP_011 PCSVKDLFNFCWTLFVYTKGNFRMIGDDLVNSYHLLLCCLDLIFA---NAIMCPNRQDLL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 IP-INGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVKNVYFKNFIPFMNS
: ..: : .. ..: .. . :. :: :::. :. . :.:.. . : :....
XP_011 NPSFKGLP-----SDFHTADFTAS-EEPPCIIAVLCELHDGLLVEAKGIKEHYFKPYISK
230 240 250 260 270
310 320 330 340 350
pF1KB3 L-------G---LVTSNGLPEVENLSKRYEEIYLKNKDLDARLFLDHDKTLQTDSIDSFE
: : : :. . . ..:.::: : :.: :.:: : . . .:
XP_011 LFDRKILKGECLLDLSSFTDNSKAVNKEYEEYVLTVGDFDERIFLGADAEEEIGTPRKF-
280 290 300 310 320 330
360 370 380
pF1KB3 TQRTPRKSNLDEEVNV---IPPH--------------------------TPVRTVMNTIQ
:. :: ..: ..:: . : ::: .. ....
XP_011 TRDTPL-GKLTAQANVEYNLQQHFEKKRSFAPSTPLTGRRYLREKEAVITPVASATQSVS
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 QLMMILNSASDQPSENLISYFNNCTVNPKESILKRVKDIGYIFKEKFAKAVGQ--GC-VE
.:. :. . .. ::..::. :..:. :: :.:.: .: :: : ....... . : ..
XP_011 RLQSIVAGLKNAPSDQLINIFESCVRNPVENIMKILKGIGETFCQHYTQSTDEQPGSHID
400 410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KB3 IGSQRYKLGVRLYYRVMESMLKSEEERLSIQNFSKLLNDNIFHMSLLACALEVVMATYSR
.. .: ::. :::...:... .: .:: ...: ::...::: ::.:: ::.:. .::
XP_011 FAVNRLKLAEILYYKILETVMVQETRRLHGMDMSVLLEQDIFHRSLMACCLEIVLFAYS-
460 470 480 490 500 510
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 STSQNLDSGTDLSFPWILNVLNLKAFDFYKVIESFIKAEGNLTREMIKHLERCEHRIMES
. .::::..::::. : :::::: :..: .:.:.:.:::. :..:.::
XP_011 ---------SPRTFPWIIEVLNLQPFYFYKVIEVVIRSEEGLSRDMVKHLNSIEEQILES
520 530 540 550 560
570 580 590 600 610
pF1KB3 LAWLSDSPLFDLIKQSKDREGPTDHLESACPLNLPLQNNHTAAD----MYLSPVRSPKKK
::: :: :.. .. : .. :: . : : :. :. .. : .::. :. :
XP_011 LAWSHDSALWEALQVSANKV-PTCE-EVIFPNNFETGNGGNVQGHLPLMPMSPLMHPRVK
570 580 590 600 610 620
620 630 640 650 660 670
pF1KB3 GSTTRVNSTANAETQATSAFQTQKPLKSTSLSLFYKKVYRLAYLRLNTLCERLLSEHPEL
XP_011 EVRTDSGSLRRDMQPLSPISVHERYSSPTAGSAKRRLFGEDPPKEMLMDKIITEGTKLKI
630 640 650 660 670 680
>>XP_006723905 (OMIM: 116957) PREDICTED: retinoblastoma- (896 aa)
initn: 905 init1: 237 opt: 346 Z-score: 255.4 bits: 58.5 E(85289): 1.7e-07
Smith-Waterman score: 624; 27.2% identity (51.8% similar) in 736 aa overlap (201-757:12-723)
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 LIYLTQPSSSISTEINSALVLKVSWITFLLAKGEVLQMEDDLVISFQLMLCVLDYFIKLS
..:. .. :::: :..:.:: :: .. .
XP_006 MKNHQSYHEAGSRGNFRMIGDDLVNSYHLLLCCLDLIFANA
10 20 30 40
240 250 260 270 280
pF1KB3 PPMLLKEPYKTAVIP-INGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVK
.. . . : ..: : . . . .: :. :: :::. :. . :.:
XP_006 ---IMCPNRQDLLNPSFKGLP-SDFHTADFTAS-----EEPPCIIAVLCELHDGLLVEAK
50 60 70 80 90
290 300 310 320 330
pF1KB3 NVYFKNFIPFMNSL-------G---LVTSNGLPEVENLSKRYEEIYLKNKDLDARLFLDH
.. . : :....: : : :. . . ..:.::: : :.: :.::
XP_006 GIKEHYFKPYISKLFDRKILKGECLLDLSSFTDNSKAVNKEYEEYVLTVGDFDERIFLGA
100 110 120 130 140 150
340 350 360 370
pF1KB3 DKTLQTDSIDSFETQRTP-----RKSNLD-------EEVNVIPPHTP-------------
: . . .: :. :: ..:.. :. . : ::
XP_006 DAEEEIGTPRKF-TRDTPLGKLTAQANVEYNLQQHFEKKRSFAPSTPLTGRRYLREKEAV
160 170 180 190 200 210
380 390 400 410 420 430
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: .. .....:. :. . .. ::..::. :..:. :: :.:.: .: :: : ....
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... . : .... .: ::. :::...:... .: .:: ...: ::...::: ::.:
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: ::.:. .:: . .::::..::::. : :::::: :..: .:.:.:.:
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::. :..:.::::: :: :.. .. : .. :: ...:.. : :::.
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:. .. .:. .:: :.::
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.:::.:: .:: :: .: . ::.. ::: :. :: . .::.::::::...:..: .
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:: . . :. :. .:.. :.: ..... ::.: . .: ::
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. :: ....: ..:.: : :. .
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.:.. . : :....: : : :. . . ..:.::: : :.: :.::
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: . . .: :. :: ..: ..:: . :
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:. .. .:. .:: :.::
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: ::. .: .. ::.
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: . :: . . :. :. .:.. :.: ..... ::.: . .: ::
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: : : :. . . ..:.::: : :.: :.:: : . . .:
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.:. :. . .. ::..::. :..:. :: :.:.: .: :: : ....... . : ..
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. .::::..::::. : :::::: :..: .:.:.:.:::. :..:.::
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::: :: :.. .. : .. :: ...:.. : :::.
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600 610 620
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.:. .:: :.::
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: ::. .: .. ::.:::.:::.:: .::
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>>NP_899662 (OMIM: 116957) retinoblastoma-like protein 1 (1014 aa)
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pF1KB3 PEEDPEQDSGPEDLPLVRLEFEETEEPDFTALCQKLKIPDHVRERAWLTWEKVSSVDEVL
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pF1KB3 GGY-IQKKKELWGIC-IFIAAVD----------LDEMSFTFTELQKNIEISVHKFFNLLK
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pF1KB3 E-IDTST---KVDNAMSRLLKKYDVLFALFSKLERTCELIYLTQ-------PSSSISTEI
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NP_899 KWMDMSNLPQEFRERIERLERNFEVSTVIFKKYEPIFLDIFQNPYEEPPKLPRSRKQRRI
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.. ... : :. .::. .. :::: :..:.:: :: .. .. . .
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pF1KB3 IP-INGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVKNVYFKNFIPFMNS
: ..: : . . . .: :. :: :::. :. . :.:.. . : :....
NP_899 NPSFKGLP-SDFHTADFTAS-----EEPPCIIAVLCELHDGLLVEAKGIKEHYFKPYISK
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: : : :. . . ..:.::: : :.: :.:: : . . .:
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:. :: ..: ..:: . : ::: .. ....
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.:. :. . .. ::..::. :..:. :: :.:.: .: :: : ....... . : ..
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. .::::..::::. : :::::: :..: .:.:.:.:::. :..:.::
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600 610 620
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.:. .:: :.::
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: ::. .: .. ::.:::.:::.:: .::
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NP_899 DLCLKL-DVSNELRRKIWTCFEFTLVHCPDLMKDRHLDQLLLCAFYIMAKVTKEERTFQE
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:. .:.. :.: ..... ::.: . .: ::
NP_899 IMKSYRNQPQANSHVYRSVLLKSIPRE--VVAYNKNINDDFEMIDCDLEDATKTPDCSSG
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:.: .. . : : ...: .. ..:.. .. ..:. .::. .:
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NP_002 IMKSYRNQPQANSHVYRSVLLKSIPRE--VVAYNKNINDDFEMIDCDLEDATKTPDCSSG
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pF1KB3 HIPRSPYKFPSSPLRIPGGNIYISPLKSPYKISEGLPTPTKMTPRSRILVSIGESFGTSE
NP_002 PVKEERGDLIKFYNTIYVGRVKSFALKYDLANQDHMMDAPPLSPFPHIKQQPGSPRRISQ
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>>XP_011521555 (OMIM: 180203) PREDICTED: retinoblastoma- (923 aa)
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:..:.. ::: .:::.. :.....: : ..:: : : . :: .
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180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SSSISTEINSALVLKVSWITFLLAKGEVLQMEDDLVISFQLMLCVLDYFIKLSPPMLLKE
. :::: :..:.::.:: : :.
XP_016 MISDDLVNSYHLLLCALD----LVYGNALQC
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pF1KB3 PYKTAVIPINGSPRTPRRGQNRSARIAKQLENDTRIIEVLCKEHECNIDEVKNVYFKNFI
. .. .: ... :. .: . ::: ::. :. . :.:.. . .
XP_016 SNRKELV----NPNFKGLSEDFHAKDSKPSSDPPCIIEKLCSLHDGLVLEAKGIKEHFWK
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pF1KB3 PFMNSL--------------GLVTSNGLPE-VENLSKRYEEIYLKNKDLDARLFLDHD--
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pF1KB3 -------------------KTLQTDSI--DSFETQRTPRKSNLDEEVNVI----PPHTPV
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XP_016 EEIGTLSRCLNAGSGTETAERVQMKNILQQHFDKSKALRISTPLTGVRYIKENSPCVTPV
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XP_016 STATHSLSRLHTMLTGLRNAPSEKLEQILRTCSRDPTQAIANRLKEMFEIYSQHFQPDED
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XP_016 FSNCAKEIASKHFRFAEMLYYKVLESVIEQEQKRLGDMDLSGILEQDAFHRSLLACCLEV
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:..:.. ::: .:::.. :.....: : ..:: : : . :: .
XP_016 EEQILDHLAWKPESPLWEKIRDNENRVPTCEEVMPPQNLERADEICIAGSPLTPRRVTEV
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pF1KB3 ---------------TAADMYLSP----VR--------SPKKKGSTTR------VNS---
: : : :: .: ::. :. : ::.
XP_016 RADTGGLGRSITSPTTLYDRYSSPPASTTRRRLFVENDSPSDGGTPGRMPPQPLVNAVPV
440 450 460 470 480 490
pF1KB3 --------------------------TAN-----------------------------AE
::: ..
XP_016 QNVSGETVSVTPVPGQTLVTMATATVTANNGQTVTIPVQGIANENGGITFFPVQVNVGGQ
500 510 520 530 540 550
630 640
pF1KB3 TQATS-------------------------------AFQ------------------TQK
.::.. :.: ...
XP_016 AQAVTGSIQPLSAQALAGSLSSQQVTGTTLQVPGQVAIQQISPGGQQQKQGQSVTSSSNR
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pF1KB3 LDQIMMCSMYGICKVKNIDLKFKIIVTAYKDLPHAVQETFKRVLIKEEEYDSIIVFYNSV
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XP_016 LDQLLMCAIYVMAKVTKEDKSFQNIMRCYRTQPQARSQVYRSVLIKGKRKRRNSGSSDSR
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XP_016 SHQNSPTELNKDRTSRDSSPVMRSSSTLP-VPQ-PSSAPPTPTRLTGANSDMEEEERGDL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]