Result of FASTA (omim) for pFN21AE2504
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2504, 1014 aa
  1>>>pF1KE2504 1014 - 1014 aa - 1014 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9620+/-0.000408; mu= 14.5551+/- 0.026
 mean_var=119.6963+/-24.159, 0's: 0 Z-trim(114.8): 47  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.117229
 statistics sampled from 24871 (24913) to 24871 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.292), width:  16
 Scan time: 14.280

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001609 (OMIM: 173870) poly [ADP-ribose] polymer (1014) 6661 1138.5       0
NP_001036083 (OMIM: 607725) poly [ADP-ribose] poly ( 570) 1314 234.0 1.7e-60
NP_005475 (OMIM: 607725) poly [ADP-ribose] polymer ( 583) 1312 233.7 2.2e-60
XP_016876401 (OMIM: 607725) PREDICTED: poly [ADP-r ( 487) 1067 192.2 5.7e-48
XP_005267304 (OMIM: 607725) PREDICTED: poly [ADP-r ( 500) 1065 191.9 7.4e-48
NP_001003931 (OMIM: 607726) poly [ADP-ribose] poly ( 540)  715 132.7 5.2e-30
NP_005476 (OMIM: 607726) poly [ADP-ribose] polymer ( 533)  712 132.2 7.3e-30
XP_016860979 (OMIM: 607726) PREDICTED: poly [ADP-r ( 533)  712 132.2 7.3e-30
XP_005264836 (OMIM: 607726) PREDICTED: poly [ADP-r ( 533)  712 132.2 7.3e-30
NP_006428 (OMIM: 607519) poly [ADP-ribose] polymer (1724)  332 68.3 4.2e-10
XP_011533234 (OMIM: 607519) PREDICTED: poly [ADP-r (1724)  332 68.3 4.2e-10
XP_011533233 (OMIM: 607519) PREDICTED: poly [ADP-r (1771)  332 68.3 4.3e-10


>>NP_001609 (OMIM: 173870) poly [ADP-ribose] polymerase   (1014 aa)
 initn: 6661 init1: 6661 opt: 6661  Z-score: 6090.6  bits: 1138.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6661; 99.9% identity (99.9% similar) in 1014 aa overlap (1-1014:1-1014)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MAESSDKLYRVEYAKSGRASCKKCSESIPKDSLRMAIMVQSPMFDGKVPHWYHFSCFWKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAESSDKLYRVEYAKSGRASCKKCSESIPKDSLRMAIMVQSPMFDGKVPHWYHFSCFWKV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 GHSIRHPDVEVDGFSELRWDDQQKVKKTAEAGGVTGKGQDGIGSKAEKTLGDFAAEYAKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GHSIRHPDVEVDGFSELRWDDQQKVKKTAEAGGVTGKGQDGIGSKAEKTLGDFAAEYAKS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 NRSTCKGCMEKIEKGQVRLFKKMVDPEKPQLGMIDRWYHPGCFVKNREELGFRPEYSASQ
       ::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRSTCKGCMEKIEKGQVRLSKKMVDPEKPQLGMIDRWYHPGCFVKNREELGFRPEYSASQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 LKGFSLLATEDKEALKKQLPGVKSEGKRKGDEVDGVDEVAKKKSKKEKDKDSKLEKALKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKGFSLLATEDKEALKKQLPGVKSEGKRKGDEVDGVDEVAKKKSKKEKDKDSKLEKALKA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 QNDLIWNIKDELKKVCSTNDLKELLIFNKQQVPSGESAILDRVADGMVFGALLPCEECSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QNDLIWNIKDELKKVCSTNDLKELLIFNKQQVPSGESAILDRVADGMVFGALLPCEECSG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 QLVFKSDAYYCTGDVTAWTKCMVKTQTPNRKEWVTPKEFREISYLKKLKVKKQDRIFPPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLVFKSDAYYCTGDVTAWTKCMVKTQTPNRKEWVTPKEFREISYLKKLKVKKQDRIFPPE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 TSASVAATPPPSTASAPAAVNSSASADKPLSNMKILTLGKLSRNKDEVKAMIEKLGGKLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSASVAATPPPSTASAPAAVNSSASADKPLSNMKILTLGKLSRNKDEVKAMIEKLGGKLT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 GTANKASLCISTKKEVEKMNKKMEEVKEANIRVVSEDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTANKASLCISTKKEVEKMNKKMEEVKEANIRVVSEDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 WGAEVKAEPVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WGAEVKAEPVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE2 HSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE2 LEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKNFTKYPKKFYPLEIDYGQDEEAVKKLTVNPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKNFTKYPKKFYPLEIDYGQDEEAVKKLTVNPG
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE2 TKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE2 SQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRG
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE2 GSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE2 REGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 REGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE2 VSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPSA
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010    
pF1KE2 NISLDGVDVPLGTGISSGVNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NISLDGVDVPLGTGISSGVNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
              970       980       990      1000      1010    

>>NP_001036083 (OMIM: 607725) poly [ADP-ribose] polymera  (570 aa)
 initn: 1174 init1: 398 opt: 1314  Z-score: 1206.9  bits: 234.0 E(85289): 1.7e-60
Smith-Waterman score: 1314; 42.2% identity (72.1% similar) in 517 aa overlap (512-1014:59-570)

             490       500       510       520        530       540
pF1KE2 GAEVKAEPVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMK-LTLKGGAAVDPDSGLE
                                     :..  .:... .: : ::: : :::.   .
NP_001 APEDSSPAKKTRRCQRQESKKMPVAGGKANKDRTEDKQDESVKALLLKGKAPVDPECTAK
       30        40        50        60        70        80        

               550       560       570       580       590         
pF1KE2 -HSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSN
         .:::  .:. :... :. ...  ..:.:: .:::::: .  . ..  :::::  .:..
NP_001 VGKAHVYCEGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGK-MGQH
       90       100       110       120       130       140        

     600        610       620       630        640          650    
pF1KE2 KLEQMPSKED-AIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-FTKYPKKFYPLEIDYG---QDEEAVKK
       .:    .. . : : :.: . .:: : :.... : : : :.  :..::.   :::: .::
NP_001 SLVACSGNLNKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNTQDEEETKK
       150       160       170       180       190       200       

             660       670       680       690       700       710 
pF1KE2 ---LTVNPGTKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYS
          :      .:.:   ::.:::.: .:..:.. :.:.. . .: :::::.  ::.:.:.
NP_001 EESLKSPLKPESQLDLRVQELIKLICNVQAMEEMMMEMKYNTKKAPLGKLTVAQIKAGYQ
       210       220       230       240       250       260       

             720       730       740       750       760       770 
pF1KE2 ILSEVQQAVSQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDI
        :..... .  :.    ...  :.::: ::::::.. :::. .   .. :...:. : ::
NP_001 SLKKIEDCIRAGQHGRALMEACNEFYTRIPHDFGLRTPPLIRTQKELSEKIQLLEALGDI
       270       280       290       300       310       320       

             780       790       800       810       820       830 
pF1KE2 EVAYSLLRGGSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDL
       :.: .:..    .: . :.: .:..:.  .. .:..: : ..: .:...::: ::. : .
NP_001 EIAIKLVKT-ELQSPEHPLDQHYRNLHCALRPLDHESYEFKVISQYLQSTHAPTHSDYTM
       330        340       350       360       370       380      

             840       850       860       870       880       890 
pF1KE2 EVIDIFKIEREGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMF
        ..:.:..:..:: . ..  ..:::: ::::::: .:..::::.::::::::::.:::::
NP_001 TLLDLFEVEKDGEKEAFR--EDLHNRMLLWHGSRMSNWVGILSHGLRIAPPEAPITGYMF
        390       400         410       420       430       440    

             900       910       920       930       940        950
pF1KE2 GKGIYFADMVSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISK-LPKGKHSVKG
       ::::::::: ::::::: .:.    ::.::.:::::.  :: .:.  .. : .::::.::
NP_001 GKGIYFADMSSKSANYCFASRLKNTGLLLLSEVALGQCNELLEANPKAEGLLQGKHSTKG
          450       460       470       480       490       500    

              960       970          980       990      1000       
pF1KE2 LGKTTPDPSANISLDGVDVPLGTGISSGV---NDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKF
       ::: .:. .  ..:.:  :::: . ..:.   .  .: :::::::.  :: ..::::..:
NP_001 LGKMAPSSAHFVTLNGSTVPLGPASDTGILNPDGYTLNYNEYIVYNPNQVRMRYLLKVQF
          510       520       530       540       550       560    

      1010    
pF1KE2 NFKTSLW
       ::  .::
NP_001 NF-LQLW
           570

>>NP_005475 (OMIM: 607725) poly [ADP-ribose] polymerase   (583 aa)
 initn: 1183 init1: 398 opt: 1312  Z-score: 1205.0  bits: 233.7 E(85289): 2.2e-60
Smith-Waterman score: 1312; 42.6% identity (71.9% similar) in 509 aa overlap (519-1014:80-583)

      490       500       510       520       530       540        
pF1KE2 PVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLE-HSAHVLE
                                     ::.   : ::: : :::.   .  .:::  
NP_005 MPVAGGKANKDRTEDKQDGMPGRSWASKRVSESVKALLLKGKAPVDPECTAKVGKAHVYC
      50        60        70        80        90       100         

       550       560       570       580       590       600       
pF1KE2 KGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSK
       .:. :... :. ...  ..:.:: .:::::: .  . ..  :::::  .:...:    ..
NP_005 EGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGK-MGQHSLVACSGN
     110       120       130       140       150        160        

        610       620       630        640          650            
pF1KE2 ED-AIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-FTKYPKKFYPLEIDYG---QDEEAVKK---LTVNP
        . : : :.: . .:: : :.... : : : :.  :..::.   :::: .::   :    
NP_005 LNKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNTQDEEETKKEESLKSPL
      170       180       190       200       210       220        

     660       670       680       690       700       710         
pF1KE2 GTKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQA
         .:.:   ::.:::.: .:..:.. :.:.. . .: :::::.  ::.:.:. :..... 
NP_005 KPESQLDLRVQELIKLICNVQAMEEMMMEMKYNTKKAPLGKLTVAQIKAGYQSLKKIEDC
      230       240       250       260       270       280        

     720       730       740       750       760       770         
pF1KE2 VSQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLR
       .  :.    ...  :.::: ::::::.. :::. .   .. :...:. : :::.: .:..
NP_005 IRAGQHGRALMEACNEFYTRIPHDFGLRTPPLIRTQKELSEKIQLLEALGDIEIAIKLVK
      290       300       310       320       330       340        

     780       790       800       810       820       830         
pF1KE2 GGSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKI
           .: . :.: .:..:.  .. .:..: : ..: .:...::: ::. : . ..:.:..
NP_005 T-ELQSPEHPLDQHYRNLHCALRPLDHESYEFKVISQYLQSTHAPTHSDYTMTLLDLFEV
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pF1KE2 EREGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFAD
       :..:: . ..  ..:::: ::::::: .:..::::.::::::::::.:::::::::::::
NP_005 EKDGEKEAFR--EDLHNRMLLWHGSRMSNWVGILSHGLRIAPPEAPITGYMFGKGIYFAD
       410         420       430       440       450       460     

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pF1KE2 MVSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISK-LPKGKHSVKGLGKTTPDP
       : ::::::: .:.    ::.::.:::::.  :: .:.  .. : .::::.::::: .:. 
NP_005 MSSKSANYCFASRLKNTGLLLLSEVALGQCNELLEANPKAEGLLQGKHSTKGLGKMAPSS
         470       480       490       500       510       520     

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pF1KE2 SANISLDGVDVPLGTGISSGV---NDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
       .  ..:.:  :::: . ..:.   .  .: :::::::.  :: ..::::..:::  .::
NP_005 AHFVTLNGSTVPLGPASDTGILNPDGYTLNYNEYIVYNPNQVRMRYLLKVQFNF-LQLW
         530       540       550       560       570        580   

>>XP_016876401 (OMIM: 607725) PREDICTED: poly [ADP-ribos  (487 aa)
 initn: 932 init1: 364 opt: 1067  Z-score: 982.2  bits: 192.2 E(85289): 5.7e-48
Smith-Waterman score: 1067; 41.2% identity (72.0% similar) in 422 aa overlap (512-923:59-476)

             490       500       510       520        530       540
pF1KE2 GAEVKAEPVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMK-LTLKGGAAVDPDSGLE
                                     :..  .:... .: : ::: : :::.   .
XP_016 APEDSSPAKKTRRCQRQESKKMPVAGGKANKDRTEDKQDESVKALLLKGKAPVDPECTAK
       30        40        50        60        70        80        

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pF1KE2 -HSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSN
         .:::  .:. :... :. ...  ..:.:: .:::::: .  . ..  :::::  .:..
XP_016 VGKAHVYCEGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGK-MGQH
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pF1KE2 KLEQMPSKED-AIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-FTKYPKKFYPLEIDYG---QDEEAVKK
       .:    .. . : : :.: . .:: : :.... : : : :.  :..::.   :::: .::
XP_016 SLVACSGNLNKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNTQDEEETKK
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pF1KE2 ---LTVNPGTKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYS
          :      .:.:   ::.:::.: .:..:.. :.:.. . .: :::::.  ::.:.:.
XP_016 EESLKSPLKPESQLDLRVQELIKLICNVQAMEEMMMEMKYNTKKAPLGKLTVAQIKAGYQ
       210       220       230       240       250       260       

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pF1KE2 ILSEVQQAVSQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDI
        :..... .  :.    ...  :.::: ::::::.. :::. .   .. :...:. : ::
XP_016 SLKKIEDCIRAGQHGRALMEACNEFYTRIPHDFGLRTPPLIRTQKELSEKIQLLEALGDI
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pF1KE2 EVAYSLLRGGSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDL
       :.: .:..    .: . :.: .:..:.  .. .:..: : ..: .:...::: ::. : .
XP_016 EIAIKLVKT-ELQSPEHPLDQHYRNLHCALRPLDHESYEFKVISQYLQSTHAPTHSDYTM
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pF1KE2 EVIDIFKIEREGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMF
        ..:.:..:..:: . ..  ..:::: ::::::: .:..::::.::::::::::.:::::
XP_016 TLLDLFEVEKDGEKEAFR--EDLHNRMLLWHGSRMSNWVGILSHGLRIAPPEAPITGYMF
        390       400         410       420       430       440    

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pF1KE2 GKGIYFADMVSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISKLPKGKHSVKGL
       ::::::::: ::::::: .:.    ::.::.:                            
XP_016 GKGIYFADMSSKSANYCFASRLKNTGLLLLSEEWEYSAIRTSK                 
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pF1KE2 GKTTPDPSANISLDGVDVPLGTGISSGVNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKT

>>XP_005267304 (OMIM: 607725) PREDICTED: poly [ADP-ribos  (500 aa)
 initn: 941 init1: 364 opt: 1065  Z-score: 980.2  bits: 191.9 E(85289): 7.4e-48
Smith-Waterman score: 1065; 41.8% identity (71.7% similar) in 414 aa overlap (519-923:80-489)

      490       500       510       520       530       540        
pF1KE2 PVEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLE-HSAHVLE
                                     ::.   : ::: : :::.   .  .:::  
XP_005 MPVAGGKANKDRTEDKQDGMPGRSWASKRVSESVKALLLKGKAPVDPECTAKVGKAHVYC
      50        60        70        80        90       100         

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pF1KE2 KGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSK
       .:. :... :. ...  ..:.:: .:::::: .  . ..  :::::  .:...:    ..
XP_005 EGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGK-MGQHSLVACSGN
     110       120       130       140       150        160        

        610       620       630        640          650            
pF1KE2 ED-AIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-FTKYPKKFYPLEIDYG---QDEEAVKK---LTVNP
        . : : :.: . .:: : :.... : : : :.  :..::.   :::: .::   :    
XP_005 LNKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNTQDEEETKKEESLKSPL
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pF1KE2 GTKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQA
         .:.:   ::.:::.: .:..:.. :.:.. . .: :::::.  ::.:.:. :..... 
XP_005 KPESQLDLRVQELIKLICNVQAMEEMMMEMKYNTKKAPLGKLTVAQIKAGYQSLKKIEDC
      230       240       250       260       270       280        

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pF1KE2 VSQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLR
       .  :.    ...  :.::: ::::::.. :::. .   .. :...:. : :::.: .:..
XP_005 IRAGQHGRALMEACNEFYTRIPHDFGLRTPPLIRTQKELSEKIQLLEALGDIEIAIKLVK
      290       300       310       320       330       340        

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pF1KE2 GGSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKI
           .: . :.: .:..:.  .. .:..: : ..: .:...::: ::. : . ..:.:..
XP_005 T-ELQSPEHPLDQHYRNLHCALRPLDHESYEFKVISQYLQSTHAPTHSDYTMTLLDLFEV
       350       360       370       380       390       400       

     840       850       860       870       880       890         
pF1KE2 EREGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFAD
       :..:: . ..  ..:::: ::::::: .:..::::.::::::::::.:::::::::::::
XP_005 EKDGEKEAFR--EDLHNRMLLWHGSRMSNWVGILSHGLRIAPPEAPITGYMFGKGIYFAD
       410         420       430       440       450       460     

     900       910       920       930       940       950         
pF1KE2 MVSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPS
       : ::::::: .:.    ::.::.:                                    
XP_005 MSSKSANYCFASRLKNTGLLLLSEEWEYSAIRTSK                         
         470       480       490       500                         

>>NP_001003931 (OMIM: 607726) poly [ADP-ribose] polymera  (540 aa)
 initn: 576 init1: 159 opt: 715  Z-score: 659.8  bits: 132.7 E(85289): 5.2e-30
Smith-Waterman score: 867; 33.7% identity (64.8% similar) in 563 aa overlap (472-1007:4-540)

             450       460       470       480        490       500
pF1KE2 KMEEVKEANIRVVSEDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSPWGAEVKAEP-VEVVAPRGKSG
                                     ::::  ..:     : .: :.. .:. :.:
NP_001                            MSLLFLA--MAP-----KPKPWVQTEGPEKKKG
                                            10             20      

              510       520         530       540       550        
pF1KE2 AALSKKSKGQVKEEGINKSEKRMKL--TLKGGAAVDPDSGLEHSAHVLEKGGKVFSATLG
            .. :. .:. . .. . .:   . :    :::   :  :..   .  . .. ::.
NP_001 -----RQAGR-EEDPFRSTAEALKAIPAEKRIIRVDPTCPL--SSNPGTQVYEDYNCTLN
              30         40        50        60          70        

      560       570       580        590       600       610       
pF1KE2 LVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWI-FRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSKEDAIEHFMKL
        ..: ...:..: .:::.:.  ::..  .  ::::: : :..:....   ::: . : : 
NP_001 QTNIENNNNKFYIIQLLQDS--NRFFTCWNRWGRVGEV-GQSKINHFTRLEDAKKDFEKK
       80        90         100       110        120       130     

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pF1KE2 YEEKTGNAWHSKN-FTKYPKKFYPLEIDYGQDE--EAVKKLTVNP-GTKSKLPKP-----
       ..::: : :  .. :...: :.  .:.. ..::  ::: :.  .:  : .:  .:     
NP_001 FREKTKNNWAERDHFVSHPGKYTLIEVQ-AEDEAQEAVVKVDRGPVRTVTKRVQPCSLDP
         140       150       160        170       180       190    

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pF1KE2 -VQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAVSQGSSDS
        .: ::  ::. : .:..:. ...:..:::::::::.::  ..  :  ...:..  .. .
NP_001 ATQKLITNIFSKEMFKNTMALMDLDVKKMPLGKLSKQQIARGFEALEALEEALKGPTDGG
          200       210       220       230       240       250    

       730        740       750       760       770       780      
pF1KE2 QILD-LSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRGGSDDSS
       : :. ::..:::.:::.:: ..:: .:. . .::: .::  : :::.: .:   . ....
NP_001 QSLEELSSHFYTVIPHNFGHSQPPPINSPELLQAKKDMLLVLADIELAQALQAVSEQEKT
          260       270       280       290       300       310    

            790       800       810       820       830       840  
pF1KE2 KD----PIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIERE
        .    :.: .:. :: .....:  . : ..:. :...: ...:    :.   :.:...:
NP_001 VEEVPHPLDRDYQLLKCQLQLLDSGAPEYKVIQTYLEQT-GSNHRCPTLQ--HIWKVNQE
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pF1KE2 GECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADMVS
       :: .:..  ..: ::.:::::.  .  :.::..:::: :     .:   :::::::.  :
NP_001 GEEDRFQAHSKLGNRKLLWHGTNMAVVAAILTSGLRIMPH----SGGRVGKGIYFASENS
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pF1KE2 KSANYC--HTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHAS-HISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPS
       :::.:       .  .: ..:::::::  ....  .  ... : :  :: . :.: :::.
NP_001 KSAGYVIGMKCGAHHVGYMFLGEVALGREHHINTDNPSLKSPPPGFDSVIARGHTEPDPT
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pF1KE2 AN--ISLDG--VDVPLGTGISSG-VNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
        .  . :::  : :: :  .     .....  .::..:. .:  :.:::....       
NP_001 QDTELELDGQQVVVPQGQPVPCPEFSSSTFSQSEYLIYQESQCRLRYLLEVHL       
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>>NP_005476 (OMIM: 607726) poly [ADP-ribose] polymerase   (533 aa)
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                                     : .: :.. .:. :.:     .. :. .:.
NP_005                            MAPKPKPWVQTEGPEKKKG-----RQAGR-EED
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pF1KE2 GINKSEKRMKL--TLKGGAAVDPDSGLEHSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKL
        . .. . .:   . :    :::   :  :..   .  . .. ::. ..: ...:..: .
NP_005 PFRSTAEALKAIPAEKRIIRVDPTCPL--SSNPGTQVYEDYNCTLNQTNIENNNNKFYII
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pF1KE2 QLLEDDKENRYWI-FRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-
       :::.:.  ::..  .  ::::: : :..:....   ::: . : : ..::: : :  .. 
NP_005 QLLQDS--NRFFTCWNRWGRVGEV-GQSKINHFTRLEDAKKDFEKKFREKTKNNWAERDH
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pF1KE2 FTKYPKKFYPLEIDYGQDE--EAVKKLTVNP-GTKSKLPKP------VQDLIKMIFDVES
       :...: :.  .:.. ..::  ::: :.  .:  : .:  .:      .: ::  ::. : 
NP_005 FVSHPGKYTLIEVQ-AEDEAQEAVVKVDRGPVRTVTKRVQPCSLDPATQKLITNIFSKEM
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pF1KE2 MKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAVSQGSSDSQILD-LSNRFYTLI
       .:..:. ...:..:::::::::.::  ..  :  ...:..  .. .: :. ::..:::.:
NP_005 FKNTMALMDLDVKKMPLGKLSKQQIARGFEALEALEEALKGPTDGGQSLEELSSHFYTVI
             210       220       230       240       250       260 

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pF1KE2 PHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRGGSDDSSKD----PIDVNYEK
       ::.:: ..:: .:. . .::: .::  : :::.: .:   . .... .    :.: .:. 
NP_005 PHNFGHSQPPPINSPELLQAKKDMLLVLADIELAQALQAVSEQEKTVEEVPHPLDRDYQL
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pF1KE2 LKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIEREGECQRYKPFKQLHN
       :: .....:  . : ..:. :...: ...:    :.   :.:...::: .:..  ..: :
NP_005 LKCQLQLLDSGAPEYKVIQTYLEQT-GSNHRCPTLQ--HIWKVNQEGEEDRFQAHSKLGN
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pF1KE2 RRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADMVSKSANYC--HTSQGD
       :.:::::.  .  :.::..:::: :     .:   :::::::.  ::::.:       . 
NP_005 RKLLWHGTNMAVVAAILTSGLRIMPH----SGGRVGKGIYFASENSKSAGYVIGMKCGAH
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pF1KE2 PIGLILLGEVALGNMYELKHAS-HISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPSAN--ISLDG--VDV
        .: ..:::::::  ....  .  ... : :  :: . :.: :::. .  . :::  : :
NP_005 HVGYMFLGEVALGREHHINTDNPSLKSPPPGFDSVIARGHTEPDPTQDTELELDGQQVVV
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pF1KE2 PLGTGISSG-VNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
       : :  .     .....  .::..:. .:  :.:::....       
NP_005 PQGQPVPCPEFSSSTFSQSEYLIYQESQCRLRYLLEVHL       
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>>XP_016860979 (OMIM: 607726) PREDICTED: poly [ADP-ribos  (533 aa)
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pF1KE2 EDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSPWGAEVKAEP-VEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEE
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XP_016                            MAPKPKPWVQTEGPEKKKG-----RQAGR-EED
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pF1KE2 GINKSEKRMKL--TLKGGAAVDPDSGLEHSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKL
        . .. . .:   . :    :::   :  :..   .  . .. ::. ..: ...:..: .
XP_016 PFRSTAEALKAIPAEKRIIRVDPTCPL--SSNPGTQVYEDYNCTLNQTNIENNNNKFYII
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pF1KE2 QLLEDDKENRYWI-FRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-
       :::.:.  ::..  .  ::::: : :..:....   ::: . : : ..::: : :  .. 
XP_016 QLLQDS--NRFFTCWNRWGRVGEV-GQSKINHFTRLEDAKKDFEKKFREKTKNNWAERDH
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pF1KE2 FTKYPKKFYPLEIDYGQDE--EAVKKLTVNP-GTKSKLPKP------VQDLIKMIFDVES
       :...: :.  .:.. ..::  ::: :.  .:  : .:  .:      .: ::  ::. : 
XP_016 FVSHPGKYTLIEVQ-AEDEAQEAVVKVDRGPVRTVTKRVQPCSLDPATQKLITNIFSKEM
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pF1KE2 MKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAVSQGSSDSQILD-LSNRFYTLI
       .:..:. ...:..:::::::::.::  ..  :  ...:..  .. .: :. ::..:::.:
XP_016 FKNTMALMDLDVKKMPLGKLSKQQIARGFEALEALEEALKGPTDGGQSLEELSSHFYTVI
             210       220       230       240       250       260 

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pF1KE2 PHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRGGSDDSSKD----PIDVNYEK
       ::.:: ..:: .:. . .::: .::  : :::.: .:   . .... .    :.: .:. 
XP_016 PHNFGHSQPPPINSPELLQAKKDMLLVLADIELAQALQAVSEQEKTVEEVPHPLDRDYQL
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pF1KE2 LKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIEREGECQRYKPFKQLHN
       :: .....:  . : ..:. :...: ...:    :.   :.:...::: .:..  ..: :
XP_016 LKCQLQLLDSGAPEYKVIQTYLEQT-GSNHRCPTLQ--HIWKVNQEGEEDRFQAHSKLGN
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pF1KE2 RRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADMVSKSANYC--HTSQGD
       :.:::::.  .  :.::..:::: :     .:   :::::::.  ::::.:       . 
XP_016 RKLLWHGTNMAVVAAILTSGLRIMPH----SGGRVGKGIYFASENSKSAGYVIGMKCGAH
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pF1KE2 PIGLILLGEVALGNMYELKHAS-HISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPSAN--ISLDG--VDV
        .: ..:::::::  ....  .  ... : :  :: . :.: :::. .  . :::  : :
XP_016 HVGYMFLGEVALGREHHINTDNPSLKSPPPGFDSVIARGHTEPDPTQDTELELDGQQVVV
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pF1KE2 PLGTGISSG-VNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLW
       : :  .     .....  .::..:. .:  :.:::....       
XP_016 PQGQPVPCPEFSSSTFSQSEYLIYQESQCRLRYLLEVHL       
          500       510       520       530          

>>XP_005264836 (OMIM: 607726) PREDICTED: poly [ADP-ribos  (533 aa)
 initn: 576 init1: 159 opt: 712  Z-score: 657.1  bits: 132.2 E(85289): 7.3e-30
Smith-Waterman score: 864; 33.7% identity (65.2% similar) in 549 aa overlap (486-1007:4-533)

         460       470       480        490       500       510    
pF1KE2 EDFLQDVSASTKSLQELFLAHILSPWGAEVKAEP-VEVVAPRGKSGAALSKKSKGQVKEE
                                     : .: :.. .:. :.:     .. :. .:.
XP_005                            MAPKPKPWVQTEGPEKKKG-----RQAGR-EED
                                          10             20        

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pF1KE2 GINKSEKRMKL--TLKGGAAVDPDSGLEHSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKL
        . .. . .:   . :    :::   :  :..   .  . .. ::. ..: ...:..: .
XP_005 PFRSTAEALKAIPAEKRIIRVDPTCPL--SSNPGTQVYEDYNCTLNQTNIENNNNKFYII
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            580        590       600       610       620       630 
pF1KE2 QLLEDDKENRYWI-FRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKN-
       :::.:.  ::..  .  ::::: : :..:....   ::: . : : ..::: : :  .. 
XP_005 QLLQDS--NRFFTCWNRWGRVGEV-GQSKINHFTRLEDAKKDFEKKFREKTKNNWAERDH
          90         100        110       120       130       140  

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pF1KE2 FTKYPKKFYPLEIDYGQDE--EAVKKLTVNP-GTKSKLPKP------VQDLIKMIFDVES
       :...: :.  .:.. ..::  ::: :.  .:  : .:  .:      .: ::  ::. : 
XP_005 FVSHPGKYTLIEVQ-AEDEAQEAVVKVDRGPVRTVTKRVQPCSLDPATQKLITNIFSKEM
            150        160       170       180       190       200 

             690       700       710       720       730        740
pF1KE2 MKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAVSQGSSDSQILD-LSNRFYTLI
       .:..:. ...:..:::::::::.::  ..  :  ...:..  .. .: :. ::..:::.:
XP_005 FKNTMALMDLDVKKMPLGKLSKQQIARGFEALEALEEALKGPTDGGQSLEELSSHFYTVI
             210       220       230       240       250       260 

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pF1KE2 PHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRGGSDDSSKD----PIDVNYEK
       ::.:: ..:: .:. . .::: .::  : :::.: .:   . .... .    :.: .:. 
XP_005 PHNFGHSQPPPINSPELLQAKKDMLLVLADIELAQALQAVSEQEKTVEEVPHPLDRDYQL
             270       280       290       300       310       320 

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pF1KE2 LKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIEREGECQRYKPFKQLHN
       :: .....:  . : ..:. :...: ...:    :.   :.:...::: .:..  ..: :
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       :.:::::.  .  :.::..:::: :     .:   :::::::.  ::::.:       . 
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        .: ..:::::::  ....  .  ... : :  :: . :.: :::. .  . :::  : :
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       : :  .     .....  .::..:. .:  :.:::....       
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       ... :  .....   :..: .  .. .. :  ..::  :   :.    . :  . .: . 
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       : :.: .  ::      ....:    ..: : :     .:.    :  .  ..: : . :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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