Result of FASTA (omim) for
pFN21ASDA1724
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1724, 386 aa
1>>>pF1KSDA1724 386 - 386 aa - 386 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8132+/-0.000485; mu= 19.2016+/- 0.030
mean_var=64.8127+/-13.484, 0's: 0 Z-trim(108.6): 60 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.159310
statistics sampled from 16699 (16743) to 16699 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.539), E-opt: 0.2 (0.196), width: 16
Scan time: 7.640
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_277040 (OMIM: 607915) ethanolaminephosphotransf ( 397) 2614 610.2 2.7e-174
XP_011538798 (OMIM: 616751) PREDICTED: choline/eth ( 416) 501 124.5 4.4e-28
NP_001317672 (OMIM: 616751) choline/ethanolamineph ( 416) 489 121.8 3e-27
NP_001007795 (OMIM: 616751) choline/ethanolamineph ( 416) 489 121.8 3e-27
NP_006081 (OMIM: 616751) choline/ethanolaminephosp ( 416) 489 121.8 3e-27
NP_064629 (OMIM: 616747) cholinephosphotransferase ( 406) 470 117.4 6.1e-26
XP_011536876 (OMIM: 616747) PREDICTED: cholinephos ( 362) 383 97.4 5.8e-20
XP_011536877 (OMIM: 616747) PREDICTED: cholinephos ( 234) 136 40.5 0.0051
>>NP_277040 (OMIM: 607915) ethanolaminephosphotransferas (397 aa)
initn: 2614 init1: 2614 opt: 2614 Z-score: 3250.0 bits: 610.2 E(85289): 2.7e-174
Smith-Waterman score: 2614; 100.0% identity (100.0% similar) in 386 aa overlap (1-386:1-386)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAGYEYVSPEQLAGFDKYKYSAVDTNPLSLYVMHPFWNTIVKVFPTWLAPNLITFSGFLL
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NP_277 MAGYEYVSPEQLAGFDKYKYSAVDTNPLSLYVMHPFWNTIVKVFPTWLAPNLITFSGFLL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VVFNFLLMAYFDPDFYASAPGHKHVPDWVWIVVGILNFVAYTLDGVDGKQARRTNSSTPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_277 VVFNFLLMAYFDPDFYASAPGHKHVPDWVWIVVGILNFVAYTLDGVDGKQARRTNSSTPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GELFDHGLDSWSCVYFVVTVYSIFGRGSTGVSVFVLYLLLWVVLFSFILSHWEKYNTGIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_277 GELFDHGLDSWSCVYFVVTVYSIFGRGSTGVSVFVLYLLLWVVLFSFILSHWEKYNTGIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FLPWGYDISQVTISFVYIVTAVVGVEAWYEPFLFNFLYRDLFTAMIIGCALCVTLPMSLL
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NP_277 FLPWGYDISQVTISFVYIVTAVVGVEAWYEPFLFNFLYRDLFTAMIIGCALCVTLPMSLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD NFFRSYKNNTLKLNSVYEAMVPLFSPCLLFILSTAWILWSPSDILELHPRVFYFMVGTAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_277 NFFRSYKNNTLKLNSVYEAMVPLFSPCLLFILSTAWILWSPSDILELHPRVFYFMVGTAF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ANSTCQLIVCQMSSTRCPTLNWLLVPLFLVVLVVNLGVASYVESILLYTLTTAFTLAHIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_277 ANSTCQLIVCQMSSTRCPTLNWLLVPLFLVVLVVNLGVASYVESILLYTLTTAFTLAHIH
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KSD YGVRVVKQLSSHFQIYPFSLRKPNSD
::::::::::::::::::::::::::
NP_277 YGVRVVKQLSSHFQIYPFSLRKPNSDCLGMEEKNIGL
370 380 390
>>XP_011538798 (OMIM: 616751) PREDICTED: choline/ethanol (416 aa)
initn: 368 init1: 195 opt: 501 Z-score: 625.1 bits: 124.5 E(85289): 4.4e-28
Smith-Waterman score: 501; 27.7% identity (61.1% similar) in 386 aa overlap (7-381:43-407)
10 20 30
pF1KSD MAGYEYVSPEQLAGFDKYKYSAVDTNPLSLYVMHPF
.: .:: .....:... . : .:. .
XP_011 DSHPESPVGFGHMSTTGCVLNKLFQLPTPPLSRHQLKRLEEHRYQSAGRSLLE-PLMQGY
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KSD WNTIVKVFPTWLAPNLITFSGFLLVVFNFLLMAYFDPDFYASAPGHKHVPDWVWIVVGIL
:. .:. :.:.::::::. :. . . . .:.... : . ...: :..:. .
XP_011 WEWLVRRVPSWIAPNLITIIGLSINICTTILLVFYCPT------ATEQAPLWAYIACACG
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD NFVAYTLDGVDGKQARRTNSSTPLGELFDHGLDSWSCVYFVV-TVYSIFGRGSTGVSVFV
:. .::..:::::::::::.::::::::: :: : :. :. : .. . :..
XP_011 LFIYQSLDAIDGKQARRTNSSSPLGELFDHGCDSLSTVFVVLGTCIAV----QLGTNPDW
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD LYLLLWVVLFSFILSHWEKYNTGILFLPWGYDI--SQVTISFVYIVTAVVGVEAWYEPFL
... .. : : .::. : .: : . .:. ::. : . ..:...: :..
XP_011 MFFCCFAGTFMFYCAHWQTYVSGTLRFGI-FDVTESQIIIIICQLLTGTLG------PWF
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KSD FNFLYRDLFTAMIIGCALCVTLP--MSLLNFFRSYKNNTLKLNSVYEAMVPLFSPCLLF-
.:: : : : :::.. .: :.:: .. . :. : . ..:: : .
XP_011 WNFTIPVLNIQMKIFPALCTVAGTIFSCTNYFRVIFTGGVGKNGSTIAGTSVLSPFLHIG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KSD -ILSTAWILWSPSDI--LELHPRVFYFMVGTAFANSTCQLIVCQMSSTRCPTLNWLLV-P
... : .... : . .: :: .. . : . :. : .:.: .:.... . .. :
XP_011 SVITLAAMIYKKSAVQLFEKHPCLYILTFGFVSAKITNKLVVAHMTKSEMHLHDTAFIGP
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LFLVVLVVNLGVASYVESILLYTLTTAFTLAH-IHYGVRVVKQLSSHFQIYPFSLRKPNS
..: .. :... .. .. .:.. :.: : : .:..::..:. : ..
XP_011 ---ALLFLDQYFNSFIDEYIVLWIALVFSFFDLIRYCVSVCNQIASHLHIHVFRIKVSTA
360 370 380 390 400 410
pF1KSD D
XP_011 HSNHH
>>NP_001317672 (OMIM: 616751) choline/ethanolaminephosph (416 aa)
initn: 340 init1: 195 opt: 489 Z-score: 610.2 bits: 121.8 E(85289): 3e-27
Smith-Waterman score: 489; 27.2% identity (62.2% similar) in 386 aa overlap (7-381:43-407)
10 20 30
pF1KSD MAGYEYVSPEQLAGFDKYKYSAVDTNPLSLYVMHPF
.: .:: .....:... . : .:. .
NP_001 DSHPESPVGFGHMSTTGCVLNKLFQLPTPPLSRHQLKRLEEHRYQSAGRSLLE-PLMQGY
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KSD WNTIVKVFPTWLAPNLITFSGFLLVVFNFLLMAYFDPDFYASAPGHKHVPDWVWIVVGIL
:. .:. :.:.::::::. :. . . . .:.... : . ...: :..:. .
NP_001 WEWLVRRVPSWIAPNLITIIGLSINICTTILLVFYCPT------ATEQAPLWAYIACACG
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD NFVAYTLDGVDGKQARRTNSSTPLGELFDHGLDSWSCVYFVV-TVYSIFGRGSTGVSVFV
:. .::..:::::::::::.::::::::: :: : :. :. : .. . :..
NP_001 LFIYQSLDAIDGKQARRTNSSSPLGELFDHGCDSLSTVFVVLGTCIAV----QLGTNPDW
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD LYLLLWVVLFSFILSHWEKYNTGILFLPWGYDISQVTISFVYIV--TAVVGVEAWYEPFL
... .. : : .::. : .: : . :...: : :. :. ::.: ... ..
NP_001 MFFCCFAGTFMFYCAHWQTYVSGTLRFGI-IDVTEVQI-FIIIMHLLAVIGGPPFWQSMI
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KSD --FNFLYRDLFTAMIIGCALCVTLPMSLLNFFRSYKNNTLKLNSVYEAMVPLFSPCLLF-
.:. .. .: :. :.. :. .: :.:: .. . :. : . ..:: : .
NP_001 PVLNIQMK-IFPAL---CTVAGTI-FSCTNYFRVIFTGGVGKNGSTIAGTSVLSPFLHIG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KSD -ILSTAWILWSPSDI--LELHPRVFYFMVGTAFANSTCQLIVCQMSSTRCPTLNWLLV-P
... : .... : . .: :: .. . : . :. : .:.: .:.... . .. :
NP_001 SVITLAAMIYKKSAVQLFEKHPCLYILTFGFVSAKITNKLVVAHMTKSEMHLHDTAFIGP
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LFLVVLVVNLGVASYVESILLYTLTTAFTLAH-IHYGVRVVKQLSSHFQIYPFSLRKPNS
..: .. :... .. .. .:.. :.: : : .:..::..:. : ..
NP_001 ---ALLFLDQYFNSFIDEYIVLWIALVFSFFDLIRYCVSVCNQIASHLHIHVFRIKVSTA
360 370 380 390 400 410
pF1KSD D
NP_001 HSNHH
>>NP_001007795 (OMIM: 616751) choline/ethanolaminephosph (416 aa)
initn: 340 init1: 195 opt: 489 Z-score: 610.2 bits: 121.8 E(85289): 3e-27
Smith-Waterman score: 489; 27.2% identity (62.2% similar) in 386 aa overlap (7-381:43-407)
10 20 30
pF1KSD MAGYEYVSPEQLAGFDKYKYSAVDTNPLSLYVMHPF
.: .:: .....:... . : .:. .
NP_001 DSHPESPVGFGHMSTTGCVLNKLFQLPTPPLSRHQLKRLEEHRYQSAGRSLLE-PLMQGY
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KSD WNTIVKVFPTWLAPNLITFSGFLLVVFNFLLMAYFDPDFYASAPGHKHVPDWVWIVVGIL
:. .:. :.:.::::::. :. . . . .:.... : . ...: :..:. .
NP_001 WEWLVRRVPSWIAPNLITIIGLSINICTTILLVFYCPT------ATEQAPLWAYIACACG
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD NFVAYTLDGVDGKQARRTNSSTPLGELFDHGLDSWSCVYFVV-TVYSIFGRGSTGVSVFV
:. .::..:::::::::::.::::::::: :: : :. :. : .. . :..
NP_001 LFIYQSLDAIDGKQARRTNSSSPLGELFDHGCDSLSTVFVVLGTCIAV----QLGTNPDW
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD LYLLLWVVLFSFILSHWEKYNTGILFLPWGYDISQVTISFVYIV--TAVVGVEAWYEPFL
... .. : : .::. : .: : . :...: : :. :. ::.: ... ..
NP_001 MFFCCFAGTFMFYCAHWQTYVSGTLRFGI-IDVTEVQI-FIIIMHLLAVIGGPPFWQSMI
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KSD --FNFLYRDLFTAMIIGCALCVTLPMSLLNFFRSYKNNTLKLNSVYEAMVPLFSPCLLF-
.:. .. .: :. :.. :. .: :.:: .. . :. : . ..:: : .
NP_001 PVLNIQMK-IFPAL---CTVAGTI-FSCTNYFRVIFTGGVGKNGSTIAGTSVLSPFLHIG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KSD -ILSTAWILWSPSDI--LELHPRVFYFMVGTAFANSTCQLIVCQMSSTRCPTLNWLLV-P
... : .... : . .: :: .. . : . :. : .:.: .:.... . .. :
NP_001 SVITLAAMIYKKSAVQLFEKHPCLYILTFGFVSAKITNKLVVAHMTKSEMHLHDTAFIGP
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LFLVVLVVNLGVASYVESILLYTLTTAFTLAH-IHYGVRVVKQLSSHFQIYPFSLRKPNS
..: .. :... .. .. .:.. :.: : : .:..::..:. : ..
NP_001 ---ALLFLDQYFNSFIDEYIVLWIALVFSFFDLIRYCVSVCNQIASHLHIHVFRIKVSTA
360 370 380 390 400 410
pF1KSD D
NP_001 HSNHH
>>NP_006081 (OMIM: 616751) choline/ethanolaminephosphotr (416 aa)
initn: 340 init1: 195 opt: 489 Z-score: 610.2 bits: 121.8 E(85289): 3e-27
Smith-Waterman score: 489; 27.2% identity (62.2% similar) in 386 aa overlap (7-381:43-407)
10 20 30
pF1KSD MAGYEYVSPEQLAGFDKYKYSAVDTNPLSLYVMHPF
.: .:: .....:... . : .:. .
NP_006 DSHPESPVGFGHMSTTGCVLNKLFQLPTPPLSRHQLKRLEEHRYQSAGRSLLE-PLMQGY
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KSD WNTIVKVFPTWLAPNLITFSGFLLVVFNFLLMAYFDPDFYASAPGHKHVPDWVWIVVGIL
:. .:. :.:.::::::. :. . . . .:.... : . ...: :..:. .
NP_006 WEWLVRRVPSWIAPNLITIIGLSINICTTILLVFYCPT------ATEQAPLWAYIACACG
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD NFVAYTLDGVDGKQARRTNSSTPLGELFDHGLDSWSCVYFVV-TVYSIFGRGSTGVSVFV
:. .::..:::::::::::.::::::::: :: : :. :. : .. . :..
NP_006 LFIYQSLDAIDGKQARRTNSSSPLGELFDHGCDSLSTVFVVLGTCIAV----QLGTNPDW
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD LYLLLWVVLFSFILSHWEKYNTGILFLPWGYDISQVTISFVYIV--TAVVGVEAWYEPFL
... .. : : .::. : .: : . :...: : :. :. ::.: ... ..
NP_006 MFFCCFAGTFMFYCAHWQTYVSGTLRFGI-IDVTEVQI-FIIIMHLLAVIGGPPFWQSMI
190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KSD --FNFLYRDLFTAMIIGCALCVTLPMSLLNFFRSYKNNTLKLNSVYEAMVPLFSPCLLF-
.:. .. .: :. :.. :. .: :.:: .. . :. : . ..:: : .
NP_006 PVLNIQMK-IFPAL---CTVAGTI-FSCTNYFRVIFTGGVGKNGSTIAGTSVLSPFLHIG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KSD -ILSTAWILWSPSDI--LELHPRVFYFMVGTAFANSTCQLIVCQMSSTRCPTLNWLLV-P
... : .... : . .: :: .. . : . :. : .:.: .:.... . .. :
NP_006 SVITLAAMIYKKSAVQLFEKHPCLYILTFGFVSAKITNKLVVAHMTKSEMHLHDTAFIGP
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LFLVVLVVNLGVASYVESILLYTLTTAFTLAH-IHYGVRVVKQLSSHFQIYPFSLRKPNS
..: .. :... .. .. .:.. :.: : : .:..::..:. : ..
NP_006 ---ALLFLDQYFNSFIDEYIVLWIALVFSFFDLIRYCVSVCNQIASHLHIHVFRIKVSTA
360 370 380 390 400 410
pF1KSD D
NP_006 HSNHH
>>NP_064629 (OMIM: 616747) cholinephosphotransferase 1 [ (406 aa)
initn: 356 init1: 189 opt: 470 Z-score: 586.7 bits: 117.4 E(85289): 6.1e-26
Smith-Waterman score: 474; 27.6% identity (58.7% similar) in 387 aa overlap (5-378:19-382)
10 20 30 40
pF1KSD MAGYEYVSPEQLAGFDKYKYSAVDTN----PLSLYVMHPFWNTIVK
: .: :: .....:::. .. ::.:: :. ...
NP_064 MAAGAGAGSAPRWLRALSEPLSAAQLRRLEEHRYSAAGVSLLEPPLQLY-----WTWLLQ
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VFPTWLAPNLITFSGFLLVVFNFLLMAYFDPDFYASAPGHKHVPDWVWIVVGILNFVAYT
.: :.::: ::. :. . : . :.. . : . ...: :.... .. :. .
NP_064 WIPLWMAPNSITLLGLAVNVVTTLVLISYCP------TATEEAPYWTYLLCALGLFIYQS
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KSD LDGVDGKQARRTNSSTPLGELFDHGLDSWSCVYFVVTVYSIFGRGSTGVSVFVLYLLLWV
::..:::::::::: .::::::::: :: : :...: . :: .: .: . : .. ..
NP_064 LDAIDGKQARRTNSCSPLGELFDHGCDSLSTVFMAVGA-SIAARLGTYPDWF--FFCSFI
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KSD VLFSFILSHWEKYNTGILFLPWGYDISQVTISFV--YIVTAVVGVEAWYEPFLFNFLYRD
.: : .::. : .:.: . :.... :..: ....: :. : . . .:
NP_064 GMFVFYCAHWQTYVSGMLRFG-KVDVTEIQIALVIVFVLSAFGGATMW--DYTIPILEIK
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270
pF1KSD LFTAMIIGCALCVTLPMSLLNFFRSYKNNTLKLNSVYEAMVPLFSPCL----LFILSTAW
: ..: : . : :.:. .. . :. : . ..:: : ..::.
NP_064 LKILPVLGFLGGVIFSCS--NYFHVILHGGVGKNGSTIAGTSVLSPGLHIGLIIILAIMI
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KSD ILWSPSDILELHPRVFYFMVGTAFANSTCQLIVCQMSSTRCPTLNWLLVPLFLV--VLVV
: .:..: :: .. .: : .::. . .:.: .:.... .: .:: .: .
NP_064 YKKSATDVFEKHPCLYILMFGCVFAKVSQKLVVAHMTKSEL----YLQDTVFLGPGLLFL
290 300 310 320 330
340 350 360 370 380
pF1KSD NLGVASYV-ESILLYTLTTAFTLAHIHYGVRVVKQLSSHFQIYPFSLRKPNSD
. ... : ..:. . .. . : . :.: :... :
NP_064 DQYFNNFIDEYVVLWMAMVISSFDMVIYFSALCLQISRHLHLNIFKTACHQAPEQVQVLS
340 350 360 370 380 390
NP_064 SKSHQNNMD
400
>>XP_011536876 (OMIM: 616747) PREDICTED: cholinephosphot (362 aa)
initn: 356 init1: 189 opt: 383 Z-score: 479.4 bits: 97.4 E(85289): 5.8e-20
Smith-Waterman score: 398; 25.6% identity (54.8% similar) in 383 aa overlap (5-378:19-338)
10 20 30 40
pF1KSD MAGYEYVSPEQLAGFDKYKYSAVDTN----PLSLYVMHPFWNTIVK
: .: :: .....:::. .. ::.:: :. ...
XP_011 MAAGAGAGSAPRWLRALSEPLSAAQLRRLEEHRYSAAGVSLLEPPLQLY-----WTWLLQ
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VFPTWLAPNLITFSGFLLVVFNFLLMAYFDPDFYASAPGHKHVPDWVWIVVGILNFVAYT
.: :.::: ::. :. . : . :.. . : . ...: :.... .. :. .
XP_011 WIPLWMAPNSITLLGLAVNVVTTLVLISYCP------TATEEAPYWTYLLCALGLFIYQS
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KSD LDGVDGKQARRTNSSTPLGELFDHGLDSWSCVYFVVTVYSIFGRGSTGVSVFVLYLLLWV
::..:::::::::: .::::::::: :: : :...: . :: .: .: . : .. ..
XP_011 LDAIDGKQARRTNSCSPLGELFDHGCDSLSTVFMAVGA-SIAARLGTYPDWF--FFCSFI
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170 180 190 200 210 220
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... : ..:. . .. . : . :.: :... :
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