Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA1161
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1161, 680 aa
1>>>pF1KA1161 680 - 680 aa - 680 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7719+/-0.000877; mu= 16.3650+/- 0.052
mean_var=63.1345+/-13.083, 0's: 0 Z-trim(105.5): 17 B-trim: 212 in 1/48
Lambda= 0.161414
statistics sampled from 8437 (8449) to 8437 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.26), width: 16
Scan time: 2.600
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS78391.1 KIAA1161 gene_id:57462|Hs108|chr9 ( 714) 4681 1099.1 0
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CCDS60818.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 ( 852) 258 69.1 2.9e-11
CCDS8026.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 ( 944) 258 69.1 3.2e-11
CCDS41656.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 ( 966) 258 69.1 3.3e-11
>>CCDS78391.1 KIAA1161 gene_id:57462|Hs108|chr9 (714 aa)
initn: 4681 init1: 4681 opt: 4681 Z-score: 5883.4 bits: 1099.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4681; 99.9% identity (100.0% similar) in 680 aa overlap (1-680:35-714)
10 20 30
pF1KA1 MYTFLPDNFSPAKPKPSKELKPLLGSAVLG
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CCDS78 PQEKSQAYPRRRRPGCYAYRQNPEAIAAAAMYTFLPDNFSPAKPKPSKDLKPLLGSAVLG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 LLLVLAAVVAWCYYSVSLRKAERLRAELLDLKAGGFSIRNQKGEQVFRLAFRSGALDLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 LLLVLAAVVAWCYYSVSLRKAERLRAELLDLKAGGFSIRNQKGEQVFRLAFRSGALDLDS
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 CSRDGALLGCSLTADGLPLHFFIQTVRPKDTVMCYRVRWEEAAPGRAVEHAMFLGDAAAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 CSRDGALLGCSLTADGLPLHFFIQTVRPKDTVMCYRVRWEEAAPGRAVEHAMFLGDAAAH
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 WYGGAEMRTQHWPIRLDGQQEPQPFVTSDVYSSDAAFGGILERYWLSSRAAAIKVNDSVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 WYGGAEMRTQHWPIRLDGQQEPQPFVTSDVYSSDAAFGGILERYWLSSRAAAIKVNDSVP
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 FHLGWNSTERSLRLQARYHDTPYKPPAGRAAAPELSYRVCVGSDVTSIHKYMVRRYFNKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FHLGWNSTERSLRLQARYHDTPYKPPAGRAAAPELSYRVCVGSDVTSIHKYMVRRYFNKP
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 SRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTPAYGDFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 SRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTPAYGDFD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 FDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSSRFGEGVERELFVREPTGRLPALVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSSRFGEGVERELFVREPTGRLPALVR
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 WWNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASFKFDAGEVSYLPRDFSTYRPLPDPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 WWNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASFKFDAGEVSYLPRDFSTYRPLPDPS
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 VWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQNISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 VWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQNISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSML
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 GYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPERELYIRWLEVAAFMPAMQFSIPPWRYDAEVVAIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 GYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPERELYIRWLEVAAFMPAMQFSIPPWRYDAEVVAIA
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KA1 QKFAALRASLVAPLLLELAGEVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 QKFAALRASLVAPLLLELAGEVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAP
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680
pF1KA1 VLEPGKQERDVYLPAGKWRSYKGELFDKTPVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 VLEPGKQERDVYLPAGKWRSYKGELFDKTPVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS
670 680 690 700 710
>>CCDS32760.1 GAA gene_id:2548|Hs108|chr17 (952 aa)
initn: 193 init1: 112 opt: 269 Z-score: 328.6 bits: 71.7 E(32554): 5.5e-12
Smith-Waterman score: 355; 23.8% identity (51.0% similar) in 504 aa overlap (208-648:294-772)
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 SDVYSSDAAFGGILERYWLSSRAAAIKVNDSVPFHLGWN---STERSLRLQARYHDTPYK
: ::.:. . :.. . :.. :. .
CCDS32 LSPLMLSTSWTRITLWNRDLAPTPGANLYGSHPFYLALEDGGSAHGVFLLNSNAMDVVLQ
270 280 290 300 310 320
240 250 260 270 280
pF1KA1 P-PA--GRAAAPELSYRVCVGSDVTSIHKYMVRRYFNKPSRVPAPEAFRDPIWST-----
: :: :... :. . .: . :. :..:.. : : : : :.
CCDS32 PSPALSWRSTGGILDVYIFLGPEPKSV----VQQYLD---VVGYP--FMPPYWGLGFHLC
330 340 350 360 370
290 300 310 320 330 340
pF1KA1 -WALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDM-YTPAYGDFDFDEVKFPNASDMFR
:. . :. .. : ... :: .. .:. : . :: :.. : . : .
CCDS32 RWGYSSTAITRQVV----ENMTRAHF-PLDVQWNDLDYMDSRRDFTFNKDGFRDFPAMVQ
380 390 400 410 420
350 360 370 380 390
pF1KA1 RLRDAGFRVTLWVHPFVNYN----SSR-FGEGVERELFVREPTGRLPALVRWWNGIGAVL
.:...: : . : : .. . : : . ::..: .:. . ::. : . . : : :
CCDS32 ELHQGGRRYMMIVDPAISSSGPAGSYRPYDEGLRRGVFITNETGQ-PLIGKVWPGSTAFP
430 440 450 460 470 480
400 410 420 430 440
pF1KA1 DFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASFKFDAGEVSYLPR---DFSTYRPLPDP-------
:::.: : :.. . ..... .. .: .: : . : : : .:
CCDS32 DFTNPTALAWWEDMVAEFHDQVPFDGMWIDMNEPSNFIRGSEDGCPNNELENPPYVPGVV
490 500 510 520 530 540
450 460 470 480
pF1KA1 -------SVWSRRYTEMALPF-----FSLAEVRVGYQSQNISCFFR--LVDRDS------
.. . . .. . ..:.:. ..... . : ...:..
CCDS32 GGTLQAATICASSHQFLSTHYNLHNLYGLTEAIASHRALVKARGTRPFVISRSTFAGHGR
550 560 570 580 590 600
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 --------VWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPERELYI
::. : : .: .: ..:: :.. :. : :.. : :: .
CCDS32 YAGHWTGDVWSSWEQLASSVPEILQFNLLGVPLVGADVCG--------FLGNTSE-ELCV
610 620 630 640 650
550 560 570 580 590
pF1KA1 RWLEVAAFMPAMQ-----FSIP--PWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAGEVTD
:: ...::.: :. .:.: :. .. . .: .:: .:. : : : ..
CCDS32 RWTQLGAFYPFMRNHNSLLSLPQEPYSFSEPAQQAMRKALTLRYALL-PHLYTLFHQAHV
660 670 680 690 700 710
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 TGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPAGKWRSYKGE
.:. ..:::. : : .. .: :.: :..::..:::. :: : :.: : :
CCDS32 AGETVARPLFLEFPKDSSTWTVDHQLLWGEALLITPVLQAGKAEVTGYFPLGTWYDLQTV
720 730 740 750 760 770
660 670 680
pF1KA1 LFDKTPVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS
CCDS32 PVEALGSLPPPPAAPREPAIHSEGQWVTLPAPLDTINVHLRAGYIIPLQGPGLTTTESRQ
780 790 800 810 820 830
>>CCDS60817.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 (847 aa)
initn: 223 init1: 167 opt: 258 Z-score: 315.7 bits: 69.1 E(32554): 2.9e-11
Smith-Waterman score: 326; 26.0% identity (48.3% similar) in 416 aa overlap (295-668:308-705)
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 RYFNKPSRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTP
:. ::. : . :.. . . .: ..
CCDS60 VFRQYASLTGTQALPPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNLPCDVIWLDIEHAD
280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 AYGDFDFDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSS-RFGEGVERE-LFVREPT
. : .: .::. :..:: . ... : : .. .:. : : .. :.:.
CCDS60 GKRYFTWDPSRFPQPRTMLERLASKRRKLVAIVDPHIKVDSGYRVHEELRNLGLYVKTRD
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430
pF1KA1 GRLPALVRW-WNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASF----------KFDAG
: : : : .. :::.: : :. . . . :. .. :..
CCDS60 GS--DYEGWCWPGSAGYPDFTNPTMRAWWANMFSYDNYEGSAPNLFVWNDMNEPSVFNGP
400 410 420 430 440 450
440 450 460 470
pF1KA1 EVSYLP----------RD----FSTYRPLPDPSVWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQN
::..: :: .. : . . .: : :: .: ::
CCDS60 EVTMLKDAQHYGGWEHRDVHNIYGLYVHMATADGLRQRSGGMERPFVLARAFFAG--SQR
460 470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 ISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPER
.. . : . : . :. :: :.....: : : ::: ::
CCDS60 FGAVWTG-DNTAEWDH---LKISIPMCLSLGLVGLSFCGAD-VGGFF--------KNPEP
520 530 540 550 560
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 ELYIRWLEVAAFMPAMQFSI-------PPWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAG
:: .:: ...:..: .. :: .. : . . : ::. :. :
CCDS60 ELLVRWYQMGAYQPFFRAHAHLDTGRREPWLLPSQHNDIIRDALGQRYSLL-PFWYTLLY
570 580 590 600 610
600 610 620 630 640
pF1KA1 EVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPA-GK-W
.. : :..:::: : : :. ::.:.:.::.::: :: . : . .::::. :. :
CCDS60 QAHREGIPVMRPLWVQYPQDVTTFNIDDQYLLGDALLVHPVSDSGAHGVQVYLPGQGEVW
620 630 640 650 660 670
650 660 670 680
pF1KA1 ---RSYKGELFDKT---PVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS
.::. . .: :: :.. ::
CCDS60 YDIQSYQKHHGPQTLYLPVTLSSIPVFQRGGTIVPRWMRVRRSSECMKDDPITLFVALSP
680 690 700 710 720 730
>>CCDS60818.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 (852 aa)
initn: 223 init1: 167 opt: 258 Z-score: 315.6 bits: 69.1 E(32554): 2.9e-11
Smith-Waterman score: 326; 26.0% identity (48.3% similar) in 416 aa overlap (295-668:313-710)
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 RYFNKPSRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTP
:. ::. : . :.. . . .: ..
CCDS60 VFRQYASLTGTQALPPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNLPCDVIWLDIEHAD
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 AYGDFDFDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSS-RFGEGVERE-LFVREPT
. : .: .::. :..:: . ... : : .. .:. : : .. :.:.
CCDS60 GKRYFTWDPSRFPQPRTMLERLASKRRKLVAIVDPHIKVDSGYRVHEELRNLGLYVKTRD
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430
pF1KA1 GRLPALVRW-WNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASF----------KFDAG
: : : : .. :::.: : :. . . . :. .. :..
CCDS60 GS--DYEGWCWPGSAGYPDFTNPTMRAWWANMFSYDNYEGSAPNLFVWNDMNEPSVFNGP
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470
pF1KA1 EVSYLP----------RD----FSTYRPLPDPSVWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQN
::..: :: .. : . . .: : :: .: ::
CCDS60 EVTMLKDAQHYGGWEHRDVHNIYGLYVHMATADGLRQRSGGMERPFVLARAFFAG--SQR
470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 ISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPER
.. . : . : . :. :: :.....: : : ::: ::
CCDS60 FGAVWTG-DNTAEWDH---LKISIPMCLSLGLVGLSFCGAD-VGGFF--------KNPEP
520 530 540 550 560
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 ELYIRWLEVAAFMPAMQFSI-------PPWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAG
:: .:: ...:..: .. :: .. : . . : ::. :. :
CCDS60 ELLVRWYQMGAYQPFFRAHAHLDTGRREPWLLPSQHNDIIRDALGQRYSLL-PFWYTLLY
570 580 590 600 610 620
600 610 620 630 640
pF1KA1 EVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPA-GK-W
.. : :..:::: : : :. ::.:.:.::.::: :: . : . .::::. :. :
CCDS60 QAHREGIPVMRPLWVQYPQDVTTFNIDDQYLLGDALLVHPVSDSGAHGVQVYLPGQGEVW
630 640 650 660 670 680
650 660 670 680
pF1KA1 ---RSYKGELFDKT---PVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS
.::. . .: :: :.. ::
CCDS60 YDIQSYQKHHGPQTLYLPVTLSSIPVFQRGGTIVPRWMRVRRSSECMKDDPITLFVALSP
690 700 710 720 730 740
>>CCDS8026.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 (944 aa)
initn: 223 init1: 167 opt: 258 Z-score: 314.9 bits: 69.1 E(32554): 3.2e-11
Smith-Waterman score: 326; 26.0% identity (48.3% similar) in 416 aa overlap (295-668:405-802)
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 RYFNKPSRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTP
:. ::. : . :.. . . .: ..
CCDS80 VFRQYASLTGTQALPPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNLPCDVIWLDIEHAD
380 390 400 410 420 430
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 AYGDFDFDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSS-RFGEGVERE-LFVREPT
. : .: .::. :..:: . ... : : .. .:. : : .. :.:.
CCDS80 GKRYFTWDPSRFPQPRTMLERLASKRRKLVAIVDPHIKVDSGYRVHEELRNLGLYVKTRD
440 450 460 470 480 490
390 400 410 420 430
pF1KA1 GRLPALVRW-WNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASF----------KFDAG
: : : : .. :::.: : :. . . . :. .. :..
CCDS80 GS--DYEGWCWPGSAGYPDFTNPTMRAWWANMFSYDNYEGSAPNLFVWNDMNEPSVFNGP
500 510 520 530 540 550
440 450 460 470
pF1KA1 EVSYLP----------RD----FSTYRPLPDPSVWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQN
::..: :: .. : . . .: : :: .: ::
CCDS80 EVTMLKDAQHYGGWEHRDVHNIYGLYVHMATADGLRQRSGGMERPFVLARAFFAG--SQR
560 570 580 590 600 610
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 ISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPER
.. . : . : . :. :: :.....: : : ::: ::
CCDS80 FGAVWTG-DNTAEWDH---LKISIPMCLSLGLVGLSFCGAD-VGGFF--------KNPEP
620 630 640 650
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 ELYIRWLEVAAFMPAMQFSI-------PPWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAG
:: .:: ...:..: .. :: .. : . . : ::. :. :
CCDS80 ELLVRWYQMGAYQPFFRAHAHLDTGRREPWLLPSQHNDIIRDALGQRYSLL-PFWYTLLY
660 670 680 690 700 710
600 610 620 630 640
pF1KA1 EVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPA-GK-W
.. : :..:::: : : :. ::.:.:.::.::: :: . : . .::::. :. :
CCDS80 QAHREGIPVMRPLWVQYPQDVTTFNIDDQYLLGDALLVHPVSDSGAHGVQVYLPGQGEVW
720 730 740 750 760 770
650 660 670 680
pF1KA1 ---RSYKGELFDKT---PVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS
.::. . .: :: :.. ::
CCDS80 YDIQSYQKHHGPQTLYLPVTLSSIPVFQRGGTIVPRWMRVRRSSECMKDDPITLFVALSP
780 790 800 810 820 830
>>CCDS41656.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11 (966 aa)
initn: 223 init1: 167 opt: 258 Z-score: 314.7 bits: 69.1 E(32554): 3.3e-11
Smith-Waterman score: 326; 26.0% identity (48.3% similar) in 416 aa overlap (295-668:427-824)
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 RYFNKPSRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTP
:. ::. : . :.. . . .: ..
CCDS41 VFRQYASLTGTQALPPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNLPCDVIWLDIEHAD
400 410 420 430 440 450
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 AYGDFDFDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSS-RFGEGVERE-LFVREPT
. : .: .::. :..:: . ... : : .. .:. : : .. :.:.
CCDS41 GKRYFTWDPSRFPQPRTMLERLASKRRKLVAIVDPHIKVDSGYRVHEELRNLGLYVKTRD
460 470 480 490 500 510
390 400 410 420 430
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