FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0672, 818 aa 1>>>pF1KA0672 818 - 818 aa - 818 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.0004+/-0.00123; mu= -21.2166+/- 0.074 mean_var=644.2867+/-131.839, 0's: 0 Z-trim(115.5): 121 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.050528 statistics sampled from 15971 (16078) to 15971 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.494), width: 16 Scan time: 5.060 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS45616.1 ARHGAP44 gene_id:9912|Hs108|chr17 ( 818) 5428 411.1 3.8e-114 CCDS82077.1 ARHGAP44 gene_id:9912|Hs108|chr17 ( 812) 5371 406.9 6.8e-113 CCDS82076.1 ARHGAP44 gene_id:9912|Hs108|chr17 ( 774) 5133 389.6 1.1e-107 CCDS32408.1 ARHGAP17 gene_id:55114|Hs108|chr16 ( 803) 2325 184.9 4.7e-46 CCDS32409.1 ARHGAP17 gene_id:55114|Hs108|chr16 ( 881) 2193 175.3 4e-43 CCDS13952.2 SH3BP1 gene_id:23616|Hs108|chr22 ( 701) 872 78.9 3.2e-14 >>CCDS45616.1 ARHGAP44 gene_id:9912|Hs108|chr17 (818 aa) initn: 5428 init1: 5428 opt: 5428 Z-score: 2162.7 bits: 411.1 E(32554): 3.8e-114 Smith-Waterman score: 5428; 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CCDS32 EEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHRKALAVLEKTLPEM 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KA0 KAQQEAWVEKPSFGKPLEEHLTISGREIAFPIEACVTMLLECGMQEEGLFRVAPSASKLK .:.:. :.:::.:: :::::: ::::::.:::::: .::: ::.::::::.. .::::: CCDS32 RAHQDKWAEKPAFGTPLEEHLKRSGREIALPIEACVMLLLETGMKEEGLFRIGAGASKLK 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KA0 KLKAALDCCVVDVQEYSADPHAIAGALKSYLRELPEPLMTFELYDEWIQASNVQEQDKKL :::::::: . ..:. .::::.::::::::::::::::::.::.:: :...::.::::: CCDS32 KLKAALDCSTSHLDEFYSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFNLYEEWTQVASVQDQDKKL 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KA0 QALWNACEKLPKANHNNIRYLIKFLSKLSEYQDVNKMTPSNMAIVLGPNLLWPQAEGNIT : :: .:.::: : :.:::::::.::.. .:::::::::.:::::::::: . ::... CCDS32 QDLWRTCQKLPPQNFVNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWARNEGTLA 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KA0 EMMTTVSLQIVGIIEPIIQHADWFFPGEIEFNITGNYGSPVHVNHNANYSSMPSPDMDPA :: ...:...:..::::::::::::: :.:::.. . :. .. ..:.: . : : . CCDS32 EMAAATSVHVVAVIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAF-VPL-TTPSSNHSFHTGNDSDSG 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 pF1KA0 DRRQPEQARRPLSVATDNMMLEFYKKDGLRKIQ---SMGVRVMDTN--WVAR-----RGS .. .:: :.:. : .. ::.. : . : .: . : .: ... CCDS32 TLER----KRPASMAV--MEGDLVKKESPPKPKDPVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAA 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 pF1KA0 SAGRKVSCAPPSMQPPAPPAEL--AAPLPSPLPEQPLDSPAA-PA-LSPSGLGLQPGPER ......: . : : : :. :.: : .: . : . :. : :: . .: : CCDS32 AGSHQLSMGQPHNAAGPSPHTLRRAVKKPAPAPPKPGNPPPGHPGGQSSSGTSQHP-PSL 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 pF1KA0 TSTTKSKELSPGSAQKGSPGSSQGTACAGTQPGAQPGA-QPGASPS--PSQPPADQSP-- . .. :: . . :.: .. .. . : .. .: .:. : :::.. .: CCDS32 SPKPPTRSPSPPTQHTGQPPGQPSAPSQLSAPRRYSSSLSPIQAPNHPPPQPPTQATPLM 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KA0 HTLRKVSKKLAPIPPKVPFGQPGAMADQSAGQLSPVSLSPTPPSTPSPYGLSYPQGYSLA :: : . ::. :.. :. . .. .. : .::::::: : : . : :: CCDS32 HT-----KPNSQGPPN-PMALPSEHGLEQPSHTPP--QTPTPPSTP-PLGKQNP---SLP 650 660 670 680 690 710 720 730 740 750 760 pF1KA0 SGQLSPAAAPPLASPSVFTSTLSKSRPTPKPRQRPTLPPP-QPPTVNLSASSPQSTEAPM . : .. : :.: ..:: . ::.::::.::..::: ::: :. ...: .. :: CCDS32 APQTLAGGNPETAQPH--AGTLPRPRPVPKPRNRPSVPPPPQPPGVHSAGDSSLTNTAPT 700 710 720 730 740 750 770 780 790 800 810 pF1KA0 LDGMSPGESMSTDLVHFDI-PSIHIELGSTLRLSPLEHMRRHSVTDKRDSEEESESTAL . . . .. : .: : .: . .: CCDS32 ASKIVTDSNSRVSEPHRSIFPEMHSDSASKDVPGRILLDIDNDTESTAL 760 770 780 790 800 >>CCDS32409.1 ARHGAP17 gene_id:55114|Hs108|chr16 (881 aa) initn: 1963 init1: 1324 opt: 2193 Z-score: 887.8 bits: 175.3 E(32554): 4e-43 Smith-Waterman score: 2432; 51.3% identity (76.0% similar) in 772 aa overlap (1-759:1-736) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MKKQFNRMRQLANQTVGRAEKTEVLSEDLLQVEKRLELVKQVSHSTHKKLTACLQGQQGA ::::::::.::::::::::::::::::::::.:.::. :... : .::.:.::.:::.:. 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CCDS32 EEMDEAGNKVEQCKDQLAADMYNFMAKEGEYGKFFVTLLEAQADYHRKALAVLEKTLPEM 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KA0 KAQQEAWVEKPSFGKPLEEHLTISGREIAFPIEACVTMLLECGMQEEGLFRVAPSASKLK .:.:. :.:::.:: :::::: ::::::.:::::: .::: ::.::::::.. .::::: CCDS32 RAHQDKWAEKPAFGTPLEEHLKRSGREIALPIEACVMLLLETGMKEEGLFRIGAGASKLK 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KA0 KLKAALDCCVVDVQEYSADPHAIAGALKSYLRELPEPLMTFELYDEWIQASNVQEQDKKL :::::::: . ..:. .::::.::::::::::::::::::.::.:: :...::.::::: CCDS32 KLKAALDCSTSHLDEFYSDPHAVAGALKSYLRELPEPLMTFNLYEEWTQVASVQDQDKKL 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KA0 QALWNACEKLPKANHNNIRYLIKFLSKLSEYQDVNKMTPSNMAIVLGPNLLWPQAEGNIT : :: .:.::: : :.:::::::.::.. .:::::::::.:::::::::: . ::... CCDS32 QDLWRTCQKLPPQNFVNFRYLIKFLAKLAQTSDVNKMTPSNIAIVLGPNLLWARNEGTLA 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KA0 EMMTTVSLQIVGIIEPIIQHADWFFPGEIEFNITGNYGSPVHVNHNANYSSMPSPDMDPA :: ...:...:..::::::::::::: :.:::.. . :. .. ..:.: . : : . CCDS32 EMAAATSVHVVAVIEPIIQHADWFFPEEVEFNVSEAF-VPL-TTPSSNHSFHTGNDSDSG 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 DRRQPEQARRPLSVATDNMMLEFYKKDGLRKIQSMGVRVMDTNWVARRGSSAGRKVSCAP .. .:: :.:. : .. ::. :.::..:: . . :::.. .:: CCDS32 TLER----KRPASMAV--MEGDLVKKE------SFGVKLMDFQ-AHRRGGTLNRK--HIS 480 490 500 510 520 550 560 570 580 590 pF1KA0 PSMQPPAPPAELAAPLPSPLPEQPLDSPAAPALS-----PSGLG-LQPGPERTSTTKSKE :..::: ::.. .. .:. :: : .: : . : ::. : :. :: . . : CCDS32 PAFQPPLPPTDGSTVVPAG-PEPPPQSSRAESSSGGGTVPSSAGILEQGPSPGDGSPPKP 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 LSPGSAQKGSPGSSQGTACAG-TQPGAQPGAQPGASPSPSQPPADQSPHTLRKVSKKLAP .: :: .:: ... .: .:: : :.. . .: . : ::::::.. :: :: CCDS32 KDPVSAAVPAPGRNNSQIASGQNQPQAAAGSHQLSMGQPHNA-AGPSPHTLRRAVKKPAP 580 590 600 610 620 630 660 670 680 690 700 pF1KA0 IPPKV---PFGQPGAMADQSAGQLSPVSLSPTPPS-TPSPYGLSYPQGYSLASGQLSPAA ::: : :.::........: : :::: ::. .::: : . :: :.: CCDS32 APPKPGNPPPGHPGGQSSSGTSQ-HPPSLSPKPPTRSPSP----PTQHTGQPPGQ--PSA 640 650 660 670 680 690 710 720 730 740 750 760 pF1KA0 APPLASPSVFTSTLSKSRPTPKPRQRPTLPPPQPPT--VNLSASSPQSTEAPMLDGMSPG :..: ..:.:: : : :. ::::::: . : ..:.: : CCDS32 PSQLSAPRRYSSSLS-------PIQAPNHPPPQPPTQATPLMHTKPNSQGPPNPMALPSE 700 710 720 730 740 770 780 790 800 810 pF1KA0 ESMSTDLVHFDIPSIHIELGSTLRLSPLEHMRRHSVTDKRDSEEESESTAL CCDS32 HGLEQPSHTPPQTPTPPSTPPLGKQNPSLPAPQTLAGGNPETAQPHAGTLPRPRPVPKPR 750 760 770 780 790 800 >>CCDS13952.2 SH3BP1 gene_id:23616|Hs108|chr22 (701 aa) initn: 1549 init1: 679 opt: 872 Z-score: 368.7 bits: 78.9 E(32554): 3.2e-14 Smith-Waterman score: 1602; 40.0% identity (62.3% similar) in 778 aa overlap (1-743:2-693) 10 20 30 40 50 pF1KA0 MKKQFNRMRQLANQ-TVGRAEKT-EVLSEDLLQVEKRLELVKQVSHSTHKKLTACLQGQ ::.:..::::::. ..::. .: : :.:::::::.::: .:...:. ::.: :::::: CCDS13 MMKRQLHRMRQLAQTGSLGRTPETAEFLGEDLLQVEQRLEPAKRAAHNIHKRLQACLQGQ 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KA0 QGAEADKRSKKLPLTTLAQCLMEGSAILGDDTLLGKMLKLCGETEDKLAQELIHFELQVE .::. ::: ::::: .:. . :. : :. .:: :.. ...::. : .::. .: CCDS13 SGADMDKRVKKLPLMALSTTMAESFKELDPDSSMGKALEMSCAIQNQLARILAEFEMTLE 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KA0 RDVIEPLFLLAEVEIPNIQKQRKHLAKLVLDMDSSRTRWQQTSKSSGLSSSL--QPAG-- :::..:: :.: :.: : :..: : ::: : .. ..: .:..:.:: :..: .:.. CCDS13 RDVLQPLSRLSEEELPAILKHKKSLQKLVSDWNTLKSRLSQATKNSGSSQGLGGSPGSHS 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 pF1KA0 -----AKADALREEMEEAANRVEICRDQLSADMYSFVAKEIDYANYFQTLIEVQAEYHRK :...:.:: :: .:: :::. ::.: ::.:: .::::: :.:.::.:::. CCDS13 HTTMANKVETLKEEEEELKRKVEQCRDEYLADLYHFVTKEDSYANYFIRLLEIQADYHRR 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 pF1KA0 SLTLLQAVLPQIKAQQEAWVEKPS---------FGKPLEEHLTISGREIAFPIEACVTML ::. :...: ... .. ..:: .: : :: :::::.:::::: :: CCDS13 SLSSLDTALAELRENHGQADHSPSMTATHFPRVYGVSLATHLQELGREIALPIEACVMML 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 pF1KA0 LECGMQEEGLFRVAPSASKLKKLKAALDCCVVDVQEYSADPHAIAGALKSYLRELPEPLM : ::.::::::.: .:: ::.:: .. ...:. .::::.:::::::::::::::: CCDS13 LSEGMKEEGLFRLAAGASVLKRLKQTMASDPHSLEEFCSDPHAVAGALKSYLRELPEPLM 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 390 pF1KA0 TFELYDEWIQASNVQEQDKKLQALWNACEKLPKANHNNIRYLIKFLSKLSEYQDVNKMTP ::.:::.:..:....: .:::: ..: .:: : .:.:::.:::..:.: :.:::::: CCDS13 TFDLYDDWMRAASLKEPGARLQALQEVCSRLPPENLSNLRYLMKFLARLAEEQEVNKMTP 370 380 390 400 410 420 400 410 420 430 440 450 pF1KA0 SNMAIVLGPNLLWP-QAEGNITEM--MTTVSLQIVGIIEPIIQHADWFFPGEIEFNITGN ::.::::::::::: . ::. ... .. :.:.::..: .:: :: .:::.:.::..: CCDS13 SNIAIVLGPNLLWPPEKEGDQAQLDAASVSSIQVVGVVEALIQSADTLFPGDINFNVSGL 430 440 450 460 470 480 460 470 480 490 500 pF1KA0 YG--------SPVHVNHNANYSSMPSPDMDPADRRQPEQARRPLSVATDNMMLEFYKKDG .. : .... ...:.: :: : : : CCDS13 FSAVTLQDTVSDRLASEELPSTAVPTPATTPAPAPAPAPAPAP----------------- 490 500 510 520 510 520 530 540 550 560 pF1KA0 LRKIQSMGVRVMDTNWVARRGSSAGRKVSCAPPSMQPPAPPAELAAPLPSPLPEQPLDSP . : ... . : : .: ::. .:: . :: ..: : : .: : CCDS13 --ALASAATKERTESEVPPRPASP--KVTRSPP--ETAAPVEDMARRTKRPAPARPTMPP 530 540 550 560 570 570 580 590 600 610 620 pF1KA0 AAPALSPSGLGLQPGPERTSTTKSKELSPGSAQKGSPGSSQGTACAGTQPGAQPGAQPGA : .: : :. . : ::: ::::. : : : :. 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