Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA0417
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0417, 675 aa
1>>>pF1KA0417 675 - 675 aa - 675 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9530+/-0.00106; mu= 15.5461+/- 0.064
mean_var=63.2073+/-12.507, 0's: 0 Z-trim(102.7): 37 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.161321
statistics sampled from 7066 (7078) to 7066 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.217), width: 16
Scan time: 2.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41569.1 HSPA12A gene_id:259217|Hs108|chr10 ( 675) 4437 1041.8 0
CCDS81511.1 HSPA12A gene_id:259217|Hs108|chr10 ( 692) 4346 1020.7 0
CCDS13061.1 HSPA12B gene_id:116835|Hs108|chr20 ( 686) 2889 681.6 1e-195
CCDS82596.1 HSPA12B gene_id:116835|Hs108|chr20 ( 600) 2687 634.5 1.3e-181
>>CCDS41569.1 HSPA12A gene_id:259217|Hs108|chr10 (675 aa)
initn: 4437 init1: 4437 opt: 4437 Z-score: 5574.5 bits: 1041.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4437; 100.0% identity (100.0% similar) in 675 aa overlap (1-675:1-675)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MADKEAGGSDGPRETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVNDTDSNVSEQQSFLVVVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MADKEAGGSDGPRETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVNDTDSNVSEQQSFLVVVA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 VDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTILLTPERKFHSFGYAARD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTILLTPERKFHSFGYAARD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 FYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKVKALEIFAYALQYFKEQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKVKALEIFAYALQYFKEQA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 LKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAGLASPENSEQLIIALEPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAGLASPENSEQLIIALEPE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 AASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSDTVGAGFTQAKEHIRRNRQSRTFLVENVIGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSDTVGAGFTQAKEHIRRNRQSRTFLVENVIGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 IWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATGGPYGSLGVDYEFEKLLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATGGPYGSLGVDYEFEKLLY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 KIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNITLPFSFIDYYKKFRGHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNITLPFSFIDYYKKFRGHS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 VEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHLRDLFQKPEVSTVKFLFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHLRDLFQKPEVSTVKFLFL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 VGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQCRIIIPQDVGLTILKGAVLFGLDPAVIKVRRSPLTYGVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQCRIIIPQDVGLTILKGAVLFGLDPAVIKVRRSPLTYGVG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 VLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGELVKRSYTPAKPSQLVIVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGELVKRSYTPAKPSQLVIVI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 NIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLTGTSGTAVPARREIQTLMQFGDTEIKATAIDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLTGTSGTAVPARREIQTLMQFGDTEIKATAIDI
610 620 630 640 650 660
670
pF1KA0 ATSKSVKVGIDFLNY
:::::::::::::::
CCDS41 ATSKSVKVGIDFLNY
670
>>CCDS81511.1 HSPA12A gene_id:259217|Hs108|chr10 (692 aa)
initn: 4346 init1: 4346 opt: 4346 Z-score: 5459.8 bits: 1020.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4346; 100.0% identity (100.0% similar) in 662 aa overlap (14-675:31-692)
10 20 30 40
pF1KA0 MADKEAGGSDGPRETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVN
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MMESVGVYGFCGCKAKNKMKCDSRWEIAASETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVN
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 DTDSNVSEQQSFLVVVAVDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DTDSNVSEQQSFLVVVAVDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KA0 LLTPERKFHSFGYAARDFYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LLTPERKFHSFGYAARDFYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 KALEIFAYALQYFKEQALKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KALEIFAYALQYFKEQALKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KA0 LASPENSEQLIIALEPEAASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSDTVGAGFTQAKEHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LASPENSEQLIIALEPEAASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSDTVGAGFTQAKEHI
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 RRNRQSRTFLVENVIGEIWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RRNRQSRTFLVENVIGEIWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATG
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 GPYGSLGVDYEFEKLLYKIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GPYGSLGVDYEFEKLLYKIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNI
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 TLPFSFIDYYKKFRGHSVEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TLPFSFIDYYKKFRGHSVEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHL
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 RDLFQKPEVSTVKFLFLVGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQCRIIIPQDVGLTILKGAVLFGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RDLFQKPEVSTVKFLFLVGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQCRIIIPQDVGLTILKGAVLFGL
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KA0 DPAVIKVRRSPLTYGVGVLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DPAVIKVRRSPLTYGVGVLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGEL
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KA0 VKRSYTPAKPSQLVIVINIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLTGTSGTAVPARREIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VKRSYTPAKPSQLVIVINIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLTGTSGTAVPARREIQ
610 620 630 640 650 660
650 660 670
pF1KA0 TLMQFGDTEIKATAIDIATSKSVKVGIDFLNY
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TLMQFGDTEIKATAIDIATSKSVKVGIDFLNY
670 680 690
>>CCDS13061.1 HSPA12B gene_id:116835|Hs108|chr20 (686 aa)
initn: 2830 init1: 1044 opt: 2889 Z-score: 3627.3 bits: 681.6 E(32554): 1e-195
Smith-Waterman score: 2889; 63.1% identity (85.8% similar) in 675 aa overlap (8-674:15-685)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MADKEAGGSDGPRETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVNDTDSNVSEQQ
::. : .: : .:: :. . ::.::.::. . . .:
CCDS13 MLAVPEMGLQGLYIGSSPERSPVP-SPPGSP-RTQESCGIAPLTPSQ-SPKPEVRAPQQA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 SFLVVVAVDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTILLTPERKFHS
:: ::::.::::::::::.::...:: ::.::.::::::::..::::: .::::: :::
CCDS13 SFSVVVAIDFGTTSSGYAFSFASDPEAIHMMRKWEGGDPGVAHQKTPTCLLLTPEGAFHS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 FGYAARDFYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKVKALEIFAYAL
:::.:::.::::::.::..:::.::::::.:.. :::. :.: :.::: . :::.::.::
CCDS13 FGYTARDYYHDLDPEEARDWLYFEKFKMKIHSATDLTLKTQLEAVNGKTMPALEVFAHAL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 QYFKEQALKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAGLASPENSEQL
..:.:.::.:: .:. : :.. ::::.:::::::::::::::.::: :::.: ::.:::
CCDS13 RFFREHALQELREQSPSLPEKDTVRWVLTVPAIWKQPAKQFMREAAYLAGLVSRENAEQL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 IIALEPEAASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSD-TVGAGFTQAKEHIRRNRQSRTF
.:::::::::.:::::::::...::..: .: : .. ..: ::.:..::.:.::::
CCDS13 LIALEPEAASVYCRKLRLHQLLDLSGRAPGGGRLGERRSIDSSFRQAREQLRRSRHSRTF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 LVENVIGEIWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATGGPYGSLGVD
:::. .::.:.:.. ::.:::.: :::::::::::.. :.: :::::::.:::::..:::
CCDS13 LVESGVGELWAEMQAGDRYVVADCGGGTVDLTVHQLEQPHGTLKELYKASGGPYGAVGVD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 YEFEKLLYKIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNITLPFSFIDY
::.:: .::::::: :: .:::::::: ::::.:::.:.: :.. :::.:::::::.
CCDS13 LAFEQLLCRIFGEDFIATFKRQRPAAWVDLTIAFEARKRTAGPHRAGALNISLPFSFIDF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 YKKFRGHSVEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHLRDLFQKPEV
:.: :::.:: :::.:.:.::::::::::::: .::: ::.::...::.:.. :. .:::
CCDS13 YRKQRGHNVETALRRSSVNFVKWSSQGMLRMSCEAMNELFQPTVSGIIQHIEALLARPEV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 STVKFLFLVGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQ-CRIIIPQDVGLTILKGAVLFGLDPAVIKVR
. ::.:::::::::. .::.:::::.: . :...:.:::::::::::::: :.:..::
CCDS13 QGVKLLFLVGGFAESAVLQHAVQAALGARGLRVVVPHDVGLTILKGAVLFGQAPGVVRVR
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 RSPLTYGVGVLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGELVKRSYTPA
:::::::::::::.: :.::::::::.:: :::::::..:..:.::::::: :.::: ::
CCDS13 RSPLTYGVGVLNRFVPGRHPPEKLLVRDGRRWCTDVFERFVAAEQSVALGEEVRRSYCPA
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640
pF1KA0 KPSQLVIVINIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLT------GTSGTAVPARREIQTL
.:.: ..::.: ... :::::::.:::.: :.: :.: : :.::::..
CCDS13 RPGQRRVLINLYCCAAEDARFITDPGVRKCGALSLELEPADCGQDTAG-APPGRREIRAA
600 610 620 630 640 650
650 660 670
pF1KA0 MQFGDTEIKATAIDIATSKSVKVGIDFLNY
:::::::::.::.:..:..::...::::.
CCDS13 MQFGDTEIKVTAVDVSTNRSVRASIDFLSN
660 670 680
>>CCDS82596.1 HSPA12B gene_id:116835|Hs108|chr20 (600 aa)
initn: 2642 init1: 1041 opt: 2687 Z-score: 3374.2 bits: 634.5 E(32554): 1.3e-181
Smith-Waterman score: 2687; 64.8% identity (87.7% similar) in 600 aa overlap (83-674:1-599)
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 QSFLVVVAVDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTILLTPERKFH
.::.::::::::..::::: .::::: ::
CCDS82 MMRKWEGGDPGVAHQKTPTCLLLTPEGAFH
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 SFGYAARDFYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKVKALEIFAYA
::::.:::.::::::.::..:::.::::::.:.. :::. :.: :.::: . :::.::.:
CCDS82 SFGYTARDYYHDLDPEEARDWLYFEKFKMKIHSATDLTLKTQLEAVNGKTMPALEVFAHA
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 LQYFKEQALKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAGLASPENSEQ
:..:.:.::.:: .:. : :.. ::::.:::::::::::::::.::: :::.: ::.::
CCDS82 LRFFREHALQELREQSPSLPEKDTVRWVLTVPAIWKQPAKQFMREAAYLAGLVSRENAEQ
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 LIIALEPEAASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSD-TVGAGFTQAKEHIRRNRQSRT
:.:::::::::.:::::::::...::..: .: : .. ..: ::.:..::.:.:::
CCDS82 LLIALEPEAASVYCRKLRLHQLLDLSGRAPGGGRLGERRSIDSSFRQAREQLRRSRHSRT
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 FLVENVIGEIWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATGGPYGSLGV
::::. .::.:.:.. ::.:::.: :::::::::::.. :.: :::::::.:::::..::
CCDS82 FLVESGVGELWAEMQAGDRYVVADCGGGTVDLTVHQLEQPHGTLKELYKASGGPYGAVGV
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 DYEFEKLLYKIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNITLPFSFID
: ::.:: .::::::: :: .:::::::: ::::.:::.:.: :.. :::.:::::::
CCDS82 DLAFEQLLCRIFGEDFIATFKRQRPAAWVDLTIAFEARKRTAGPHRAGALNISLPFSFID
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 YYKKFRGHSVEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHLRDLFQKPE
.:.: :::.:: :::.:.:.::::::::::::: .::: ::.::...::.:.. :. .::
CCDS82 FYRKQRGHNVETALRRSSVNFVKWSSQGMLRMSCEAMNELFQPTVSGIIQHIEALLARPE
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 VSTVKFLFLVGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQ-CRIIIPQDVGLTILKGAVLFGLDPAVIKV
:. ::.:::::::::. .::.:::::.: . :...:.:::::::::::::: :.:..:
CCDS82 VQGVKLLFLVGGFAESAVLQHAVQAALGARGLRVVVPHDVGLTILKGAVLFGQAPGVVRV
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 RRSPLTYGVGVLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGELVKRSYTP
::::::::::::::.: :.::::::::.:: :::::::..:..:.::::::: :.::: :
CCDS82 RRSPLTYGVGVLNRFVPGRHPPEKLLVRDGRRWCTDVFERFVAAEQSVALGEEVRRSYCP
460 470 480 490 500 510
600 610 620 630 640
pF1KA0 AKPSQLVIVINIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLT------GTSGTAVPARREIQT
:.:.: ..::.: ... :::::::.:::.: :.: :.: : :.::::..
CCDS82 ARPGQRRVLINLYCCAAEDARFITDPGVRKCGALSLELEPADCGQDTAG-APPGRREIRA
520 530 540 550 560
650 660 670
pF1KA0 LMQFGDTEIKATAIDIATSKSVKVGIDFLNY
:::::::::.::.:..:..::...::::.
CCDS82 AMQFGDTEIKVTAVDVSTNRSVRASIDFLSN
570 580 590 600
675 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 18:52:11 2016 done: Wed Nov 2 18:52:11 2016
Total Scan time: 2.710 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]