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# NO CUT ENZYMES ( 136 enzymes) #
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AatII Acc65I AccI AccII AccIII
AciI AclI AcyI AflII AgeI
AhdI Alw44I AlwNI AocI Aor51HI
ApaI ApaLI AscI Asp718I AspEI
AspI AviII AvrII BalI BamHI
BbeI BbrPI BbvCI BcgI BclI
BfrI BglI BglII BlnI BlpI
Bpu1102I BsaAI BsaHI BsaWI BseAI
BsiEI BsiWI BsmBI Bsp1407I BspDI
BspEI BspHI BsrBI BsrFI BsrGI
BssHII BssSI Bst1107I BstUI BstXI
BstZ17I Bsu36I CelII Cfr10I ClaI
CpoI DraI DraII DraIII DsaI
EaeI EagI Eam1105I EclXI Eco47III
Eco52I Eco81I EcoNI EcoO109I EcoT22I
FauI FbaI FseI FspI HaeII
HgaI Hin1I HincII HindII HpaI
KasI KpnI KspI MluI MluNI
MroI MscI MspA1I MvnI NaeI
NarI NcoI NdeI NgoMIV NheI
NotI NruI NsiI PacI PaeR7I
PflFI PflMI PinAI PmaCI PmeI
PmlI PpuMI PshAI Psp1406I PvuI
PvuII RcaI RsrII SacII SalI
SbfI ScaI SfiI SfoI SgrAI
SnaBI SpeI Sse8387I SspBI SspI
StuI SwaI Tth111I Van91I XcmI
XhoI
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# ONE CUT ENZYMES ( 52 enzymes) #
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AflIII 662 ACATGT A^C[GA][CT]GT
AseI 2112 ATTAAT AT^TAAT
AsnI 2112 ATTAAT AT^TAAT
Asp700I 1504 GAATTGATTC GAA[ACGT][ACGT]^[ACGT][ACGT]TTC
AspHI 88 GAGCTC G[AT]GC[AT]^C
AvaII 598 GGTCC G^G[AT]CC
BanI 1310 GGCACC G^G[CT][GA]CC
BanII 88 GAGCTC G[GA]GC[CT]^C
BbsI 1180 GAAGAC GAAGAC(2/6)
BciVI 2097 GTATCC GTATCC(6/5)
BpuAI 1180 GAAGAC GAAGAC(2/6)
BsaI 1601 GAGACC GGTCTC(1/5)
BsgI 1093 GTGCAG GTGCAG(16/14)
BsiHKAI 88 GAGCTC G[AT]GC[AT]^C
BsmFI 1020 GGGAC GGGAC(10/14)
BsmI 541 GAATGC GAATGC(1/-1)
BspLU11I 662 ACATGT A^CATGT
BspMI 1158 ACCTGC ACCTGC(4/8)
BsrDI 536 GCAATG GCAATG(2/0)
BstAPI 536 GCAATGAATGC GCA[ACGT][ACGT][ACGT][ACGT]^[ACGT]TGC
BstBI 398 TTCGAA TT^CGAA
BstEII 63 GGTTACC G^GT[ACGT]ACC
BstPI 63 GGTTACC G^GT[ACGT]ACC
BstYI 366 GGATCT [GA]^GATC[CT]
CfoI 306 GCGC GCG^C
DrdI 1074 GACAGATCAGTC GAC[ACGT][ACGT][ACGT][ACGT]^[ACGT][ACGT]GTC
EcoO65I 63 GGTTACC G^GT[ACGT]ACC
EcoRI 2129 GAATTC G^AATTC
EcoRV 431 GATATC GAT^ATC
EcoT14I 562 CCTTGG C^C[AT][AT]GG
HapII 1812 CCGG C^CGG
HhaI 306 GCGC GCG^C
HinP1I 306 GCGC G^CGC
HpaII 1812 CCGG C^CGG
MaeII 1253 ACGT A^CGT
MfeI 959 CAATTG C^AATTG
MflI 366 GGATCT [GA]^GATC[CT]
MspI 1812 CCGG C^CGG
MunI 959 CAATTG C^AATTG
NspV 398 TTCGAA TT^CGAA
PshBI 2112 ATTAAT AT^TAAT
SacI 88 GAGCTC GAGCT^C
SapI 1146 GAAGAGC GCTCTTC(1/4)
SexAI 1754 ACCTGGT A^CC[AT]GGT
SfuI 398 TTCGAA TT^CGAA
SmaI 1811 CCCGGG CCC^GGG
StyI 562 CCTTGG C^C[AT][AT]GG
XbaI 1026 TCTAGA T^CTAGA
XhoII 366 GGATCT [GA]^GATC[CT]
XmaCI 1811 CCCGGG C^CCGGG
XmaI 1811 CCCGGG C^CCGGG
XmnI 1504 GAATTGATTC GAA[ACGT][ACGT]^[ACGT][ACGT]TTC
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# TWO CUT ENZYMES ( 21 enzymes) #
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AvaI 321 CCCGAG C^[CT]CG[GA]G
1811 CCCGGG
BcnI 1811 CCCGG CC^[GC]GG
1812 CCGGG
BmyI 88 GAGCTC G[AGT]GC[ACT]^C
633 GTGCCC
BpmI 1523 CTCCAG CTGGAG(16/14)
1529 CTCCAG
BsaBI 361 GATGTGGATC GAT[ACGT][ACGT]^[ACGT][ACGT]ATC
2041 GATATGGATC
BseRI 966 CTCCTC GAGGAG(10/8)
1520 CTCCTC
BsiYI 261 CCCTAGTATGG CC[ACGT][ACGT][ACGT][ACGT][ACGT]^[ACGT][ACGT]GG
340 CCTTGCCCTGG
BslI 261 CCCTAGTATGG CC[ACGT][ACGT][ACGT][ACGT][ACGT]^[ACGT][ACGT]GG
340 CCTTGCCCTGG
BsmAI 1072 GAGAC GTCTC(1/5)
1601 GAGAC
BsoBI 321 CCCGAG C^[CT]CG[GA]G
1811 CCCGGG
Bsp1286I 88 GAGCTC G[AGT]GC[ACT]^C
633 GTGCCC
Cfr13I 598 GGTCC G^G[ACGT]CC
1727 GGGCC
HaeIII 686 GGCC GG^CC
1728 GGCC
HindIII 775 AAGCTT A^AGCTT
1674 AAGCTT
MamI 361 GATGTGGATC GAT[ACGT][ACGT]^[ACGT][ACGT]ATC
2041 GATATGGATC
NciI 1811 CCCGG CC^[GC]GG
1812 CCGGG
PstI 1160 CTGCAG CTGCA^G
1643 CTGCAG
Sau96I 598 GGTCC G^G[ACGT]CC
1727 GGGCC
SmlI 491 CTCAAG C^T[CT][GA]AG
1055 CTCAAG
SphI 103 GCATGC GCATG^C
1916 GCATGC
Tsp45I 470 GTGAC ^GT[GC]AC
1941 GTCAC
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# 3 OR MORE CUT ENZYMES ( 49 enzymes) #
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AcsI AfaI AluI AlwI ApoI
BbvI BfaI BsaJI BsrI BssKI
BstF5I BstNI Cac8I DdeI DpnII
EarI EcoRII Fnu4HI FokI HinfI
HphI ItaI Ksp632I MaeI MaeIII
MboI MboII MnlI MseI MslI
MvaI MwoI NdeII NlaIII NlaIV
NspI PleI RsaI Sau3AI ScrFI
SfaNI SfcI TaqI TfiI Tru9I
TseI Tsp509I TspRI TthHB8I