FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE9621, 556 aa
  1>>>pF1KE9621 556 - 556 aa - 556 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3075+/-0.00107; mu= 13.0393+/- 0.064
 mean_var=70.4694+/-13.801, 0's: 0 Z-trim(102.8): 20  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.152783
 statistics sampled from 7132 (7137) to 7132 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.219), width:  16
 Scan time:  3.350

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS46568.1 RAD21L1 gene_id:642636|Hs108|chr20     ( 556) 3624 808.4       0
CCDS6321.1 RAD21 gene_id:5885|Hs108|chr8           ( 631)  818 189.9 7.8e-48


>>CCDS46568.1 RAD21L1 gene_id:642636|Hs108|chr20          (556 aa)
 initn: 3624 init1: 3624 opt: 3624  Z-score: 4315.9  bits: 808.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3624; 100.0% identity (100.0% similar) in 556 aa overlap (1-556:1-556)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE9 MFYTHVLMSKRGPLAKIWLAAHWEKKLTKAHVFECNLEITIEKILSPKVKIALRTSGHLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MFYTHVLMSKRGPLAKIWLAAHWEKKLTKAHVFECNLEITIEKILSPKVKIALRTSGHLL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE9 LGVVRIYNRKAKYLLADCSEAFLKMKMTFCPGLVDLPKENFEASYNAITLPEEFHDFDTQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LGVVRIYNRKAKYLLADCSEAFLKMKMTFCPGLVDLPKENFEASYNAITLPEEFHDFDTQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE9 NMNAIDVSEHFTQNQSRPEEITLRENFDNDLIFQAESFGEESEILRRHSFFDDNILLNSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NMNAIDVSEHFTQNQSRPEEITLRENFDNDLIFQAESFGEESEILRRHSFFDDNILLNSS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE9 GPLIEHSSGSLTGERSLFYDSGDGFGDEGAAGEMIDNLLQDDQNILLEDMHLNREISLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GPLIEHSSGSLTGERSLFYDSGDGFGDEGAAGEMIDNLLQDDQNILLEDMHLNREISLPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE9 EPPNSLAVEPDNSECICVPENEKMNETILLSTEEEGFTLDPIDISDIAEKRKGKKRRLLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EPPNSLAVEPDNSECICVPENEKMNETILLSTEEEGFTLDPIDISDIAEKRKGKKRRLLI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE9 DPIKELSSKVIHKQLTSFADTLMVLELAPPTQRLMMWKKRGGVHTLLSTAAQDLIHAELK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DPIKELSSKVIHKQLTSFADTLMVLELAPPTQRLMMWKKRGGVHTLLSTAAQDLIHAELK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE9 MLFTKCFLSSGFKLGRKMIQKESVREEVGNQNIVETSMMQEPNYQQELSKPQTWKDVIGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MLFTKCFLSSGFKLGRKMIQKESVREEVGNQNIVETSMMQEPNYQQELSKPQTWKDVIGG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE9 SQHSSHEDTNKNINSEQDIVEMVSLAAEESSLMNDLFAQEIEYSPVELESLSNEENIETE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SQHSSHEDTNKNINSEQDIVEMVSLAAEESSLMNDLFAQEIEYSPVELESLSNEENIETE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE9 RWNGRILQMLNRLRESNKMGMQSFSLMKLCRNSDRKQAAAKFYSFLVLKKQLAIELSQSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RWNGRILQMLNRLRESNKMGMQSFSLMKLCRNSDRKQAAAKFYSFLVLKKQLAIELSQSA
              490       500       510       520       530       540

              550      
pF1KE9 PYADIIATMGPMFYNI
       ::::::::::::::::
CCDS46 PYADIIATMGPMFYNI
              550      

>>CCDS6321.1 RAD21 gene_id:5885|Hs108|chr8                (631 aa)
 initn: 1379 init1: 676 opt: 818  Z-score: 972.3  bits: 189.9 E(32554): 7.8e-48
Smith-Waterman score: 1232; 40.5% identity (65.8% similar) in 590 aa overlap (1-513:1-588)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE9 MFYTHVLMSKRGPLAKIWLAAHWEKKLTKAHVFECNLEITIEKILSPKVKIALRTSGHLL
       :::.: ..:::::::::::::::.:::::::::::::: ..:.:.:::::.:::::::::
CCDS63 MFYAHFVLSKRGPLAKIWLAAHWDKKLTKAHVFECNLESSVESIISPKVKMALRTSGHLL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE9 LGVVRIYNRKAKYLLADCSEAFLKMKMTFCPGLVDLPKENFEASYNAITLPEEFHDFDTQ
       :::::::.::::::::::.:::.:.::.: ::.::::.:: ::.::::::::::::::  
CCDS63 LGVVRIYHRKAKYLLADCNEAFIKIKMAFRPGVVDLPEENREAAYNAITLPEEFHDFDQP
               70        80        90       100       110       120

                130       140       150       160           170    
pF1KE9 --NMNAIDVSEHFTQNQSRPEEITLRENFDNDLIFQAESFGE----ESEILRRHSFF-DD
         ... :::...:. :::: ::::.::.  :  :.: ..::.    . ::.:. : : ::
CCDS63 LPDLDDIDVAQQFSLNQSRVEEITMREEVGNISILQENDFGDFGMDDREIMREGSAFEDD
              130       140       150       160       170       180

             180        190         200          210       220     
pF1KE9 NILLNS--SGPLIE-HSSGSLTGER--SLFYDS---GDGFGDEGAAGEMIDNLLQDDQNI
       ..:...  :. :.: ..: :  .:.   : :..    :.::. . .: . :.:...... 
CCDS63 DMLVSTTTSNLLLESEQSTSNLNEKINHLEYEDQYKDDNFGEGNDGGILDDKLISNNDGG
              190       200       210       220       230       240

         230         240               250         260       270   
pF1KE9 LLEDMHLNRE--ISLPSEPPNSLAVE--------PDNSECI--CVPENEKMNETILLSTE
       ...:     :  . :: .: ..   :        ::. . .    :     ..: :. .:
CCDS63 IFDDPPALSEAGVMLPEQPAHDDMDEDDNVSMGGPDSPDSVDPVEPMPTMTDQTTLVPNE
              250       260       270       280       290       300

           280       290       300       310       320       330   
pF1KE9 EEGFTLDPIDISDIAEKRKGKKRRLLIDPIKELSSKVIHKQLTSFADTLMVLELAPPTQR
       ::.:.:.::::. . : .  .::.:..: .:::.::.:. ::....: . .:.:::::..
CCDS63 EEAFALEPIDIT-VKETKAKRKRKLIVDSVKELDSKTIRAQLSDYSDIVTTLDLAPPTKK
              310        320       330       340       350         

           340       350       360          370                    
pF1KE9 LMMWKKRGGVHTLLSTAAQDLIHAELKMLFTKCF---LSSGFKLGRK-------------
       :::::. :::. :.:  :: : . .:  :::.:.   .   ..  ::             
CCDS63 LMMWKETGGVEKLFSLPAQPLWNNRLLKLFTRCLTPLVPEDLRKRRKGGEADNLDEFLKE
     360       370       380       390       400       410         

           380       390       400         410              420    
pF1KE9 ----MIQKESVREEVGNQNIVETSMMQEPNYQQE--LSKPQTWKDVIG-------GSQHS
            . .:. ...  ......  ...::.  ::  .   .:  :  .       : ...
CCDS63 FENPEVPREDQQQQHQQRDVIDEPIIEEPSRLQESVMEASRTNIDESAMPPPPPQGVKRK
     420       430       440       450       460       470         

          430       440           450       460            470     
pF1KE9 SHEDTNKNINSEQDIVEM----VSLAAEESSLMNDLFAQEIEYSPV-----ELESLSNEE
       . .   . .   :.. .:    : :  ::   . .:.  :.:  :      : :. ..::
CCDS63 AGQIDPEPVMPPQQVEQMEIPPVELPPEEPPNICQLIP-ELELLPEKEKEKEKEKEDDEE
     480       490       500       510        520       530        

                    480       490        500       510       520   
pF1KE9 -----------NIETERWNGRILQMLNRL-RESNKMGMQSFSLMKLCRNSDRKQAAAKFY
                  . : .::: :  :::. : :   : : .:.::..::::.          
CCDS63 EEDEDASGGDQDQEERRWNKRTQQMLHGLQRALAKTGAESISLLELCRNTNRKQAAAKFY
      540       550       560       570       580       590        

           530       540       550      
pF1KE9 SFLVLKKQLAIELSQSAPYADIIATMGPMFYNI
                                        
CCDS63 SFLVLKKQQAIELTQEEPYSDIIATPGPRFHII
      600       610       620       630 




556 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]