Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE9525
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9525, 364 aa
1>>>pF1KE9525 364 - 364 aa - 364 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8933+/-0.000932; mu= 18.8644+/- 0.056
mean_var=132.9420+/-49.478, 0's: 0 Z-trim(105.8): 278 B-trim: 992 in 2/48
Lambda= 0.111235
statistics sampled from 8166 (8643) to 8166 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.265), width: 16
Scan time: 2.640
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX ( 364) 2482 410.4 1.2e-114
CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX ( 364) 2419 400.3 1.4e-111
CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX ( 364) 2419 400.3 1.4e-111
CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX ( 364) 2419 400.3 1.4e-111
CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 ( 348) 1027 176.9 2.3e-44
CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 ( 348) 990 170.9 1.4e-42
CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 ( 402) 527 96.7 3.6e-20
CCDS3687.1 RRH gene_id:10692|Hs108|chr4 ( 337) 500 92.3 6.6e-19
CCDS4923.1 OPN5 gene_id:221391|Hs108|chr6 ( 354) 436 82.1 8.4e-16
CCDS7376.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 478) 371 71.8 1.4e-12
CCDS31237.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 489) 354 69.1 9.1e-12
CCDS3848.1 MTNR1A gene_id:4543|Hs108|chr4 ( 350) 345 67.4 2.1e-11
CCDS7293.1 TACR2 gene_id:6865|Hs108|chr10 ( 398) 339 66.6 4.3e-11
>>CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX (364 aa)
initn: 2482 init1: 2482 opt: 2482 Z-score: 2171.6 bits: 410.4 E(32554): 1.2e-114
Smith-Waterman score: 2482; 99.5% identity (100.0% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
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CCDS14 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 IFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFV
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CCDS14 IFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWLVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWS
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CCDS14 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCYL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 QVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGYAFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGYAFH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 PLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSS
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 VSPA
::::
CCDS14 VSPA
>>CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX (364 aa)
initn: 2419 init1: 2419 opt: 2419 Z-score: 2116.9 bits: 400.3 E(32554): 1.4e-111
Smith-Waterman score: 2419; 95.9% identity (98.6% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 IFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFV
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: ::::
CCDS83 IFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWLVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWS
::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.
CCDS83 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::.::::
CCDS83 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCYL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 QVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGYAFH
:::::::::::::::::::::::::::::::::..:.: :::::.:::::::::::: ::
CCDS83 QVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPFH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 PLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSS
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSS
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 VSPA
::::
CCDS83 VSPA
>>CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX (364 aa)
initn: 2419 init1: 2419 opt: 2419 Z-score: 2116.9 bits: 400.3 E(32554): 1.4e-111
Smith-Waterman score: 2419; 95.9% identity (98.6% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 IFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFV
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: ::::
CCDS35 IFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWLVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWS
::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.
CCDS35 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::.::::
CCDS35 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCYL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 QVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGYAFH
:::::::::::::::::::::::::::::::::..:.: :::::.:::::::::::: ::
CCDS35 QVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPFH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 PLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSS
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSS
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 VSPA
::::
CCDS35 VSPA
>>CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX (364 aa)
initn: 2419 init1: 2419 opt: 2419 Z-score: 2116.9 bits: 400.3 E(32554): 1.4e-111
Smith-Waterman score: 2419; 95.9% identity (98.6% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 IFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFV
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: ::::
CCDS14 IFVVIASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWLVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWS
::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.
CCDS14 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::.::::
CCDS14 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCYL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 QVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGYAFH
:::::::::::::::::::::::::::::::::..:.: :::::.:::::::::::: ::
CCDS14 QVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPFH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 PLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSS
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PLMAALPAFFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSS
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 VSPA
::::
CCDS14 VSPA
>>CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 (348 aa)
initn: 1047 init1: 957 opt: 1027 Z-score: 909.9 bits: 176.9 E(32554): 2.3e-44
Smith-Waterman score: 1027; 43.2% identity (75.7% similar) in 345 aa overlap (23-363:5-347)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWM
.. .. . : .:. ::..::.::::: :...: ...:
CCDS58 MRKMSEEEFYLFKNISSV-GPWDGPQYHIAPVWAFYLQAAFM
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 IFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFV
: . :..::.::...::::.:::.::::.. . . ... .: . .::::
CCDS58 GTVFLIGFPLNAMVLVATLRYKKLRQPLNYILVNVSFGGFLLCIFSVFPVFVASCNGYFV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 LGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWLVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWS
.:. .:.:::. .. :.. ::::....::..:.:::::: ::..: :.. . .: .
CCDS58 FGRHVCALEGFLGTVAGLVTGWSLAFLAFERYIVICKPFGNFRFSSKHALTVVLATWTIG
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE9 AVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFS-GSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCY
. ::.:::::. :.::. ::::: .. :..: . .:: :.. : :.::..: . :
CCDS58 IGVSIPPFFGWSRFIPEGLQCSCGPDWYTVGTKYRS-ESYTWFLFIFCFIVPLSLICFSY
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 LQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGYAF
:. :..::: ::.:: .:::::.::.::::::. ..:::. ::. :: . . : ....
CCDS58 TQLLRALKAVAAQQQESATTQKAEREVSRMVVVMVGSFCVCYVPYAAFAMYMVNNRNHGL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 HPLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF-GKKVDDGSELSSASKTEVSSV
....:..:.::: ::::.:: :::.::. ::... :: . : :. :..:::::.:
CCDS58 DLRLVTIPSFFSKSACIYNPIIYCFMNKQFQACIMKMVCGKAMTDESDTCSSQKTEVSTV
290 300 310 320 330 340
360
pF1KE9 SS--VSPA
:: :.:
CCDS58 SSTQVGPN
>>CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 (348 aa)
initn: 965 init1: 965 opt: 990 Z-score: 877.8 bits: 170.9 E(32554): 1.4e-42
Smith-Waterman score: 990; 43.2% identity (74.5% similar) in 345 aa overlap (21-359:2-346)
10 20 30 40 50
pF1KE9 MAQQWSLQRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNST---RGPFEGPNYHIAPRWVYHLTS
..:.. : ::.: :.::: :.:..: : . . .
CCDS30 MNGTEGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLA
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 VWMIFVVTASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSG
..:..... . : :.: .:.. :::: :::.::.::::::: .. . : .. ... :
CCDS30 AYMFLLIVLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTSTLYTSLHG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE9 YFVLGHPMCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWLVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSW
:::.: : :::. ..: : .::::.... ::..:::::..: :: . ::.:.::.:
CCDS30 YFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTW
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE9 IWSAVWTAPPIFGWSRYWPHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIML
. . . .:::. ::::: :.::. ::: : .. . . .:..: ..:. ::. ::..
CCDS30 VMALACAAPPLAGWSRYIPEGLQCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFF
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE9 CYLQVWLAIRAVAKQQKESESTQKAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANPGY
:: :. .... .: ::.:: .::::::::::::..:..:. .:: ::. : . .. :
CCDS30 CYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFYIFTHQGS
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 AFHPLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLF--GKK-VDDGSELSSASKTE
: :.. ..::.:::::.:::::::..::.:::::.: . ::. . : ...::::
CCDS30 NFGPIFMTIPAFFAKSAAIYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTE
290 300 310 320 330 340
360
pF1KE9 VSSVSSVSPA
.:.:.
CCDS30 TSQVAPA
>>CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 (402 aa)
initn: 541 init1: 233 opt: 527 Z-score: 475.6 bits: 96.7 E(32554): 3.6e-20
Smith-Waterman score: 527; 31.8% identity (64.0% similar) in 311 aa overlap (38-337:23-324)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 QRLAGRHPQDSYEDSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRW---VYHLTSVWMIFVV
:: . . :: . .:. .. . .
CCDS31 MYSGNRSGGHGYWDGGGAAGAEGPAPAGTLSPAPLFSPGTYERLALLLGSIG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 TASVFTNGLVLAATMKFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISIVNQVSGYFVLGHP
.: .: :::. .::..:: : . .:::....:: .... :...:. . . .:
CCDS31 LLGVGNNLLVLVLYYKFQRLRTPTHLLLVNISLSDLLVSLFGVTFTFVSCLRNGWVWDTV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 MCVLEGYTVSLCGITGLWSLAIISWERWLVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWSAVWT
:: .:.. :: ::... .:.....::.. : . . :. : .:.. :..: .:.
CCDS31 GCVWDGFSGSLFGIVSIATLTVLAYERYIRVVHAR-VINFS--WAWRAITYIWLYSLAWA
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 APPIFGWSRYW--PHGLKTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCIIPLAIIMLCYLQV
. :..::.:: ::: .: : : .. .:... :.. : ..::..: :: ..
CCDS31 GAPLLGWNRYILDVHGL--GCTVDWKSKDAND--SSFVLFLFLGCLVVPLGVIAHCYGHI
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KE9 WLAIRAVAKQQKESESTQ-----KAEKEVTRMVVVMIFAYCVCWGPYTFFACFAAANP-G
.:: . . .. .. : : ::....: .:::.. ::: :: . :: ..: :
CCDS31 LYSIRML-RCVEDLQTIQVIKILKYEKKLAKMCFLMIFTFLVCWMPY-IVICFLVVNGHG
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE9 YAFHPLMAALPAYFAKSATIYNPVIYVFMNRQFRNCILQLFGKKVDDGSELSSASKTEVS
. : .. . :::: :.::::::::: :.:: .:::.
CCDS31 HLVTPTISIVSYLFAKSNTVYNPVIYVFMIRKFRRSLLQLLCLRLLRCQRPAKDLPAAGS
290 300 310 320 330 340
360
pF1KE9 SVSSVSPA
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... .::.: :.:: . : :.::.. .:. . . : :: . ::::.:.:::
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CCDS49 MYNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHEEWE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]