Result of FASTA (omim) for
pFN21AE9439
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9439, 549 aa
1>>>pF1KE9439 549 - 549 aa - 549 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7299+/-0.000365; mu= 22.0100+/- 0.023
mean_var=73.6062+/-15.569, 0's: 0 Z-trim(113.2): 285 B-trim: 30 in 1/49
Lambda= 0.149492
statistics sampled from 22100 (22423) to 22100 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 10.380
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001171763 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 966) 804 183.4 2.8e-45
NP_001171764 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 979) 804 183.4 2.8e-45
NP_001171766 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 987) 804 183.4 2.8e-45
NP_001171765 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 993) 804 183.4 2.8e-45
NP_001073329 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot ( 995) 804 183.4 2.8e-45
NP_001171762 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot (1001) 804 183.4 2.8e-45
NP_001073328 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot (1003) 804 183.4 2.8e-45
NP_005747 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (1014) 804 183.4 2.9e-45
XP_006724518 (OMIM: 300572,300985) PREDICTED: adhe (1017) 804 183.4 2.9e-45
NP_001073327 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-prot (1017) 804 183.4 2.9e-45
XP_011543736 (OMIM: 300572,300985) PREDICTED: adhe (1017) 804 183.4 2.9e-45
XP_011543737 (OMIM: 300572,300985) PREDICTED: adhe (1017) 804 183.4 2.9e-45
NP_001277072 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion ( 518) 784 178.8 3.5e-44
NP_001277071 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion ( 523) 784 178.8 3.6e-44
NP_001277073 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion ( 512) 783 178.6 4.1e-44
XP_005256308 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_005256306 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_011521767 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_005256305 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_011521765 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_006721407 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_005256311 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
NP_001139243 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_006721408 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_006721405 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_011521766 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_005256303 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_006721406 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
NP_005673 (OMIM: 604110,606854,615752) adhesion G- ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_005256309 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_005256304 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_011521768 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_011521769 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_006721409 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_011521770 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 693) 784 179.0 4.3e-44
XP_005256296 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_006721404 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_005256302 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_011521764 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_005256301 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_005256297 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_006721403 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_011521763 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_006721401 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_005256294 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_006721402 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_005256299 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_005256298 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_005256295 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 698) 784 179.0 4.4e-44
XP_005256312 (OMIM: 604110,606854,615752) PREDICTE ( 687) 783 178.7 5e-44
>>NP_001171763 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (966 aa)
initn: 516 init1: 298 opt: 804 Z-score: 934.0 bits: 183.4 E(85289): 2.8e-45
Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:440-881)
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE
: ....: : :... ... . . .
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410 420 430 440 450 460
120 130 140 150 160
pF1KE9 PSQVPRQVMKDEDKPPDRV---RLPKSLFRSLPGNRSVVRLAVTILDIGPGTLFKGPRLG
:... :: . . : . . ::.::. .::.. . : . . .::. : :
NP_001 PANL--QVSLETQAPENSIGTITLPSSLMNNLPAHDMELASRVQFNFFETPALFQDPSL-
470 480 490 500 510 520
170 180 190 200 210 220
pF1KE9 LGDGSGVLNNRLVGLSVGQMHVTKLAEPLEIVFSHQRPPPN-MTLTCVFWDVTK-GTTGD
. : . ... ::... : .:.. . ....: : . .:. :::::. . : :
NP_001 ---ENLSLISYVISSSVANLTVRNLTRNVTVTLKHINPSQDELTVRCVFWDLGRNGGRGG
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::..:::. . : . :.: :.::: :..:: : .. . . :: :. :::.: :::
NP_001 WSDNGCSVKDRRLNETICTCSHLTSFGVLLDLSRTSVLPAQMMALTFITYIGCGLSSIFL
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290 300 310 320 330 340
pF1KE9 AFTIILY-AFLRLSRERFKSEDAP-KIHVALGGSLFLLNLAFLVNVGSGSKGSDAACWAR
. :.. : :: .. : : : :: . : ..:.::::.::.. . .. : .
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.. .::::: .::::::::::.:: :.:::::. .:.::. .::::.::..: : : :
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400 410 420 430 440 450
pF1KE9 ANSYGLYTIRDRENRTSLELCWFREGTTMYALYITVHGYFLITFLFGMVVLALVVWKIFT
..::: . : . ..::. ... ..:::: ::: . ::... .. .:. .
NP_001 PDNYGLGSYGKFPNGSPDDFCWINNNA---VFYITVVGYFCVIFLLNVSMFIVVLVQ---
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pF1KE9 LSRATAVKERGKNRKKVL----TLLGLSSLVGVTWGLAIFT--PLGLSTVYIFALFNSLQ
: : :. : .:: . .. ::. :.:.:::.:.:. :.... .:.::.::.::
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520 530 540
pF1KE9 GVFICCWFTILYLPSQSTTVSSSTARLDQAHSASQE
: :: .. .
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>>NP_001171764 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (979 aa)
initn: 517 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.9 bits: 183.4 E(85289): 2.8e-45
Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:402-843)
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pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE
: ....: : :... ... . . .
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pF1KE9 PSQVPRQVMKDEDKPPDRV---RLPKSLFRSLPGNRSVVRLAVTILDIGPGTLFKGPRLG
:... :: . . : . . ::.::. .::.. . : . . .::. : :
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pF1KE9 LGDGSGVLNNRLVGLSVGQMHVTKLAEPLEIVFSHQRPPPN-MTLTCVFWDVTK-GTTGD
. : . ... ::... : .:.. . ....: : . .:. :::::. . : :
NP_001 ---ENLSLISYVISSSVANLTVRNLTRNVTVTLKHINPSQDELTVRCVFWDLGRNGGRGG
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pF1KE9 WSSEGCST-EVRPEGTVCCCDHLTFFALLL---RPTLDQSTVHILTRISQAGCGVSMIFL
::..:::. . : . :.: :.::: :..:: : .. . . :: :. :::.: :::
NP_001 WSDNGCSVKDRRLNETICTCSHLTSFGVLLDLSRTSVLPAQMMALTFITYIGCGLSSIFL
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290 300 310 320 330 340
pF1KE9 AFTIILY-AFLRLSRERFKSEDAP-KIHVALGGSLFLLNLAFLVNVGSGSKGSDAACWAR
. :.. : :: .. : : : :: . : ..:.::::.::.. . .. : .
NP_001 SVTLVTYIAFEKIRR------DYPSKILIQLCAALLLLNLVFLLDSWIALYKMQGLCISV
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pF1KE9 GAVFHYFLLCAFTWMGLEAFHLYLLAVRVFNTYFGHYFLKLSLVGWGLPALMV--IGTGS
.. .::::: .::::::::::.:: :.:::::. .:.::. .::::.::..: : : :
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pF1KE9 ANSYGLYTIRDRENRTSLELCWFREGTTMYALYITVHGYFLITFLFGMVVLALVVWKIFT
..::: . : . ..::. ... ..:::: ::: . ::... .. .:. .
NP_001 PDNYGLGSYGKFPNGSPDDFCWINNNA---VFYITVVGYFCVIFLLNVSMFIVVLVQ---
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460 470 480 490 500 510
pF1KE9 LSRATAVKERGKNRKKVL----TLLGLSSLVGVTWGLAIFT--PLGLSTVYIFALFNSLQ
: : :. : .:: . .. ::. :.:.:::.:.:. :.... .:.::.::.::
NP_001 LCRIKKKKQLGAQRKTSIQDLRSIAGLTFLLGITWGFAFFAWGPVNVTFMYLFAIFNTLQ
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pF1KE9 GVFICCWFTILYLPSQSTTVSSSTARLDQAHSASQE
: :: .. .
NP_001 GFFIFIFYCVAKENVRKQWRRYLCCGKLRLAENSDWSKTATNGLKKQTVNQGVSSSSNSL
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>>NP_001171766 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (987 aa)
initn: 516 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.9 bits: 183.4 E(85289): 2.8e-45
Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:410-851)
60 70 80 90 100 110
pF1KE9 CRQSGSDSCNVENLQRYWLNYEAHLMKEGLTQKVNTPFLK-ALVQNLSTNTAEDFYFSLE
: ....: : :... ... . . .
NP_001 HSPPDMLAPLAQRLLKVVDDIGLQLNFSNTTISLTSPSLALAVIRVNASSFNTTTFVAQD
380 390 400 410 420 430
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pF1KE9 PSQVPRQVMKDEDKPPDRV---RLPKSLFRSLPGNRSVVRLAVTILDIGPGTLFKGPRLG
:... :: . . : . . ::.::. .::.. . : . . .::. : :
NP_001 PANL--QVSLETQAPENSIGTITLPSSLMNNLPAHDMELASRVQFNFFETPALFQDPSL-
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pF1KE9 LGDGSGVLNNRLVGLSVGQMHVTKLAEPLEIVFSHQRPPPN-MTLTCVFWDVTK-GTTGD
. : . ... ::... : .:.. . ....: : . .:. :::::. . : :
NP_001 ---ENLSLISYVISSSVANLTVRNLTRNVTVTLKHINPSQDELTVRCVFWDLGRNGGRGG
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230 240 250 260 270 280
pF1KE9 WSSEGCST-EVRPEGTVCCCDHLTFFALLL---RPTLDQSTVHILTRISQAGCGVSMIFL
::..:::. . : . :.: :.::: :..:: : .. . . :: :. :::.: :::
NP_001 WSDNGCSVKDRRLNETICTCSHLTSFGVLLDLSRTSVLPAQMMALTFITYIGCGLSSIFL
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pF1KE9 AFTIILY-AFLRLSRERFKSEDAP-KIHVALGGSLFLLNLAFLVNVGSGSKGSDAACWAR
. :.. : :: .. : : : :: . : ..:.::::.::.. . .. : .
NP_001 SVTLVTYIAFEKIRR------DYPSKILIQLCAALLLLNLVFLLDSWIALYKMQGLCISV
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pF1KE9 GAVFHYFLLCAFTWMGLEAFHLYLLAVRVFNTYFGHYFLKLSLVGWGLPALMV--IGTGS
.. .::::: .::::::::::.:: :.:::::. .:.::. .::::.::..: : : :
NP_001 AVFLHYFLLVSFTWMGLEAFHMYLALVKVFNTYIRKYILKFCIVGWGVPAVVVTIILTIS
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pF1KE9 ANSYGLYTIRDRENRTSLELCWFREGTTMYALYITVHGYFLITFLFGMVVLALVVWKIFT
..::: . : . ..::. ... ..:::: ::: . ::... .. .:. .
NP_001 PDNYGLGSYGKFPNGSPDDFCWINNNA---VFYITVVGYFCVIFLLNVSMFIVVLVQ---
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pF1KE9 LSRATAVKERGKNRKKVL----TLLGLSSLVGVTWGLAIFT--PLGLSTVYIFALFNSLQ
: : :. : .:: . .. ::. :.:.:::.:.:. :.... .:.::.::.::
NP_001 LCRIKKKKQLGAQRKTSIQDLRSIAGLTFLLGITWGFAFFAWGPVNVTFMYLFAIFNTLQ
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pF1KE9 GVFICCWFTILYLPSQSTTVSSSTARLDQAHSASQE
: :: .. .
NP_001 GFFIFIFYCVAKENVRKQWRRYLCCGKLRLAENSDWSKTATNGLKKQTVNQGVSSSSNSL
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>>NP_001171765 (OMIM: 300572,300985) adhesion G-protein (993 aa)
initn: 517 init1: 298 opt: 804 Z-score: 933.8 bits: 183.4 E(85289): 2.8e-45
Smith-Waterman score: 804; 33.9% identity (64.1% similar) in 460 aa overlap (84-523:416-857)
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: ....: : :... ... . . .
XP_006 HSPPDMLAPLAQRLLKVVDDIGLQLNFSNTTISLTSPSLALAVIRVNASSFNTTTFVAQD
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pF1KE9 PSQVPRQVMKDEDKPPDRV---RLPKSLFRSLPGNRSVVRLAVTILDIGPGTLFKGPRLG
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XP_006 PANL--QVSLETQAPENSIGTITLPSSLMNNLPAHDMELASRVQFNFFETPALFQDPSL-
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pF1KE9 WSSEGCST-EVRPEGTVCCCDHLTFFALLL---RPTLDQSTVHILTRISQAGCGVSMIFL
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XP_006 WSDNGCSVKDRRLNETICTCSHLTSFGVLLDLSRTSVLPAQMMALTFITYIGCGLSSIFL
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pF1KE9 AFTIILY-AFLRLSRERFKSEDAP-KIHVALGGSLFLLNLAFLVNVGSGSKGSDAACWAR
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XP_006 SVTLVTYIAFEKIRR------DYPSKILIQLCAALLLLNLVFLLDSWIALYKMQGLCISV
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pF1KE9 GAVFHYFLLCAFTWMGLEAFHLYLLAVRVFNTYFGHYFLKLSLVGWGLPALMV--IGTGS
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