Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE9432
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE9432, 814 aa
1>>>pF1KE9432 814 - 814 aa - 814 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2192+/- 0.001; mu= 4.0171+/- 0.060
mean_var=211.8682+/-42.630, 0's: 0 Z-trim(112.6): 14 B-trim: 163 in 1/50
Lambda= 0.088113
statistics sampled from 13305 (13313) to 13305 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.409), width: 16
Scan time: 4.830
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2997.1 GPR156 gene_id:165829|Hs108|chr3 ( 814) 5511 713.7 3.2e-205
CCDS54629.1 GPR156 gene_id:165829|Hs108|chr3 ( 810) 5471 708.6 1.1e-203
CCDS6736.1 GABBR2 gene_id:9568|Hs108|chr9 ( 941) 522 79.5 2.9e-14
CCDS4665.1 GABBR1 gene_id:2550|Hs108|chr6 ( 844) 429 67.6 9.7e-11
>>CCDS2997.1 GPR156 gene_id:165829|Hs108|chr3 (814 aa)
initn: 5511 init1: 5511 opt: 5511 Z-score: 3797.9 bits: 713.7 E(32554): 3.2e-205
Smith-Waterman score: 5511; 99.9% identity (100.0% similar) in 814 aa overlap (1-814:1-814)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MEPEINCSELCDSFPGQELDRRPLHDLCKTTITSSHHSSKTISSLSPVLLGIVWTFLSCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 MEPEINCSELCDSFPGQELDRRPLHDLCKTTITSSHHSSKTISSLSPVLLGIVWTFLSCG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 LLLILFFLAFTIHCRKNRIVKMSSPNLNIVTLLGSCLTYSSAYLFGIQDVLVGSSMETLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 LLLILFFLAFTIHCRKNRIVKMSSPNLNIVTLLGSCLTYSSAYLFGIQDVLVGSSMETLI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 QTRLSMLCIGTSLVFGPILGKSWRLYKVFTQRVPDKRVIIKDLQLLGLVAALLMADVILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 QTRLSMLCIGTSLVFGPILGKSWRLYKVFTQRVPDKRVIIKDLQLLGLVAALLMADVILL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 MTWVLTDPIQCLQILSVSMTVTGKDVSCTSTSTHFCASRYSDVWIALIWGCKGLLLLYGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 MTWVLTDPIQCLQILSVSMTVTGKDVSCTSTSTHFCASRYSDVWIALIWGCKGLLLLYGA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 YLAGLTGHVSSPPVNQSLTIMVGVNLLVLAAGLLFVVTRYLHSWPNLVFGLTSGGIFVCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 YLAGLTGHVSSPPVNQSLTIMVGVNLLVLAAGLLFVVTRYLHSWPNLVFGLTSGGIFVCT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 TTINCFIFIPQLKQWKAFEEENQTIRRMAKYFSTPNKSFHTQYGEEENCHPRGEKSSMER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 TTINCFIFIPQLKQWKAFEEENQTIRRMAKYFSTPNKSFHTQYGEEENCHPRGEKSSMER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 LLTEKNAVIESLQEQVNNAKEKIVRLMSAECTYDLPEGAAPPASSPNKDVQAVASVHTLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 LLTEKNAVIESLQEQVNNAKEKIVRLMSAECTYDLPEGAAPPASSPNKDVQAVASVHTLA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 AAQGPSGHLSDFQNDPGMAARDSQCTSGPSSYAQSLEGPGKDSSFSPGKEEKISDSKDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 AAQGPSGHLSDFQNDPGMAARDSQCTSGPSSYAQSLEGPGKDSSFSPGKEEKISDSKDFS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE9 DHLDSGCSQKPWTEQSLGPERGDQVPMNPSQSLLPDRGGSDPQRQRHLENSEEPPERRSR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS29 DHLDSGCSQKPWTEQSLGPERGDQVPMNPSQSLLPERGGSDPQRQRHLENSEEPPERRSR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE9 VSSVIREKLQEVLQDLGLGPEASLSTAPSCHQQTWKNSAAFSPQKMPLSKELGFSPYMVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 VSSVIREKLQEVLQDLGLGPEASLSTAPSCHQQTWKNSAAFSPQKMPLSKELGFSPYMVR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE9 RRRAAQRARSHFPGSAPSSVGHRANRTVPGAHSRLHVQNGDSPSLAPQTTDSRVRRPSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 RRRAAQRARSHFPGSAPSSVGHRANRTVPGAHSRLHVQNGDSPSLAPQTTDSRVRRPSSR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE9 KPSLPSDPQDRPGTLEGSKQSQTEPEGARGSKAAFLRQPSGSGRAPSPAAPCLSKASPDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 KPSLPSDPQDRPGTLEGSKQSQTEPEGARGSKAAFLRQPSGSGRAPSPAAPCLSKASPDL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE9 PEQWQLWPPVPSGCASLSSQHSYFDTESSSSDEFFCRCHRPYCEICFQSSSDSSDSGTSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 PEQWQLWPPVPSGCASLSSQHSYFDTESSSSDEFFCRCHRPYCEICFQSSSDSSDSGTSD
730 740 750 760 770 780
790 800 810
pF1KE9 TDPEPTGGLASWEKLWARSKPIVNFKDDLKPTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 TDPEPTGGLASWEKLWARSKPIVNFKDDLKPTLV
790 800 810
>>CCDS54629.1 GPR156 gene_id:165829|Hs108|chr3 (810 aa)
initn: 4210 init1: 4210 opt: 5471 Z-score: 3770.5 bits: 708.6 E(32554): 1.1e-203
Smith-Waterman score: 5471; 99.4% identity (99.5% similar) in 814 aa overlap (1-814:1-810)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 MEPEINCSELCDSFPGQELDRRPLHDLCKTTITSSHHSSKTISSLSPVLLGIVWTFLSCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MEPEINCSELCDSFPGQELDRRPLHDLCKTTITSSHHSSKTISSLSPVLLGIVWTFLSCG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 LLLILFFLAFTIHCRKNRIVKMSSPNLNIVTLLGSCLTYSSAYLFGIQDVLVGSSMETLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLLILFFLAFTIHCRKNRIVKMSSPNLNIVTLLGSCLTYSSAYLFGIQDVLVGSSMETLI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 QTRLSMLCIGTSLVFGPILGKSWRLYKVFTQRVPDKRVIIKDLQLLGLVAALLMADVILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QTRLSMLCIGTSLVFGPILGKSWRLYKVFTQRVPDKRVIIKDLQLLGLVAALLMADVILL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 MTWVLTDPIQCLQILSVSMTVTGKDVSCTSTSTHFCASRYSDVWIALIWGCKGLLLLYGA
::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MTWVLTDPIQCLQILSV----TGKDVSCTSTSTHFCASRYSDVWIALIWGCKGLLLLYGA
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 YLAGLTGHVSSPPVNQSLTIMVGVNLLVLAAGLLFVVTRYLHSWPNLVFGLTSGGIFVCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YLAGLTGHVSSPPVNQSLTIMVGVNLLVLAAGLLFVVTRYLHSWPNLVFGLTSGGIFVCT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 TTINCFIFIPQLKQWKAFEEENQTIRRMAKYFSTPNKSFHTQYGEEENCHPRGEKSSMER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TTINCFIFIPQLKQWKAFEEENQTIRRMAKYFSTPNKSFHTQYGEEENCHPRGEKSSMER
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 LLTEKNAVIESLQEQVNNAKEKIVRLMSAECTYDLPEGAAPPASSPNKDVQAVASVHTLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLTEKNAVIESLQEQVNNAKEKIVRLMSAECTYDLPEGAAPPASSPNKDVQAVASVHTLA
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 AAQGPSGHLSDFQNDPGMAARDSQCTSGPSSYAQSLEGPGKDSSFSPGKEEKISDSKDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AAQGPSGHLSDFQNDPGMAARDSQCTSGPSSYAQSLEGPGKDSSFSPGKEEKISDSKDFS
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE9 DHLDSGCSQKPWTEQSLGPERGDQVPMNPSQSLLPDRGGSDPQRQRHLENSEEPPERRSR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DHLDSGCSQKPWTEQSLGPERGDQVPMNPSQSLLPERGGSDPQRQRHLENSEEPPERRSR
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KE9 VSSVIREKLQEVLQDLGLGPEASLSTAPSCHQQTWKNSAAFSPQKMPLSKELGFSPYMVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VSSVIREKLQEVLQDLGLGPEASLSTAPSCHQQTWKNSAAFSPQKMPLSKELGFSPYMVR
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KE9 RRRAAQRARSHFPGSAPSSVGHRANRTVPGAHSRLHVQNGDSPSLAPQTTDSRVRRPSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RRRAAQRARSHFPGSAPSSVGHRANRTVPGAHSRLHVQNGDSPSLAPQTTDSRVRRPSSR
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KE9 KPSLPSDPQDRPGTLEGSKQSQTEPEGARGSKAAFLRQPSGSGRAPSPAAPCLSKASPDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KPSLPSDPQDRPGTLEGSKQSQTEPEGARGSKAAFLRQPSGSGRAPSPAAPCLSKASPDL
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KE9 PEQWQLWPPVPSGCASLSSQHSYFDTESSSSDEFFCRCHRPYCEICFQSSSDSSDSGTSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PEQWQLWPPVPSGCASLSSQHSYFDTESSSSDEFFCRCHRPYCEICFQSSSDSSDSGTSD
720 730 740 750 760 770
790 800 810
pF1KE9 TDPEPTGGLASWEKLWARSKPIVNFKDDLKPTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TDPEPTGGLASWEKLWARSKPIVNFKDDLKPTLV
780 790 800 810
>>CCDS6736.1 GABBR2 gene_id:9568|Hs108|chr9 (941 aa)
initn: 364 init1: 334 opt: 522 Z-score: 369.5 bits: 79.5 E(32554): 2.9e-14
Smith-Waterman score: 524; 26.3% identity (57.2% similar) in 509 aa overlap (42-544:474-941)
20 30 40 50 60 70
pF1KE9 DSFPGQELDRRPLHDLCKTTITSSHHSSKTISSLSPVLLGIVWTFLSCGLLLILFFLAFT
. ..: : .:. .. :... :: :.
CCDS67 AVADTLEIINDTIRFQGSEPPKDKTIILEQLRKISLPLYSILSALTILGMIMASAFLFFN
450 460 470 480 490 500
80 90 100 110 120 130
pF1KE9 IHCRKNRIVKMSSPNLNIVTLLGSCLTYSSAYLFGIQDVLVG-SSMETLIQTRLSMLCIG
:. :.....::::: .: . .::. :.:.: .:::.. .:. ...::: .: .: .:
CCDS67 IKNRNQKLIKMSSPYMNNLIILGGMLSYASIFLFGLDGSFVSEKTFETLCTVRTWILTVG
510 520 530 540 550 560
140 150 160 170 180 190
pF1KE9 TSLVFGPILGKSWRLYKVFTQRVPDKRVIIKDLQLLGLVAALLMADVILLMTWVLTDPIQ
. .:: ...:.::.. .: . : :. :::: .:: .:...:. :. .:. : .::..
CCDS67 YTTAFGAMFAKTWRVHAIF-KNVKMKKKIIKDQKLLVIVGGMLLIDLCILICWQAVDPLR
570 580 590 600 610 620
200 210 220 230 240
pF1KE9 -CLQILSVSMTVTGKDVSCTSTSTHFCASRYSDVWIALIWGCKGLLLLYGAYLAGLTGHV
.. :. .:.:.: : : . . .:...... ::::.:.: .:: : .:
CCDS67 RTVEKYSMEPDPAGRDISIRPLLEH-CENTHMTIWLGIVYAYKGLLMLFGCFLAWETRNV
630 640 650 660 670 680
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 SSPPVNQSLTIMVGVNLLVLAAGLLFVVTRYLHSWPNLVFGLTSGGIFVCTTTINCFIFI
: : .:.: : ..: . . . .:. .. ::. : ... :. :.: :..:.
CCDS67 SIPALNDSKYIGMSVYNVGIMCIIGAAVSFLTRDQPNVQFCIVALVIIFCSTITLCLVFV
690 700 710 720 730 740
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 PQLKQWKAFEEENQTIRRMAKYFSTPNKSFH-TQYGEEENCHPRGEKSSMERLLTEKNAV
:.: :.: .: :. :. :: ..:. . .:... : .
CCDS67 PKLI----------TLRTNPDA-ATQNRRFQFTQNQKKEDSKTSTSVTSVNQASTSR---
750 760 770 780
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 IESLQEQVNNAKEKIVRLMSAECTYDLPEGAAPPASSPNKDVQAVASVHTLAAAQGPSGH
.:.:: . . . ::..: :: : . ..:.: . . . :.
CCDS67 LEGLQSENHRLRMKITEL-----DKDLEEVTMQLQDTPEKTTYIKQNHYQELNDILNLGN
790 800 810 820 830 840
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 LSDFQNDPGMAARDSQCTSGPSSYAQSLEGPGKDSSFSPGKEEKISDSKDFSDHLDSGCS
... ..: : : .. ..:. .. : :.. .. : : .. .:.. :
CCDS67 FTE-STDGGKAILKNHLDQNPQLQWNTTE-PSRTC------KDPIEDINS-PEHIQRRLS
850 860 870 880 890
490 500 510 520 530 540
pF1KE9 -QKPWTEQSLGPERG--DQVPMNPSQSLLPDRGGSDPQRQRHLENSEEPPERRSRVSSVI
: : ... : : : ..: : : ..: :.::. :: : ::..
CCDS67 LQLPILHHAYLPSIGGVDASCVSPCVS--PT---ASP-RHRHV-----PPSFRVMVSGL
900 910 920 930 940
550 560 570 580 590 600
pF1KE9 REKLQEVLQDLGLGPEASLSTAPSCHQQTWKNSAAFSPQKMPLSKELGFSPYMVRRRRAA
>>CCDS4665.1 GABBR1 gene_id:2550|Hs108|chr6 (844 aa)
initn: 218 init1: 179 opt: 429 Z-score: 306.3 bits: 67.6 E(32554): 9.7e-11
Smith-Waterman score: 429; 25.9% identity (56.5% similar) in 386 aa overlap (40-419:465-842)
10 20 30 40 50 60
pF1KE9 LCDSFPGQELDRRPLHDLCKTTITSSHHSSKTISSLSPVLLGIVWTFLSCGLLLILFFLA
::. :: :. : .. : :..: . :.
CCDS46 YYDSTKDDLSWSKTDKWIGGSPPADQTLVIKTFRFLSQKLFISVSVLSSLGIVLAVVCLS
440 450 460 470 480 490
70 80 90 100 110 120
pF1KE9 FTIHCRKNRIVKMSSPNLNIVTLLGSCLTYSSAYLFGIQDVLVGSSMETLI-QTRLSMLC
:.:. . : .. :.:::: .: .: :. .... .:.. .: .. .. :.:: .:
CCDS46 FNIYNSHVRYIQNSQPNLNNLTAVGCSLALAAVFPLGLDGYHIGRNQFPFVCQARLWLLG
500 510 520 530 540 550
130 140 150 160 170 180
pF1KE9 IGTSLVFGPILGKSWRLYKVFTQRVPDK--RVIIKDLQLLGLVAALLMADVILLMTWVLT
.: :: .: .. : : .. :::.. : : .. .: . :. :. ::. : : ..
CCDS46 LGFSLGYGSMFTKIWWVHTVFTKKEEKKEWRKTLEPWKLYATVGLLVGMDVLTLAIWQIV
560 570 580 590 600 610
190 200 210 220 230 240
pF1KE9 DPIQ-CLQILSVSMTVTGKDVSCTSTSTHFCASRYSDVWIALIWGCKGLLLLYGAYLAGL
::.. .. .. ::: : :.:: ..:.....: :::::: : .::
CCDS46 DPLHRTIETFAKEEPKEDIDVSILPQLEH-CSSRKMNTWLGIFYGYKGLLLLLGIFLAYE
620 630 640 650 660 670
250 260 270 280 290 300
pF1KE9 TGHVSSPPVNQSLTIMVGVNLLVLAAGLLFVVTRYLHSWPNLVFGLTSGGIFVCTTTINC
: ::. .:. .. ... ... . :: : : . .:...: .: .
CCDS46 TKSVSTEKINDHRAVGMAIYNVAVLCLITAPVTMILSSQQDAAFAFASLAIVFSSYITLV
680 690 700 710 720 730
310 320 330 340 350 360
pF1KE9 FIFIPQLKQWKAFEEENQTIRRMAKYFSTPNKSFHTQYGEEENCHPRGEKSSMERLLTEK
.:.:.... . : .. . : :. :.. ::.. . :. .:....::
CCDS46 VLFVPKMRRLITRGEWQSEAQDTMKTGSSTNNNE-----EEKSRLLEKENRELEKIIAEK
740 750 760 770 780
370 380 390 400 410 420
pF1KE9 NAVIESLQEQVNNAKEKIVRLMSAECTYDLPEGAAP--PASSPNKDVQAVASVHTLAAAQ
. . :..:... .. .: : : :. : : :.. . :: :
CCDS46 EERVSELRHQLQSRQQ--LRSRRHPPTPPEPSGGLPRGPPEPPDRLSCDGSRVHLLYK
790 800 810 820 830 840
430 440 450 460 470 480
pF1KE9 GPSGHLSDFQNDPGMAARDSQCTSGPSSYAQSLEGPGKDSSFSPGKEEKISDSKDFSDHL
814 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 03:52:12 2016 done: Mon Nov 7 03:52:12 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]