Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6783
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6783, 610 aa
1>>>pF1KE6783 610 - 610 aa - 610 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7610+/-0.000329; mu= 12.7436+/- 0.021
mean_var=111.3079+/-22.975, 0's: 0 Z-trim(118.1): 286 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.121566
statistics sampled from 30320 (30667) to 30320 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.36), width: 16
Scan time: 8.970
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_542775 (OMIM: 300723) synaptotagmin-like protei ( 671) 750 142.5 4.3e-33
XP_011529370 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagm ( 671) 750 142.5 4.3e-33
XP_016885460 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagm ( 671) 750 142.5 4.3e-33
XP_005262286 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagm ( 671) 750 142.5 4.3e-33
NP_001123368 (OMIM: 300723) synaptotagmin-like pro ( 671) 750 142.5 4.3e-33
NP_001167539 (OMIM: 300723) synaptotagmin-like pro ( 671) 750 142.5 4.3e-33
XP_016885459 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagm ( 676) 707 135.0 8.1e-31
XP_016885458 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagm ( 676) 707 135.0 8.1e-31
XP_016885456 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagm ( 676) 707 135.0 8.1e-31
XP_016885457 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagm ( 676) 707 135.0 8.1e-31
XP_016885455 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagm ( 676) 707 135.0 8.1e-31
XP_016873427 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 862) 481 95.4 8.5e-19
NP_116561 (OMIM: 612880) synaptotagmin-like protei ( 910) 481 95.4 8.8e-19
XP_005274120 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 911) 481 95.4 8.8e-19
XP_011543416 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 365) 471 93.4 1.4e-18
NP_996813 (OMIM: 612880) synaptotagmin-like protei ( 365) 471 93.4 1.4e-18
XP_005274124 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 376) 471 93.5 1.4e-18
NP_996812 (OMIM: 612880) synaptotagmin-like protei ( 376) 471 93.5 1.4e-18
XP_016873429 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 429) 471 93.5 1.6e-18
XP_016873428 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 445) 471 93.5 1.7e-18
XP_005274123 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 894) 473 94.0 2.3e-18
XP_011543417 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 325) 465 92.4 2.7e-18
XP_011543418 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 325) 465 92.4 2.7e-18
NP_001156424 (OMIM: 612880) synaptotagmin-like pro ( 336) 465 92.4 2.7e-18
NP_001276539 (OMIM: 612880) synaptotagmin-like pro ( 336) 465 92.4 2.7e-18
XP_016873426 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 876) 471 93.7 2.9e-18
NP_001276537 (OMIM: 612880) synaptotagmin-like pro ( 902) 471 93.7 3e-18
XP_011543410 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2199) 477 95.0 3e-18
XP_005274119 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 924) 471 93.7 3e-18
NP_001156423 (OMIM: 612880) synaptotagmin-like pro ( 934) 471 93.7 3e-18
NP_001156425 (OMIM: 612880) synaptotagmin-like pro ( 935) 471 93.7 3e-18
XP_005274118 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 950) 471 93.7 3.1e-18
XP_005274117 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm ( 951) 471 93.7 3.1e-18
XP_016873422 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2222) 474 94.4 4.3e-18
XP_005274114 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2223) 474 94.4 4.3e-18
XP_016873425 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2096) 471 93.9 5.9e-18
XP_016873424 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2171) 471 93.9 6.1e-18
XP_011543411 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2190) 471 93.9 6.1e-18
XP_016873423 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2211) 471 93.9 6.2e-18
XP_011543409 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2212) 471 93.9 6.2e-18
XP_011543408 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2238) 471 93.9 6.2e-18
XP_011543407 (OMIM: 612880) PREDICTED: synaptotagm (2239) 471 93.9 6.2e-18
NP_001180237 (OMIM: 608042) synaptotagmin-like pro ( 562) 430 86.4 2.9e-16
XP_005246079 (OMIM: 608042) PREDICTED: synaptotagm ( 594) 430 86.4 3.1e-16
NP_116261 (OMIM: 608042) synaptotagmin-like protei ( 550) 412 83.2 2.6e-15
XP_006711053 (OMIM: 608042) PREDICTED: synaptotagm ( 582) 412 83.2 2.7e-15
XP_006711054 (OMIM: 608042) PREDICTED: synaptotagm ( 355) 310 65.2 4.3e-10
NP_001271353 (OMIM: 611790) rab effector MyRIP iso ( 794) 285 61.0 1.8e-08
XP_011531877 (OMIM: 611790) PREDICTED: rab effecto ( 859) 285 61.0 1.9e-08
NP_001271352 (OMIM: 611790) rab effector MyRIP iso ( 859) 285 61.0 1.9e-08
>>NP_542775 (OMIM: 300723) synaptotagmin-like protein 4 (671 aa)
initn: 992 init1: 417 opt: 750 Z-score: 715.1 bits: 142.5 E(85289): 4.3e-33
Smith-Waterman score: 1028; 32.8% identity (62.0% similar) in 664 aa overlap (19-609:19-660)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAQEIDLSALKELEREAILQVLYRDQAVQNTEEERTRKLKTHLQHLRWKGAKNTDWEHKE
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NP_542 MSELLDLSFLSEEEKDLILSVLQRDEEVRKADEKRIRRLKNELLEIKRKGAKRGSQHYSD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 KCCARCQQVLGFLLHRGAVCRGCSHRVCAQCRVFLRGTHAWKCTVCFEDRNVKIKTGEWF
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NP_542 RTCARCQESLGRLSPKTNTCRGCNHLVCRDCRI-QESNGTWRCKVCAKEIELKKATGDWF
70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KE6 YEERAKKF----------------PTGGKHETVGGQLLQSYQKLSKISVVPPTPPPVSES
:......: :. .:.:::: .::.. : .. . : ..:
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: . :. : : .... ....: :: . . : :. : ... :. .. .
NP_542 Q--KEPSVLFEVPKLKSGKSALEAESESLDSFTADSDSTSRRDSLDKSGLFPEWKKMSAP
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230 240 250
pF1KE6 -GQTERRSQ--SDTAVNV---------TTRKVSAP-------------DILKPLNQEDPK
.:.:...: ....: : .:::. : :... .. .
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260 270 280 290 300
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.. : : ..... .. : :.. ::. ::..:: : : :.
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430 440 450 460 470
pF1KE6 EDSTTQSFRWHPLRAK-AEKYEDSVPQSNGELTVRAKLVLPSR-P----RKLQEAQEGTD
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NP_542 DKKLDHCL---PLHGKISAESPTGLPSHKGELVVSLKYIPASKTPVGGDRKKSKGGEG--
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pF1KE6 QPSLHGQLCLVVLGAKNLPV-RPDGTLNSFVKGCLTLPDQQKL-RLKSPVLRKQACPQWK
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540 550 560 570 580
pF1KE6 HSFVFSGVTPAQLRQSSLELTVWDQALFGMNDRLLGGTRLG-----SKGDTAVGGDACSQ
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NP_542 HTFVYNGVRLEDLQHMCLELTVWDREPLASND-FLGGVRLGVGTGISNGEVVDWMDSTGE
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pF1KE6 SKLQWQKVLSSPNLWTDMTLVLH
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NP_542 EVSLWQKMRQYPGSWAEGTLQLRSSMAKQKLGL
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>>XP_011529370 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagmin-l (671 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAQEIDLSALKELEREAILQVLYRDQAVQNTEEERTRKLKTHLQHLRWKGAKNTDWEHKE
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pF1KE6 SKLQWQKVLSSPNLWTDMTLVLH
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XP_011 EVSLWQKMRQYPGSWAEGTLQLRSSMAKQKLGL
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>>XP_016885460 (OMIM: 300723) PREDICTED: synaptotagmin-l (671 aa)
initn: 992 init1: 417 opt: 750 Z-score: 715.1 bits: 142.5 E(85289): 4.3e-33
Smith-Waterman score: 1028; 32.8% identity (62.0% similar) in 664 aa overlap (19-609:19-660)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAQEIDLSALKELEREAILQVLYRDQAVQNTEEERTRKLKTHLQHLRWKGAKNTDWEHKE
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pF1KE6 KCCARCQQVLGFLLHRGAVCRGCSHRVCAQCRVFLRGTHAWKCTVCFEDRNVKIKTGEWF
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XP_016 RTCARCQESLGRLSPKTNTCRGCNHLVCRDCRI-QESNGTWRCKVCAKEIELKKATGDWF
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pF1KE6 YEERAKKF----------------PTGGKHETVGGQLLQSYQKLSKISVVPPTPPPVSES
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XP_016 Q--KEPSVLFEVPKLKSGKSALEAESESLDSFTADSDSTSRRDSLDKSGLFPEWKKMSAP
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pF1KE6 -GQTERRSQ--SDTAVNV---------TTRKVSAP-------------DILKPLNQEDPK
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XP_016 KSQVEKETQPGGQNVVFVDEGEMIFKKNTRKILRPSEYTKSVIDLRPEDVVHESGSLGDR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]