Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6770
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6770, 555 aa
1>>>pF1KE6770 555 - 555 aa - 555 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3610+/-0.000889; mu= 18.7207+/- 0.053
mean_var=69.9219+/-13.709, 0's: 0 Z-trim(106.3): 25 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.153380
statistics sampled from 8919 (8932) to 8919 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 2.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9469.1 GPC6 gene_id:10082|Hs108|chr13 ( 555) 3741 837.1 0
CCDS14637.1 GPC4 gene_id:2239|Hs108|chrX ( 556) 2422 545.2 7.4e-155
CCDS5689.1 GPC2 gene_id:221914|Hs108|chr7 ( 579) 1565 355.6 9.4e-98
CCDS2534.1 GPC1 gene_id:2817|Hs108|chr2 ( 558) 1320 301.4 1.9e-81
CCDS9468.1 GPC5 gene_id:2262|Hs108|chr13 ( 572) 756 176.6 7.2e-44
CCDS14638.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 580) 687 161.3 2.9e-39
CCDS55496.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 603) 569 135.2 2.1e-31
CCDS55495.1 GPC3 gene_id:2719|Hs108|chrX ( 526) 558 132.8 1e-30
>>CCDS9469.1 GPC6 gene_id:10082|Hs108|chr13 (555 aa)
initn: 3741 init1: 3741 opt: 3741 Z-score: 4471.0 bits: 837.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3741; 100.0% identity (100.0% similar) in 555 aa overlap (1-555:1-555)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPSWIGAVILPLLGLLLSLPAGADVKARSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIAGEHLRIC
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CCDS94 MPSWIGAVILPLLGLLLSLPAGADVKARSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIAGEHLRIC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 PQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELLENAEKSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 PQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELLENAEKSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 NDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMFQLINPQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 NDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMFQLINPQY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 HFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANRVSKVSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 HFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANRVSKVSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 TPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDAMLLVAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 TPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDAMLLVAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 RLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSAPENF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 RLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSAPENF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 NTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 NTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 ECWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 ECWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 NDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 NDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLS
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE6 WSLTCIVLALQRLCR
:::::::::::::::
CCDS94 WSLTCIVLALQRLCR
550
>>CCDS14637.1 GPC4 gene_id:2239|Hs108|chrX (556 aa)
initn: 2398 init1: 1676 opt: 2422 Z-score: 2893.6 bits: 545.2 E(32554): 7.4e-155
Smith-Waterman score: 2422; 64.5% identity (86.1% similar) in 546 aa overlap (9-552:9-553)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPSWIGAVILPLLGLLLSLPAGADVKARSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIAGEHLRIC
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CCDS14 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLKIC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 PQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELLENAEKSL
:: :::. :::.: : ::: .:...: : . ....:.::.:::::::.::::::::::
CCDS14 PQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEKSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 NDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMFQLINPQY
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CCDS14 NDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNSQY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 HFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANRVSKVSP
::...:::::::::.:::::::::::::.::::::.:::::.:::.:. .:...:: :.:
CCDS14 HFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSKVSVVNP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 TPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDAMLLVAE
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CCDS14 TAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDAMLMVAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE6 RLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSAPEN-
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CCDS14 RLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISRSISESA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 FNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAGTSNE
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CCDS14 FSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAGNGNE
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 EECWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYN
..::::..:.::: . ..::.:: :::::.:: ..:: .: .:::::::::.:.:::::
CCDS14 DDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMTSKMKNAYN
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 GNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLL
::::.: : :::::: :::::: . ::.::.. .:. . . ... .::.... : .
CCDS14 GNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEK-ADSAGVRPGAQAY
490 500 510 520 530
540 550
pF1KE6 SWSLTCIV-LALQRLCR
.. ::. :..::
CCDS14 LLTVFCILFLVMQREWR
540 550
>>CCDS5689.1 GPC2 gene_id:221914|Hs108|chr7 (579 aa)
initn: 1066 init1: 593 opt: 1565 Z-score: 1868.5 bits: 355.6 E(32554): 9.4e-98
Smith-Waterman score: 1565; 45.5% identity (77.0% similar) in 508 aa overlap (11-504:6-511)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MPSWIGAVILPLLGLLLSL-PA-----GADVKA-RSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIA
::: ::: : :. :...:. :::.:.::. ::.:.:: :: :.
CCDS56 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALIS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GEHLRICPQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELL
:::::.::::::::..: :..: .... :..:::... :. :...::.:::::: :.:
CCDS56 GEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEML
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 ENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMF
:..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .: .. .:.. : ::::.::::.:
CCDS56 SVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE6 QLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGR
:..::: : ::: :.:. :: .:.:::: ::.:..:.::...:::.::::: .::
CCDS56 PLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 EVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWN
.:.... :: . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..:::.... :. .:.
CCDS56 NVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 LFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPA
..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.::: :: : :.::
CCDS56 NYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 LRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTIC
:. :. : :. . . . ::::::::::.: ::: ...:.: . :. : :.:
CCDS56 -RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVC
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 KDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMA
: ..: .: : ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: . ::. :.. .
CCDS56 GDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQ
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE6 LRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRRE
::. : ..:.: :.:.. ::.....::::.:. ::
CCDS56 LRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRD
480 490 500 510 520 530
530 540 550
pF1KE6 VDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
CCDS56 GSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
540 550 560 570
>>CCDS2534.1 GPC1 gene_id:2817|Hs108|chr2 (558 aa)
initn: 1719 init1: 1204 opt: 1320 Z-score: 1575.7 bits: 301.4 E(32554): 1.9e-81
Smith-Waterman score: 1766; 49.1% identity (80.3% similar) in 503 aa overlap (4-506:9-499)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MPSWIGAVILPLLGLLLSLPAGADVKARSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIAGE
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CCDS25 MELRARGWWLLCAAAALVACARGDPAS---KSRSCGEVRQIYGAKGFSLSDVPQAEISGE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 HLRICPQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELLEN
::::::: :::::.:::..:...:. :.:. ....:. ... .... ..::. :..::..
CCDS25 HLRICPQGYTCCTSEMEENLANRSHAELETALRDSSRVLQAMLATQLRSFDDHFQHLLND
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 AEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMFQL
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CCDS25 SERTLQATFPGAFGELYTQNARAFRDLYSELRLYYRGANLHLEETLAEFWARLLERLFKQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 INPQYHFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANRV
..:: . .:::.:..: .. :.:::..::.:....::::.:::.::::: :. .:. .:
CCDS25 LHPQLLLPDDYLDCLGKQAEALRPFGEAPRELRLRATRAFVAARSFVQGLGVASDVVRKV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 SKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDAM
..: : : ::.::..:: .: :.: .::: .:: ::.:::::::::::.:: ..:.:
CCDS25 AQVPLGPECSRAVMKLVYCAHCLGVPGARPCPDYCRNVLKGCLANQADLDAEWRNLLDSM
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 LLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARS
.:..... : ..:::. . . ..::: .:.: ..:::.::::.:: :
CCDS25 VLITDKFWGTSGVESVIGSVHTWLAEAINALQDNRDTLTAKVIQGCGNPKVNP----QGP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 APENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAG
.::. : . :.::: . :: :..::.. : .:. . : .:: :.:. :... .
CCDS25 GPEEKRRRGK-LAPRERPPS--GT-LEKLVSEAKAQLRDVQDFWISLPGTLCS-EKMALS
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 TSNEEECWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLK
:.....:::: ...:::::.:.:::.::::::::.::::.:: :::::: :..:::.:.
CCDS25 TASDDRCWNGMARGRYLPEVMGDGLANQINNPEVEVDITKPDMTIRQQIMQLKIMTNRLR
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 NAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRG
.:::::::.:::.::..::::::.::.::.:
CCDS25 SAYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSSSSRTPLTHALPGLSEQEGQK
470 480 490 500 510 520
540 550
pF1KE6 HSLLSWSLTCIVLALQRLCR
CCDS25 TSAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR
530 540 550
>>CCDS9468.1 GPC5 gene_id:2262|Hs108|chr13 (572 aa)
initn: 654 init1: 427 opt: 756 Z-score: 901.1 bits: 176.6 E(32554): 7.2e-44
Smith-Waterman score: 758; 26.0% identity (61.6% similar) in 562 aa overlap (15-550:14-564)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MPSWIGAVILPLLGLLLSLPAGADVKA-RSCGEVRQAYGAKGF-SLADIPYQEIAGEHLR
:::.: ..: .. ..: :::. . . . .. .: . :: :.
CCDS94 MDAQTWPVGFRCLLLLALVGSARSEGVQTCEEVRKLFQWRLLGAVRGLPDSPRAGPDLQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 IC-PQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKK-FDEFFRELLENA
.: .. :::: .::.. . .. ....... .: .. ..::. :.: .. :...:
CCDS94 VCISKKPTCCTRKMEERYQIAARQDMQQFLQTSSSTLKF-LISRNAAAFQETLETLIKQA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 EKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMF-QL
:. . .: :: . .. . :..::.. : :..:: ::..: :. :. .. .:
CCDS94 ENYTSILFCSTYRNMALEAAASVQEFFTDVGLYLFGADVNPEEFVNRFFDSLFPLVYNHL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 INPQY-HFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANR
::: : .: ::. ...:::..:... :. :... .:::.:.:..: :: :
CCDS94 INPGVTDSSLEYSECIRMARRDVSPFGNIPQRVMGQMGRSLLPSRTFLQALNLGIEVINT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 VSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDA
.. . . : :::.:: :::.:.:: ..:: .::::::.::::..:.:. .:. .: .
CCDS94 TDYLHFSKECSRALLKMQYCPHCQGLALTKPCMGYCLNVMRGCLAHMAELNPHWHAYIRS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 MLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSAR
. ... ..: ..: :. . . ...:... . :.... .: . ::.: .:.
CCDS94 LEELSDAMHGTYDIGHVLLNFHLLVNDAVLQAHLNGQKLLEQVNRICGRP-----VRTPT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 SAPENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTA
..:. . . . . : . .: .. ..:.: .. ...: .: .: ..:
CCDS94 QSPRCSFDQSKEKHGMKTTTRNSEETLANRRKEFINSLRLYRSFYGGLADQLCANELAAA
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 GTSNEEECWNGHSKAR-YLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRP--DTFIRQQIMALRVMT
. ::::.. .. : .....:. : .:::: : : . .: . .....
CCDS94 ---DGLPCWNGEDIVKSYTQRVVGNGIKAQSGNPEVKVKGIDPVINQIIDKLKHVVQLLQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510
pF1KE6 NK--------LKNAYNGNDVNFQ---DTSDESSGSGSGSGC------MDDVCPTEFEFVT
.. : . .:. . : : .::.. .::::: . : : ...:
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