Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6736
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6736, 1575 aa
1>>>pF1KE6736 1575 - 1575 aa - 1575 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8297+/-0.00142; mu= 9.0619+/- 0.085
mean_var=320.7116+/-62.802, 0's: 0 Z-trim(111.0): 130 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.071617
statistics sampled from 11900 (12020) to 11900 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.369), width: 16
Scan time: 4.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6938.1 LAMC3 gene_id:10319|Hs108|chr9 (1575) 11207 1173.8 0
CCDS1351.1 LAMC1 gene_id:3915|Hs108|chr1 (1609) 4544 485.4 6.4e-136
CCDS44285.1 LAMC2 gene_id:3918|Hs108|chr1 (1111) 2061 228.6 8.6e-59
CCDS1352.1 LAMC2 gene_id:3918|Hs108|chr1 (1193) 2061 228.7 9e-59
CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17 ( 604) 1376 157.5 1.2e-37
CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798) 1153 135.1 2e-30
CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7 (1786) 1144 134.1 3.9e-30
CCDS45838.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18 (3277) 1112 131.1 5.6e-29
CCDS42419.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18 (3333) 1112 131.2 5.7e-29
CCDS33502.1 LAMA5 gene_id:3911|Hs108|chr20 (3695) 1109 130.9 7.5e-29
CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 (1761) 1084 127.9 2.8e-28
CCDS10469.1 NTN3 gene_id:4917|Hs108|chr16 ( 580) 1042 123.0 2.8e-27
CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1 (1172) 827 101.2 2.1e-20
CCDS1516.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (1546) 641 82.1 1.6e-14
CCDS31025.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (5202) 641 82.7 3.3e-14
CCDS33068.1 NTN5 gene_id:126147|Hs108|chr19 ( 489) 553 72.4 4.1e-12
CCDS43491.1 LAMA4 gene_id:3910|Hs108|chr6 (1823) 545 72.2 1.7e-11
CCDS34514.1 LAMA4 gene_id:3910|Hs108|chr6 (1816) 536 71.3 3.2e-11
CCDS10213.2 MEGF11 gene_id:84465|Hs108|chr15 (1044) 527 70.1 4.3e-11
>>CCDS6938.1 LAMC3 gene_id:10319|Hs108|chr9 (1575 aa)
initn: 11207 init1: 11207 opt: 11207 Z-score: 6274.4 bits: 1173.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 11207; 100.0% identity (100.0% similar) in 1575 aa overlap (1-1575:1-1575)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAAAALLLGLALLAPRAAGAGMGACYDGAGRPQRCLPVFENAAFGRLAQASHTCGSPPED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 MAAAALLLGLALLAPRAAGAGMGACYDGAGRPQRCLPVFENAAFGRLAQASHTCGSPPED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 FCPHVGAAGAGAHCQRCDAADPQRHHNASYLTDFHSQDESTWWQSPSMAFGVQYPTSVNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 FCPHVGAAGAGAHCQRCDAADPQRHHNASYLTDFHSQDESTWWQSPSMAFGVQYPTSVNI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 TLRLGKAYEITYVRLKFHTSRPESFAIYKRSRADGPWEPYQFYSASCQKTYGRPEGQYLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 TLRLGKAYEITYVRLKFHTSRPESFAIYKRSRADGPWEPYQFYSASCQKTYGRPEGQYLR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 PGEDERVAFCTSEFSDISPLSGGNVAFSTLEGRPSAYNFEESPGLQEWVTSTELLISLDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 PGEDERVAFCTSEFSDISPLSGGNVAFSTLEGRPSAYNFEESPGLQEWVTSTELLISLDR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 LNTFGDDIFKDPKVLQSYYYAVSDFSVGGRCKCNGHASECGPDVAGQLACRCQHNTTGTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 LNTFGDDIFKDPKVLQSYYYAVSDFSVGGRCKCNGHASECGPDVAGQLACRCQHNTTGTD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 CERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRSEECTFDRELFRSTGHGGRCHHCRDHTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 CERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRSEECTFDRELFRSTGHGGRCHHCRDHTA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 GPHCERCQENFYHWDPRMPCQPCDCQSAGSLHLQCDDTGTCACKPTVTGWKCDRCLPGFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 GPHCERCQENFYHWDPRMPCQPCDCQSAGSLHLQCDDTGTCACKPTVTGWKCDRCLPGFH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 SLSEGGCRPCTCNPAGSLDTCDPRSGRCPCKENVEGNLCDRCRPGTFNLQPHNPAGCSSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 SLSEGGCRPCTCNPAGSLDTCDPRSGRCPCKENVEGNLCDRCRPGTFNLQPHNPAGCSSC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 FCYGHSKVCASTAQFQVHHILSDFHQGAEGWWARSVGGSEHPPQWSPNGVLLSPEDEEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 FCYGHSKVCASTAQFQVHHILSDFHQGAEGWWARSVGGSEHPPQWSPNGVLLSPEDEEEL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 TAPEKFLGDQRFSYGQPLILTFRVPPGDSPLPVQLRLEGTGLALSLRHSSLSGPQDAGHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 TAPEKFLGDQRFSYGQPLILTFRVPPGDSPLPVQLRLEGTGLALSLRHSSLSGPQDAGHP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 REVELRFHLQETSEDVAPPLPPFHFQRLLANLTSLRLRVSPGPSPAGPVFLTEVRLTSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 REVELRFHLQETSEDVAPPLPPFHFQRLLANLTSLRLRVSPGPSPAGPVFLTEVRLTSAR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 PGLSPPASWVEICSCPTGYTGQFCESCAPGYKREMPQGGPYASCVPCTCNQHGTCDPNTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 PGLSPPASWVEICSCPTGYTGQFCESCAPGYKREMPQGGPYASCVPCTCNQHGTCDPNTG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 ICVCSHHTEGPSCERCLPGFYGNPFAGQADDCQPCPCPGQSACTTIPESREVVCTHCPPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 ICVCSHHTEGPSCERCLPGFYGNPFAGQADDCQPCPCPGQSACTTIPESREVVCTHCPPG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 QRGRRCEVCDDGFFGDPLGLFGHPQPCHQCQCSGNVDPNAVGNCDPLSGHCLRCLHNTTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 QRGRRCEVCDDGFFGDPLGLFGHPQPCHQCQCSGNVDPNAVGNCDPLSGHCLRCLHNTTG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE6 DHCEHCQEGFYGSALAPRPADKCMPCSCHPQGSVSEQMPCDPVTGQCSCLPHVTARDCSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 DHCEHCQEGFYGSALAPRPADKCMPCSCHPQGSVSEQMPCDPVTGQCSCLPHVTARDCSR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE6 CYPGFFDLQPGRGCRSCKCHPLGSQEDQCHPKTGQCTCRPGVTGQACDRCQLGFFGFSIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 CYPGFFDLQPGRGCRSCKCHPLGSQEDQCHPKTGQCTCRPGVTGQACDRCQLGFFGFSIK
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE6 GCRACRCSPLGAASAQCHENGTCVCRPGFEGYKCDRCHDNFFLTADGTHCQQCPSCYALV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 GCRACRCSPLGAASAQCHENGTCVCRPGFEGYKCDRCHDNFFLTADGTHCQQCPSCYALV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE6 KEEAAKLKARLTLTEGWLQGSDCGSPWGPLDILLGEAPRGDVYQGHHLLPGAREAFLEQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 KEEAAKLKARLTLTEGWLQGSDCGSPWGPLDILLGEAPRGDVYQGHHLLPGAREAFLEQM
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE6 MSLEGAVKAAREQLQRLNKGARCAQAGSQKTCTQLADLEAVLESSEEEILHAAAILASLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 MSLEGAVKAAREQLQRLNKGARCAQAGSQKTCTQLADLEAVLESSEEEILHAAAILASLE
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE6 IPQEGPSQPTKWSHLATEARALARSHRDTATKIAATAWRALLASNTSYALLWNLLEGRVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 IPQEGPSQPTKWSHLATEARALARSHRDTATKIAATAWRALLASNTSYALLWNLLEGRVA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE6 LETQRDLEDRYQEVQAAQKALRTAVAEVLPEAESVLATVQQVGADTAPYLALLASPGALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 LETQRDLEDRYQEVQAAQKALRTAVAEVLPEAESVLATVQQVGADTAPYLALLASPGALP
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE6 QKSRAEDLGLKAKALEKTVASWQHMATEAARTLQTAAQATLRQTEPLTKLHQEARAALTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 QKSRAEDLGLKAKALEKTVASWQHMATEAARTLQTAAQATLRQTEPLTKLHQEARAALTQ
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE6 ASSSVQAATVTVMGARTLLADLEGMKLQFPRPKDQAALQRKADSVSDRLLADTRKKTKQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 ASSSVQAATVTVMGARTLLADLEGMKLQFPRPKDQAALQRKADSVSDRLLADTRKKTKQA
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KE6 ERMLGNAAPLSSSAKKKGREAEVLAKDSAKLAKALLRERKQAHRRASRLTSQTQATLQQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 ERMLGNAAPLSSSAKKKGREAEVLAKDSAKLAKALLRERKQAHRRASRLTSQTQATLQQA
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KE6 SQQVLASEARRQELEEAERVGAGLSEMEQQIRESRISLEKDIETLSELLARLGSLDTHQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 SQQVLASEARRQELEEAERVGAGLSEMEQQIRESRISLEKDIETLSELLARLGSLDTHQA
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KE6 PAQALNETQWALERLRLQLGSPGSLQRKLSLLEQESQQQELQIQGFESDLAEIRADKQNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 PAQALNETQWALERLRLQLGSPGSLQRKLSLLEQESQQQELQIQGFESDLAEIRADKQNL
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570
pF1KE6 EAILHSLPENCASWQ
:::::::::::::::
CCDS69 EAILHSLPENCASWQ
1570
>>CCDS1351.1 LAMC1 gene_id:3915|Hs108|chr1 (1609 aa)
initn: 4371 init1: 2442 opt: 4544 Z-score: 2553.7 bits: 485.4 E(32554): 6.4e-136
Smith-Waterman score: 4884; 44.2% identity (71.9% similar) in 1598 aa overlap (10-1571:21-1600)
10 20 30 40
pF1KE6 MAAAALLLGLALLAPRAAG----AGMGACYDGAGRPQRCLPVFENAAFG
::.:: ::. :.: : : .::::::.: : ::::.
CCDS13 MRGSHRAAPALRPRGRLWPVLAVLAAAAAAGCAQAAMDECTDEGGRPQRCMPEFVNAAFN
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 RLAQASHTCGSPPEDFCPHVGAAGAGAHCQRCDAADPQRHHNASYLTDFHSQDESTWWQS
. :..:::.:::..: ..:..:. :. :::..:. .:.:..:::...: ..:::::
CCDS13 VTVVATNTCGTPPEEYCVQTGVTGVTKSCHLCDAGQPHLQHGAAFLTDYNNQADTTWWQS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 PSMAFGVQYPTSVNITLRLGKAYEITYVRLKFHTSRPESFAIYKRSRADGPWEPYQFYSA
.: :::::.:.:.::.::::..:::::::::::::::::::::.: :::: :::.::.
CCDS13 QTMLAGVQYPSSINLTLHLGKAFDITYVRLKFHTSRPESFAIYKRTREDGPWIPYQYYSG
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 SCQKTYGRPEGQYLRPGEDERVAFCTSEFSDISPLSGGNVAFSTLEGRPSAYNFEESPGL
::..::.. . ..: : ::. :.::.::::::::.::::::::::::::::::..:: :
CCDS13 SCENTYSKANRGFIRTGGDEQQALCTDEFSDISPLTGGNVAFSTLEGRPSAYNFDNSPVL
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 QEWVTSTELLISLDRLNTFGDDIFKDPKVLQSYYYAVSDFSVGGRCKCNGHASECGPDVA
:::::.:.. ..:.:::::::..:.:::::.:::::.:::.:::::::::::::: .
CCDS13 QEWVTATDIRVTLNRLNTFGDEVFNDPKVLKSYYYAISDFAVGGRCKCNGHASECMKNEF
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 GQLACRCQHNTTGTDCERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRSEECTFDRELFRS
.:.: :.::: :.:::.:::::.:::: :.:::.: :::::.:.:::.:: :: ::.::
CCDS13 DKLVCNCKHNTYGVDCEKCLPFFNDRPWRRATAESASECLPCDCNGRSQECYFDPELYRS
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 TGHGGRCHHCRDHTAGPHCERCQENFYHWDPRMPCQPCDCQSAGSLHLQCDDTGTCACKP
:::::.: .:.:.: : :::::.:::.. :. : :. .::: :::. : :.:::
CCDS13 TGHGGHCTNCQDNTDGAHCERCRENFFRLGNNEACSSCHCSPVGSLSTQCDSYGRCSCKP
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 TVTGWKCDRCLPGFHSLSEGGCRPCTCNPAGSLDTCDPRSGRCPCKENVEGNLCDRCRPG
: : ::::: ::::::.:.:::::.:.:.::.: :. ..::: ::.:::: :.::.::
CCDS13 GVMGDKCDRCQPGFHSLTEAGCRPCSCDPSGSIDECNIETGRCVCKDNVEGFNCERCKPG
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KE6 TFNLQPHNPAGCSSCFCYGHSKVCASTAQFQVHHILSDFHQGAEGWWARSVGGSEHPPQW
:::. :: ::. :::.:::.::.... ..:. : : :. .:: :.. ::: .:
CCDS13 FFNLESSNPRGCTPCFCFGHSSVCTNAVGYSVYSISSTFQIDEDGWRAEQRDGSEASLEW
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KE6 SPN----GVLLSPEDEEELTAPEKFLGDQRFSYGQPLILTFRVPPGDSPLPVQ-LRLEGT
: . .:. . . . :: :::: : .:::: : ..::: :. : .. : :::.
CCDS13 SSERQDIAVISDSYFPRYFIAPAKFLGKQVLSYGQNLSFSFRVDRRDTRLSAEDLVLEGA
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630
pF1KE6 GLALSLRHSSLSGPQDAGHPREVELR--FHLQETSE-DVAPPLPPFHFQRLLANLTSLRL
:: .:. . : ..: :. .. :.:.:... : : ::.::.:: ::::...
CCDS13 GLRVSVPLIA----QGNSYPSETTVKYVFRLHEATDYPWRPALTPFEFQKLLNNLTSIKI
610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KE6 RVSPGPSPAGPVFLTEVRLTSARPGLSPPASWVEICSCPTGYTGQFCESCAPGYKREMPQ
: . . :: .: .: :.::::: . ::.::: :.::.:: ::::: : ::.:: :.
CCDS13 RGTYSERSAG--YLDDVTLASARPGPGVPATWVESCTCPVGYGGQFCEMCLSGYRRETPN
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740 750
pF1KE6 GGPYASCVPCTCNQHG-TCDPNTGICVCSHHTEGPSCERCLPGFYGNPFAGQADDCQPCP
:::. :: :.:: :. ::::.::.: : .: :: ::.: :.::. :: ..::::::
CCDS13 LGPYSPCVLCACNGHSETCDPETGVCNCRDNTAGPHCEKCSDGYYGDSTAGTSSDCQPCP
720 730 740 750 760 770
760 770 780 790 800 810
pF1KE6 CPGQSACTTIPESREVVCTHCPPGQRGRRCEVCDDGFFGDPLGLFGHPQPCHQCQCSGNV
::: :.:...:...:::::.:: : :.:::.::::.:::::: : . :. :::: :.
CCDS13 CPGGSSCAVVPKTKEVVCTNCPTGTTGKRCELCDDGYFGDPLGRNGPVRLCRLCQCSDNI
780 790 800 810 820 830
820 830 840 850 860 870
pF1KE6 DPNAVGNCDPLSGHCLRCLHNTTGDHCEHCQEGFYGSALAPRPADKCMPCSCHPQGSVSE
::::::::. :.:.::.:..::.: .:..:..::.:. ::: ::::: :.:. :....
CCDS13 DPNAVGNCNRLTGECLKCIYNTAGFYCDRCKDGFFGNPLAPNPADKCKACNCNLYGTMKQ
840 850 860 870 880 890
880 890 900 910 920 930
pF1KE6 QMPCDPVTGQCSCLPHVTARDCSRCYPGFFDLQPGRGCRSCKCHPLGSQEDQCHPKTGQC
: :.:::::: ::::::..::. : :::..:: :.::. : :: ::: . :: .::::
CCDS13 QSSCNPVTGQCECLPHVTGQDCGACDPGFYNLQSGQGCERCDCHALGSTNGQCDIRTGQC
900 910 920 930 940 950
940 950 960 970 980 990
pF1KE6 TCRPGVTGQACDRCQLGFFGFSIKGCRACRCSPLGAASAQCHENGTCVCRPGFEGYKCDR
:.::.::: :.::... :::. .::. : : : :. : ::...: : :: :: : .::.
CCDS13 ECQPGITGQHCERCEVNHFGFGPEGCKPCDCHPEGSLSLQCKDDGRCECREGFVGNRCDQ
960 970 980 990 1000 1010
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KE6 CHDNFFLTADGTHCQQCPSCYALVKEEAAKLKARLTLTEGWLQGSDCGSPW---GPLDIL
:..:.: . . ::.::.:: :::...: ...: :. . . :. ..
CCDS13 CEENYFYNRSWPGCQECPACYRLVKDKVADHRVKLQELESLIANLGTGDEMVTDQAFEDR
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KE6 LGEAPRG--DVYQGHHLLPGAREAFLEQMMSLEGAVKAAREQLQRLNKGARCAQAGSQKT
: :: : :. . . . . . ...... ....... .:: . . . . ....
CCDS13 LKEAEREVMDLLREAQDVKDVDQNLMDRLQRVNNTLSSQISRLQNIRNTIEETGNLAEQA
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... . : ..: . .:. .: . :.. . : :. ..:.. . :: ::: ::. :.. :
CCDS13 RAHVENTERLIEIASRELEKAKVAAANVSVTQPESTGDPNNMTLLAEEARKLAERHKQEA
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pF1KE6 TKIAATAWRALLASNTSYALLWNLLEG--RVALETQRDLEDRYQEVQAAQKALRTAVAEV
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CCDS13 DDIVRVAKTANDTSTEAYNLLLRTLAGENQTAFEIE-ELNRKYEQAKNISQDLEKQAARV
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CCDS13 HEEAKRAGDKAVEIYASVAQ-LSPLDSE---TLENEANNIKMEAENLEQLIDQKLKDYED
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CCDS13 L-REDMRGKELEVKNLLEKGKTEQQTADQLLARADAAKALAEEAAKKGRDTLQEANDILN
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CCDS13 NLKDFDRRVNDNKTAAEEAL-RKIPAI-NQTITEANEKTREAQQALGSAAADATEAKNKA
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CCDS13 HEAERIASAVQKNATSTKAEAERTFAEVTDLDNEVNNMLKQL-QEAEKELKRKQDDADQD
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CCDS13 KAKDEM-KVSDLDRKVSDLENEAKKQEAAIMDYNRDIEEIMKDIRNLEDIRKTLPSGCFN
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: ..:. ... ...: . ....: .:. . :: : .: : : .. ..:.
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1110
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CCDS13 LMD--QPLSVDEEGLVLLEQKLSRAKTQINS--QLRPMMSELEERARQQRGHLHLLETSI
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CCDS11 MMRAVWEALAALAAVACLVGAVRGGPGLSMFAGQAAQP--DPCSDENGHPRRCIPDFVNA
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:::. ...: ::: :: .: :. : :. :.:.::.. : ..:::... .
CCDS11 AFGKDVRVSSTCGRPPARYCV-VSERGEERLRSCHLCNASDPKKAHPPAFLTDLNNPHNL
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: ::: .. .:.: .:..:: ::: .:.::: :.: . ::::.:::: : :.
CCDS11 TCWQSENY---LQFPHNVTLTLSLGKKFEVTYVSLQFCSPRPESMAIYKSMDYGRTWVPF
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170 180 190 200 210 220
pF1KE6 QFYSASCQKTYGRPEGQYLRPGEDERVAFCTSEFSDISPLSGGNVAFSTLEGRPSAYNFE
::::..:.: :.::. . ..:. : ::. .:. ::::: .:::::.:::::..:.
CCDS11 QFYSTQCRKMYNRPHRAPITK-QNEQEAVCTDSHTDMRPLSGGLIAFSTLDGRPSAHDFD
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230 240 250 260 270
pF1KE6 ESPGLQEWVTSTELLISLDRLNTFGDDIFKDPKVLQ-SYYYAVSDFSVGGRCKCNGHASE
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CCDS11 NSPVLQDWVTATDIRVAFSRLHTFGDENEDDSELARDSYFYAVSDLQVGGRCKCNGHAAR
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280 290 300 310 320 330
pF1KE6 CGPDVAGQLACRCQHNTTGTDCERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRSEECTFD
: : .:.: :.:::.: .:.:: :: :::: :.::. :.::. :::. ....: :.
CCDS11 CVRDRDDSLVCDCRHNTAGPECDRCKPFHYDRPWQRATAREANECVACNCNLHARRCRFN
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pF1KE6 RELFRSTGH--GGRCHHCRDHTAGPHCERCQENFYH--WDP---RMPCQPCDCQSAGSLH
::.. .:. :: : .:: .::: ::. :.:..:. : : :. :::. .:.
CCDS11 MELYKLSGRKSGGVCLNCRHNTAGRHCHYCKEGYYRDMGKPITHRKACKACDCHPVGAAG
360 370 380 390 400 410
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pF1KE6 LQCDDT-GTCACKPTVTGWKCDRCLPGFHSLSEGGCRPCTCNPAGSLDTCDPRSGRCPCK
:..: : : :: ::: :.:: :... :.. :: :.. : .. .
CCDS11 KTCNQTTGQCPCKDGVTGITCNRCAKGYQQ-SRSPIAPCIKIPVAP-----PTTAASSVE
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460 470 480 490 500
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: . :: :. . .:. . :.. . . :. : .: :. :.: ..:
CCDS11 EPED---CDSYCKASKGKLKINMKKYCKKDYAVQIHILKADKAGDWWKFTVN-IISVYKQ
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:. .. : :: . . :. .:
CCDS11 GTSRIRRGDQSLWIRSRDIACKCPKIKPLKKYLLLGNAEDSPDQSGIVADKSSLVIQWRD
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. :.:. .: . : . : :.: :. . : . .: . : . : ::
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: .: . :..:: : :. : :. . . ..::. . . : :
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. :. . ..: : .: .: :. : : .:. :. ::::: :
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.. .:..::: : . ..: ..: :..:: . . . . .:: .. .
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CCDS27 VDAILARTVGDVRRAEQLLQDARRARSWAEDEKQKAETVQAALEEAQRAQGIA---QGAI
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: : : .:. :: :. :. .:. ::: .:: .. :. ::
CCDS27 RGAVADTRDTEQTLYQV-QERMAG---------AER---ALSSAGERARQLDALLEA--L
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:.. :.. .... ..: ...: : . :: ::. . . :. . . .: .
CCDS27 KLKRAGNSLAASTAEETAGSAQGRAQEAEQLLRGPLGDQYQTVKALAERKAQGVLAAQAR
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pF1KE6 ELQIQGFESDLAEIRADK-QNLEAILHSLPENCASWQ
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CCDS27 AEQLRDEARDLLQAAQDKLQRLQELEGTYEENERALESKAAQLDGLEARMRSVLQAINLQ
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CCDS27 VQIYNTCQ
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CCDS57 PVDGFNEEVEGMVHGHCMCRHNTKGLNCELCMDFYHDLPWRPAEGRNSNACKKCNCNEHS
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. ::: . ::. .: : :: .: : .:: : ::..:: ::. :.:
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:: :.. . :: ..:.: ::. : :. ::.: : : : :. : : .
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CCDS57 SRCGNTIPDDDNQVVSLSPGSRYVVLPRPVCFEKGTNYTVRLELPQYTSSDSDVESPYTL
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.. :: . :.: . .: : : : : : : : . . :..: :
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. : : : .. ::. : : : :. .: . :: :: :: :. ::
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CCDS57 PVTGECLNCQDYTMGHNCERCLAGYYGDPIIGSGDHCRPCPCPDGPDSGRQFARSCYQDP
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. ...:. : :: : ::. : .:.::.: . : :. ::: .:.: . ::
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CCDS57 TGRCLKCLYHTEGEHCQFCRFGYYGDALQ----QDCRKCVCNYLGTVQEHCNGSDCQCDK
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.:::: :::.: ...:.:: :. ..: : :: :.:. : .:. :::: : ::
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:..:..:: :.: :::: :.: : . :: .. : ::: : :: .::.: ..
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.. : : .:.:: : :....:
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. :..: :. ... :.. :: .. .. : .. . .:. .. : ..
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..: .:. : .. ..:..:. ... : . . : :::..: . .. : .
CCDS57 NLFEEAEKLIKDVTEMMAQVEVKLSDTTSQSNSTAKELDSLQTEAESLDNTVKELAEQLE
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: . :. : : :.: . : :: : .:: .:: ..: ..
CCDS57 FIKNSDIRGALDSITKYFQMSLEAEERVNASTTEPNSTVEQSALMRDRVEDVMMERESQF
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pF1KE6 KALRTAVAEVLPEAESVLATVQQVGADTAPYLALLASPGALPQKSRAEDLGLKAKALEKT
: . :..: : . . .:.. ..: .. . ::: .... . .. :.
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1370 1380 1390 1400 1410 1420
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... : : . : :. . ..: ..: :.:. .::. .:..:.. .
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. ... . .:... :. .:.: :. . ..:....: .: : . :
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. . ... .. .: ...: .:.: ::.: :.: . :. ..:.. .. .:..
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: . :: : .: .: :. . . :. .:.. :. .: . . .::: . : .
CCDS57 AEKAQVAAEKAIKQADEDIQGTQNLLTSIESETAASEETLFNASQRISELERNVEEL--K
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. :: .:... .:.. . . . .: :. : ... ..... . .: :: .
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.:..
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: ::.::::.: .. : :. . ... . :. :: ... . : ...:..
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. : .:: .:: ..:::. ::: ::... : . : . .
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CCDS42 YVFVIHFYQAAHPTFPAQVSV------DGGWPRAGSFHASFCPHVLGCRD-QVIAEGQ--
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CCDS42 -IEFDISEPEVAATVKVPEGKSLVLVRVLVVP-AENYDYQILHKKSMDKSLEFITNCGKN
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. : .:: .:: ..:::. ::: ::... : . : . .
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CCDS33 PCHAHVIGRDCSRCATGYWGFP----------NCRPCDCGAR--LCD---ELT------G
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:.. : :.:. ..... . . : . :. . :: :. :: . :. ..
CCDS33 PMESRPDVVLQGNQMSITFLEPAYPTPGHVHRGQLQLVEGNFRHTETRNTVSRE----EL
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CCDS33 MMVLASLEQLQIRALFS-QISSAVFLRRVALEVASPAGQGALASNVELCLCPASYRGDSC
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CCDS33 QECAPGFYRDV-KGLFLGRCVPCQCHGHSDRCLPGSGVCVDCQHNTEGAHCERCQAGFVS
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:: .:: .. . . : : . .: .:. .... .. . : .:...
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]