Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6714
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6714, 1184 aa
1>>>pF1KE6714 1184 - 1184 aa - 1184 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7726+/-0.000536; mu= 8.9658+/- 0.033
mean_var=159.1295+/-31.879, 0's: 0 Z-trim(111.5): 158 B-trim: 7 in 2/55
Lambda= 0.101671
statistics sampled from 19923 (20083) to 19923 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.235), width: 16
Scan time: 12.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003604 (OMIM: 603489,603932) cartilage intermed (1184) 8123 1205.4 0
XP_016878167 (OMIM: 603489,603932) PREDICTED: cart (1211) 7997 1187.0 0
XP_016878168 (OMIM: 603489,603932) PREDICTED: cart (1160) 7968 1182.7 0
NP_694953 (OMIM: 612419) cartilage intermediate la (1156) 3576 538.5 9.3e-152
>>NP_003604 (OMIM: 603489,603932) cartilage intermediate (1184 aa)
initn: 8123 init1: 8123 opt: 8123 Z-score: 6449.9 bits: 1205.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8123; 99.8% identity (100.0% similar) in 1184 aa overlap (1-1184:1-1184)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MVGTKAWVFSFLVLEVTSVLGRQTMLTQSVRRVQPGKKNPSIFAKPADTLESPGEWTTWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MVGTKAWVFSFLVLEVTSVLGRQTMLTQSVRRVQPGKKNPSIFAKPADTLESPGEWTTWF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 NIDYPGGKGDYERLDAIRFYYGDRVCARPLRLEARTTDWTPAGSTGQVVHGSPREGFWCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NIDYPGGKGDYERLDAIRFYYGDRVCARPLRLEARTTDWTPAGSTGQVVHGSPREGFWCL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 NREQRPGQNCSNYTVRFLCPPGSLRRDTERIWSPWSPWSKCSAACGQTGVQTRTRICLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NREQRPGQNCSNYTVRFLCPPGSLRRDTERIWSPWSPWSKCSAACGQTGVQTRTRICLAE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 MVSLCSEASEEGQHCMGQDCTACDLTCPMGQVNADCDACMCQDFMLHGAVSLPGGAPASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MVSLCSEASEEGQHCMGQDCTACDLTCPMGQVNADCDACMCQDFMLHGAVSLPGGAPASG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AAIYLLTKTPKLLTQTDSDGRFRIPGLCPDGKSILKITKVKFAPIVLTMPKTSLKAATIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AAIYLLTKTPKLLTQTDSDGRFRIPGLCPDGKSILKITKVKFAPIVLTMPKTSLKAATIK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 AEFVRAETPYMVMNPETKARRAGQSVSLCCKATGKPRPDKYFWYHNDTLLDPSLYKHESK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AEFVRAETPYMVMNPETKARRAGQSVSLCCKATGKPRPDKYFWYHNDTLLDPSLYKHESK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 LVLRKLQQHQAGEYFCKAQSDAGAVKSKVAQLIVIASDETPCNPVPESYLIRLPHDCFQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LVLRKLQQHQAGEYFCKAQSDAGAVKSKVAQLIVIASDETPCNPVPESYLIRLPHDCFQN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 ATNSFYYDVGRCPVKTCAGQQDNGIRCRDAVQNCCGISKTEEREIQCSGYTLPTKVAKEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ATNSFYYDVGRCPVKTCAGQQDNGIRCRDAVQNCCGISKTEEREIQCSGYTLPTKVAKEC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 SCQRCTETRSIVRGRVSAADNGEPMRFGHVYMGNSRVSMTGYKGTFTLHVPQDTERLVLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SCQRCTETRSIVRGRVSAADNGEPMRFGHVYMGNSRVSMTGYKGTFTLHVPQDTERLVLT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 FVDRLQKFVNTTKVLPFNKKGSAVFHEIKMLRRKEPITLEAMETNIIPLGEVVGEDPMAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FVDRLQKFVNTTKVLPFNKKGSAVFHEIKMLRRKEPITLEAMETNIIPLGEVVGEDPMAE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 LEIPSRSFYRQNGEPYIGKVKASVTFLDPRNISTATAAQTDLNFINDEGDTFPLRTYGMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LEIPSRSFYRQNGEPYIGKVKASVTFLDPRNISTATAAQTDLNFINDEGDTFPLRTYGMF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 SVDFRDEVTSEPLNAGKVKVHLDSTQVKMPEHISTVKLWSLNPDTGLWEEEGDFKFENQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SVDFRDEVTSEPLNAGKVKVHLDSTQVKMPEHISTVKLWSLNPDTGLWEEEGDFKFENQR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 RNKREDRTFLVGNLEIRERRLFNLDVPESRRCFVKVRAYRSERFLPSEQIQGVVISVINL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RNKREDRTFLVGNLEIRERRLFNLDVPESRRCFVKVRAYRSERFLPSEQIQGVVISVINL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 EPRTGFLSNPRAWGRFDSVITGPNGACVPAFCDDQSPDAYSAYVLASLAGEELQAVESSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EPRTGFLSNPRAWGRFDSVITGPNGACVPAFCDDQSPDAYSAYVLASLAGEELQAVESSP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE6 KFNPNAIGVPQPYLNKLNYRRTDHEDPRVKKTAFQISMAKPRPNSAEESNGPIYAFENLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KFNPNAIGVPQPYLNKLNYRRTDHEDPRVKKTAFQISMAKPRPNSAEESNGPIYAFENLR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE6 ACEEAPPSAAHFRFYQIEGDRYDYNTVPFNEDDPMSWTEDYLAWWPKPMEFRACYIKVKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ACEEAPPSAAHFRFYQIEGDRYDYNTVPFNEDDPMSWTEDYLAWWPKPMEFRACYIKVKI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE6 VGPLEVNVRSRNMGGTHRRTVGKLYGIRDVRSTRDRDQPNVSAACLEFKCSGMLYDQDRV
::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VGPLEVNVRSRNMGGTHRQTVGKLYGIRDVRSTRDRDQPNVSAACLEFKCSGMLYDQDRV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE6 DRTLVKVIPQGSCRRASVNPMLHEYLVNHLPLAVNNDTSEYTMLAPLDPLGHNYGIYTVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DRTLVKVIPQGSCRRASVNPMLHEYLVNHLPLAVNNDTSEYTMLAPLDPLGHNYGIYTVT
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE6 DQDPRTAKEIALGRCFDGTSDGSSRIMKSNVGVALTFNCVERQVGRQSAFQYLQSTPAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DQDPRTAKEIALGRCFDGTSDGSSRIMKSNVGVALTFNCVERQVGRQSAFQYLQSTPAQS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180
pF1KE6 PAAGTVQGRVPSRRQQRASRGGQRQSGVVASLRFPRVAQQPLIN
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
NP_003 PAAGTVQGRVPSRRQQRASRGGQRQGGVVASLRFPRVAQQPLIN
1150 1160 1170 1180
>>XP_016878167 (OMIM: 603489,603932) PREDICTED: cartilag (1211 aa)
initn: 7995 init1: 7995 opt: 7997 Z-score: 6349.9 bits: 1187.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7997; 99.4% identity (99.7% similar) in 1170 aa overlap (15-1184:42-1211)
10 20 30 40
pF1KE6 MVGTKAWVFSFLVLEVTSVLGRQTMLTQSVRRVQPGKKNPSIFA
: : ::::::::::::::::::::::::
XP_016 GWLPQAEPPAVLYKAGTGLLERRRLGPPAEESCSRHGRQTMLTQSVRRVQPGKKNPSIFA
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 KPADTLESPGEWTTWFNIDYPGGKGDYERLDAIRFYYGDRVCARPLRLEARTTDWTPAGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KPADTLESPGEWTTWFNIDYPGGKGDYERLDAIRFYYGDRVCARPLRLEARTTDWTPAGS
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 TGQVVHGSPREGFWCLNREQRPGQNCSNYTVRFLCPPGSLRRDTERIWSPWSPWSKCSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TGQVVHGSPREGFWCLNREQRPGQNCSNYTVRFLCPPGSLRRDTERIWSPWSPWSKCSAA
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 CGQTGVQTRTRICLAEMVSLCSEASEEGQHCMGQDCTACDLTCPMGQVNADCDACMCQDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CGQTGVQTRTRICLAEMVSLCSEASEEGQHCMGQDCTACDLTCPMGQVNADCDACMCQDF
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 MLHGAVSLPGGAPASGAAIYLLTKTPKLLTQTDSDGRFRIPGLCPDGKSILKITKVKFAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLHGAVSLPGGAPASGAAIYLLTKTPKLLTQTDSDGRFRIPGLCPDGKSILKITKVKFAP
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 IVLTMPKTSLKAATIKAEFVRAETPYMVMNPETKARRAGQSVSLCCKATGKPRPDKYFWY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IVLTMPKTSLKAATIKAEFVRAETPYMVMNPETKARRAGQSVSLCCKATGKPRPDKYFWY
320 330 340 350 360 370
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 HNDTLLDPSLYKHESKLVLRKLQQHQAGEYFCKAQSDAGAVKSKVAQLIVIASDETPCNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HNDTLLDPSLYKHESKLVLRKLQQHQAGEYFCKAQSDAGAVKSKVAQLIVIASDETPCNP
380 390 400 410 420 430
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 VPESYLIRLPHDCFQNATNSFYYDVGRCPVKTCAGQQDNGIRCRDAVQNCCGISKTEERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VPESYLIRLPHDCFQNATNSFYYDVGRCPVKTCAGQQDNGIRCRDAVQNCCGISKTEERE
440 450 460 470 480 490
470 480 490 500 510 520
pF1KE6 IQCSGYTLPTKVAKECSCQRCTETRSIVRGRVSAADNGEPMRFGHVYMGNSRVSMTGYKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IQCSGYTLPTKVAKECSCQRCTETRSIVRGRVSAADNGEPMRFGHVYMGNSRVSMTGYKG
500 510 520 530 540 550
530 540 550 560 570 580
pF1KE6 TFTLHVPQDTERLVLTFVDRLQKFVNTTKVLPFNKKGSAVFHEIKMLRRKEPITLEAMET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
XP_016 TFTLHVPQDTERLVLTFVDRLQKFVNTTKVLPFNKKGSAVFHEIKMLRRKKPITLEAMET
560 570 580 590 600 610
590 600 610 620 630 640
pF1KE6 NIIPLGEVVGEDPMAELEIPSRSFYRQNGEPYIGKVKASVTFLDPRNISTATAAQTDLNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NIIPLGEVVGEDPMAELEIPSRSFYRQNGEPYIGKVKASVTFLDPRNISTATAAQTDLNF
620 630 640 650 660 670
650 660 670 680 690 700
pF1KE6 INDEGDTFPLRTYGMFSVDFRDEVTSEPLNAGKVKVHLDSTQVKMPEHISTVKLWSLNPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 INDEGDTFPLRTYGMFSVDFRDEVTSEPLNAGKVKVHLDSTQVKMPEHISTVKLWSLNPD
680 690 700 710 720 730
710 720 730 740 750 760
pF1KE6 TGLWEEEGDFKFENQRRNKREDRTFLVGNLEIRERRLFNLDVPESRRCFVKVRAYRSERF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TGLWEEEGDFKFENQRRNKREDRTFLVGNLEIRERRLFNLDVPESRRCFVKVRAYRSERF
740 750 760 770 780 790
770 780 790 800 810 820
pF1KE6 LPSEQIQGVVISVINLEPRTGFLSNPRAWGRFDSVITGPNGACVPAFCDDQSPDAYSAYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LPSEQIQGVVISVINLEPRTGFLSNPRAWGRFDSVITGPNGACVPAFCDDQSPDAYSAYV
800 810 820 830 840 850
830 840 850 860 870 880
pF1KE6 LASLAGEELQAVESSPKFNPNAIGVPQPYLNKLNYRRTDHEDPRVKKTAFQISMAKPRPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LASLAGEELQAVESSPKFNPNAIGVPQPYLNKLNYRRTDHEDPRVKKTAFQISMAKPRPN
860 870 880 890 900 910
890 900 910 920 930 940
pF1KE6 SAEESNGPIYAFENLRACEEAPPSAAHFRFYQIEGDRYDYNTVPFNEDDPMSWTEDYLAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SAEESNGPIYAFENLRACEEAPPSAAHFRFYQIEGDRYDYNTVPFNEDDPMSWTEDYLAW
920 930 940 950 960 970
950 960 970 980 990 1000
pF1KE6 WPKPMEFRACYIKVKIVGPLEVNVRSRNMGGTHRRTVGKLYGIRDVRSTRDRDQPNVSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
XP_016 WPKPMEFRACYIKVKIVGPLEVNVRSRNMGGTHRQTVGKLYGIRDVRSTRDRDQPNVSAA
980 990 1000 1010 1020 1030
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KE6 CLEFKCSGMLYDQDRVDRTLVKVIPQGSCRRASVNPMLHEYLVNHLPLAVNNDTSEYTML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CLEFKCSGMLYDQDRVDRTLVKVIPQGSCRRASVNPMLHEYLVNHLPLAVNNDTSEYTML
1040 1050 1060 1070 1080 1090
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KE6 APLDPLGHNYGIYTVTDQDPRTAKEIALGRCFDGTSDGSSRIMKSNVGVALTFNCVERQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 APLDPLGHNYGIYTVTDQDPRTAKEIALGRCFDGTSDGSSRIMKSNVGVALTFNCVERQV
1100 1110 1120 1130 1140 1150
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KE6 GRQSAFQYLQSTPAQSPAAGTVQGRVPSRRQQRASRGGQRQSGVVASLRFPRVAQQPLIN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
XP_016 GRQSAFQYLQSTPAQSPAAGTVQGRVPSRRQQRASRGGQRQGGVVASLRFPRVAQQPLIN
1160 1170 1180 1190 1200 1210
>>XP_016878168 (OMIM: 603489,603932) PREDICTED: cartilag (1160 aa)
initn: 7968 init1: 7968 opt: 7968 Z-score: 6327.2 bits: 1182.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7968; 99.7% identity (100.0% similar) in 1160 aa overlap (25-1184:1-1160)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MVGTKAWVFSFLVLEVTSVLGRQTMLTQSVRRVQPGKKNPSIFAKPADTLESPGEWTTWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLTQSVRRVQPGKKNPSIFAKPADTLESPGEWTTWF
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 NIDYPGGKGDYERLDAIRFYYGDRVCARPLRLEARTTDWTPAGSTGQVVHGSPREGFWCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NIDYPGGKGDYERLDAIRFYYGDRVCARPLRLEARTTDWTPAGSTGQVVHGSPREGFWCL
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 NREQRPGQNCSNYTVRFLCPPGSLRRDTERIWSPWSPWSKCSAACGQTGVQTRTRICLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NREQRPGQNCSNYTVRFLCPPGSLRRDTERIWSPWSPWSKCSAACGQTGVQTRTRICLAE
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 MVSLCSEASEEGQHCMGQDCTACDLTCPMGQVNADCDACMCQDFMLHGAVSLPGGAPASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MVSLCSEASEEGQHCMGQDCTACDLTCPMGQVNADCDACMCQDFMLHGAVSLPGGAPASG
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AAIYLLTKTPKLLTQTDSDGRFRIPGLCPDGKSILKITKVKFAPIVLTMPKTSLKAATIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAIYLLTKTPKLLTQTDSDGRFRIPGLCPDGKSILKITKVKFAPIVLTMPKTSLKAATIK
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 AEFVRAETPYMVMNPETKARRAGQSVSLCCKATGKPRPDKYFWYHNDTLLDPSLYKHESK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AEFVRAETPYMVMNPETKARRAGQSVSLCCKATGKPRPDKYFWYHNDTLLDPSLYKHESK
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 LVLRKLQQHQAGEYFCKAQSDAGAVKSKVAQLIVIASDETPCNPVPESYLIRLPHDCFQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LVLRKLQQHQAGEYFCKAQSDAGAVKSKVAQLIVIASDETPCNPVPESYLIRLPHDCFQN
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 ATNSFYYDVGRCPVKTCAGQQDNGIRCRDAVQNCCGISKTEEREIQCSGYTLPTKVAKEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ATNSFYYDVGRCPVKTCAGQQDNGIRCRDAVQNCCGISKTEEREIQCSGYTLPTKVAKEC
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 SCQRCTETRSIVRGRVSAADNGEPMRFGHVYMGNSRVSMTGYKGTFTLHVPQDTERLVLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SCQRCTETRSIVRGRVSAADNGEPMRFGHVYMGNSRVSMTGYKGTFTLHVPQDTERLVLT
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 FVDRLQKFVNTTKVLPFNKKGSAVFHEIKMLRRKEPITLEAMETNIIPLGEVVGEDPMAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
XP_016 FVDRLQKFVNTTKVLPFNKKGSAVFHEIKMLRRKKPITLEAMETNIIPLGEVVGEDPMAE
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 LEIPSRSFYRQNGEPYIGKVKASVTFLDPRNISTATAAQTDLNFINDEGDTFPLRTYGMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LEIPSRSFYRQNGEPYIGKVKASVTFLDPRNISTATAAQTDLNFINDEGDTFPLRTYGMF
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 SVDFRDEVTSEPLNAGKVKVHLDSTQVKMPEHISTVKLWSLNPDTGLWEEEGDFKFENQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SVDFRDEVTSEPLNAGKVKVHLDSTQVKMPEHISTVKLWSLNPDTGLWEEEGDFKFENQR
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 RNKREDRTFLVGNLEIRERRLFNLDVPESRRCFVKVRAYRSERFLPSEQIQGVVISVINL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RNKREDRTFLVGNLEIRERRLFNLDVPESRRCFVKVRAYRSERFLPSEQIQGVVISVINL
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 EPRTGFLSNPRAWGRFDSVITGPNGACVPAFCDDQSPDAYSAYVLASLAGEELQAVESSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EPRTGFLSNPRAWGRFDSVITGPNGACVPAFCDDQSPDAYSAYVLASLAGEELQAVESSP
760 770 780 790 800 810
850 860 870 880 890 900
pF1KE6 KFNPNAIGVPQPYLNKLNYRRTDHEDPRVKKTAFQISMAKPRPNSAEESNGPIYAFENLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KFNPNAIGVPQPYLNKLNYRRTDHEDPRVKKTAFQISMAKPRPNSAEESNGPIYAFENLR
820 830 840 850 860 870
910 920 930 940 950 960
pF1KE6 ACEEAPPSAAHFRFYQIEGDRYDYNTVPFNEDDPMSWTEDYLAWWPKPMEFRACYIKVKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ACEEAPPSAAHFRFYQIEGDRYDYNTVPFNEDDPMSWTEDYLAWWPKPMEFRACYIKVKI
880 890 900 910 920 930
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE6 VGPLEVNVRSRNMGGTHRRTVGKLYGIRDVRSTRDRDQPNVSAACLEFKCSGMLYDQDRV
::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VGPLEVNVRSRNMGGTHRQTVGKLYGIRDVRSTRDRDQPNVSAACLEFKCSGMLYDQDRV
940 950 960 970 980 990
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE6 DRTLVKVIPQGSCRRASVNPMLHEYLVNHLPLAVNNDTSEYTMLAPLDPLGHNYGIYTVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DRTLVKVIPQGSCRRASVNPMLHEYLVNHLPLAVNNDTSEYTMLAPLDPLGHNYGIYTVT
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE6 DQDPRTAKEIALGRCFDGTSDGSSRIMKSNVGVALTFNCVERQVGRQSAFQYLQSTPAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DQDPRTAKEIALGRCFDGTSDGSSRIMKSNVGVALTFNCVERQVGRQSAFQYLQSTPAQS
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1150 1160 1170 1180
pF1KE6 PAAGTVQGRVPSRRQQRASRGGQRQSGVVASLRFPRVAQQPLIN
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
XP_016 PAAGTVQGRVPSRRQQRASRGGQRQGGVVASLRFPRVAQQPLIN
1120 1130 1140 1150 1160
>>NP_694953 (OMIM: 612419) cartilage intermediate layer (1156 aa)
initn: 3909 init1: 1937 opt: 3576 Z-score: 2845.5 bits: 538.5 E(85289): 9.3e-152
Smith-Waterman score: 4109; 50.4% identity (75.0% similar) in 1160 aa overlap (24-1179:32-1156)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MVGTKAWVFSFLVLEVTSVLGRQTMLTQSVRRVQPGKKNPSIFAKPADTLESP
: : : : :. .:.. . :
NP_694 ASLLPLLCLCVVAAHLAGARDATPTEEPMATALGLERRSVYTGQPSPAL-----EDWEEA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GEWTTWFNIDYPGGKGDYERLDAIRFYYGD-RVCARPLRLEARTTDWTPAGSTGQVVHGS
.:::.:::.:.::: ::.: : ::::::: ::: ::: ::::::::. ...:. :: .
NP_694 SEWTSWFNVDHPGGDGDFESLAAIRFYYGPARVCPRPLALEARTTDWALPSAVGERVHLN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 PREGFWCLNREQRPGQNCSNYTVRFLCPPGSLRRDTERIWSPWSPWSKCSAACGQTGVQT
: .::::::::: :. :::: ::: :: : :. :.::. ::..:: : .
NP_694 PTRGFWCLNREQPRGRRCSNYHVRFRCP-------LEASWGAWGPWGPCSGSCGP-GRRL
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 RTRICLAEMVSLCSEASEEGQHCMGQDCTACDLTCPMGQVNADCDACMCQDFMLHGAVSL
: : : . . : :.:.:. : .:.: :.: : : .: :.:
NP_694 RRRHCPSPAGDACPGRPLEAQKCVRPRCPGCSL-----------DTCECPDHILLGSVVT
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 PGGAPASGAAIYLLTKTPKLLTQTDSDGRFRIPGLCPDGKSILKITKVKF-APIVLTMPK
:.: : :: . : . : .. .:. : ::.::.: :... .. : : . .. .
NP_694 PSGQPLLGARVSLRDQ-PGTVATSDAHGTFRVPGVCADSRANIRAQMDGFSAGEAQAQAN
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 TSLKAATIKAEFVRAETPYMVMNPETKARRAGQSVSLCCKATGKPRPDKYFWYHNDTLLD
:....:: . . : ::.: .::...:.:::.:..::::.: : : :: :.:: ::::
NP_694 GSISVVTIILD--KLEKPYLVKHPESRVREAGQNVTFCCKASGTPMPKKYSWFHNGTLLD
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 PSLYKHESKLVLRKLQQHQAGEYFCKAQSDAGAVKSKVAQLIVIASDETPCNPVPESYLI
. . ..: :: :. ::: : ::: ..::::.: .:.: :.: . :.: :. :::
NP_694 RRAHGYGAHLELRGLRPDQAGIYHCKAWNEAGAVRSGTARLTVLAPGQPACDPRPREYLI
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 RLPHDCFQNATNSFYYDVGRCPVKTCAGQQDNGIRCRDAVQNCCGISKTEEREIQCSGYT
.::.:: : ... : ::: :: : . .. :: :: . ::.. . :.:::.: ::.
NP_694 KLPEDCGQPGSGPAYLDVGLCPDTRCPSLAGSSPRCGDASSRCCSVRRLERREIHCPGYV
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 LPTKVAKECSCQRCTETRSIVRGRVSAADNGEPMRFGHVYMGNSRVSMTGYKGTFTLHVP
::.::. ::.::.: :..::::: :::.:::.::... .:. ...:.:.: ::..::
NP_694 LPVKVVAECGCQKCLPPRGLVRGRVVAADSGEPLRFARILLGQEPIGFTAYQGDFTIEVP
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 QDTERLVLTFVDRLQKFVNTTKVLPFNKKGSAVFHEIKMLRRKEPITLEAMETNIIPLGE
.:.:::.:::: .:.....::::. .:..:.::.: .:.: :. :.. ..: :::::
NP_694 PSTQRLVVTFVDPSGEFMDAVRVLPFDPRGAGVYHEVKAMRKKAPVILHTSQSNTIPLGE
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KE6 VVGEDPMAELEIPSRSFYRQNGEPYIGKVKASVTFLDPRNISTATAAQTDLNFINDEGDT
. : :..:: .:: .: : .:.:: : :.: :::.:::....:..: .:: :....:.
NP_694 LEDEAPLGELVLPSGAFRRADGKPYSGPVEARVTFVDPRDLTSAASAPSDLRFVDSDGEL
580 590 600 610 620 630
660 670 680 690 700 710
pF1KE6 FPLRTYGMFSVDFRDEVTSEPLNAGKVKVHLDSTQVKMPEHISTVKLWSLNPDTGLWEEE
:::::::::::.: ..: :..: : :.. ..:..:: :. ..:::::::.:::::::
NP_694 APLRTYGMFSVDLRAPGSAEQLQVGPVAVRVAASQIHMPGHVEALKLWSLNPETGLWEEE
640 650 660 670 680 690
720 730 740 750 760
pF1KE6 GDFKFENQR--RNKREDRTFLVGNLEIRERRLFNLDVPESRRCFVKVRAYRSERFLPSEQ
. :. :.. : .::.:.:::::.:::::::::::::: :::::::::: ...: ::::
NP_694 SGFRREGSSGPRVRREERVFLVGNVEIRERRLFNLDVPERRRCFVKVRAYANDKFTPSEQ
700 710 720 730 740 750
770 780 790 800 810 820
pF1KE6 IQGVVISVINLEPRTGFLSNPRAWGRFDSVITGPNGACVPAFCDDQSPDAYSAYVLASLA
..:::....:::: :: .::::::::::..:::::::.::::: . ::::.: : :.:.
NP_694 VEGVVVTLVNLEPAPGFSANPRAWGRFDSAVTGPNGACLPAFCDADRPDAYTALVTATLG
760 770 780 790 800 810
830 840 850 860 870 880
pF1KE6 GEELQAVESSPKFNPNAIGVPQPYLNKLNYRRTDHEDPRVKKTAFQISMAKPRPNSAEES
::::. . : :. : ..:: ::::..:.::::::.:: :...:.:..:::::.. :.
NP_694 GEELEPAPSLPRPLPATVGVTQPYLDRLGYRRTDHDDPAFKRNGFRINLAKPRPGDPAEA
820 830 840 850 860 870
890 900 910 920 930 940
pF1KE6 NGPIYAFENLRACEEAPPSAAHFRFYQIEGDRYDYNTVPFNEDDPMSWTEDYLAWWPKPM
:::.: ...:: :. :: .:.:::: ..:.:.:.::.::: : : ::: : :::::.:.
NP_694 NGPVYPWRSLRECQGAPVTASHFRFARVEADKYEYNVVPFREGTPASWTGDLLAWWPNPQ
880 890 900 910 920 930
950 960 970 980 990 1000
pF1KE6 EFRACYIKVKIVGPLEVNVRSRNMGGTHRRTVGKLYGIRDVRSTRDRDQPNVSAACLEFK
:::::..:::: :: : :::.: ::.: :: :.:::.::.::.:: ..:..::::.:::
NP_694 EFRACFLKVKIQGPQEYMVRSHNAGGSHPRTRGQLYGLRDARSVRDPERPGTSAACVEFK
940 950 960 970 980 990
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KE6 CSGMLYDQDRVDRTLVKVIPQGSCRRASVNPMLHEYLVNHLPLAVNNDTSEYTMLAPLDP
:::::.:: .:::::: ..:::::::..:: .:..::. : : . .: . ..:::::::
NP_694 CSGMLFDQRQVDRTLVTIMPQGSCRRVAVNGLLRDYLTRHPPPVPAEDPAAFSMLAPLDP
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KE6 LGHNYGIYTVTDQDPRTAKEIALGRCFDGTSDGSSRIMKSNVGVALTFNCVERQVGRQSA
::::::.::::::.:: :::::.::::::.::: :: ::...:.:.::.: : .:: :
NP_694 LGHNYGVYTVTDQSPRLAKEIAIGRCFDGSSDGFSREMKADAGTAVTFQCREPPAGRPSL
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KE6 FQYLQSTPAQSPAAGTVQGRVPSRRQQRASRGGQRQSGVVASLRFPRVAQQPLIN
:: : .:: : : .. :....:... : :: . . : :: :
NP_694 FQRLLESPAT--ALGDIR-----REMSEAAQAQARASGPLRT-RRGRVRQ
1120 1130 1140 1150
1184 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 15:38:08 2016 done: Tue Nov 8 15:38:09 2016
Total Scan time: 12.650 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]