Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6712
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6712, 934 aa
1>>>pF1KE6712 934 - 934 aa - 934 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7352+/-0.000398; mu= 14.0418+/- 0.025
mean_var=97.4812+/-19.722, 0's: 0 Z-trim(114.4): 416 B-trim: 127 in 1/53
Lambda= 0.129901
statistics sampled from 23790 (24212) to 23790 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.284), width: 16
Scan time: 13.080
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 6089 1152.2 0
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 5247 994.4 0
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 2976 568.9 4.4e-161
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 2928 559.8 2.2e-158
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 2923 558.9 4.2e-158
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 2921 558.5 5.4e-158
NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 2920 558.4 6.2e-158
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 2906 555.7 3.8e-157
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 2869 548.8 4.7e-155
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 2860 547.1 1.5e-154
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 2860 547.1 1.5e-154
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 2859 546.9 1.7e-154
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 2859 546.9 1.7e-154
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 2831 541.7 6.5e-153
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 2787 533.4 2e-150
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 2776 531.4 8.3e-150
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 2775 531.2 9.3e-150
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 2774 531.0 1.1e-149
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 2768 529.9 2.3e-149
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 2713 519.6 2.9e-146
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 2142 412.5 4.4e-114
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 2103 405.2 6.9e-112
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 2095 403.7 1.9e-111
NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 2094 403.5 2.2e-111
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 2090 402.8 3.8e-111
NP_061729 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 950) 2083 401.5 1e-110
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 2080 400.9 1.4e-110
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 2076 400.2 2.6e-110
NP_113685 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 824) 2054 396.0 4e-109
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 2049 395.1 7.5e-109
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2040 393.4 2.4e-108
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 2037 392.8 3.6e-108
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 2031 391.7 7.9e-108
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 2030 391.5 8.9e-108
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 2030 391.5 8.9e-108
NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 950) 2031 391.7 8.9e-108
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 2026 390.8 1.5e-107
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 2026 390.8 1.7e-107
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 2026 390.8 1.7e-107
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 2023 390.2 2.5e-107
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 2009 387.6 1.3e-106
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 2006 387.0 2e-106
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 2006 387.0 2e-106
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 2006 387.1 2.2e-106
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 2006 387.1 2.3e-106
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 2006 387.1 2.3e-106
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 2006 387.1 2.4e-106
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 2000 385.9 4.3e-106
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 2001 386.1 4.4e-106
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 2000 385.9 4.4e-106
>>NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 isofor (934 aa)
initn: 6089 init1: 6089 opt: 6089 Z-score: 6166.1 bits: 1152.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6089; 100.0% identity (100.0% similar) in 934 aa overlap (1-934:1-934)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 LSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEYF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 ALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDANDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDANDN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 APVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 APVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 TGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 VPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRETV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRETV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 PEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 VWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHIS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 DGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPRPGGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGWDADA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPRPGGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGWDADA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 GHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSLSTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSLSTTA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 TLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIFKVYKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIFKVYKW
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 KQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLKKPGAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLKKPGAAS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 PLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE6 PNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIP
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KE6 GSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930
>>NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 isofor (863 aa)
initn: 5247 init1: 5247 opt: 5247 Z-score: 5313.8 bits: 994.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5247; 100.0% identity (100.0% similar) in 810 aa overlap (1-810:1-810)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 LSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEYF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 ALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDANDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDANDN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 APVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 APVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 TGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 VPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRETV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRETV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 PEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE6 VWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHIS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE6 DGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPRPGGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGWDADA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 DGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPRPGGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGWDADA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE6 GHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSLSTTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 GHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSLSTTA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE6 TLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIFKVYKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIFKVYKW
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE6 KQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLKKPGAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLKKPGAAS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE6 PLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTW
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQVRFSKSCLTLLVLFYSYIILRKEWSCFFSD
790 800 810 820 830 840
>>NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 isofor (962 aa)
initn: 1891 init1: 970 opt: 2976 Z-score: 3012.9 bits: 568.9 E(85289): 4.4e-161
Smith-Waterman score: 2976; 52.0% identity (76.8% similar) in 927 aa overlap (15-934:43-962)
10 20 30 40
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKA-STVIHYEIPEEREK
:.. . ::::.: . . : : . ::.:.
NP_061 PQASTEGKPKHRRLRGGVVMAAPPARPDHTRLLQICLLLGVLVEIRAEQILYSVFEEQEE
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 GFAVGNVVANLGLDLGSLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPS
: .:::.. .::: :. : :.:: . ..: .: ..: . . :.:::::: :.
NP_061 GSVVGNIAKDLGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFALNPRSGTLVTAGRIDREELCDRSPN
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 CTVTLELVVENPLELFSVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPD
:...::...:. .... ::: : :.::: :.: :.. .....: ::.:::: : :::
NP_061 CVTNLEILLEDTVKILRVEVEIIDVNDNPPSFGTEQREIKVAENENPGARFPLPEAFDPD
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VGSNSLQTYELSRNEYFALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPA
:: :::: :.:. : ::.: ::. :. :: :::::::::::.: .:::::.::: :.
NP_061 VGVNSLQGYQLNSNGYFSLDVQSGADGIKYPELVLERALDREEEAVHHLVLTAFDGGDPV
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 LSASLPIHIKVLDANDNAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSF
:.. : : ..:.:::::::.: :.. : :..: :::.. : ::: ::: ::.. :::
NP_061 RSGTARILIILVDTNDNAPVFTQPEYHVSVRENVPVGTRLLTVKATDPDEGANGDVTYSF
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 GSHNRAGVRQLFALDLVTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVV
. : . ::: :. ..: .:: : ::.::. ...: ..:.: : . . :. :::: :.
NP_061 -RKVRDKISQLFQLNSLSGDITILGGLDYEDSGFYDIDVEAHD-GPGLR-ARSKVLVTVL
320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 DVNDNAPEITVTSVYSPVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSL
: ::::::.::::. : : :.. ::::::..: : :.: :::::: .: .:::.: ..
NP_061 DENDNAPEVTVTSLTSSVQESSSPGTVIALFNVHDSDSGGNGLVTCSIPDNLPFTLEKTY
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE6 KNYFTLKTSADLDRETVPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYD
::. : : :::: : :::...:: : ::: ::. : . .:: ::::::: ..::.
NP_061 GNYYRLLTHRTLDREEVSEYNITVTATDQGTPPLSTETHISLQVMDINDNPPTFPHASYS
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KE6 VYIEENNLPGAPILNLSVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLV
.:: ::: :: ::.... :::. .:::... : :. . . .. : .:: ..::. .:
NP_061 AYIPENNPRGASILSMTAQDPDSGDNARITYSLAEDTFQGAPLSSYVSINSNTGILYALC
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KE6 PLDYEDRREFELTAHISDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEML
.:::. :...: ::.: : :..:.:...:: :.:::.:..::: : :...::.
NP_061 SFDYEQFRDLQLLMTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNVPEILYPTFPTDGSTGVELA
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KE6 PRGTSAGHLVSRVVGWDADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSP
::....:.::..::. : :.:.::::::::: : . .:::.:::::.. ::: . : :.
NP_061 PRSADSGYLVTKVVAVDRDSGQNAWLSYSLLKSSEPGLFAVGLHTGEVRTARALLDRDAL
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690
pF1KE6 RQTLTVLIKDNGEPSLSTTATLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPRE-QKKNLTFYLLLSLI
.: :.:...:.:.: ::.:.::::.:... :.. :.. : . . . ..::.::....
NP_061 KQRLVVVVQDHGQPPLSATVTLTVAVADSIPDVLADLGSLKPSADPDDSGLTLYLVVAVA
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KE6 LVSVGFVVTVFGVIIFKVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYH
:: :.. : .. .:. .:..:: : .: : : .:. . .:.::. :.. :
NP_061 AVSCVFLAFVTVLLALKLRRWHKSR-LLHAEGSRLAGVPASHFVGVDGVRAFLQT--YSH
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KE6 QVYLTTDSRRSDPLLKKPGAASPLASRQNTLRSCDPVFYRQ-VLGAESAPPGQQAPPNTD
.: ::.:::.: ....:. :. : ::.. .: .:.. : .: ... : ::::::::
NP_061 EVSLTADSRKSHLIFSQPSYADTLISRESCEKS-EPLLITQDLLETKGDPNLQQAPPNTD
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KE6 WRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 WRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGL
850 860 870 880 890 900
880 890 900 910 920 930
pF1KE6 SARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920 930 940 950 960
>>NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 isofor (932 aa)
initn: 1716 init1: 1716 opt: 2928 Z-score: 2964.5 bits: 559.8 E(85289): 2.2e-158
Smith-Waterman score: 2928; 49.9% identity (76.7% similar) in 930 aa overlap (14-934:11-932)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKA-STVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLG
::.: . ::: : .: .. :.: .::: :::. :::. .:.:.
NP_061 MAAPTKCQLRGRLVLLCSLLGMLWEARASQIRYSVPEETEKGYIVGNISKDLALEPR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 SLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELF
:. :: :.:: . ..: .: ..: . . :.::::::. : : :.....::. ..:.
NP_061 ELAERRVRIVSRGRTQLFSLNPRSGTLVTAGRIDREELCAQSPRCLVNFKVLVEDRVKLY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 SVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEY
..:. . ::::. : : .. ....:.: ..::.:.:: : ::::: ::::.:.:: :..
NP_061 GIEIEVTDINDSAPKFQAESLEVKINEIAVPGARYPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNHH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 FALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDAND
:.: ::: .... :::::::::::. . .::::: ::: : :... ::. :::.::
NP_061 FSLNVQTGDNGAINPELVLERALDREEATAHHLVLTASDGGEPRRSSTVRIHVTVLDTND
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 NAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDL
::::: : .::..:::..: :: .. . :.::::: ::.. :.: . :. :: :.
NP_061 NAPVFAQRIYRVKVLENVPPGTWLLTATASDLDEGINGKVAYKFWKINEKQ-SLLFQLNE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 VTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYS
:: .. ::.:. ...:. :::.: :.. .: :::. : ::::: ::.:.::..:
NP_061 NTGEISTAKSLDYEECSFYEMEIQAED-GGGLKGW-TKVLISVEDVNDNRPEVTITSLFS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 PVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRET
:: :::: :::: :... : :.:.:: :.: . .: :.: .: ..:. : :. ::::
NP_061 PVREDAPQGTVILLFNAHDRDSGKNGQVVCSIQENLSFTLENSEEDYYRLLTAQILDREK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 VPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNL
. :::...:: : ::: ::. . .::.::::::: ::.::.::. ::: :. :...
NP_061 ASEYNITVTATDRGTPPLSTEIHITLQVTDINDNPPAFSQASYSVYLPENNARGTSIFSV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 SVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHI
..:::. .:.:. . : :. . . .. : .:: :.:.. .: .:::. :.... .
NP_061 IAYDPDSNENSRVIYSLAEDTIQGSPLSTYVSINSDTGVLYALCSFDYEQFRDLQMQVTA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 SDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGW
::.:.: :..:.:. .:: :.:::::..::: : :...::. ::.. :.::..::.
NP_061 SDSGSPPLSSNVSLRLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAV
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE6 DADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSL
: :.:.:::::: :. . . .::..:::::.. ::: . : :. .:.:.: ..:.:.: :
NP_061 DRDSGQNAWLSYRLFKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPL
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE6 STTATLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPRE-QKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIF
:.:.::::..... :. :.. : . : . . ..::.::.... .:: :.. :. .. .
NP_061 SATVTLTVAIADSIPDILADLGSLQIPADLEASDLTLYLVVAVAVVSCVFLTFVITLLAL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE6 KVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYHQVY-LTTDSRRSDPLL
.. .:..:. : :: ..: .: . .:.::. :.. : : . ::.:::.: ..
NP_061 RLRHWHSSH-LLRATSDGLAGVPTSHFVGVDGVRAFLQT---YSQEFSLTADSRKSHLIF
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KE6 KKPGAASPLASRQNTLRSCDP--VFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGS
.:. :. : :.:. .. .: : . . :..: :::::::::::::::::::::
NP_061 PQPNYADTLISQQSCEKN-EPLCVSVDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGS
780 790 800 810 820
840 850 860 870 880 890
pF1KE6 QNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVP
830 840 850 860 870 880
900 910 920 930
pF1KE6 DYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
890 900 910 920 930
>>NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 isofor (932 aa)
initn: 1670 init1: 1670 opt: 2923 Z-score: 2959.5 bits: 558.9 E(85289): 4.2e-158
Smith-Waterman score: 2923; 51.0% identity (76.1% similar) in 926 aa overlap (17-934:14-932)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGAL-NKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLG
: .: :::.: . :.. :.: :::: ::: :::.: .:::.
NP_061 MAPPQRHPQRSEQVLLLTLLGTLWGAAAAQIRYSIPEELEKGSFVGNIVKDLGLEPQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 SLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELF
:. . :.:: . ..: .: ..: . . :.::::::. : : :.....::. :.:.
NP_061 ELAEHGVRIVSRGRMQLFSLNPRNGSLVTAGRIDREELCAQSPRCLVSFNILVEDKLNLY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 SVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEY
::: : :::::.: : .:....: : .::..:::: ..::::: :::: ..:: : .
NP_061 PVEVEIVDINDNTPRFLKEELEVKILENAAPSSRFPLMEVYDPDVGMNSLQGFKLSGNSH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 FALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDAND
:.. ::.. . :: ::::: .:::: : .:::::.::: :. :. : . :::.::
NP_061 FSVDVQSEAHGPKYPELVLEGTLDREGEAVYRLVLTAMDGGDPVRSSVAQILVTVLDVND
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 NAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDL
:.:.:.: .::. : :. : :: :. : ::: ::: .::. ::: . . :.: :..
NP_061 NTPMFTQPVYRVSVPENLPVGTPVLAVTATDQDEGVHGEVTYSF-VKITEKISQIFCLNV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 VTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYS
.:: .. .. ::.::....:. ..:.: . . : :::. ..:::::.::..:::
NP_061 LTGEISTSANLDYEDSSFYELGVEARDGPGLRDRA--KVLITILDVNDNVPEVVVTSGSR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 PVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRET
. :.:: ::::::..: : :.: :::::: .: .::: : .:. ::. : :.: ::::
NP_061 TIAESAPPGTVIALFQVFDRDSGLNGLVTCSIPRSLPFELEKSVGNYYRLVTNAALDREE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 VPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNL
: ::...:: : ::: ::. ::. ..:.: ::::: .:::.::. ::: :: :...
NP_061 VFLYNITVTATDKGTPPLSTETIISLNVADTNDNPPTFPHSSYSVYVLENNPRGASIFSV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 SVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHI
.. :::. :::..:. : :. . . .. : .:: :.::. .: .:::. :...: .
NP_061 NALDPDVDQNAQVSYSLAEDTLQGAPLSSYVSINSDTGILYALRSFDYEQLRDLQLWVTA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 SDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGW
::.: : :..:.:...:: :.:::::..::: : :...::. ::.. :.::..::.
NP_061 SDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAV
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE6 DADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSL
: :.:.:::::: :: . . .::..:::::.. ::: . : :. .:.:.: ..:.:.: :
NP_061 DRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPL
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE6 STTATLTVSVTEDSPEARAEFPS-GSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIF
:.:.::::.:.. :. :.. : . . . ..::.::.... :: :.. :. .. .
NP_061 SATVTLTVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE6 KVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLK
.. .:..:: : .: ..: :: . ...::. :.. :.: ::.:::.: ..
NP_061 RLQRWHKSR-LLQASGGGLASMPGSHFVGVEGVRAFLQT--YSHEVSLTADSRKSHLIFP
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KE6 KPGAASPLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQ--QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQ
.:. :. : . :.. .. .:.. : : .. : : ::::::::::::::::::::::
NP_061 QPNYADTLIN-QESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQ
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KE6 NGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPD
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930
pF1KE6 YRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 YRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 isofo (935 aa)
initn: 1794 init1: 949 opt: 2921 Z-score: 2957.4 bits: 558.5 E(85289): 5.4e-158
Smith-Waterman score: 2921; 50.8% identity (76.4% similar) in 924 aa overlap (21-934:19-935)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNK-ASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLG
..::.: . :.: .::: ::: :::. .:::.
NP_061 MANRLQRGDRSRLLLLLCIFLGTLRGFRARQIRYSVPEETEKGSFVGNISKDLGLEPR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 SLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELF
:. : :.:: .. ..: :: ..: ... :.:::::: :. :: ...::.::. :...
NP_061 ELAKRGVRIVSRGKTQLFAVNPRSGSLITAGRIDREELCETVSSCFLNMELLVEDTLKIY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 SVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEY
.::: : ::::: :.: .:.....:: . ::.:: : .:.::::: ::::.:.:: :.:
NP_061 GVEVEIIDINDNAPSFQEDEVEIKVSEHAIPGARFALPNARDPDVGVNSLQSYQLSPNNY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 FALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDAND
:.:... : :..: ::::: .::::.: . :.::::::: : ....::.. :::.::
NP_061 FSLQLRGRTDGAKNPELVLEGSLDREKEAAHLLLLTALDGGDPIRKGAVPIRVVVLDVND
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 NAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDL
. :.:.::.::. : :. :::::..: ::: ::: :::..::: . .. . ..: ::
NP_061 HIPMFTQSVYRVSVPENISSGTRVLMVNATDPDEGINGEVMYSF-RNMESKASEIFQLDS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 VTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYS
:: . ..: :::: ...:. ::..: :. . .:. ::::::::::::.:: .
NP_061 QTGEVQVRGSLDFEKYRFYEMEIQGQDGGG--LFTTTTMLITVVDVNDNAPEITITSSIN
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 PVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRET
. :..: :::::::.: : :.:::: :.: .: :::.: .. ::. : :: ::::
NP_061 SILENSPPGTVIALLNVQDQDSGENGQVSCFIPNHLPFKLEKTYGNYYKLITSRVLDREL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 VPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNL
: ::...:: : :.: ::: : : ..:.: ::::: .:::..:: ::: :: :...
NP_061 VQSYNITLTATDQGSPPLSAETHVWLNVADDNDNPPVFPHSSYSAYIPENNPRGASIFSV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 SVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHI
.. :::. ::: ... : .. .. .. : .:: ..:.. .: .:::. :..:: .
NP_061 TALDPDSKQNALVTYSLTDDTVQGVPLSSYVSINSNTGVLYALQSFDYEQFRDLELRVIA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 SDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGW
:.: : :..:.:...:: :.:::::..::: : :...::. ::.. :.::..::.
NP_061 RDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAV
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE6 DADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSL
: :.:.:::::: :: . . .:::.: :::.. ::: . : :. .:.:.: ..:.:.: :
NP_061 DKDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPL
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE6 STTATLTVSVTEDSPEARAEFPS-GSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIF
:.:.::::.:... ::. :.. : : . ..:..::.... :: :.: :. .. .
NP_061 SATVTLTVAVADSIPEVLADLGSLESLANSETSDLSLYLVVAVAAVSCIFLVFVIVLLAL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE6 KVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLLK
....:..:: : .: ..: : . .:.:.. :.. :.: : .::..: ..
NP_061 RLWRWHKSR-LLQASEGGLAGMPTSHFVGVDGVQAFLQT--YSHEVSLIADSQKSHLIFP
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KE6 KPGAASPLASRQNTLRSCDPVFYRQ----VLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSG
.:. .. : :... .: .:.. . .:: . .:::::::::::::::::::::
NP_061 QPNYGDTLISQESCEKS-EPLLIAEDSAIILGKCDPTSNQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSG
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KE6 SQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHV
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930
pF1KE6 PDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920 930
>>NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 isofor (932 aa)
initn: 1728 init1: 1728 opt: 2920 Z-score: 2956.4 bits: 558.4 E(85289): 6.2e-158
Smith-Waterman score: 2920; 50.6% identity (77.0% similar) in 932 aa overlap (14-934:10-932)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLL-LLGALNKA-STVIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDL
:: ...: :::.: .. : :.: . :: .:: :::.. .:::.
NP_061 MTNCLSFRNGRGLALLCALLGTLCETGSGQIRYSVSEELDKGSFVGNIANDLGLEP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 GSLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLEL
:. : :.:: . ..: .: ..: . . .:.::::::. .: : : ....::. :..
NP_061 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPQSGSLVTAERIDREELCAQIPLCLVKINILVEDKLKI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 FSVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNE
: ::. :.::::: : :::.:....:.: ..::::::...: ::::: ::::.:.:: :.
NP_061 FEVEIEIKDINDNAPNFPTEELEIKIGELTVPGTRFPIKTAFDPDVGINSLQNYKLSPND
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 YFALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDAN
::.: :.. ...:: :::::::::::.. ::::.: ::: :. :..: :.. :::::
NP_061 YFSLAVNSVSEGAKYPELVLERALDREKKEIHQLVLVASDGGDPVHSGNLHIQVIVLDAN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 DNAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALD
:: :.:.: ::. : :..: :::.. : ::: ::: :... : . . . . ..: :.
NP_061 DNPPMFTQPEYRVSVWENVPVGTRLLTVNATDPDEGFNAQVSYILDKMP-GKIAEIFHLN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 LVTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEG--AHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTS
:.: ..: ::.::. ..:: :.:.: .: : .. :.:: :.::::::::::.::
NP_061 SVSGEVSILKSLDYEDAMFYEIKIEAQD---GP-GLLSRAKILVTVLDVNDNAPEITITS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 VYSPVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLD
. : :::.. .: :::..: : :.:.:: : : .:::.: .:. .:. : :...::
NP_061 LTSSVPEEGTVGREIALIDVHDRDSGQNGQVEVFVLGNLPFKLEKSIDQYYRLVTATSLD
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 RETVPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPI
:: . :::.:. : :.:.: ::. : . ..: ::::::: . ::..:: ::: :: :
NP_061 REQISEYNISLRASDGGSPPLSTETHITLHVIDINDNPPTFPHLSYSAYIPENNPRGASI
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 LNLSVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELT
..... :::. .:::... : :. . . .. . .:: ..:.. .: .:::. :...:
NP_061 FSVTAQDPDSNNNARITYALTEDTLQGAPLSSFVSINSNTGVLYALRSFDYEQFRDLKLL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 AHISDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEMLPRGTSAGHLVSRV
. ::.:.: :..:.:.:.:: :.:::::..::: : :...::. ::.. :.::..:
NP_061 VTASDSGNPPLSSNVSLNLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKV
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE6 VGWDADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGE
:. : :.:.:::::: :: . . .::..:::::.. ::: . : :. .:.:.: ..:.:.
NP_061 VAVDRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQ
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE6 PSLSTTATLTVSVTEDSPEARAEFPS-GSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGV
: ::.:.::::.:.. :. :.. : . . . ..::.::.... :: :.. :. .
NP_061 PPLSATVTLTVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE6 IIFKVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDP
. ... .:..:: : .: ..: ::: . ::.::. :.. :.: ::.:::.:
NP_061 LALRLRRWHKSR-LLQASGGGLASTPGSHFVGADGVRAFLQT--YSHEVSLTADSRKSHL
720 730 740 750 760
780 790 800 810 820
pF1KE6 LLKKPGAASPLASRQNTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPG--QQAPPNTDWRFSQAQRPGTS
.. .:. :. : :... .: .:.. : : .. . ::::::::::::::::::::
NP_061 IFPQPNYADTLISQESCEKS-EPLLITQDLLEMKGDSNLLQQAPPNTDWRFSQAQRPGTS
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KE6 GSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQH
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930
pF1KE6 VPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
890 900 910 920 930
>>NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 isofo (936 aa)
initn: 1691 init1: 1691 opt: 2906 Z-score: 2942.2 bits: 555.7 E(85289): 3.8e-157
Smith-Waterman score: 2906; 50.9% identity (74.9% similar) in 934 aa overlap (8-934:15-936)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKASTVIHYEIPEEREKGFAVGNVVAN
:::: :. :: . : : :::: ::: :::. .
NP_061 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQ-----ISYSIPEELEKGSFVGNISKD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 LGLDLGSLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVE
::: :. : :.:: . ..: .: ..: ... :.::::::. :.:.....::
NP_061 LGLAPRELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 NPLELFSVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYE
. ..::..:. . ::::: : : .... ..:.: :: : :::: : ::::: ::::.:.
NP_061 DRVKLFGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 LSRNEYFALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIK
:: :..:.::::.: ...:: :::::..::::.: .::::: ::: : :... . .
NP_061 LSPNKHFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 VLDANDNAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQ
:.:::::::::. ::. : :. : ::... : ::: ::: :::. ::: . . . .
NP_061 VFDANDNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 LFALDLVTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEIT
: :. :: . :. ::.:.: ..:: :::.: :: : :::. : :::::.::.:
NP_061 -FQLNKYTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAY--LATAKVLITVEDVNDNSPELT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 VTSVYSPVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSA
.::..::: ::.:::::.:::.: :::. .:: ::: . :::.: .:. .:. :
NP_061 ITSLFSPVTEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 DLDRETVPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPG
:::: : ::...:: :.:.: ::. . .::.::::::: :: :: .:: ::: :
NP_061 ALDREQVSSYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 APILNLSVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREF
: :..... :::. .::.. . : :. . .. :..:: :.:.. .: .:::. .:.
NP_061 ASIFSVTALDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHEL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 ELTAHISDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEMLPRGTSAGHLV
.. . ::.: : :..:.:...:: :.:::::..::: : :...::. ::.. :.::
NP_061 QMQVTASDSGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLV
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE6 SRVVGWDADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKD
..::. : :.:.:::::: :: . . .:::.: :::.. ::: . : :. .:.:.: ..:
NP_061 TKVVAVDRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQD
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700
pF1KE6 NGEPSLSTTATLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQK-KNLTFYLLLSLILVSVGFVVTV
.:.: ::.:.::::.:... :.. :.. : .: ... ..::.::.... :: :.. :
NP_061 HGQPPLSATVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFV
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KE6 FGVIIFKVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSL-HADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRR
. .. .. .:..:: : .: ..: . : . .:.::. :.. :.: ::.:::.
NP_061 IVLLAHRLRRWHKSR-LLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQT--YSHEVSLTADSRK
720 730 740 750 760
770 780 790 800 810 820
pF1KE6 SDPLLKKPGAASPLASRQNTLRSCDPV--FYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRP
: .. .:. :. : : :.. .. ::. . . . :..: ::::::::::::::::
NP_061 SHLIFPQPNYADTLIS-QESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRP
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KE6 GTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFT
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930
pF1KE6 LQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
890 900 910 920 930
>>NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 isofor (932 aa)
initn: 1717 init1: 1717 opt: 2869 Z-score: 2904.8 bits: 548.8 E(85289): 4.7e-155
Smith-Waterman score: 2869; 50.2% identity (75.4% similar) in 934 aa overlap (14-934:11-932)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLLLLGALNKAST-VIHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLDLG
:... . :::.: . . :.: .::: .:: :::. .::::
NP_114 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 SLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLELF
.:. . :.:: . ..: .: ..: ... :.::::::. : : .... .::. .::
NP_114 KLAKHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 SVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRNEY
.::. : ::::::: : .......:.: ..::.:.:: : ::::: ::::.:.:: :..
NP_114 GVEIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 FALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDAND
:.: ::: .... :::::::::::.: . .::::: ::: : :... ::. :::.::
NP_114 FSLDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTND
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 NAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHNRAGVRQLFALDL
::::: . .::..:::. : :::.. : :.: ::: ::.. :.: . :. . :: :.
NP_114 NAPVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQT-PLFQLNE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 VTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTSVYS
:: ..: ::.:. ...:. :::.: :: .. :.:. : ::::: ::. .::..:
NP_114 NTGEISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGA--LLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 PVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLDRET
:: :.. :::::.::: : :.:.:: :.: . .:::.: .:. ::. : : ::::.
NP_114 PVLENSLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDREN
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 VPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPILNL
: ::... : : ::: ::. : . ..:.::::::: ..::..:: :::: :: :..:
NP_114 VSIYNITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSL
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 SVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELTAHI
.. :::. .::.... . :. . . .. :..:: :.:.. .: .:::. :...: .
NP_114 TAHDPDSQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 SDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR-P--GGSSVEMLPRGTSAGHLVSRVVGW
::.: : :..:.:...:: :.:::::..::: : :...::. ::.. :.::..::.
NP_114 SDSGDPPLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAV
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE6 DADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGEPSL
: :.:.:::::: :: . . .::..:::::.. ::: . : :. .:.:.: ..:.:.: :
NP_114 DRDSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPL
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE6 STTATLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQK-KNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVIIF
:.:.::::.:... ::. .:. : . . . ..::.::.... .: :.. : .. .
NP_114 SATVTLTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE6 KVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPG-PSLHADAVRGGLMSPHLYHQ-VYLTTDSRRSDPLL
.. .:..:: : .: : : :. : .:. . : : : ::.:::.: ..
NP_114 RLRRWHKSRLLQ----DSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIF
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820
pF1KE6 KKPGAASPLASRQ------NTLRSCDPVFYRQVLGAESAPPGQQAPPNTDWRFSQAQRPG
.:. :. : :.. . : : : :. . : :::::::::::::::::::
NP_114 PQPNYADMLISQEGCEKNDSLLTSVDFHEYK-----NEADHGQQAPPNTDWRFSQAQRPG
780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KE6 TSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 TSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTL
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930
pF1KE6 QHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 QHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
890 900 910 920 930
>>NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 isofor (931 aa)
initn: 1751 init1: 844 opt: 2860 Z-score: 2895.7 bits: 547.1 E(85289): 1.5e-154
Smith-Waterman score: 2860; 50.3% identity (73.3% similar) in 943 aa overlap (7-934:7-931)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MVPEAWRSGLVSTGRVVGVLL--LLGALNKASTV-IHYEIPEEREKGFAVGNVVANLGLD
: ::: : . ::: ::. . : : :.: :::: :. .:::.. .:::.
NP_061 MKASSGRCGLV---RWLQVLLPFLLSLFPGALPVQIRYSIPEELAKNSVVGNLAKDLGLS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 LGSLSARRFRVVSGASRRFFEVNRETGEMFVNDRLDREELCGTLPSCTVTLELVVENPLE
. .: ::..:: .: ...: :: :.:...:.::.:::..:: : :.. .. :.::::.
NP_061 VRDLPARKLRV--SAEKEYFTVNPESGDLLVSDRIDREQICGKQPLCVLDFDTVAENPLN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 LFSVEVVIQDINDNNPAFPTQEMKLEISEAVAPGTRFPLESAHDPDVGSNSLQTYELSRN
.: . :..::::::.: : ...:.:.:.. ::: :::. : : ::: :::: :.:. :
NP_061 IFYIAVIVQDINDNTPLFKQTKINLKIGESTKPGTTFPLDPALDSDVGPNSLQRYHLNDN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 EYFALRVQTREDSTKYAELVLERALDREREPSLQLVLTALDGGTPALSASLPIHIKVLDA
::: : . :. :: ::.:...::::.. ::::::.::: : :.. :.::: ::
NP_061 EYFDLAEKQTPDGRKYPELILKHSLDREEHSLHQLVLTAVDGGDPPQSGTTQIRIKVTDA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 NDNAPVFNQSLYRARVLEDAPSGTRVVQVLATDLDEGPNGEIIYSFGSHN-RAGVRQLFA
::: :::.:..::. . ::.: : :.:: ::: ::: :.:: ::: :: :...:
NP_061 NDNPPVFSQDVYRVTLREDVPPGFFVLQVTATDRDEGINAEITYSF--HNVDEQVKHFFN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 LDLVTGMLTIKGRLDFEDTKLHEIYIQAKDKGANPEGAHCKVLVEVVDVNDNAPEITVTS
:. :: .: : :::: .. . . :.::: : .:::.. ::..: :: :::. :::
NP_061 LNEKTGEITTKDDLDFEIASSYTLSIEAKDPG--DLAAHCSIQVEILDDNDCAPEVIVTS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 VYSPVPEDAPLGTVIALLSVTDLDAGENGLVTCEVPPGLPFSLTSSLKNYFTLKTSADLD
: .:.:::.: ::::::... : :.:::: : :.: . : : :: :::. : :.. ::
NP_061 VSTPLPEDSPPGTVIALIKTRDRDSGENGEVYCQVLGNAKFILKSSSKNYYKLVTDGALD
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 RETVPEYNLSITARDAGTPSLSALTIVRVQVSDINDNPPQSSQSSYDVYIEENNLPGAPI
:: .:::::.::: :.: : ::. :: ...::.::: : .:.:: :.. ::: ::: :
NP_061 REEIPEYNLTITATDGGKPPLSSSIIVTLHISDVNDNAPVFQQTSYMVHVAENNPPGASI
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE6 LNLSVWDPDAPQNARLSFFLLEQGAETGLVGRYFTINRDNGIVSSLVPLDYEDRREFELT
..:. ::: ....:. .. . . . : ... ..:.: . .:.:. : ::::
NP_061 AQISASDPDLGPSGQVSYSIVASDLKPREILSYVSVSAQSGVVFAQRAFDHEQLRAFELT
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE6 AHISDGGTPVLATNISVNIFVTDRNDNAPQVLYPR--PGGSSV-EMLPRGTSAGHLVSRV
. : :.:.:..:.:. ..: : :::::.:::: : ::.. .:.::.. :.::..:
NP_061 LQARDQGSPALSANVSLRVLVGDLNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKV
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE6 VGWDADAGHNAWLSYSLLGSPNQSLFAIGLHTGQISTARPVQDTDSPRQTLTVLIKDNGE
:. :::.:::::::: .: . . .::..::.::.. ::: . : :. :: : : ..:.:.
NP_061 VAVDADSGHNAWLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQ
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE6 PSLSTTATLTVSVTEDSPEARAEFPSGSAPREQKKNLTFYLLLSLILVSVGFVVTVFGVI
: ::.:::: . ... :. .. . : . . .: :::...: :.:: : ..:. .:
NP_061 PPLSATATLHLIFADSLQEVLPDLSDRREPSDPQAKLQFYLVVALALISVLFFLAVILAI
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE6 IFKVYKWKQSRDLYRAPVSSLYRTPGPSLHADAVRGGLMSPHLYHQVYLTTDSRRSDPLL
... . .. : . .: :::.. . .: : :. :. . ... .:
NP_061 SLRL-RLSSRSDAWDCFQPGLSSKPGPGVLPNYSEGTL--PYSYNLCVASQSAKTEFNFL
720 730 740 750 760
780 790 800 810 820
pF1KE6 KKPGAASP-LASRQNTLRSCDPVFYRQVL--GAESAPPG-----QQAPPNTDWRFSQAQR
. .: :. :. . :: . ..: :: ..: . .:::::::::::::::
NP_061 N----ITPELVPAQDLV--CDNASWEQNTNHGAAGVPFASDTILKQAPPNTDWRFSQAQR
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KE6 PGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQF
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930
pF1KE6 TLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
890 900 910 920 930
934 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 15:36:40 2016 done: Tue Nov 8 15:36:42 2016
Total Scan time: 13.080 Total Display time: 0.290
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]