FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6710, 692 aa
1>>>pF1KE6710 692 - 692 aa - 692 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.6499+/-0.000829; mu= 24.6323+/- 0.050
mean_var=84.8253+/-16.486, 0's: 0 Z-trim(109.3): 42 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.139255
statistics sampled from 10772 (10806) to 10772 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.332), width: 16
Scan time: 3.680
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45354.1 SLCO3A1 gene_id:28232|Hs108|chr15 ( 692) 4670 948.5 0
CCDS10371.1 SLCO3A1 gene_id:28232|Hs108|chr15 ( 710) 4496 913.5 0
CCDS8683.1 SLCO1C1 gene_id:53919|Hs108|chr12 ( 712) 1428 297.1 5.7e-80
CCDS8684.1 SLCO1B3 gene_id:28234|Hs108|chr12 ( 702) 1395 290.5 5.6e-78
CCDS53757.1 SLCO1C1 gene_id:53919|Hs108|chr12 ( 730) 1392 289.9 8.7e-78
CCDS8685.1 SLCO1B1 gene_id:10599|Hs108|chr12 ( 691) 1372 285.9 1.4e-76
CCDS44843.1 SLCO1B7 gene_id:338821|Hs108|chr12 ( 640) 1221 255.5 1.8e-67
CCDS53759.1 SLCO1C1 gene_id:53919|Hs108|chr12 ( 612) 1127 236.6 8.3e-62
CCDS55243.1 SLCO5A1 gene_id:81796|Hs108|chr8 ( 687) 1107 232.6 1.4e-60
CCDS6205.1 SLCO5A1 gene_id:81796|Hs108|chr8 ( 848) 1107 232.7 1.7e-60
CCDS8686.1 SLCO1A2 gene_id:6579|Hs108|chr12 ( 670) 1040 219.2 1.6e-56
CCDS44683.1 SLCO2B1 gene_id:11309|Hs108|chr11 ( 687) 792 169.3 1.6e-41
CCDS8235.1 SLCO2B1 gene_id:11309|Hs108|chr11 ( 709) 792 169.4 1.7e-41
CCDS3084.1 SLCO2A1 gene_id:6578|Hs108|chr3 ( 643) 746 160.1 9.4e-39
CCDS34205.1 SLCO4C1 gene_id:353189|Hs108|chr5 ( 724) 638 138.4 3.5e-32
CCDS75282.1 SLCO6A1 gene_id:133482|Hs108|chr5 ( 657) 496 109.9 1.3e-23
CCDS34206.1 SLCO6A1 gene_id:133482|Hs108|chr5 ( 719) 496 109.9 1.3e-23
CCDS53679.1 SLCO2B1 gene_id:11309|Hs108|chr11 ( 565) 484 107.4 6.1e-23
CCDS55242.1 SLCO5A1 gene_id:81796|Hs108|chr8 ( 793) 377 86.0 2.2e-16
CCDS53758.1 SLCO1C1 gene_id:53919|Hs108|chr12 ( 663) 351 80.7 7.4e-15
>>CCDS45354.1 SLCO3A1 gene_id:28232|Hs108|chr15 (692 aa)
initn: 4670 init1: 4670 opt: 4670 Z-score: 5069.4 bits: 948.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4670; 99.7% identity (99.9% similar) in 692 aa overlap (1-692:1-692)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IGAQVLLGIGATPVQPLGVSYIDDHVRRKDSSLYIGILFTMLVFGPACGFILGSFCTKIY
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QAMLSEREYERPKPSNGVLRHPLEPDSSASCFQQLRVIPKVTKHLLSNPVFTCIILAACM
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EIAVVAGFAAFLGKYLEQQFNLTTSSANQLLGMTAIPCACLGIFLGGLLVKKLSLSALGA
370 380 390 400 410 420
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CCDS45 IRMAMLVNLVSTACYVSFLFLGCDTGPVAGVTVPYGNSTAPGSALDPYSPCNNNCECQTD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
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CCDS45 SFTPVCGADGITYLSACFAGCNSTNLTGCACLTTVPAENATVVPGKCPSPGCQEAFLTFL
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550 560 570 580 590 600
pF1KE6 CVMCICSLIGAMAQTPSVIILIRTVSPELKSYALGVLFLLLRLLGFIPPPLIFGAGIDST
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CCDS45 CVMCICSLIGAMAQTPSVIILIRTVSPELKSYALGVLFLLLRLLGFIPPPLIFGAGIDST
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610 620 630 640 650 660
pF1KE6 CLFWSTFCGEQGACVLYDNVVYRYLYVSIAIALKSFAFILYTTTWQCLRKNYKRYIKNHE
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CCDS45 CLFWSTFCGEQGACVLYDNVVYRYLYVSIAIALKSFAFILYTTTWQCLRKNYKRYIKNHE
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KE6 GGLSTSTEYQDIETEKTCPESHSPSEDSFVRS
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GGLSTSTEYQDIETEKTCPESHSPSEDSFVRS
670 680 690
>>CCDS10371.1 SLCO3A1 gene_id:28232|Hs108|chr15 (710 aa)
initn: 4495 init1: 4495 opt: 4496 Z-score: 4880.3 bits: 913.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4496; 96.8% identity (98.3% similar) in 688 aa overlap (1-688:1-688)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MQGKKPGGSSGGGRSGELQGDEAQRNKKKKKKVSCFSNIKIFLVSECALMLAQGTVGAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MQGKKPGGSSGGGRSGELQGDEAQRNKKKKKKVSCFSNIKIFLVSECALMLAQGTVGAYL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 VSVLTTLERRFNLQSADVGVIASSFEIGNLALILFVSYFGARGHRPRLIGCGGIVMALGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VSVLTTLERRFNLQSADVGVIASSFEIGNLALILFVSYFGARGHRPRLIGCGGIVMALGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
CCDS10 LLSALPEFLTHQYKYEAGEIRWGAEGRDVCAANGSGGDEGPDPDLICRNRTATNMMYLLL
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IGAQVLLGIGATPVQPLGVSYIDDHVRRKDSSLYIGILFTMLVFGPACGFILGSFCTKIY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS10 VDAVFIDTSNLDITPDDPRWIGAWWGGFLLCGALLFFSSLLMFGFPQSLPPHSEPAMESE
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QAMLSEREYERPKPSNGVLRHPLEPDSSASCFQQLRVIPKVTKHLLSNPVFTCIILAACM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EIAVVAGFAAFLGKYLEQQFNLTTSSANQLLGMTAIPCACLGIFLGGLLVKKLSLSALGA
370 380 390 400 410 420
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pF1KE6 IRMAMLVNLVSTACYVSFLFLGCDTGPVAGVTVPYGNSTAPGSALDPYSPCNNNCECQTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IRMAMLVNLVSTACYVSFLFLGCDTGPVAGVTVPYGNSTAPGSALDPYSPCNNNCECQTD
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pF1KE6 SFTPVCGADGITYLSACFAGCNSTNLTGCACLTTVPAENATVVPGKCPSPGCQEAFLTFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SFTPVCGADGITYLSACFAGCNSTNLTGCACLTTVPAENATVVPGKCPSPGCQEAFLTFL
490 500 510 520 530 540
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pF1KE6 CVMCICSLIGAMAQTPSVIILIRTVSPELKSYALGVLFLLLRLLGFIPPPLIFGAGIDST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CVMCICSLIGAMAQTPSVIILIRTVSPELKSYALGVLFLLLRLLGFIPPPLIFGAGIDST
550 560 570 580 590 600
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pF1KE6 CLFWSTFCGEQGACVLYDNVVYRYLYVSIAIALKSFAFILYTTTWQCLRKNYKRYIKNHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CLFWSTFCGEQGACVLYDNVVYRYLYVSIAIALKSFAFILYTTTWQCLRKNYKRYIKNHE
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670 680 690
pF1KE6 GGLSTSTEYQDIETEKTCPESHSPSEDSFVRS
:::::: . . : . .. :....
CCDS10 GGLSTSEFFASTLTLDNLGRDPVPANQTHRTKFIYNLEDHEWCENMESVL
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>>CCDS8683.1 SLCO1C1 gene_id:53919|Hs108|chr12 (712 aa)
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Smith-Waterman score: 1434; 34.6% identity (67.2% similar) in 676 aa overlap (30-670:33-689)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MQGKKPGGSSGGGRSGELQGDEAQRNKKKKKKVSCFSNIKIFLVSECALMLAQGTVGAY
..: : ...:.:: . ...:.. . .:
CCDS86 TSSKENIQLFCKTSVQPVGRPSFKTEYPSSEEKQPCCGELKVFLCALSFVYFAKALAEGY
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pF1KE6 LVSVLTTLERRFNLQSADVGVIASSFEIGNLALILFVSYFGARGHRPRLIGCGGIVMALG
: :..: .::::.. :. :::: .::::::: .: :::::::. :::..:: : ..:..:
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.:: :.:.:. .::::: :.. . .. : ..:. : . :
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:...: ...: ..: ::: ::.::::..:.:: . . ....::: . :. ..::
CCDS86 EVDTSSSMWIYVFLG-NLLRGIGETPIQPLGIAYLDDFASEDNAAFYIGCVQTVAIIGPI
180 190 200 210 220 230
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pF1KE6 CGFILGSFCTKIYVDAVFIDTSNLDITPDDPRWIGAWWGGFLLCGALLFFSSLLMFGFPQ
::.:::.:.:.::: :.. ... ::: ::.:.:::: :.:. : . ..... .. .:.
CCDS86 FGFLLGSLCAKLYVDIGFVNLDHITITPKDPQWVGAWWLGYLIAGIISLLAAVPFWYLPK
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290 300 310 320 330 340
pF1KE6 SLP---PHSDPAMESEQAML---SEREYERPKPSNGVLRHPLEPDSSASCFQQLRVIPKV
::: . : ::.. . .. .:. :. : :. ... : .
CCDS86 SLPRSQSREDSNSSSEKSKFIIDDHTDYQTPQGEN------------AKIMEMARDFLPS
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pF1KE6 TKHLLSNPVFTCIILAACMEIAVVAGFAAFLGKYLEQQFNLTTSSANQLLGMTAIPCACL
:.:..:::. . .. ... . :.... ::.:::.. ..: :: ..:. :: . :
CCDS86 LKNLFGNPVYFLYLCTSTVQFNSLFGMVTYKPKYIEQQYGQSSSRANFVIGLINIPAVAL
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pF1KE6 GIFLGGLLVKKLSLSALGAIRMAMLVNLVSTACYVSFLFLGCDTGPVAGVTVPYGNSTAP
::: ::...::. .:. :: .. . .. . ..:.. :::... :::.:: : ..: :
CCDS86 GIFSGGIVMKKFRISVCGAAKLYLGSSVFGYLLFLSLFALGCENSDVAGLTVSY-QGTKP
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pF1KE6 GSALDP--YSPCNNNCECQTDSFTPVCGADGITYLSACFAGCNSTNLTG-------CACL
: . .: ::. :.:. .. :.:: .::::.:::.:::...: .: :.:.
CCDS86 VSYHERALFSDCNSRCKCSETKWEPMCGENGITYVSACLAGCQTSNRSGKNIIFYNCTCV
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pF1KE6 TTVPAE--NATVVPGKCPSP-GCQEAFLTFLCVMCICSLIGAMAQTPSVIILIRTVSPEL
. .. :.. . :.: . :: . :: :: . : : ... :. :.:.: ..:.:
CCDS86 GIAASKSGNSSGIVGRCQKDNGCPQMFLYFLVISVITSYTLSLGGIPGYILLLRCIKPQL
530 540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KE6 KSYALGVLFLLLRLLGFIPPPLIFGAGIDSTCLFWS-TFCGEQGACVLYDNVVYRYLYVS
::.:::. : .:.:. :: :. ::. ::..:: :. :: .:.: :::. :.:..:..
CCDS86 KSFALGIYTLAIRVLAGIPAPVYFGVLIDTSCLKWGFKRCGSRGSCRLYDSNVFRHIYLG
590 600 610 620 630 640
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pF1KE6 IAIALKSFAFILYTTTWQCLRKNY----KRYIKNHEGGLSTSTEYQDIETEKTCPESHSP
... : . ...: .. :.::: . .: ..: . .::..:
CCDS86 LTVILGTVSILLSIAVLFILKKNYVSKHRSFITKRERTM-VSTRFQKENYTTSDHLLQPN
650 660 670 680 690 700
690
pF1KE6 SEDSFVRS
CCDS86 YWPGKETQL
710
>>CCDS8684.1 SLCO1B3 gene_id:28234|Hs108|chr12 (702 aa)
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Smith-Waterman score: 1395; 34.5% identity (69.0% similar) in 652 aa overlap (23-653:11-652)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MQGKKPGGSSGGGRSGELQGDEAQRNKKKKKKVSCFSNIKIFLVSECALMLAQGTVGAYL
:. ...:::. ...:.::.. ..:.. : .
CCDS86 MDQHQHLNKTAESASSEKKKTRRCNGFKMFLAALSFSYIAKALGGIIM
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 VSVLTTLERRFNLQSADVGVIASSFEIGNLALILFVSYFGARGHRPRLIGCGGIVMALGA
.: .::::...:. .:.: .::::::: .:.::::::.. :::.::: : ..:. :.
CCDS86 KISITQIERRFDISSSLAGLIDGSFEIGNLLVIVFVSYFGSKLHRPKLIGIGCLLMGTGS
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE6 LLSALPEFLTHQYKY----EAGEIRWGAEGRDVCAANGSGGDEGPDPDLI---CLNRTAT
.:..::.:. :.: . . . .. . ..: : . . .: .:... :......
CCDS86 ILTSLPHFFMGYYRYSKETHINPSENSTSSLSTCLINQTLSFNGTSPEIVEKDCVKESGS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 NMMYLLLIGAQVLLGIGATPVQPLGVSYIDDHVRRKDSSLYIGILFTMLVFGPACGFILG
.: ...: ..: ::: ::. :::.::::: ... ::::.: : .. ..::. :: ::
CCDS86 HMWIYVFMG-NMLRGIGETPIVPLGISYIDDFAKEGHSSLYLGSLNAIGMIGPVIGFALG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 SFCTKIYVDAVFIDTSNLDITPDDPRWIGAWWGGFLLCGALLFFSSLLMFGFPQSLP--P
:. .:.::: ..: :.. ::: : ::.:::: :::. : . ..::. .: .:.. : :
CCDS86 SLFAKMYVDIGYVDLSTIRITPKDSRWVGAWWLGFLVSGLFSIISSIPFFFLPKN-PNKP
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 HSDPAMESEQAMLSEREYERPKPSNGVLRHPLEPDSSASCFQQLRVIPKVTKHLLSNPVF
... . .:. . .: . .: . . . .. ::.: : .:.::..
CCDS86 QKERKISLSLHVLKTND-DRNQTANLTNQGKNVTKNVTGFFQSL-------KSILTNPLY
290 300 310 320 330
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pF1KE6 TCIILAACMEIAVVAGFAAFLGKYLEQQFNLTTSSANQLLGMTAIPCACLGIFLGGLLVK
. ..: . .... : ... ::.:::.. ..: :: :::. .:: . :.::::...:
CCDS86 VIFLLLTLLQVSSFIGSFTYVFKYMEQQYGQSASHANFLLGIITIPTVATGMFLGGFIIK
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE6 KLSLSALGAIRMAMLVNLVSTACYVSFLFLGCDTGPVAGVTVPYGNSTAPGSALD-PYSP
:..:: .: ....:....: . .. : :.. :::.:. : .... .: .: : :
CCDS86 KFKLSLVGIAKFSFLTSMISFLFQLLYFPLICESKSVAGLTLTYDGNNSVASHVDVPLSY
400 410 420 430 440 450
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pF1KE6 CNNNCECQTDSFTPVCGADGITYLSACFAGCNSTN-------LTGCACL--TTVPAENAT
::..:.:. ... :::: .:::::: :.:::.:.. . .:.:. : . .: .
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. :.:: . : . :. .. .. : ::..: . : ... .. :.::::. :.: ..
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:: . ..:...
CCDS86 LYIVFIFAMKKKFQGKDTKASDNERKVMDEANLEFLNNGEHFVPSAGTDSKTCNLDMQDN
640 650 660 670 680 690
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::.:::.:.:.::: :.. ... ::: ::.:.:::: :.:. : . ..... .. .:.
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CCDS53 GIFSGGIVMKKFRISVCGAAKLYLGSSVFGYLLFLSLFALGCENSDVAGLTVSY-QGTKP
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. .. :.. . :.: . :: . :: :: . : : ... :. :.:.: ..:.:
CCDS53 GIAASKSGNSSGIVGRCQKDNGCPQMFLYFLVISVITSYTLSLGGIPGYILLLRCIKPQL
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::.:::. : .:.:. :: :. ::. ::..:: :. :: .:.: :::. :.:: :
CCDS53 KSFALGIYTLAIRVLAGIPAPVYFGVLIDTSCLKWGFKRCGSRGSCRLYDSNVFRYQIKS
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CCDS53 IPASHCYSIPDLHNATDTNKFSCHFTACKTYIS----GTNCDTGHS-VNSPKHCSTFHFK
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690
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CCDS86 RVSSLVLYIILIYAMKKKYQEKDINASENGSVMDEANLESLNKNKHFVPSAGADSETHC
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CCDS44 FLVSGIVSIISSIPFFFLP--LNPNK-PQKERKVSLFLHVLKTNDKRNQIANLTNRRKYI
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CCDS44 SKTNFLLGVLALPAVAIGMFSGGYIIKKFKLSLVGLAKLAFCSATVHLLSQVLYFFLICE
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CCDS44 SKSVAGLTLTYDGNSPVRSHVDVPLSYCNSECNCDESQWEPVCGNNGITYLSPCLAGCKS
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.. . .:.:. .. .: . :.:: . .: . ... .. . ... :..
CCDS44 SSGNKEPIVFYNCSCVEVIGLQNKNYSAHLGECPRDDACTRKSYVYFVIQVLDAFLCAVG
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CCDS44 LTSYSVLVIRIVQPELKALAIGFHSMIMRSLGGILVPIYFGALIDTTCMKWSTNSCGARG
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CCDS44 EFLNDSEHFVPSAEEQ
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CCDS53 MGVGTLLIAMPQFFMEQYKYE----RYSPS
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CCDS53 SNSTLSISPCLLESSSQLPVSVMEKSKSKISNECEVDTSSSMWIYVFLG-NLLRGIGETP
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CCDS53 IQPLGIAYLDDFASEDNAAFYIGCVQTVAIIGPIFGFLLGSLCAKLYVDIGFVNLDHITI
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CCDS53 TPKDPQWVGAWWLGYLIAGIISLLAAVPFWYLPKSLPRSQSREDSNSSSEKSKFIIDDHT
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CCDS53 DYQTPQGEN------------AKIMEMARDFLPSLKNLFGNPVYFLYLCTSTVQFNSLFG
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CCDS53 MVTYKPKYIEQQYGQSSSRANFVIGLINIPAVALGIFSGGIVMKKFRISVCGAAKLYLGS
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CCDS53 SVFGYLLFLSLFALGCENSDVAGLTVSY-QGTKPVSYHERALFSDCNSRCKCSETKWEPM
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CCDS53 CGENGITYVSACLAGCQTSNRSGKNIIFYNCTCVGIAASKSGNSSGIVGRCQKDNGCPQM
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CCDS53 ACKTYIS----GTNCDTGHS-VNSPKHCSTFHFKEKLCFKTQKFYNQERKNNGVYKIPKG
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CCDS53 KLHYK
610
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CCDS55 DCNHRVDLSKTFSVSSALAMLQERRCLYVVLTDSRCFLVCMCFLTFIQALMVSGYLSSVI
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