Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6625
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6625, 334 aa
1>>>pF1KE6625 334 - 334 aa - 334 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4265+/-0.000438; mu= -6.7980+/- 0.027
mean_var=351.9170+/-70.208, 0's: 0 Z-trim(121.4): 247 B-trim: 0 in 0/57
Lambda= 0.068368
statistics sampled from 37669 (37992) to 37669 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.751), E-opt: 0.2 (0.445), width: 16
Scan time: 7.750
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001258767 (OMIM: 613352) serine/Arginine-relate ( 334) 2127 223.3 5.9e-58
NP_057709 (OMIM: 613352) serine/Arginine-related p ( 334) 2127 223.3 5.9e-58
NP_001258763 (OMIM: 613352) serine/Arginine-relate ( 276) 1179 129.7 7.3e-30
XP_016866202 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 719) 350 48.3 5.9e-05
XP_016866201 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 719) 350 48.3 5.9e-05
NP_001309344 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 787) 350 48.3 6.3e-05
NP_001309343 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 787) 350 48.3 6.3e-05
XP_016866199 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 796) 350 48.3 6.4e-05
XP_016866200 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 796) 350 48.3 6.4e-05
NP_116259 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich prot ( 805) 350 48.3 6.4e-05
NP_001309334 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 350 48.3 6.4e-05
NP_056306 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich prot ( 805) 350 48.3 6.4e-05
NP_001309337 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 350 48.3 6.4e-05
NP_001309335 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 805) 350 48.3 6.4e-05
NP_001309341 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 350 48.4 6.5e-05
XP_005266969 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/se ( 814) 350 48.4 6.5e-05
NP_001309342 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 350 48.4 6.5e-05
NP_001309339 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich p ( 814) 350 48.4 6.5e-05
XP_016858305 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 301) 325 45.5 0.00018
XP_016858308 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 301) 325 45.5 0.00018
XP_016858306 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 301) 325 45.5 0.00018
XP_016858307 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 301) 325 45.5 0.00018
XP_016858310 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 300) 323 45.3 0.0002
XP_016858309 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 300) 323 45.3 0.0002
XP_016858303 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 431) 325 45.6 0.00023
XP_011540733 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 431) 325 45.6 0.00023
XP_011540730 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 431) 325 45.6 0.00023
XP_016858304 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 431) 325 45.6 0.00023
XP_005271396 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 491) 325 45.7 0.00025
XP_005271395 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 491) 325 45.7 0.00025
XP_016858300 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 490) 323 45.5 0.00028
XP_006722006 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 413) 301 43.2 0.0011
NP_057508 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isofo ( 432) 301 43.3 0.0012
NP_006098 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 isofo ( 432) 301 43.3 0.0012
XP_005257506 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 472) 301 43.3 0.0012
NP_001317259 (OMIM: 609434) luc7-like protein 3 is ( 489) 301 43.3 0.0013
XP_011535347 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding ( 638) 302 43.5 0.0014
NP_067062 (OMIM: 612427) RNA-binding protein 25 [H ( 843) 302 43.6 0.0018
XP_011535346 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding ( 843) 302 43.6 0.0018
XP_005257509 (OMIM: 609434) PREDICTED: luc7-like p ( 442) 282 41.4 0.0044
XP_016864544 (OMIM: 609268) PREDICTED: splicing re ( 503) 283 41.5 0.0045
XP_005247024 (OMIM: 606093) PREDICTED: peptidyl-pr ( 754) 287 42.1 0.0045
XP_005247023 (OMIM: 606093) PREDICTED: peptidyl-pr ( 754) 287 42.1 0.0045
NP_004783 (OMIM: 606093) peptidyl-prolyl cis-trans ( 754) 287 42.1 0.0045
NP_005617 (OMIM: 601940) serine/arginine-rich spli ( 494) 282 41.4 0.0047
XP_016858321 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053
XP_016858320 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053
XP_016858319 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053
XP_016858322 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053
XP_016858323 (OMIM: 602010) PREDICTED: serine/argi ( 293) 275 40.5 0.0053
>>NP_001258767 (OMIM: 613352) serine/Arginine-related pr (334 aa)
initn: 2127 init1: 2127 opt: 2127 Z-score: 1161.5 bits: 223.3 E(85289): 5.9e-58
Smith-Waterman score: 2127; 100.0% identity (100.0% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSSSSDSRTYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSSSSDSRTYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKSYRVQRSRSKSRTRRSRSRPRLRSHSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKSYRVQRSRSKSRTRRSRSRPRLRSHSRS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 SERSSHRRTRSRSRDRERRKGRDKEKREKEKDKGKDKELHNIKRGESGNIKAGLEHLPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SERSSHRRTRSRSRDRERRKGRDKEKREKEKDKGKDKELHNIKRGESGNIKAGLEHLPPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 EQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAKRRKEEDQATLVEQVKRVKEIEAIESDSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAKRRKEEDQATLVEQVKRVKEIEAIESDSF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 VQQTFRSSKEVKKSVEPSEVKQATSTSGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VQQTFRSSKEVKKSVEPSEVKQATSTSGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE6 AHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQERLMGSPVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQERLMGSPVA
310 320 330
>>NP_057709 (OMIM: 613352) serine/Arginine-related prote (334 aa)
initn: 2127 init1: 2127 opt: 2127 Z-score: 1161.5 bits: 223.3 E(85289): 5.9e-58
Smith-Waterman score: 2127; 100.0% identity (100.0% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSSSSDSRTYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSSSSDSRTYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKSYRVQRSRSKSRTRRSRSRPRLRSHSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKSYRVQRSRSKSRTRRSRSRPRLRSHSRS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 SERSSHRRTRSRSRDRERRKGRDKEKREKEKDKGKDKELHNIKRGESGNIKAGLEHLPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SERSSHRRTRSRSRDRERRKGRDKEKREKEKDKGKDKELHNIKRGESGNIKAGLEHLPPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 EQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAKRRKEEDQATLVEQVKRVKEIEAIESDSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAKRRKEEDQATLVEQVKRVKEIEAIESDSF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 VQQTFRSSKEVKKSVEPSEVKQATSTSGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VQQTFRSSKEVKKSVEPSEVKQATSTSGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE6 AHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQERLMGSPVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 AHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQERLMGSPVA
310 320 330
>>NP_001258763 (OMIM: 613352) serine/Arginine-related pr (276 aa)
initn: 1126 init1: 1126 opt: 1179 Z-score: 657.2 bits: 129.7 E(85289): 7.3e-30
Smith-Waterman score: 1619; 82.6% identity (82.6% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-276)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSSSSDSRTYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSSSSDSRTYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKSYRVQRSRSKSRTRRSRSRPRLRSHSRS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKSYRVQRSRSKSRTRR-------------
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 SERSSHRRTRSRSRDRERRKGRDKEKREKEKDKGKDKELHNIKRGESGNIKAGLEHLPPA
:::::::::::::::
NP_001 ---------------------------------------------ESGNIKAGLEHLPPA
110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 EQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAKRRKEEDQATLVEQVKRVKEIEAIESDSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAKRRKEEDQATLVEQVKRVKEIEAIESDSF
130 140 150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 VQQTFRSSKEVKKSVEPSEVKQATSTSGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VQQTFRSSKEVKKSVEPSEVKQATSTSGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSL
190 200 210 220 230 240
310 320 330
pF1KE6 AHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQERLMGSPVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQERLMGSPVA
250 260 270
>>XP_016866202 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/serine (719 aa)
initn: 456 init1: 233 opt: 350 Z-score: 209.9 bits: 48.3 E(85289): 5.9e-05
Smith-Waterman score: 350; 31.1% identity (59.4% similar) in 286 aa overlap (7-282:399-676)
10 20 30
pF1KE6 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSS---SSDSR
. ..: . :.:. . : .:::: ::.::
XP_016 NSLSLLEAREADGDVVNEKKRTPNETTSVLEPKKEHKEKEKQGRSRSGSSSSGSSSSNSR
370 380 390 400 410 420
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 TYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSHSYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKS
: : .. .: .: : : . :: : :..:: : : . .::.:::: :: : :
XP_016 TSSTSSTVSSSSYSSSSGSSRTSSRSSSPKRKKRHSRSRSPTIKARRSRSRSYSR-RIK-
430 440 450 460 470 480
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 YRVQRSRSKSRTRRSRSRPRLRSHSRSSERSSHRRTRSRSRDRERRKGRDKEKREKEKDK
. .:.: : : :: .: .. . : .. :..: :::::.:.:: .: ...: ... :
XP_016 IESNRARVKIRDRRRSNRNSIERERRRNRSPSRERRRSRSRSRDRRTNRASRSRSRDRRK
490 500 510 520 530 540
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 GKDKELHNIKRGE-SGNIKAGLEHLPPAEQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAK
:. ::. ::: . . :. : : . . . : :. . .. ...: .
XP_016 IDDQ------RGNLSGNSHKHKGEAKEQERKKERSRSIDKDRKKKDKEREREQDKRKEKQ
550 560 570 580 590 600
220 230 240 250 260
pF1KE6 RRKEEDQ--ATLVEQVKRVKEIEAI--ESDSFVQQTFR--SSKEVKKSVEPSEVKQATST
.:.:.: .. ...:: .: : .: :. . .: : .. :::. . :.. :
XP_016 KREEKDFKFSSQDDRLKRKRESERTFSRSGSISVKIIRHDSRQDSKKSTTKDSKKHSGSD
610 620 630 640 650 660
270 280 290 300 310 320
pF1KE6 SGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSLAHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQE
:. :. .: :....
XP_016 SSGRSSSESPGSSKEKKAKKPKHSRSRSVEKSQRSGKKASRKHKSKSRSRSTTPPRRKR
670 680 690 700 710
>>XP_016866201 (OMIM: 616653) PREDICTED: arginine/serine (719 aa)
initn: 456 init1: 233 opt: 350 Z-score: 209.9 bits: 48.3 E(85289): 5.9e-05
Smith-Waterman score: 350; 31.1% identity (59.4% similar) in 286 aa overlap (7-282:399-676)
10 20 30
pF1KE6 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSS---SSDSR
. ..: . :.:. . : .:::: ::.::
XP_016 NSLSLLEAREADGDVVNEKKRTPNETTSVLEPKKEHKEKEKQGRSRSGSSSSGSSSSNSR
370 380 390 400 410 420
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 TYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSHSYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKS
: : .. .: .: : : . :: : :..:: : : . .::.:::: :: : :
XP_016 TSSTSSTVSSSSYSSSSGSSRTSSRSSSPKRKKRHSRSRSPTIKARRSRSRSYSR-RIK-
430 440 450 460 470 480
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 YRVQRSRSKSRTRRSRSRPRLRSHSRSSERSSHRRTRSRSRDRERRKGRDKEKREKEKDK
. .:.: : : :: .: .. . : .. :..: :::::.:.:: .: ...: ... :
XP_016 IESNRARVKIRDRRRSNRNSIERERRRNRSPSRERRRSRSRSRDRRTNRASRSRSRDRRK
490 500 510 520 530 540
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 GKDKELHNIKRGE-SGNIKAGLEHLPPAEQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAK
:. ::. ::: . . :. : : . . . : :. . .. ...: .
XP_016 IDDQ------RGNLSGNSHKHKGEAKEQERKKERSRSIDKDRKKKDKEREREQDKRKEKQ
550 560 570 580 590 600
220 230 240 250 260
pF1KE6 RRKEEDQ--ATLVEQVKRVKEIEAI--ESDSFVQQTFR--SSKEVKKSVEPSEVKQATST
.:.:.: .. ...:: .: : .: :. . .: : .. :::. . :.. :
XP_016 KREEKDFKFSSQDDRLKRKRESERTFSRSGSISVKIIRHDSRQDSKKSTTKDSKKHSGSD
610 620 630 640 650 660
270 280 290 300 310 320
pF1KE6 SGPASAVADPPSTEKEIDPTSIPTAIKYQDDNSLAHPNLFIEKADAEEKWFKRLIALRQE
:. :. .: :....
XP_016 SSGRSSSESPGSSKEKKAKKPKHSRSRSVEKSQRSGKKASRKHKSKSRSRSTTPPRRKR
670 680 690 700 710
>>NP_001309344 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich prote (787 aa)
initn: 456 init1: 233 opt: 350 Z-score: 209.4 bits: 48.3 E(85289): 6.3e-05
Smith-Waterman score: 350; 31.1% identity (59.4% similar) in 286 aa overlap (7-282:476-753)
10 20 30
pF1KE6 MGRRSSDTEEESRSKRKKKHRRRSSSSS---SSDSR
. ..: . :.:. . : .:::: ::.::
NP_001 NSLSLLEAREADGDVVNEKKRTPNETTSVLEPKKEHKEKEKQGRSRSGSSSSGSSSSNSR
450 460 470 480 490 500
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 TYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSHSYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKS
: : .. .: .: : : . :: : :..:: : : . .::.:::: :: : :
NP_001 TSSTSSTVSSSSYSSSSGSSRTSSRSSSPKRKKRHSRSRSPTIKARRSRSRSYSR-RIK-
510 520 530 540 550 560
100 110 120 130 140 150
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>>NP_116259 (OMIM: 616653) arginine/serine-rich protein (805 aa)
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pF1KE6 TYSRKKGGRKSRSKSRSWSRDLQPRSHSYDRRRRHRSSSSSSYGSRRKRSRSRSRGRGKS
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NP_116 TSSTSSTVSSSSYSSSSGSSRTSSRSSSPKRKKRHSRSRSPTIKARRSRSRSYSR-RIK-
530 540 550 560 570 580
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 YRVQRSRSKSRTRRSRSRPRLRSHSRSSERSSHRRTRSRSRDRERRKGRDKEKREKEKDK
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NP_116 IESNRARVKIRDRRRSNRNSIERERRRNRSPSRERRRSRSRSRDRRTNRASRSRSRDRRK
590 600 610 620 630 640
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 GKDKELHNIKRGE-SGNIKAGLEHLPPAEQAKARLQLVLEAAAKADEALKAKERNEEEAK
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NP_116 IDDQ------RGNLSGNSHKHKGEAKEQERKKERSRSIDKDRKKKDKEREREQDKRKEKQ
650 660 670 680 690
220 230 240 250 260
pF1KE6 RRKEEDQ--ATLVEQVKRVKEIEAI--ESDSFVQQTFR--SSKEVKKSVEPSEVKQATST
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]