Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6480
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6480, 510 aa
1>>>pF1KE6480 510 - 510 aa - 510 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4578+/-0.000412; mu= 17.5540+/- 0.025
mean_var=77.5289+/-16.286, 0's: 0 Z-trim(111.1): 77 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.145661
statistics sampled from 19523 (19601) to 19523 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 8.040
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005271374 (OMIM: 603878) PREDICTED: monocarboxy ( 487) 698 156.8 1.4e-37
NP_004687 (OMIM: 603878) monocarboxylate transport ( 487) 698 156.8 1.4e-37
NP_001310910 (OMIM: 614242) monocarboxylate transp ( 509) 584 132.8 2.3e-30
XP_016871373 (OMIM: 614242) PREDICTED: monocarboxy ( 509) 584 132.8 2.3e-30
NP_919274 (OMIM: 614242) monocarboxylate transport ( 509) 584 132.8 2.3e-30
XP_016871372 (OMIM: 614242) PREDICTED: monocarboxy ( 551) 584 132.9 2.4e-30
XP_016871728 (OMIM: 611910,612018) PREDICTED: mono ( 516) 554 126.5 1.8e-28
XP_016871727 (OMIM: 611910,612018) PREDICTED: mono ( 516) 554 126.5 1.8e-28
XP_016871726 (OMIM: 611910,612018) PREDICTED: mono ( 516) 554 126.5 1.8e-28
NP_998771 (OMIM: 611910,612018) monocarboxylate tr ( 516) 554 126.5 1.8e-28
NP_001188476 (OMIM: 603878) monocarboxylate transp ( 425) 548 125.2 3.8e-28
NP_699188 (OMIM: 615765) monocarboxylate transport ( 471) 504 116.0 2.5e-25
XP_016879770 (OMIM: 615765) PREDICTED: monocarboxy ( 511) 492 113.5 1.5e-24
XP_011521909 (OMIM: 603877) PREDICTED: monocarboxy ( 465) 491 113.3 1.6e-24
NP_001193879 (OMIM: 603877) monocarboxylate transp ( 465) 491 113.3 1.6e-24
NP_001193880 (OMIM: 603877) monocarboxylate transp ( 465) 491 113.3 1.6e-24
NP_004198 (OMIM: 603877) monocarboxylate transport ( 465) 491 113.3 1.6e-24
NP_001035887 (OMIM: 603877) monocarboxylate transp ( 465) 491 113.3 1.6e-24
NP_001035888 (OMIM: 603877) monocarboxylate transp ( 465) 491 113.3 1.6e-24
NP_001193881 (OMIM: 603877) monocarboxylate transp ( 465) 491 113.3 1.6e-24
XP_005256545 (OMIM: 615765) PREDICTED: monocarboxy ( 566) 492 113.5 1.6e-24
XP_016884174 (OMIM: 610409) PREDICTED: monocarboxy ( 504) 472 109.3 2.8e-23
NP_037488 (OMIM: 610409) monocarboxylate transport ( 504) 472 109.3 2.8e-23
NP_004686 (OMIM: 603879) monocarboxylate transport ( 505) 468 108.4 5e-23
NP_001258694 (OMIM: 603879) monocarboxylate transp ( 505) 468 108.4 5e-23
XP_011523764 (OMIM: 603879) PREDICTED: monocarboxy ( 532) 468 108.5 5.2e-23
XP_005257847 (OMIM: 603879) PREDICTED: monocarboxy ( 545) 468 108.5 5.3e-23
NP_001257552 (OMIM: 603654) monocarboxylate transp ( 478) 462 107.2 1.1e-22
XP_005269288 (OMIM: 603654) PREDICTED: monocarboxy ( 478) 462 107.2 1.1e-22
NP_004722 (OMIM: 603654) monocarboxylate transport ( 478) 462 107.2 1.1e-22
NP_001257551 (OMIM: 603654) monocarboxylate transp ( 478) 462 107.2 1.1e-22
NP_001188475 (OMIM: 603878) monocarboxylate transp ( 439) 451 104.8 5.3e-22
XP_006711096 (OMIM: 603878) PREDICTED: monocarboxy ( 377) 446 103.7 9.7e-22
NP_001310906 (OMIM: 614242) monocarboxylate transp ( 422) 438 102.1 3.4e-21
NP_001310907 (OMIM: 614242) monocarboxylate transp ( 422) 438 102.1 3.4e-21
NP_001310908 (OMIM: 614242) monocarboxylate transp ( 422) 438 102.1 3.4e-21
NP_001310909 (OMIM: 614242) monocarboxylate transp ( 422) 438 102.1 3.4e-21
XP_011533724 (OMIM: 607550) PREDICTED: monocarboxy ( 321) 423 98.9 2.4e-20
XP_006715392 (OMIM: 607550) PREDICTED: monocarboxy ( 325) 423 98.9 2.5e-20
NP_003042 (OMIM: 245340,600682,610021,616095) mono ( 500) 424 99.2 3e-20
NP_001159968 (OMIM: 245340,600682,610021,616095) m ( 500) 424 99.2 3e-20
XP_011540329 (OMIM: 245340,600682,610021,616095) P ( 500) 424 99.2 3e-20
XP_011540328 (OMIM: 245340,600682,610021,616095) P ( 500) 424 99.2 3e-20
NP_061063 (OMIM: 607550) monocarboxylate transport ( 515) 423 99.0 3.5e-20
XP_011523763 (OMIM: 603880) PREDICTED: monocarboxy ( 523) 419 98.2 6.4e-20
XP_016880781 (OMIM: 603880) PREDICTED: monocarboxy ( 523) 419 98.2 6.4e-20
XP_016880780 (OMIM: 603880) PREDICTED: monocarboxy ( 523) 419 98.2 6.4e-20
NP_004685 (OMIM: 603880) monocarboxylate transport ( 523) 419 98.2 6.4e-20
NP_001167637 (OMIM: 603880) monocarboxylate transp ( 523) 419 98.2 6.4e-20
XP_005257846 (OMIM: 603880) PREDICTED: monocarboxy ( 527) 419 98.2 6.5e-20
>>XP_005271374 (OMIM: 603878) PREDICTED: monocarboxylate (487 aa)
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Smith-Waterman score: 698; 29.6% identity (62.1% similar) in 494 aa overlap (17-492:3-477)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MYTSHEDIGYDFEDGPKDKKTLKPHPN-IDGGWAWMMVLSSFFVHILIMGSQMALGVLNV
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XP_005 MLKREGKVQPYTKTLDGGWGWMIVIHFFLVNVFVMGMTKTFAIFFV
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 EWLEEFHQSRGLTAWVSSLSMGITLIVGPFIGLFINTCGCRQTAIIGGLVNSLGWVLSAY
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120 130 140 150 160 170
pF1KE6 AANVHYLFITFGVAAGLGSGMAYLPAVVMVGRYFQKRRALAQGLSTTGTGFGTFLMTVLL
:... .: .:.:. ::::.. : :.:.. .::.:: ::. ... .: :. :::.. .
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pF1KE6 KSTGQQGRTEE---KDG-----GLGNEE-TLCDLQAQECPDQAGHRKNMCALRILKTVSW
. . .::: ::. :: ... :. . :..: . : .: :.: .
XP_005 ATETHCHETEESTIKDSTTQKAGLPSKNLTVSQNQSEEFYN--GPNRN----RLLLKSDE
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. .: .: . ::: : .: : . :.. .. :: .:: .. .. .
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:. :.:. .:.. ...: : .:: :. .. ..: ..: .:. . .::.
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pF1KE6 HTYAGLAVICALIGFSSGYFSLMPVVTEDLVGIEHLANAYGIIICANGISALLGPPFAGW
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pF1KE6 IYDITQKYDFSFYICGLLYMIGILFLLIQPCIRIIEQSRRKYMDGAHV
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XP_005 LYDYTQTYNGSFYFSGICYLLSSVSFFFVPLAERWKNSLT
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>>NP_004687 (OMIM: 603878) monocarboxylate transporter 5 (487 aa)
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Smith-Waterman score: 698; 29.6% identity (62.1% similar) in 494 aa overlap (17-492:3-477)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MYTSHEDIGYDFEDGPKDKKTLKPHPN-IDGGWAWMMVLSSFFVHILIMGSQMALGVLNV
: . ..:. . .::::.::.:. :.:....:: ..... :
NP_004 MLKREGKVQPYTKTLDGGWGWMIVIHFFLVNVFVMGMTKTFAIFFV
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pF1KE6 EWLEEFHQSRGLTAWVSSLSMGITLIVGPFIGLFINTCGCRQTAIIGGLVNSLGWVLSAY
. :::. . .:..:. .. . .::..... . : . :.:.:..: . :...:..
NP_004 VFQEEFEGTSEQIGWIGSIMSSLRFCAGPLVAIICDILGEKTTSILGAFVVTGGYLISSW
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pF1KE6 AANVHYLFITFGVAAGLGSGMAYLPAVVMVGRYFQKRRALAQGLSTTGTGFGTFLMTVLL
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NP_004 ATSIPFLCVTMGLLPGLGSAFLYQVAAVVTTKYFKKRLALSTAIARSGMGL-TFLLAPFT
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pF1KE6 KYLCAEYGWRNAMLIQGAVSLNLCVCGALMRPLSPGKNPNDPGEKDVRG--LPAHSTESV
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pF1KE6 QNDVFPLTSIIAIVHIFGKVILGVIADLPCISVWNV----FLLANFTLVLSIFI--LPLM
:. :.:. .:.. ...: : .:: :. .. ..: ..: .:. . .::.
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pF1KE6 HTYAGLAVICALIGFSSGYFSLMPVVTEDLVGIEHLANAYGIIICANGISALLGPPFAGW
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pF1KE6 IYDITQKYDFSFYICGLLYMIGILFLLIQPCIRIIEQSRRKYMDGAHV
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NP_004 LYDYTQTYNGSFYFSGICYLLSSVSFFFVPLAERWKNSLT
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>>NP_001310910 (OMIM: 614242) monocarboxylate transporte (509 aa)
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Smith-Waterman score: 975; 35.1% identity (69.4% similar) in 484 aa overlap (22-490:3-480)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MYTSHEDIGYDFEDGPKDKKTLKPHPNIDGGWAWMMVLSSFFVHILIMGSQMALGVLNVE
:: : ::::.:..:. ::....: .:: .:.::: .:
NP_001 MELKKSP--DGGWGWVIVFVSFLTQFLCYGSPLAVGVLYIE
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pF1KE6 WLEEFHQSRGLTAWVSSLSMGITLIVGPFIGLFINTCGCRQTAIIGGLVNSLGWVLSAYA
::. : ...: ::::.::. :. :...: .: ... : : ..:..:.. . : .::..:
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pF1KE6 ANVHYLFITFGVAAGLGSGMAYLPAVVMVGRYFQKRRALAQGLSTTGTGFGTFLMTVLLK
:...::...:...::: :. : .:... .::. ::.:: :: .::.. : :....: .
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.: :: . .:: ::..::. .::.:::::. : : :.: : . .. . ..
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. : ... .. .::: :.: . : .. : . : :. . . : :. :
NP_001 NLEENINILDKSYSSEEKCRITLANGDWKQDSLLHKNPT-VTHTKEPETYK--KKVAEQT
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pF1KE6 MRVRK-GFEDW--YSGYFG-TASLFTNRMFVA-FIFWALFAYSSFVIPFIHLPEIVNLYN
. .. . . : :..: : :..:: :..: : :: :: ..: : . . ... :
NP_001 YFCKQLAKRKWQLYKNYCGETVALFKNKVFSALFIAILLFDIGGFP-PSLLMEDVARSSN
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pF1KE6 LSEQNDVFPLTSIIAIVHIFGKVILGVIADLPCISVWNVFLLANFTLVLSIFILPLMHTY
..:.. ..:: :::.:. ::..::..::. :.. ... . . . :.. .:. ..:
NP_001 VKEEEFIMPLISIIGIMTAVGKLLLGILADFKWINTLYLYVATLIIMGLALCAIPFAKSY
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NP_001 VTLALLSGILGFLTGNWSIFPYVTTKTVGIEKLAHAYGILMFFAGLGNSLGPPIVGWFYD
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:: ::..::. :. ..: ..::.
NP_001 WTQTYDIAFYFSGFCVLLGGFILLLAALPSWDTCNKQLPKPAPTTFLYKVASNV
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>>XP_016871373 (OMIM: 614242) PREDICTED: monocarboxylate (509 aa)
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Smith-Waterman score: 975; 35.1% identity (69.4% similar) in 484 aa overlap (22-490:3-480)
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pF1KE6 MYTSHEDIGYDFEDGPKDKKTLKPHPNIDGGWAWMMVLSSFFVHILIMGSQMALGVLNVE
:: : ::::.:..:. ::....: .:: .:.::: .:
XP_016 MELKKSP--DGGWGWVIVFVSFLTQFLCYGSPLAVGVLYIE
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pF1KE6 WLEEFHQSRGLTAWVSSLSMGITLIVGPFIGLFINTCGCRQTAIIGGLVNSLGWVLSAYA
::. : ...: ::::.::. :. :...: .: ... : : ..:..:.. . : .::..:
XP_016 WLDAFGEGKGKTAWVGSLASGVGLLASPVCSLCVSSFGARPVTIFSGFMVAGGLMLSSFA
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pF1KE6 ANVHYLFITFGVAAGLGSGMAYLPAVVMVGRYFQKRRALAQGLSTTGTGFGTFLMTVLLK
:...::...:...::: :. : .:... .::. ::.:: :: .::.. : :....: .
XP_016 PNIYFLFFSYGIVVGLGCGLLYTATVTITCQYFDDRRGLALGLISTGSSVGLFIYAALQR
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pF1KE6 YLCAEYGWRNAMLIQGAVSLNLCVCGALMRPLS------PGK-NPND-PGEKDVRGLPAH
.: :: . .:: ::..::. .::.:::::. : : :.: : . .. . ..
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