Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6444
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6444, 510 aa
1>>>pF1KE6444 510 - 510 aa - 510 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4534+/-0.000766; mu= 14.6975+/- 0.046
mean_var=152.2399+/-31.449, 0's: 0 Z-trim(113.3): 118 B-trim: 2 in 1/54
Lambda= 0.103947
statistics sampled from 13842 (13983) to 13842 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.761), E-opt: 0.2 (0.43), width: 16
Scan time: 2.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1 ( 510) 3411 523.3 2.5e-148
CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 487) 712 118.6 1.7e-26
CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 549) 690 115.3 1.8e-25
CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 366) 674 112.7 7.1e-25
CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 458) 555 95.0 1.9e-19
CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 517) 542 93.1 8.1e-19
CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 352) 514 88.7 1.2e-17
CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 392) 474 82.8 7.9e-16
CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 417) 474 82.8 8.3e-16
CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 372) 463 81.1 2.4e-15
CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 364) 457 80.2 4.4e-15
CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 538) 401 72.0 1.9e-12
CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 479) 370 67.3 4.5e-11
>>CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1 (510 aa)
initn: 3411 init1: 3411 opt: 3411 Z-score: 2776.6 bits: 523.3 E(32554): 2.5e-148
Smith-Waterman score: 3411; 100.0% identity (100.0% similar) in 510 aa overlap (1-510:1-510)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPCFYRGDSGE
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CCDS12 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPCFYRGDSGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 QVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVEQPPPPRNPLDGSVLLRNAVQA
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CCDS12 QVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVEQPPPPRNPLDGSVLLRNAVQA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 DEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGPALEEGQGLTLAASCTAEGSPAPS
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CCDS12 DEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGPALEEGQGLTLAASCTAEGSPAPS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 VTWDTEVKGTTSSRSFKHSRSAAVTSEFHLVPSRSMNGQPLTCVVSHPGLLQDQRITHIL
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CCDS12 VTWDTEVKGTTSSRSFKHSRSAAVTSEFHLVPSRSMNGQPLTCVVSHPGLLQDQRITHIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 HVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPSYNWTRLDGPLPSGVRVDGDTL
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CCDS12 HVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPSYNWTRLDGPLPSGVRVDGDTL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 GFPPLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLDPQEDSGKQVDLVSASVVVVGVIAALL
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CCDS12 GFPPLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLDPQEDSGKQVDLVSASVVVVGVIAALL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 FCLLVVVVVLMSRYHRRKAQQMTQKYEEELTLTRENSIRRLHSHHTDPRSQPEESVGLRA
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CCDS12 FCLLVVVVVLMSRYHRRKAQQMTQKYEEELTLTRENSIRRLHSHHTDPRSQPEESVGLRA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE6 EGHPDSLKDNSSCSVMSEEPEGRSYSTLTTVREIETQTELLSPGSGRAEEEEDQDEGIKQ
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CCDS12 EGHPDSLKDNSSCSVMSEEPEGRSYSTLTTVREIETQTELLSPGSGRAEEEEDQDEGIKQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KE6 AMNHFVQENGTLRAKPTGNGIYINGRGHLV
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CCDS12 AMNHFVQENGTLRAKPTGNGIYINGRGHLV
490 500 510
>>CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 (487 aa)
initn: 326 init1: 110 opt: 712 Z-score: 589.4 bits: 118.6 E(32554): 1.7e-26
Smith-Waterman score: 712; 34.7% identity (65.6% similar) in 363 aa overlap (20-376:21-373)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTG--RCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPCFYRGD
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CCDS58 MAEGWRWCFVRRTPGLLRGPLLPRSFSGNPRALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLI--E
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 SGEQVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVEQPPPPRNPLDGSVLLRNA
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CCDS58 VNETITQISWEKIH-GKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLN--DATITLHNI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 VQADEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGP-ALEEGQGLTLAASC-TAEG
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CCDS58 GFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLIDGGNETVAAICIAATG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 SPAPSVTWDTEVKGTTSSRSFKHSRSAAVTSEFHLVPSRSMNGQPLTCVVSHPGLLQDQR
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CCDS58 KPVAHIDWEGDLGEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPALEKDIR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 ITHILHVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPSYN-WTRLDGPLPSGVR
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CCDS58 YSFILDIQYAPEVSVTGY-DGN-WFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQWPDGLL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 VDGDTLGF-PPLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLDPQEDSGKQVDLVSASVVVV
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CCDS58 ASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDVPF---KQTSSIAVAGAVI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 GVIAALLFCLLVVVVVLMSRYHRRKAQQMTQKYEEELTLTRENSIRRLHSHHTDPRSQPE
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CCDS58 GAVLALFIIAIFVTVLLTPRKKRPSYLDKVIDLPPTHKPPPLYEERSPPLPQKDLFQPEH
360 370 380 390 400 410
>>CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 (549 aa)
initn: 153 init1: 153 opt: 690 Z-score: 570.9 bits: 115.3 E(32554): 1.8e-25
Smith-Waterman score: 692; 30.5% identity (60.1% similar) in 486 aa overlap (12-455:36-505)
10 20 30
pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPA--GELETSDV
: ::::. : :. : : : . .
CCDS29 RPSPLCPGGGKAQLSSASLLGAGLLLQPPTPPPLLLLLFPLLLFSRLCGALAGPIIVEPH
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 VTVVLGQDAKLPCFYRGDSGEQVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVE
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CCDS29 VTAVWGKNVSLKCLI--EVNETITQISWEKIH-GKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 QPPPPRNPLDGSVLLRNAVQADEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGP-A
: :... :.: .: :.: :.. ::: :. :. . ::: : :: :: .
CCDS29 FKNYSLN--DATITLHNIGFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDS
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 LEEGQGLTLAASC-TAEGSPAPSVTWDTEVKGTTSSRSFKHSRSAAVTSEFHLVPSRSMN
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CCDS29 LIDGGNETVAAICIAATGKPVAHIDWEGDLGEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFAR
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 GQPLTCVVSHPGLLQDQRITHILHVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPP
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CCDS29 GRRITCVVKHPALEKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGY-DGN-WFVGRKGVNLKCNADANPP
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE6 PSYN-WTRLDGPLPSGVRVDGDTLGF-PPLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLDP
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CCDS29 PFKSVWSRLDGQWPDGLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDP
300 310 320 330 340 350
340 350 360
pF1KE6 QEDSGKQV------------DLVS------------ASV-------VVVGVIAALLFCLL
. : ::.. :.. ....:... :: .:
CCDS29 PTTTTLQPTIQWHPSTADIEDLATEPKKLPFPLSTLATIKDDTIATIIASVVGGALFIVL
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 VVVVVLMSRYHRRKA---QQMTQKYEEELTLTRENSIRRLHSHHTDPRSQPEESVGLRAE
: :.. . :.::.. . ....: . .:..: :.. . : : :. :: . .
CCDS29 VSVLAGIFCYRRRRTFRGDYFAKNYIPPSDMQKESQIDVLQQDELD--SYPD-SVKKENK
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470
pF1KE6 GHPDSL--KDNSSCSVMSEEPEGRSYSTLTTVREIETQTELLSPGSGRAEEEEDQDEGIK
. ..: :: . :::: ..... .. ..:
CCDS29 NPVNNLIRKD------YLEEPEKTQWNNVENLNRFERPMDYYEDLKMGMKFVSDEHYDEN
480 490 500 510 520
480 490 500 510
pF1KE6 QAMNHFVQENGTLRAKPTGNGIYINGRGHLV
CCDS29 EDDLVSHVDGSVISRREWYV
530 540
>>CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 (366 aa)
initn: 261 init1: 110 opt: 674 Z-score: 560.1 bits: 112.7 E(32554): 7.1e-25
Smith-Waterman score: 674; 35.5% identity (65.1% similar) in 327 aa overlap (12-332:36-355)
10 20 30
pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPA--GELETSDV
: ::::. : :. : : : . .
CCDS58 RPSPLCPGGGKAQLSSASLLGAGLLLQPPTPPPLLLLLFPLLLFSRLCGALAGPIIVEPH
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 VTVVLGQDAKLPCFYRGDSGEQVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVE
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CCDS58 VTAVWGKNVSLKCLI--EVNETITQISWEKIH-GKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 QPPPPRNPLDGSVLLRNAVQADEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGP-A
: :... :.: .: :.: :.. ::: :. :. . ::: : :: :: .
CCDS58 FKNYSLN--DATITLHNIGFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDS
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 LEEGQGLTLAASC-TAEGSPAPSVTWDTEVKGTTSSRSFKHSRSAAVTSEFHLVPSRSMN
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CCDS58 LIDGGNETVAAICIAATGKPVAHIDWEGDLGEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFAR
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 GQPLTCVVSHPGLLQDQRITHILHVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPP
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CCDS58 GRRITCVVKHPALEKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGY-DGN-WFVGRKGVNLKCNADANPP
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE6 PSYN-WTRLDGPLPSGVRVDGDTLGF-PPLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLDP
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CCDS58 PFKSVWSRLDGQWPDGLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISAY
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE6 QEDSGKQVDLVSASVVVVGVIAALLFCLLVVVVVLMSRYHRRKAQQMTQKYEEELTLTRE
CCDS58 NSVASLNC
360
>>CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (458 aa)
initn: 286 init1: 108 opt: 555 Z-score: 462.4 bits: 95.0 E(32554): 1.9e-19
Smith-Waterman score: 574; 28.7% identity (60.3% similar) in 471 aa overlap (1-442:4-455)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPC-FYRG
: :. .: : : : : : : : . ....: . .: :. : : :
CCDS84 MARMGLAGAAGRW----WGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 DSGEQVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVEQPPPPRNPLDGSVLLRN
. .. ::.: . : . :..:. . ..:. : :. ::: : . ::.. :
CCDS84 LPSVKITQVTWQKSTNG-SKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFT--DGTIRLSR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 AVQADEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGPAL---EEGQG-LTLAASCT
::: : :. .:::.:. ...: : :.. : .. :. ..:: .:.:.::
CCDS84 LELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 -AEGSPAPSVTWDTEVKGTTSSRSFKHSR-SAAVTSEFHLVPSRSMNGQPLTCVVSHPGL
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CCDS84 SANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH--
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 LQDQRITHILHVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPS-YNWTRLDGPL
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CCDS84 MDRFKESLTLNVQYEPEVTIEGF-DGN-WYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSL
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 PSGVRVDGDTLGFP-PLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLD-PQEDSGKQVDLVS
:.::.... :: : :.. .: :.:...: ...:..:: :.. . :. . : : :
CCDS84 PKGVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEKPRPQRG----LGS
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE6 ASVVVVGVIAALLFCLLVVVVVLMSRYHRRKA-----------QQMTQKYEEELTLTREN
:. ...:..: .: .::.:.... :.:.. : ..:: : . .:..
CCDS84 AARLLAGTVA--VFLILVAVLTVFFLYNRQQKSPPETDGAGTDQPLSQKPEP--SPSRQS
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KE6 SI--RRLHSHHTDP-RSQPEE-----SVGLRAEGHPDSLKDNSSCSVMSEEPEGRSYSTL
:. . .. : :: :.: .: ...:. . ... . :: . ::.:
CCDS84 SLVPEDIQVVHLDPGRQQQQEEEDLQKLSLQPPYYDLGVSPSYHPSVRTTEPRGECP
410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KE6 TTVREIETQTELLSPGSGRAEEEEDQDEGIKQAMNHFVQENGTLRAKPTGNGIYINGRGH
>>CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (517 aa)
initn: 287 init1: 108 opt: 542 Z-score: 451.3 bits: 93.1 E(32554): 8.1e-19
Smith-Waterman score: 565; 30.3% identity (61.3% similar) in 403 aa overlap (1-386:4-394)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MPLSLGAEMWGPEAWLLLLLLLASFTGRCPAGELETSDVVTVVLGQDAKLPC-FYRG
: :. .: : : : : : : : . ....: . .: :. : : :
CCDS84 MARMGLAGAAGRW----WGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 DSGEQVGQVAWARVDAGEGAQELALLHSKYGLHVSPAYEGRVEQPPPPRNPLDGSVLLRN
. .. ::.: . : . :..:. . ..:. : :. ::: : . ::.. :
CCDS84 LPSVKITQVTWQKSTNG-SKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRP--SFTDGTIRLSR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 AVQADEGEYECRVSTFPAGSFQARLRLRVLVPPLPSLNPGPAL---EEGQG-LTLAASCT
::: : :. .:::.:. ...: : :.. : .. :. ..:: .:.:.::
CCDS84 LELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 -AEGSPAPSVTWDTEVKGTTSSRSFKHSR-SAAVTSEFHLVPSRSMNGQPLTCVVSHPGL
:.:.: :.:.:..:: . . ... ...: :...::::: . : :.:.:..
CCDS84 SANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH--
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 LQDQRITHILHVSFLAEASVRGLEDQNLWHIGREGAMLKCLSEGQPPPS-YNWTRLDGPL
.. . . :.:.. :....:. : : :.. : . : : ....:: . :.:: :.: :
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240 250 260 270 280
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410 420 430 440 450 460
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CCDS84 RMF
350
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CCDS46 NMEVTHVSQLTWAR--HGESGS-MAVFHQTQG----PSYSESKRLEFVAARLGAELRNAS
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CCDS46 STGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHES
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CCDS46 FEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYD--NNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGP
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pF1KE6 LPSGVRVDGDTLGFPPLTTEHSGIYVCHVSNEFSSRDSQVTVDVLD--PQEDSGKQVDLV
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CCDS46 LPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSGTEHASA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]