Result of FASTA (omim) for
pFN21AE6340
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6340, 352 aa
1>>>pF1KE6340 352 - 352 aa - 352 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0488+/-0.000408; mu= 12.9421+/- 0.025
mean_var=106.1014+/-22.815, 0's: 0 Z-trim(115.4): 348 B-trim: 1249 in 1/49
Lambda= 0.124513
statistics sampled from 25421 (25880) to 25421 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16
Scan time: 7.480
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precurso ( 352) 2381 438.5 1.1e-122
NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 1247 234.8 2.4e-61
NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo ( 382) 1247 234.8 2.4e-61
NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [H ( 376) 813 156.8 6.9e-38
NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo s ( 338) 747 144.9 2.4e-34
XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 613) 500 100.8 8.4e-21
NP_001186010 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 500 100.8 8.7e-21
NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Hom ( 642) 500 100.8 8.7e-21
XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 652) 500 100.8 8.8e-21
NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo s ( 661) 500 100.8 8.9e-21
NP_060150 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin iso ( 379) 452 92.0 2.3e-18
NP_001184225 (OMIM: 603479) extracellular matrix p ( 643) 445 90.9 8.2e-18
NP_001184224 (OMIM: 603479) extracellular matrix p ( 677) 445 90.9 8.5e-18
NP_001384 (OMIM: 603479) extracellular matrix prot ( 699) 445 91.0 8.7e-18
XP_016885213 (OMIM: 300106,301870) PREDICTED: bigl ( 368) 425 87.1 6.5e-17
NP_001702 (OMIM: 300106,301870) biglycan prepropro ( 368) 425 87.1 6.5e-17
NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat trans ( 674) 382 79.6 2.2e-14
XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 382 79.6 2.2e-14
XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 382 79.6 2.2e-14
NP_037413 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 365 76.6 1.7e-13
XP_005260739 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 365 76.6 1.7e-13
XP_011527507 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 365 76.6 1.7e-13
NP_938205 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 365 76.6 1.7e-13
XP_011527506 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 365 76.6 1.7e-13
XP_011538979 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan iso ( 402) 348 73.3 1e-12
NP_001258 (OMIM: 602178) chondroadherin precursor ( 359) 341 72.0 2.2e-12
NP_001333075 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_016876618 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_016876620 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_005267547 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_016876623 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_016876624 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
NP_037363 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat trans ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_016876621 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_011534913 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
NP_001333073 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_016876619 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
NP_001333074 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_016876622 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 344 72.8 2.4e-12
NP_001333072 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 344 72.8 2.4e-12
XP_011522516 (OMIM: 602178) PREDICTED: chondroadhe ( 440) 341 72.1 2.6e-12
XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 341 72.3 3.5e-12
NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-conta ( 653) 341 72.3 3.5e-12
XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 341 72.3 3.5e-12
NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich re ( 927) 335 71.3 9.6e-12
NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 335 71.3 9.8e-12
NP_612490 (OMIM: 616236) chondroadherin-like prote ( 762) 331 70.5 1.4e-11
XP_005261427 (OMIM: 616236) PREDICTED: chondroadhe ( 771) 331 70.5 1.4e-11
NP_001180264 (OMIM: 603932,607850,608135) asporin ( 242) 320 68.1 2.3e-11
XP_016864010 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 676) 309 66.5 1.9e-10
>>NP_008966 (OMIM: 217300,603288) keratocan precursor [H (352 aa)
initn: 2381 init1: 2381 opt: 2381 Z-score: 2323.8 bits: 438.5 E(85289): 1.1e-122
Smith-Waterman score: 2381; 100.0% identity (100.0% similar) in 352 aa overlap (1-352:1-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MAGTICFIMWVLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 MAGTICFIMWVLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCEN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 RGLKEIPAIPSRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 RGLKEIPAIPSRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 KKLLFLFLEDNELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 KKLLFLFLEDNELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 NAFQRDTFKGLKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NAFQRDTFKGLKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 FLRLNHNKLSDEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 FLRLNHNKLSDEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE6 VICPSPSMLPAERDSFSYGPHLRYLRLDGNEIKPPIPMALMTCFRLLQAVII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 VICPSPSMLPAERDSFSYGPHLRYLRLDGNEIKPPIPMALMTCFRLLQAVII
310 320 330 340 350
>>NP_958505 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa)
initn: 1419 init1: 740 opt: 1247 Z-score: 1222.4 bits: 234.8 E(85289): 2.4e-61
Smith-Waterman score: 1247; 57.3% identity (84.8% similar) in 316 aa overlap (41-352:72-382)
20 30 40 50 60 70
pF1KE6 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP
.:: ::.:::.::.::::..:.:...:.::
NP_958 PTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIP
50 60 70 80 90 100
80 90 100 110 120 130
pF1KE6 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED
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NP_958 PRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIRK--IDQRVLEKLPGLVFLYMEK
110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE6 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG
:.:::::: :::.::::.:..:..:::: :.::.:::: :::::.:.: :..:. :::.:
NP_958 NQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHG
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS
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NP_958 LKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLT
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE6 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP
:.:::. .:..:..: :.::::....:: :. .:.::.:..:.:...: . :::. :
NP_958 DRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPND--LV
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350
pF1KE6 AERDSFSYG----PHLRYLRLDGNEIKPPIPMALMTCFRLLQAVII
: .: :: ::::::::::: .:::::. :: ::::::.:.:
NP_958 AFHD-FSSDLENVPHLRYLRLDGNYLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
340 350 360 370 380
>>NP_002716 (OMIM: 601914) prolargin precursor [Homo sap (382 aa)
initn: 1419 init1: 740 opt: 1247 Z-score: 1222.4 bits: 234.8 E(85289): 2.4e-61
Smith-Waterman score: 1247; 57.3% identity (84.8% similar) in 316 aa overlap (41-352:72-382)
20 30 40 50 60 70
pF1KE6 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP
.:: ::.:::.::.::::..:.:...:.::
NP_002 PTPSFPQPDEPAEPTDLPPPLPPGPPSIFPDCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIP
50 60 70 80 90 100
80 90 100 110 120 130
pF1KE6 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED
:: :::::::.: .: . :.::: ::::::..:.: . :.. .: .: :.::..:
NP_002 PRIHYLYLQNNFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIRK--IDQRVLEKLPGLVFLYMEK
110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE6 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG
:.:::::: :::.::::.:..:..:::: :.::.:::: :::::.:.: :..:. :::.:
NP_002 NQLEEVPSALPRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHG
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS
::::::::.:.: ::.::::.:. ::.::.:.:: ::..::. .:..::.:::.:::.
NP_002 LKNLMQLNLAHNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLT
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE6 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP
:.:::. .:..:..: :.::::....:: :. .:.::.:..:.:...: . :::. :
NP_002 DRGLPKNSFNISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPND--LV
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350
pF1KE6 AERDSFSYG----PHLRYLRLDGNEIKPPIPMALMTCFRLLQAVII
: .: :: ::::::::::: .:::::. :: ::::::.:.:
NP_002 AFHD-FSSDLENVPHLRYLRLDGNYLKPPIPLDLMMCFRLLQSVVI
340 350 360 370 380
>>NP_002014 (OMIM: 600245) fibromodulin precursor [Homo (376 aa)
initn: 889 init1: 492 opt: 813 Z-score: 801.2 bits: 156.8 E(85289): 6.9e-38
Smith-Waterman score: 865; 41.9% identity (75.4% similar) in 313 aa overlap (41-352:75-376)
20 30 40 50 60 70
pF1KE6 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP
.::.:: :::.::::.::.::.:: .: .:
NP_002 YPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVP
50 60 70 80 90 100
80 90 100 110 120 130
pF1KE6 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED
::. :.:.::: : .: : :.::: : :: :. :.::. . . ..:.:..: :.:.
NP_002 SRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDH
110 120 130 140 150 160
140 150 160 170 180 190
pF1KE6 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG
:.: ..:.::::::..:.: .:..::.:.... .::::: : ::.:.. . . ....:
NP_002 NNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEVG---SSMRG
170 180 190 200 210 220
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS
:..:. :... : ::..: ::. ::....:.. .:..:: ::. ..::.::.:.
NP_002 LRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLT
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300 310
pF1KE6 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP
..:: : :. ::.:.:.::.::: :.: ....:..:.:. :.:. ..: .: ...
NP_002 NNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVV-
290 300 310 320 330 340
320 330 340 350
pF1KE6 AERDSFSYGPHLRYLRLDGNEIK-PPIPMALMTCFRLLQAVII
.:: .:. ::::::::: .: :.:: . . :
NP_002 ----NFS---KLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI
350 360 370
>>NP_002336 (OMIM: 600616) lumican precursor [Homo sapie (338 aa)
initn: 757 init1: 370 opt: 747 Z-score: 737.7 bits: 144.9 E(85289): 2.4e-34
Smith-Waterman score: 790; 39.4% identity (74.0% similar) in 312 aa overlap (42-352:37-337)
20 30 40 50 60 70
pF1KE6 LFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIPS
: :: :: :.:.:.::.. :: .: .:
NP_002 TLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSPNCAPECNCPESYPSAMYCDELKLKSVPMVPP
10 20 30 40 50 60
80 90 100 110 120 130
pF1KE6 RIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLEDN
: ::::.:: :. : :: :::.:.:.:. :..: . : :. ..:.::.: : .. :
NP_002 GIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRVFSKLKQLKKLHINHN
70 80 90 100 110 120
140 150 160 170 180 190
pF1KE6 ELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKGL
.: : .:::.:::.:::..::.... :.: .: :::.. ::.:.: ..: . .::::
NP_002 NLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHNRLKEDAVSA-AFKGL
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 KNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLSD
:.: :... : . .: ::.. . :.::::.: .::..::. . . .:::.::.:.:
NP_002 KSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFNALQYLRLSHNELAD
190 200 210 220 230 240
260 270 280 290 300 310
pF1KE6 EGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLPA
:.:. .:.:::...:.::.:.: ..: .. .:.. .:. :.... ... .: ..:
NP_002 SGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKFDIKSFC---KIL--
250 260 270 280 290
320 330 340 350
pF1KE6 ERDSFSYGPHLRYLRLDGNEI-KPPIPMALMTCFRLLQAVII
.::. ....::::::.: . .: .. :.:. . : .
NP_002 --GPLSYS-KIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
300 310 320 330
>>XP_005270514 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan isoform (613 aa)
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. .: :::: .: : . . .:. .::..:..:. :. . :. .: .: .:.: .
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610
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260 270 280 290 300
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NP_001 EETR
640
>>NP_001186009 (OMIM: 608661) podocan isoform 2 [Homo sa (642 aa)
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.:. : ...: ::..: .:: ..: : ::..: :: . :. . .. : :..: :.
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260 270 280 290 300
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. . :: : ::. : ..::
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>>XP_016855783 (OMIM: 608661) PREDICTED: podocan isoform (652 aa)
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XP_016 RALGPRAWVDLAHLQLLDIAGNQLTEIPEGLPESLEYLYLQNNKISAVPANAFDSTPNLK
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>>NP_714914 (OMIM: 608661) podocan isoform 1 [Homo sapie (661 aa)
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NP_714 LSPEENEFAEEEPVLVLSPEEPGPGPAAVSCPRDCAC--SQEGVVDCGGIDLREFPGDLP
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NP_714 EHTNHLSLQNNQLEKIYPEELSRLHRLETLNLQNNRLTSRGLPEKAFEHLTNLNYLYLAN
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NP_714 NKLTLAPRFLPNALISVDFAANYLTKIYGLTFGQKPNLRSVYLHNNKLADAGLPDNMFNG
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NP_714 SSNVEVLILSSNFLRHVPKHLPPALYKLHLKNNKLEKIPPGAFSELSSLRELYLQNNYLT
270 280 290 300 310 320
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