Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6320
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6320, 401 aa
1>>>pF1KE6320 401 - 401 aa - 401 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3976+/-0.000802; mu= 16.3351+/- 0.048
mean_var=68.3625+/-13.640, 0's: 0 Z-trim(106.8): 20 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.155119
statistics sampled from 9175 (9185) to 9175 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 1.980
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2657.1 CRTAP gene_id:10491|Hs108|chr3 ( 401) 2726 619.1 2.2e-177
CCDS11408.1 P3H4 gene_id:10609|Hs108|chr17 ( 437) 1397 321.7 8.2e-88
CCDS53307.1 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 ( 697) 727 171.9 1.6e-42
CCDS472.2 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 ( 736) 727 171.9 1.7e-42
CCDS57986.1 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 ( 804) 727 171.9 1.9e-42
CCDS3294.1 P3H2 gene_id:55214|Hs108|chr3 ( 708) 659 156.7 6.4e-38
CCDS61027.1 P3H3 gene_id:10536|Hs108|chr12 ( 736) 269 69.4 1.2e-11
>>CCDS2657.1 CRTAP gene_id:10491|Hs108|chr3 (401 aa)
initn: 2726 init1: 2726 opt: 2726 Z-score: 3298.0 bits: 619.1 E(32554): 2.2e-177
Smith-Waterman score: 2726; 99.8% identity (100.0% similar) in 401 aa overlap (1-401:1-401)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MEPGRRGAAALLALLCVACALRAGRAQYERYSFRSFPRDELMPLESAYRHALDKYSGEHW
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CCDS26 MEPGRRGAAALLALLCVACALRAGRAQYERYSFRSFPRDELMPLESAYRHALDKYSGEHW
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 AESVGYLEISLRLHRLLRDSEAFCHRNCSAAPQPEPAAGLASYPELRLFGGLLRRAHCLK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 RCKQGLPAFRQSQPSREVLADFQRREPYKFLQFAYFKANNLPKAIAAAHTFLLKHPDDEM
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190 200 210 220 230 240
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CCDS26 MKRNMAYYKSLPGAEDYIKDLETKSYESLFIRAVRAYNGENWRTSITDMELALPDFFKAF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 YECLAACEGSREIKDFKDFYLSIADHYVEVLECKIQCEENLTPVIGGYPVEKFVATMYHY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LQFAYYKLNDLKNAAPCAVSYLLFDQNDKVMQQNLVYYQYHRDTWGLSDEHFQPRPEAVQ
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370 380 390 400
pF1KE6 FFNVTTLQKELYDFAKENIMDDDEGEVVEYVDDLLELEETS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 FFNVTTLQKELYDFAKENIMDDDEGEVVEYVDDLLELEETS
370 380 390 400
>>CCDS11408.1 P3H4 gene_id:10609|Hs108|chr17 (437 aa)
initn: 1374 init1: 748 opt: 1397 Z-score: 1690.0 bits: 321.7 E(32554): 8.2e-88
Smith-Waterman score: 1397; 54.5% identity (77.0% similar) in 400 aa overlap (6-399:3-396)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MEPGRRGAAALLALLCVACALRAGRAQYERYSFRSFPRDELMPLESAYRHALDKYSGEHW
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CCDS11 MARVAWGLLWLL-----LGSAGAQYEKYSFRGFPPEDLMPLAAAYGHALEQYEGESW
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE6 AESVGYLEISLRLHRLLRDSEAFCHRNCSA-AP--QPEPAAGLASYP--ELRLFGGLLRR
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CCDS11 RESARYLEAALRLHRLLRDSEAFCHANCSGPAPAAKPDPDGGRADEWACELRLFGRVLER
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120 130 140 150 160 170
pF1KE6 AHCLKRCKQGLPAFRQSQPSRDVLADFQRREPYKFLQFAYFKANNLPKAIAAAHTFLLKH
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CCDS11 AACLRRCKRTLPAFQVPYPPRQLLRDFQSRLPYQYLHYALFKANRLEKAVAAAYTFLQRN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 PDDEMMKRNMAYYKS-LPGAEDYIKDLETKSYESLFIRAVRAYNGENWRTSITDMELALP
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CCDS11 PKHELTAKYLNYYQGMLDVADESLTDLEAQPYEAVFLRAVKLYNSGDFRSSTEDMERALS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 DFFKAFYECLAACEGSREIKDFKDFYLSIADHYVEVLECKIQCEENLTPVIGGYPVEKFV
... .: .:::.:::..: :::::: .::: ..: :.::..:: :::: .::: :.:::
CCDS11 EYLAVFARCLAGCEGAHEQVDFKDFYPAIADLFAESLQCKVDCEANLTPNVGGYFVDKFV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 ATMYHYLQFAYYKLNDLKNAAPCAVSYLLFDQNDKVMQQNLVYYQYHRDTWGLSDEHFQP
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CCDS11 ATMYHYLQFAYYKLNDVRQAARSAASYMLFDPKDSVMQQNLVYYRFHRARWGLEEEDFQP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE6 RPEAVQFFNVTTLQKELYDFAKENIMDDDEGEVVEYVDDLLELEETS
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CCDS11 REEAMLYHNQTAELRELLEFTHMYLQSDDEMEL-EETEPPLEPEDALSDAEFEGEGDYEE
360 370 380 390 400 410
CCDS11 GMYADWWQEPDAKGDEAEAEPEPELA
420 430
>>CCDS53307.1 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 (697 aa)
initn: 704 init1: 202 opt: 727 Z-score: 876.6 bits: 171.9 E(32554): 1.6e-42
Smith-Waterman score: 727; 36.3% identity (62.4% similar) in 391 aa overlap (6-375:4-379)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MEPGRRGAAALLALLCVACALRAGRAQYERYSFRSFPRDELMPLESAYRHALDKYSGEHW
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CCDS53 MAVRALKLLTTLLAVVAA--ASQAEVESEAGWGMVTPDLLFAEGTAAYA----RGD-W
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE6 AESVGYLEISLRLHRLLRDSEAFCHRNCSA----------APQPEPAAGLASYPELRLFG
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CCDS53 PGVVLSMERALRSRAALRALRLRCRTQCAADFPWELDPDWSPSPAQASGAAALRDLSFFG
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120 130 140 150 160 170
pF1KE6 GLLRRAHCLKRCKQGLPAFRQSQPSRDVLADFQRREPYKFLQFAYFKANNLPKAIAAAHT
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CCDS53 GLLRRAACLRRC-LGPPA--AHSLSEEMELEFRKRSPYNYLQVAYFKINKLEKAVAAAHT
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE6 FLLKHPDDEMMKRNMAYYKSLPGAEDY-IKDLETKSYESLFIRAVRAYNGENWRTSITDM
:.. .:. :..:. ::... :... .:::::. . . : .:: :. :. . .. .
CCDS53 FFVGNPEHMEMQQNLDYYQTMSGVKEADFKDLETQPHMQEFRLGVRLYSEEQPQEAVPHL
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 ELALPDFFKAFYECLAACEGSREIKDFK------DFYLSIADHYVEVLECKIQCEENLTP
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CCDS53 EAALQEYFVAYEECRALCEGPYDYDGYNYLEYNADLFQAITDHYIQVLNCKQNCVTELAS
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 VIGGY-PVEKFVATMYHYLQFAYYKLNDLKNAAPCAVSYLLFDQNDKVMQQNLVYYQYHR
. : : :. . :.:::::::.... .:. :: .:::: ::.::.:::.::
CCDS53 HPSREKPFEDFLPSHYNYLQFAYYNIGNYTQAVECAKTYLLFFPNDEVMNQNLAYYAAM-
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE6 DTWGLSDEHFQ---PRPEAVQFFNVTTLQKELYDFAKENIMDDDEGEVVEYVDDLLELEE
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CCDS53 ----LGEEHTRSIGPRESAKEYRQRSLLEKELLFFAYDVFGIPFVDPDSWTPEEVIPKRL
350 360 370 380 390 400
400
pF1KE6 TS
CCDS53 QEKQKSERETAVRISQEIGNLMKEIETLVEEKTKESLDVSRLTREGGPLLYEGISLTMNS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS472.2 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 (736 aa)
initn: 704 init1: 202 opt: 727 Z-score: 876.3 bits: 171.9 E(32554): 1.7e-42
Smith-Waterman score: 727; 36.3% identity (62.4% similar) in 391 aa overlap (6-375:4-379)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MEPGRRGAAALLALLCVACALRAGRAQYERYSFRSFPRDELMPLESAYRHALDKYSGEHW
:. : .:: :. : :..:. : . .. .:. :.. .: :. :
CCDS47 MAVRALKLLTTLLAVVAA--ASQAEVESEAGWGMVTPDLLFAEGTAAYA----RGD-W
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE6 AESVGYLEISLRLHRLLRDSEAFCHRNCSA----------APQPEPAAGLASYPELRLFG
: .: .:: . :: . :. .:.: .:.: :.: :. .: .::
CCDS47 PGVVLSMERALRSRAALRALRLRCRTQCAADFPWELDPDWSPSPAQASGAAALRDLSFFG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 GLLRRAHCLKRCKQGLPAFRQSQPSRDVLADFQRREPYKFLQFAYFKANNLPKAIAAAHT
:::::: ::.:: : :: . :... .:..: ::..:: :::: :.: ::.:::::
CCDS47 GLLRRAACLRRC-LGPPA--AHSLSEEMELEFRKRSPYNYLQVAYFKINKLEKAVAAAHT
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE6 FLLKHPDDEMMKRNMAYYKSLPGAEDY-IKDLETKSYESLFIRAVRAYNGENWRTSITDM
:.. .:. :..:. ::... :... .:::::. . . : .:: :. :. . .. .
CCDS47 FFVGNPEHMEMQQNLDYYQTMSGVKEADFKDLETQPHMQEFRLGVRLYSEEQPQEAVPHL
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 ELALPDFFKAFYECLAACEGSREIKDFK------DFYLSIADHYVEVLECKIQCEENLTP
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CCDS47 EAALQEYFVAYEECRALCEGPYDYDGYNYLEYNADLFQAITDHYIQVLNCKQNCVTELAS
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 VIGGY-PVEKFVATMYHYLQFAYYKLNDLKNAAPCAVSYLLFDQNDKVMQQNLVYYQYHR
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CCDS47 HPSREKPFEDFLPSHYNYLQFAYYNIGNYTQAVECAKTYLLFFPNDEVMNQNLAYYAAM-
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE6 DTWGLSDEHFQ---PRPEAVQFFNVTTLQKELYDFAKENIMDDDEGEVVEYVDDLLELEE
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CCDS47 ----LGEEHTRSIGPRESAKEYRQRSLLEKELLFFAYDVFGIPFVDPDSWTPEEVIPKRL
350 360 370 380 390 400
400
pF1KE6 TS
CCDS47 QEKQKSERETAVRISQEIGNLMKEIETLVEEKTKESLDVSRLTREGGPLLYEGISLTMNS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS57986.1 P3H1 gene_id:64175|Hs108|chr1 (804 aa)
initn: 704 init1: 202 opt: 727 Z-score: 875.7 bits: 171.9 E(32554): 1.9e-42
Smith-Waterman score: 727; 36.3% identity (62.4% similar) in 391 aa overlap (6-375:4-379)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MEPGRRGAAALLALLCVACALRAGRAQYERYSFRSFPRDELMPLESAYRHALDKYSGEHW
:. : .:: :. : :..:. : . .. .:. :.. .: :. :
CCDS57 MAVRALKLLTTLLAVVAA--ASQAEVESEAGWGMVTPDLLFAEGTAAYA----RGD-W
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE6 AESVGYLEISLRLHRLLRDSEAFCHRNCSA----------APQPEPAAGLASYPELRLFG
: .: .:: . :: . :. .:.: .:.: :.: :. .: .::
CCDS57 PGVVLSMERALRSRAALRALRLRCRTQCAADFPWELDPDWSPSPAQASGAAALRDLSFFG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 GLLRRAHCLKRCKQGLPAFRQSQPSRDVLADFQRREPYKFLQFAYFKANNLPKAIAAAHT
:::::: ::.:: : :: . :... .:..: ::..:: :::: :.: ::.:::::
CCDS57 GLLRRAACLRRC-LGPPA--AHSLSEEMELEFRKRSPYNYLQVAYFKINKLEKAVAAAHT
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE6 FLLKHPDDEMMKRNMAYYKSLPGAEDY-IKDLETKSYESLFIRAVRAYNGENWRTSITDM
:.. .:. :..:. ::... :... .:::::. . . : .:: :. :. . .. .
CCDS57 FFVGNPEHMEMQQNLDYYQTMSGVKEADFKDLETQPHMQEFRLGVRLYSEEQPQEAVPHL
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 ELALPDFFKAFYECLAACEGSREIKDFK------DFYLSIADHYVEVLECKIQCEENLTP
: :: ..: :. :: : ::: . .. :.. .:.:::..::.:: .: .:.
CCDS57 EAALQEYFVAYEECRALCEGPYDYDGYNYLEYNADLFQAITDHYIQVLNCKQNCVTELAS
230 240 250 260 270 280
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pF1KE6 VIGGY-PVEKFVATMYHYLQFAYYKLNDLKNAAPCAVSYLLFDQNDKVMQQNLVYYQYHR
. : : :. . :.:::::::.... .:. :: .:::: ::.::.:::.::
CCDS57 HPSREKPFEDFLPSHYNYLQFAYYNIGNYTQAVECAKTYLLFFPNDEVMNQNLAYYAAM-
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE6 DTWGLSDEHFQ---PRPEAVQFFNVTTLQKELYDFAKENIMDDDEGEVVEYVDDLLELEE
:..:: . :: : .. . . :.::: ::
CCDS57 ----LGEEHTRSIGPRESAKEYRQRSLLEKELLFFAYDVFGIPFVDPDSWTPEEVIPKRL
350 360 370 380 390 400
400
pF1KE6 TS
CCDS57 QEKQKSERETAVRISQEIGNLMKEIETLVEEKTKESLDVSRLTREGGPLLYEGISLTMNS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS3294.1 P3H2 gene_id:55214|Hs108|chr3 (708 aa)
initn: 517 init1: 205 opt: 659 Z-score: 794.3 bits: 156.7 E(32554): 6.4e-38
Smith-Waterman score: 659; 34.6% identity (61.5% similar) in 382 aa overlap (11-379:13-389)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MEPGRRGAAALLALLCVACALRAGRAQYERYSFRSFPRDELMPLESAYRH-ALDKYSG
:: :: . : .: . : .. : :.:.. : : :::
CCDS32 MRERIWAPPLLLLLPLL-LPPPLWGGPPDSPRRELELEP-GPLQPFDLLYASGAAAYYSG
10 20 30 40 50
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pF1KE6 EHWAESVGYLEISLRLHRLLRDSEAFCHRNCSAA-PQPEPAAGLASYPELRLFGGLLRRA
.. ..: :: .:: :: ::. .. : :.:.: : : : : . :: :: .:: ::
CCDS32 DY-ERAVRDLEAALRSHRRLREIRTRCARHCAARHPLPPPPPGEGPGAELPLFRSLLGRA
60 70 80 90 100 110
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pF1KE6 HCLKRC---KQGLPAFRQSQPSRDVLADFQRREPYKFLQFAYFKANNLPKAIAAAHTFLL
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CCDS32 RCYRSCETQRLGGPASRH-RVSEDVRSDFQRRVPYNYLQRAYIKLNQLEKAVEAAHTFFV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 KHPDDEMMKRNMAYYKSLPGAEDY-IKDLETKSYESLFIRAVRAYNGENWRTSITDMELA
.:. :..:. :.. :.: . : :.: . . .:. :...... .: .: :
CCDS32 ANPEHMEMQQNIENYRATAGVEALQLVDREAKPHMESYNAGVKHYEADDFEMAIRHFEQA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 LPDFFKAFYECLAACEGSREIKDFK------DFYLSIADHYVEVLECKIQCEENLTPVIG
: ..: :: . ::: ....... .: .:::::..:: :. .: ..:. :
CCDS32 LREYFVEDTECRTLCEGPQRFEEYEYLGYKAGLYEAIADHYMQVLVCQHECVRELATRPG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 GY-PVEKFVATMYHYLQFAYYKLNDLKNAAPCAVSYLLFDQNDKVMQQNLVYYQYHRDTW
:.:.:. : :::::::.... .: :: .::: .:. . .:. ::. :
CCDS32 RLSPIENFLPLHYDYLQFAYYRVGEYVKALECAKAYLLCHPDDEDVLDNVDYYESLLDD-
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 GLSDEHFQPRPEAVQFFNVTTLQKELYDFAKENIMDDDEGEVVEYVDDLLELEETS
... .. : . ..: . :..:: : :..
CCDS32 SIDPASIEAREDLTMFVKRHKLESELIKSAAEGLGFSYTEPNYWIRYGGRQDENRVPSGV
360 370 380 390 400 410
CCDS32 NVEGAEVHGFSMGKKLSPKIDRDLREGGPLLYENITFVYNSEQLNGTQRVLLDNVLSEEQ
420 430 440 450 460 470
>>CCDS61027.1 P3H3 gene_id:10536|Hs108|chr12 (736 aa)
initn: 272 init1: 157 opt: 269 Z-score: 322.4 bits: 69.4 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 431; 28.2% identity (55.9% similar) in 365 aa overlap (48-379:41-397)
20 30 40 50 60 70
pF1KE6 ACALRAGRAQYERYSFRSFPRDELMPLESAYRHALDKYSGEHWAESVGYLEISLRLHRLL
: .: :.. :: .:. :. .:: . :
CCDS61 LLLLPPPGSPEPPGLTQLSPGAPPQAPDLLYADGLRAYAAGAWAPAVALLREALRSQAAL
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120
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