Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6311
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6311, 425 aa
1>>>pF1KE6311 425 - 425 aa - 425 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0646+/-0.000785; mu= 13.6150+/- 0.047
mean_var=76.9265+/-15.218, 0's: 0 Z-trim(108.9): 15 B-trim: 99 in 1/50
Lambda= 0.146230
statistics sampled from 10506 (10517) to 10506 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.693), E-opt: 0.2 (0.323), width: 16
Scan time: 2.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11519.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 ( 425) 2875 615.8 2.4e-176
CCDS45723.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 ( 378) 2528 542.6 2.4e-154
CCDS2258.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 ( 424) 1488 323.2 2.9e-88
CCDS5422.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 414) 1466 318.6 7.2e-87
CCDS47567.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 434) 1466 318.6 7.5e-87
CCDS54420.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 ( 417) 1399 304.4 1.3e-82
CCDS47568.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 ( 346) 1231 269.0 5.1e-72
>>CCDS11519.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 (425 aa)
initn: 2875 init1: 2875 opt: 2875 Z-score: 3279.4 bits: 615.8 E(32554): 2.4e-176
Smith-Waterman score: 2875; 99.3% identity (100.0% similar) in 425 aa overlap (1-425:1-425)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
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CCDS11 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTREPVGEGEALLGMDLLRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS11 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTKEPVGEGEALLGMDLLRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAPFSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAPFSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 AQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRME
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 CVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLYR
::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGMGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLYR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 GHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLLAGEWAPPLWELGGLFQAFVKRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS11 GHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLLAGEWAPPLWELGSLFQAFVKRE
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 SQAYA
:::::
CCDS11 SQAYA
>>CCDS45723.1 SCRN2 gene_id:90507|Hs108|chr17 (378 aa)
initn: 2528 init1: 2528 opt: 2528 Z-score: 2884.5 bits: 542.6 E(32554): 2.4e-154
Smith-Waterman score: 2528; 99.5% identity (100.0% similar) in 373 aa overlap (1-373:1-373)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTREPVGEGEALLGMDLLRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS45 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTKEPVGEGEALLGMDLLRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAPFSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAPFSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLWA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 AQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRME
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 CVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLYR
::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 CVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGMGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLYR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 GHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLLAGEWAPPLWELGGLFQAFVKRE
:::::::::::::
CCDS45 GHQAALGLMERDQVSPRE
370
>>CCDS2258.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 (424 aa)
initn: 1345 init1: 867 opt: 1488 Z-score: 1698.0 bits: 323.2 E(32554): 2.9e-88
Smith-Waterman score: 1488; 54.0% identity (78.2% similar) in 417 aa overlap (9-424:3-414)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTP-GSRLQC
: ::: ::..:::.. .::.::::: :::::::. :: .: : ::.:
CCDS22 MEPFSCDTFVALPPATVDNRIIFGKNSDRLYDEVQEVVYFPAVVHDNLGERLKC
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 TYIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTREPVGEGEALLGMDLLR
::::..:: .:.::.::::.:::::::::::::::::::::: :: : . ::::::::.:
CCDS22 TYIEIDQVPETYAVVLSRPAWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWGREEVCDEEALLGMDLVR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 LALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAPFSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW
:.:::...:..::.::. :::.::::::: : ::::..::.:::.:::.:::::. :
CCDS22 LGLERADTAEKALNVIVDLLEKYGQGGNCTEGRMVFSYHNSFLIADRNEAWILETAGKYW
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM
::...:::.::::::::: : :. .::..:..:. ::::::. :::: .: . ..:
CCDS22 AAEKVQEGVRNISNQLSITTKIAREHPDMRNYAKRKGWWDGKKEFDFAAAYSYLDT-AKM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ
....:. : .:: ...:.:: :.:: ::::: ::: :. : : :::::::.:::: .
CCDS22 MTSSGRYCEGYKLLNKHKGNITFETMMEILRDKPSGINME-GEFLTTASMVSILPQDSSL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY
::.::.:.:::: ::::::::: ..: .. :::: .: :. .:. :::: ::
CCDS22 PCIHFFTGTPDPERSVFKPFIFVPHISQLLDTSSPTFELEDLVKKKSHFKP--DRRHPLY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLLAGEWAPPLWELGGLFQAFVKR
. :: :: ... ...... . .... ::.: .. ...: .. . .. .:: .:
CCDS22 QKHQQALEVVNNNEEKAKIMLDNMRKLEKELFREMESILQNKHLD-VEKIVNLFPQCTKD
360 370 380 390 400
420
pF1KE6 ESQAYA
: : :
CCDS22 EIQIYQSNLSVKVSS
410 420
>>CCDS5422.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 (414 aa)
initn: 1158 init1: 623 opt: 1466 Z-score: 1673.1 bits: 318.6 E(32554): 7.2e-87
Smith-Waterman score: 1466; 51.9% identity (78.0% similar) in 422 aa overlap (1-420:1-409)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTPGSRLQCT
::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::::::. :. : : :...::
CCDS54 MAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEVQEVVYFSAADHEPESKVECT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 YIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTREPVGEGEALLGMDLLRL
:: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::. ::::..: ::::::::.::
CCDS54 YISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTREPAAEIEALLGMDLVRL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE6 ALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFLLADRTEAWVLETAGRLW
.:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:..:: ::::::: :. :
CCDS54 GLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYLIVDRDEAWVLETIGKYW
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 AAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQPVRM
::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..::: :.: :.:...:: ::.
CCDS54 AAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWTGEGEFNFSEVFS----PVE-
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 EAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQDPTQ
. ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:: : :::: ::::::. ..
CCDS54 --DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCIDSEFFLTTASGVSVLPQNRSS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 PCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRRHTLY
::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .::.. :::: . :::: ::
CCDS54 PCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDDDPAKKEPRFQEKPDRRHELY
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 RGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLL-AGEWAPPLWELGGLFQAFVK
..:. : ...: ::..:..:.. . .::..:::: . .: ..: : :.: :: :
CCDS54 KAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILTSSEPLDPA-EVGDLFYDCVD
350 360 370 380 390 400
420
pF1KE6 RESQAYA
:
CCDS54 TEIKFFK
410
>>CCDS47567.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 (434 aa)
initn: 1158 init1: 623 opt: 1466 Z-score: 1672.8 bits: 318.6 E(32554): 7.5e-87
Smith-Waterman score: 1466; 51.9% identity (78.0% similar) in 422 aa overlap (1-420:21-429)
10 20 30 40
pF1KE6 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIFAKNSDRPRDEV
::.. :. :::. :: . :.:.::: ::::::
CCDS47 MVQDGTFKTRDSTWTCESTRMAAAPPSY-----CFVAFPPRAKDGLVVFGKNSARPRDEV
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 QEVVFVPAGTHTPGSRLQCTYIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAV
::::. :. : : :...:::: ..:: .:.:...:::.::::::::::::::::.:::.
CCDS47 QEVVYFSAADHEPESKVECTYISIDQVPRTYAIMISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAI
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE6 WTREPVGEGEALLGMDLLRLALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHS
::::..: ::::::::.::.:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:
CCDS47 NTREPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 TFLLADRTEAWVLETAGRLWAAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWD
..:..:: ::::::: :. :::... ::.: : .:::. : ..:.:::::..::..:::
CCDS47 AYLIVDRDEAWVLETIGKYWAAEKVTEGVRCICSQLSLTTKMDAEHPELRSYAQSQGWWT
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 GQGAFDFAQIFSLTQQPVRMEAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMD
:.: :.:...:: ::. . ::.. :.... .::...::. :::: ::.:.:
CCDS47 GEGEFNFSEVFS----PVE---DHLDCGAGKDSLEKQEESITVQTMMNTLRDKASGVCID
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KE6 SGGFRTTASMVSVLPQDPTQPCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQ
: : :::: ::::::. ..::.:..:.:::::::.:::::: : .:.. :: :: .
CCDS47 SEFFLTTASGVSVLPQNRSSPCIHYFTGTPDPSRSIFKPFIFVDDVKLVPKTQSPCFGDD
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KE6 DPVRTLPRFQTQVDRRHTLYRGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLL-
::.. :::: . :::: ::..:. : ...: ::..:..:.. . .::..:::: . .:
CCDS47 DPAKKEPRFQEKPDRRHELYKAHEWARAIIESDQEQGRKLRSTMLELEKQGLEAMEEILT
350 360 370 380 390 400
400 410 420
pF1KE6 AGEWAPPLWELGGLFQAFVKRESQAYA
..: : :.: :: : :
CCDS47 SSEPLDPA-EVGDLFYDCVDTEIKFFK
410 420 430
>>CCDS54420.1 SCRN3 gene_id:79634|Hs108|chr2 (417 aa)
initn: 1336 init1: 874 opt: 1399 Z-score: 1596.6 bits: 304.4 E(32554): 1.3e-82
Smith-Waterman score: 1399; 52.4% identity (76.7% similar) in 412 aa overlap (18-424:1-407)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MASSSPDSPCSCDCFVSVPPASAIPAVIF----AKNSDRPRDEVQEVVFVPAGTHTP-GS
.:: .. :.: . : :: :::::::. :: .: :
CCDS54 MPPLATPPSVHLSLRVAGRPDRLYDEVQEVVYFPAVVHDNLGE
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 RLQCTYIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTREPVGEGEALLGM
::.:::::..:: .:.::.::::.:::::::::::::::::::::: :: : . ::::::
CCDS54 RLKCTYIEIDQVPETYAVVLSRPAWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWGREEVCDEEALLGM
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 DLLRLALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAPFSYHSTFLLADRTEAWVLETA
::.::.:::...:..::.::. :::.::::::: : ::::..::.:::.:::.::::
CCDS54 DLVRLGLERADTAEKALNVIVDLLEKYGQGGNCTEGRMVFSYHNSFLIADRNEAWILETA
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GRLWAAQRIQEGARNISNQLSIGTDISAQHPELRTHAQAKGWWDGQGAFDFAQIFSLTQQ
:. :::...:::.::::::::: : :. .::..:..:. ::::::. :::: .: .
CCDS54 GKYWAAEKVQEGVRNISNQLSITTKIAREHPDMRNYAKRKGWWDGKKEFDFAAAYSYLDT
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 PVRMEAAKARFQAGRELLRQRQGGITAEVMMGILRDKESGICMDSGGFRTTASMVSVLPQ
..: ....:. : .:: ...:.:: :.:: ::::: ::: :. : : :::::::.:::
CCDS54 -AKMMTSSGRYCEGYKLLNKHKGNITFETMMEILRDKPSGINME-GEFLTTASMVSILPQ
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 DPTQPCVHFLTATPDPSRSVFKPFIFGVGVAQAPQVLSPTFGAQDPVRTLPRFQTQVDRR
: . ::.::.:.:::: ::::::::: ..: .. :::: .: :. .:. :::
CCDS54 DSSLPCIHFFTGTPDPERSVFKPFIFVPHISQLLDTSSPTFELEDLVKKKSHFKP--DRR
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 HTLYRGHQAALGLMERDQDRGQQLQQKQQDLEQEGLEATQGLLAGEWAPPLWELGGLFQA
: ::. :: :: ... ...... . .... ::.: .. ...: .. . .. .::
CCDS54 HPLYQKHQQALEVVNNNEEKAKIMLDNMRKLEKELFREMESILQNKHLD-VEKIVNLFPQ
340 350 360 370 380 390
420
pF1KE6 FVKRESQAYA
.: : : :
CCDS54 CTKDEIQIYQSNLSVKVSS
400 410
>>CCDS47568.1 SCRN1 gene_id:9805|Hs108|chr7 (346 aa)
initn: 924 init1: 549 opt: 1231 Z-score: 1406.4 bits: 269.0 E(32554): 5.1e-72
Smith-Waterman score: 1231; 52.6% identity (79.4% similar) in 350 aa overlap (74-420:1-341)
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 VFVPAGTHTPGSRLQCTYIEVEQVSKTHAVILSRPSWLWGAEMGANEHGVCIGNEAVWTR
..:::.::::::::::::::::.:::. ::
CCDS47 MISRPAWLWGAEMGANEHGVCIANEAINTR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 EPVGEGEALLGMDLLRLALERSSSAQEALHVITGLLEHYGQGGNCLEDAAP-FSYHSTFL
::..: ::::::::.::.:::. .:.::: ::..:::..::::: .::: :..:..:
CCDS47 EPAAEIEALLGMDLVRLGLERGETAKEALDVIVSLLEEHGQGGNYFEDANSCHSFQSAYL
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
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