FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE6310, 417 aa
  1>>>pF1KE6310 417 - 417 aa - 417 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9510+/-0.000896; mu= 14.6201+/- 0.054
 mean_var=78.1667+/-15.590, 0's: 0 Z-trim(107.2): 10  B-trim: 40 in 1/50
 Lambda= 0.145065
 statistics sampled from 9426 (9433) to 9426 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.29), width:  16
 Scan time:  2.510

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7977.1 GIF gene_id:2694|Hs108|chr11            ( 417) 2707 576.0 2.3e-164
CCDS7978.1 TCN1 gene_id:6947|Hs108|chr11           ( 433)  613 137.8   2e-32
CCDS54519.1 TCN2 gene_id:6948|Hs108|chr22          ( 400)  283 68.7 1.2e-11


>>CCDS7977.1 GIF gene_id:2694|Hs108|chr11                 (417 aa)
 initn: 2707 init1: 2707 opt: 2707  Z-score: 3064.3  bits: 576.0 E(32554): 2.3e-164
Smith-Waterman score: 2707; 100.0% identity (100.0% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-417)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE6 MAWFALYLLSLLWATAGTSTQTQSSCSVPSAQEPLVNGIQVLMENSVTSSAYPNPSILIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 MAWFALYLLSLLWATAGTSTQTQSSCSVPSAQEPLVNGIQVLMENSVTSSAYPNPSILIA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE6 MNLAGAYNLKAQKLLTYQLMSSDNNDLTIGQLGLTIMALTSSCRDPGDKVSILQRQMENW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 MNLAGAYNLKAQKLLTYQLMSSDNNDLTIGQLGLTIMALTSSCRDPGDKVSILQRQMENW
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE6 APSSPNAEASAFYGPSLAILALCQKNSEATLPIAVRFAKTLLANSSPFNVDTGAMATLAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 APSSPNAEASAFYGPSLAILALCQKNSEATLPIAVRFAKTLLANSSPFNVDTGAMATLAL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE6 TCMYNKIPVGSEEGYRSLFGQVLKDIVEKISMKIKDNGIIGDIYSTGLAMQALSVTPEPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TCMYNKIPVGSEEGYRSLFGQVLKDIVEKISMKIKDNGIIGDIYSTGLAMQALSVTPEPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE6 KKEWNCKKTTDMILNEIKQGKFHNPMSIAQILPSLKGKTYLDVPQVTCSPDHEVQPTLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 KKEWNCKKTTDMILNEIKQGKFHNPMSIAQILPSLKGKTYLDVPQVTCSPDHEVQPTLPS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE6 NPGPGPTSASNITVIYTINNQLRGVELLFNETINVSVKSGSVLLVVLEEAQRKNPMFKFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 NPGPGPTSASNITVIYTINNQLRGVELLFNETINVSVKSGSVLLVVLEEAQRKNPMFKFE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       
pF1KE6 TTMTSWGLVVSSINNIAENVNHKTYWQFLSGVTPLNEGVADYIPFNHEHITANFTQY
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TTMTSWGLVVSSINNIAENVNHKTYWQFLSGVTPLNEGVADYIPFNHEHITANFTQY
              370       380       390       400       410       

>>CCDS7978.1 TCN1 gene_id:6947|Hs108|chr11                (433 aa)
 initn: 505 init1: 179 opt: 613  Z-score: 695.6  bits: 137.8 E(32554): 2e-32
Smith-Waterman score: 649; 33.9% identity (61.7% similar) in 410 aa overlap (33-417:37-433)

             10        20        30        40        50        60  
pF1KE6 WFALYLLSLLWATAGTSTQTQSSCSVPSAQEPLVNGIQVLMENSVTSSAYPNPSILIAMN
                                     .::.: .     :  ::..    .......
CCDS79 LPLVGLLLFSFIPSQLCEICEVSEENYIRLKPLLNTMIQSNYNRGTSAV----NVVLSLK
         10        20        30        40        50            60  

             70           80        90       100       110         
pF1KE6 LAGAYNLKAQKLLTYQL---MSSDNNDLTIGQLGLTIMALTSSCRDPGDKVSI---LQRQ
       :.:      .. .  :.   ..:  .:.. :.:.: :.:: . ::.  ...     :  .
CCDS79 LVGIQIQTLMQKMIQQIKYNVKSRLSDVSSGELALIILAL-GVCRNAEENLIYDYHLIDK
             70        80        90       100        110       120 

         120             130       140       150       160         
pF1KE6 MEN-WAPSSPNAEA------SAFYGPSLAILALCQKNSEATLPIAVRFAKTLLAN---SS
       .:: .     : ::      . .:  :: .::::  :.. .   .:        :   .:
CCDS79 LENKFQAEIENMEAHNGTPLTNYYQLSLDVLALCLFNGNYSTAEVVNHFTPENKNYYFGS
             130       140       150       160       170       180 

        170       180       190          200       210       220   
pF1KE6 PFNVDTGAMATLALTCMYNKIPVG---SEEGYRSLFGQVLKDIVEKISMKIKDNGIIGDI
        :.:::::::.:::::. ...  :   ..::  . ..   :..::::  . :.::.::. 
CCDS79 QFSVDTGAMAVLALTCVKKSLINGQIKADEGSLKNISIYTKSLVEKILSEKKENGLIGNT
             190       200       210       220       230       240 

           230        240       250       260       270       280  
pF1KE6 YSTGLAMQALSVTPEP-SKKEWNCKKTTDMILNEIKQGKFHNPMSIAQILPSLKGKTYLD
       .::: ::::: :. .  ....:::..: . .:.::.:: : :: . ::.::.: :::.::
CCDS79 FSTGEAMQALFVSSDYYNENDWNCQQTLNTVLTEISQGAFSNPNAAAQVLPALMGKTFLD
             250       260       270       280       290       300 

                290       300       310       320       330        
pF1KE6 VPQ----VTCSPDHEVQPTLPSNPGPGPTSASNITVIYTINNQLRGVELLFNETINVSVK
       . .    :. : . ...   : .  : : : : :.: :..    :  :  :.   ::.: 
CCDS79 INKDSSCVSASGNFNISADEPITVTP-PDSQSYISVNYSV----RINETYFT---NVTVL
             310       320        330       340              350   

      340       350        360       370       380       390       
pF1KE6 SGSVLLVVLEEAQRKNP-MFKFETTMTSWGLVVSSINNIAENVNHKTYWQFLSGVTPLNE
       .:::.: :.:.::. :  .: :     :::  .. :...  : : .:::..:::  ::..
CCDS79 NGSVFLSVMEKAQKMNDTIFGFTMEERSWGPYITCIQGLCANNNDRTYWELLSGGEPLSQ
           360       370       380       390       400       410   

       400       410       
pF1KE6 GVADYIPFNHEHITANFTQY
       :...:.  : :.. . ...:
CCDS79 GAGSYVVRNGENLEVRWSKY
           420       430   

>>CCDS54519.1 TCN2 gene_id:6948|Hs108|chr22               (400 aa)
 initn: 193 init1:  65 opt: 283  Z-score: 322.9  bits: 68.7 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 366; 27.8% identity (55.7% similar) in 431 aa overlap (6-410:8-393)

                 10        20        30          40        50      
pF1KE6   MAWFALYLLSLLWATAGTSTQTQSSCSVPSAQEPLVN--GIQVLMENSVTSSAYPNPS
              :.::..:    :. :.    : .:  .  ::.  : ..:   .  :  . :::
CCDS54 MRHLGAFLFLLGVL----GALTEM---CEIPEMDSHLVEKLGQHLLPWMDRLSLEHLNPS
               10            20           30        40        50   

         60                  70          80            90       100
pF1KE6 ILIAMNL----AGA------YNLKA--QKLLTYQLMSSDNNDL----TIGQLGLTIMALT
       : ... :    ::.      ..::   :. :  . .: :..:     ..:::.: ..:: 
CCDS54 IYVGLRLSSLQAGTKEDLYLHSLKLGYQQCLLGSAFSEDDGDCQGKPSMGQLALYLLALR
            60        70        80        90       100       110   

              110       120       130       140       150       160
pF1KE6 SSCRDPGDKVSILQRQMENWAPSSPNAEASAFYGPSLAILALCQKNSEATLPIAVRFAKT
       .                 ::   . . ..: .:  .:.::::: .....   .. .    
CCDS54 A-----------------NWHDHKGHPHTS-YYQYGLGILALCLHQKRVHDSVVDK----
                            120        130       140       150     

                   170       180       190       200       210     
pF1KE6 LLANSSPFN-----VDTGAMATLALTCMYNKIPVGSEEGYRSLFGQVLKDIVEKISMKIK
       ::    ::.     :::.::: ::.::.  .   . . : :. . .... . :.:     
CCDS54 LLYAVEPFHQGHHSVDTAAMAGLAFTCLKRS---NFNPGRRQRITMAIRTVREEILKAQT
             160       170       180          190       200        

         220       230        240       250       260       270    
pF1KE6 DNGIIGDIYSTGLAMQALSVTP-EPSKKEWNCKKTTDMILNEIKQGKFHNPMSIAQILPS
        .: .:..::: ::.: : ..: . ..    : :.   .:  ...: :.: . :.:.:: 
CCDS54 PEGHFGNVYSTPLALQFLMTSPMRGAELGTACLKARVALLASLQDGAFQNALMISQLLPV
      210       220       230       240       250       260        

          280        290       300       310       320       330   
pF1KE6 LKGKTYLDVPQVTC-SPDHEVQPTLPSNPGPGPTSASNITVIYTINNQLRGVELLFNETI
       :. :::.:.    : .:   ..:.  . :     ....:     :.  :. . ::     
CCDS54 LNHKTYIDLIFPDCLAPRVMLEPAAETIP-----QTQEI-----ISVTLQVLSLLPPYRQ
      270       280       290            300            310        

           340       350       360       370       380       390   
pF1KE6 NVSVKSGSVLLVVLEEAQRKNPMFKFETTMTSWGLVVSSINNIAENVNHKTYWQFLSGV-
       ..:: .::..  ::..:.. .  : .::  .  :  ..:.  ... .... .::.:    
CCDS54 SISVLAGSTVEDVLKKAHELGG-FTYETQASLSGPYLTSV--MGKAAGEREFWQLLRDPN
      320       330       340        350         360       370     

            400       410       
pF1KE6 TPLNEGVADYIPFNHEHITANFTQY
       ::: .:.::: : . : :       
CCDS54 TPLLQGIADYRPKDGETIELRLVSW
         380       390       400




417 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Tue Nov  8 11:58:34 2016 done: Tue Nov  8 11:58:34 2016
 Total Scan time:  2.510 Total Display time:  0.000

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]