Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6249
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6249, 261 aa
1>>>pF1KE6249 261 - 261 aa - 261 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6931+/-0.000869; mu= 12.5592+/- 0.052
mean_var=65.2073+/-13.087, 0's: 0 Z-trim(106.2): 29 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.158828
statistics sampled from 8835 (8862) to 8835 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16
Scan time: 1.860
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 ( 261) 1763 412.6 1.4e-115
CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 ( 262) 1134 268.5 3.4e-72
CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 ( 260) 1073 254.5 5.4e-68
CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 ( 260) 1023 243.0 1.5e-64
CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 264) 974 231.8 3.7e-61
CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX ( 317) 850 203.4 1.6e-52
CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 ( 305) 825 197.7 8e-51
CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 208) 795 190.8 6.6e-49
CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 ( 290) 673 162.9 2.3e-40
CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 343) 570 139.3 3.5e-33
CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 354) 570 139.3 3.6e-33
CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 ( 337) 516 126.9 1.8e-29
CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 308) 484 119.6 2.7e-27
CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 313) 484 119.6 2.7e-27
CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 ( 459) 483 119.4 4.5e-27
CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 ( 328) 464 115.0 6.8e-26
CCDS76767.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 283) 436 108.5 5.1e-24
CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (1448) 442 110.1 8.6e-24
CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (2315) 442 110.2 1.3e-23
CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 ( 328) 412 103.1 2.6e-22
CCDS11624.1 CA4 gene_id:762|Hs108|chr17 ( 312) 380 95.7 4e-20
CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 386 97.3 6.2e-20
CCDS57971.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 248) 365 92.3 3.6e-19
>>CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 (261 aa)
initn: 1763 init1: 1763 opt: 1763 Z-score: 2188.6 bits: 412.6 E(32554): 1.4e-115
Smith-Waterman score: 1763; 100.0% identity (100.0% similar) in 261 aa overlap (1-261:1-261)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEI
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CCDS62 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 INVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 INVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 VAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 DPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAV
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE6 PMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
:::::::::::::::::::::
CCDS62 PMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
250 260
>>CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 (262 aa)
initn: 1131 init1: 1131 opt: 1134 Z-score: 1409.6 bits: 268.5 E(32554): 3.4e-72
Smith-Waterman score: 1134; 59.8% identity (86.6% similar) in 261 aa overlap (1-261:1-261)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEI
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CCDS62 MSRLSWGYREHNGPIHWKEFFPIADGDQQSPIEIKTKEVKYDSSLRPLSIKYDPSSAKII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 INVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELH
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CCDS62 SNSGHSFNVDFDDTENKSVLRGGPLTGSYRLRQVHLHWGSADDHGSEHIVDGVSYAAELH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNF
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CCDS62 VVHWNSDKYPSFVEAAHEPDGLAVLGVFLQIGEPNSQLQKITDTLDSIKEKGKQTRFTNF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAV
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CCDS62 DLLSLLPPSWDYWTYPGSLTVPPLLESVTWIVLKQPINISSQQLAKFRSLLCTAEGEAAA
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE6 PMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
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CCDS62 FLVSNHRPPQPLKGRKVRASFH
250 260
>>CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 585 init1: 546 opt: 1073 Z-score: 1334.2 bits: 254.5 E(32554): 5.4e-68
Smith-Waterman score: 1073; 60.2% identity (82.6% similar) in 259 aa overlap (3-261:2-259)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEI
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CCDS62 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 INVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELH
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CCDS62 LNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNF
..:::. ::.....:... :::::.:...::: :.: ::::.:.:..:::::: : ::::
CCDS62 LVHWNT-KYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAV
:: ::: :::.:::::::: ::: : ::::. :: :::::::. .::.: : ::.
CCDS62 DPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEE
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE6 PMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
: : ::.::::.: ..:::
CCDS62 LMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
240 250 260
>>CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 1022 init1: 535 opt: 1023 Z-score: 1272.2 bits: 243.0 E(32554): 1.5e-64
Smith-Waterman score: 1023; 54.5% identity (83.7% similar) in 257 aa overlap (5-261:4-259)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEI
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CCDS62 MAKEWGYASHNGPDHWHELFPNAKGENQSPVELHTKDIRHDPSLQPWSVSYDGGSAKTI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 INVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELH
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CCDS62 LNNGKTCRVVFDDTYDRSMLRGGPLPGPYRLRQFHLHWGSSDDHGSEHTVDGVKYAAELH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 VAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNF
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CCDS62 LVHWNP-KYNTFKEALKQRDGIAVIGIFLKIGHENGEFQIFLDALDKIKTKGKEAPFTKF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAV
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CCDS62 DPSCLFPACRDYWTYQGSFTTPPCEECIVWLLLKEPMTVSSDQMAKLRSLLSSAENEPPV
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE6 PMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
:. : :: ::...:.:::::
CCDS62 PLVSNWRPPQPINNRVVRASFK
240 250 260
>>CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (264 aa)
initn: 974 init1: 974 opt: 974 Z-score: 1211.5 bits: 231.8 E(32554): 3.7e-61
Smith-Waterman score: 974; 51.6% identity (78.9% similar) in 256 aa overlap (6-261:7-262)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKE
::: . .:: .: ::::::.:. :::..: .:.. .. ::.:. .::. .
CCDS10 MTGHHGWGYGQDDGPSHWHKLYPIAQGDRQSPINIISSQAVYSPSLQPLELSYEACMSLS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 IINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAEL
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CCDS10 ITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPLEGPYRLKQFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSEL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 HVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTN
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CCDS10 HLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGVFLETGDEHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSC
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 FDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNA
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CCDS10 FNPKCLLPASRHYWTYPGSLTTPPLSESVTWIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDER
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KE6 VPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
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CCDS10 IHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA
250 260
>>CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX (317 aa)
initn: 842 init1: 842 opt: 850 Z-score: 1056.6 bits: 203.4 E(32554): 1.6e-52
Smith-Waterman score: 850; 49.4% identity (76.3% similar) in 245 aa overlap (17-261:52-296)
10 20 30 40
pF1KE6 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLK
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CCDS14 KFQIPRFMPARPCSLYTCTYKTRNRALHPLWESVDLVPGGDRQSPINIRWRDSVYDPGLK
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 PISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGS
:...::.::: .. : :.:: :.:::. ..::.::::. .::: :::::::. . ::
CCDS14 PLTISYDPATCLHVWNNGYSFLVEFEDSTDKSVIKGGPLEHNYRLKQFHFHWGAIDAWGS
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 EHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQ
:::::. . ::::..:::.... .. .:: . .:::::::..:.:. . .:::..:.:
CCDS14 EHTVDSKCFPAELHLVHWNAVRFENFEDAALEENGLAVIGVFLKLGKHHKELQKLVDTLP
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 AIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQ
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CCDS14 SIKHKDALVEFGSFDPSCLMPTCPDYWTYSGSLTTPPLSESVTWIIKKQPVEVDHDQLEQ
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260
pF1KE6 FRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
::.:: . ::.. : : :: ::: .::::.::
CCDS14 FRTLLFTSEGEKEKRMVDNFRPLQPLMNRTVRSSFRHDYVLNVQAKPKPATSQATP
270 280 290 300 310
>>CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 (305 aa)
initn: 813 init1: 813 opt: 825 Z-score: 1025.9 bits: 197.7 E(32554): 8e-51
Smith-Waterman score: 825; 48.8% identity (71.1% similar) in 256 aa overlap (6-261:41-296)
10 20 30
pF1KE6 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIK
: .... :. . .:. :::..:.
CCDS10 AFSFLVEQMWAPLWSRSMRPGRWCSQRSCAWQTSNNTLHPLWTVPVSVPGGTRQSPINIQ
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 TSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFH
.. .: .:::. :::. :. : :.:. :.:.:.: . : ..:::. . ::: :::
CCDS10 WRDSVYDPQLKPLRVSYEAASCLYIWNTGYLFQVEFDDATEASGISGGPLENHYRLKQFH
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 FHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEAN
::::..:: :::::::: : ::::..::::.::.. ::. .:::::::..:.: .
CCDS10 FHWGAVNEGGSEHTVDGHAYPAELHLVHWNSVKYQNYKEAVVGENGLAVIGVFLKLGAHH
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 PKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKE
::...: : :: : :: . ::::::::. :.::: :::: ::: ::::::: ::
CCDS10 QTLQRLVDILPEIKHKDARAAMRPFDPSTLLPTCWDYWTYAGSLTTPPLTESVTWIIQKE
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260
pF1KE6 SISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
. :. ::. ::.:: .. :.. : .: :: ::: .: : :::
CCDS10 PVEVAPSQLSAFRTLLFSALGEEEKMMVNNYRPLQPLMNRKVWASFQATNEGTRS
260 270 280 290 300
>>CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (208 aa)
initn: 795 init1: 795 opt: 795 Z-score: 991.5 bits: 190.8 E(32554): 6.6e-49
Smith-Waterman score: 795; 54.0% identity (80.2% similar) in 202 aa overlap (60-261:5-206)
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 SPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSY
: : ::: .:.:.:.:.:.:. :::. :
CCDS42 MSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPLEGPY
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 RLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLM
:: :::::::. .. :::::::: .. .:::..:::. :::...:::: :::::.::..
CCDS42 RLKQFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGVFL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE6 KVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVT
..:. .:..... ::: .. :: .: :. :.:. :::.: .:::::::: ::: ::::
CCDS42 ETGDEHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSCFNPKCLLPASRHYWTYPGSLTTPPLSESVT
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE6 WIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
::. .: : .: .:...::::: . : :. . : .: :: ::::::.:.:::
CCDS42 WIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDERIHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA
160 170 180 190 200
>>CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 (290 aa)
initn: 569 init1: 303 opt: 673 Z-score: 838.0 bits: 162.9 E(32554): 2.3e-40
Smith-Waterman score: 673; 39.2% identity (70.9% similar) in 268 aa overlap (5-261:28-289)
10 20 30
pF1KE6 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTS
.:::.. : : :. ..: :::. :::.....
CCDS61 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGYEE--GVE-WGLVFPDANGEYQSPINLNSR
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
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