Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6224
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6224, 270 aa
1>>>pF1KE6224 270 - 270 aa - 270 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3041+/-0.000697; mu= 16.0094+/- 0.042
mean_var=77.9769+/-15.311, 0's: 0 Z-trim(110.9): 75 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.145242
statistics sampled from 11902 (11979) to 11902 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16
Scan time: 1.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30959.1 CFHR2 gene_id:3080|Hs108|chr1 ( 270) 1929 413.1 1.1e-115
CCDS1386.1 CFHR1 gene_id:3078|Hs108|chr1 ( 330) 1201 260.6 1.1e-69
CCDS53453.1 CFHR3 gene_id:10878|Hs108|chr1 ( 269) 1028 224.3 7.3e-59
CCDS1387.1 CFHR5 gene_id:81494|Hs108|chr1 ( 569) 929 203.8 2.3e-52
CCDS1385.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 (1231) 826 182.4 1.3e-45
CCDS30958.1 CFHR3 gene_id:10878|Hs108|chr1 ( 330) 784 173.2 2.1e-43
CCDS41451.1 CFHR4 gene_id:10877|Hs108|chr1 ( 331) 756 167.3 1.2e-41
CCDS55671.1 CFHR4 gene_id:10877|Hs108|chr1 ( 577) 756 167.5 1.9e-41
CCDS1388.1 F13B gene_id:2165|Hs108|chr1 ( 661) 448 103.0 5.6e-22
CCDS53452.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 ( 449) 435 100.2 2.8e-21
>>CCDS30959.1 CFHR2 gene_id:3080|Hs108|chr1 (270 aa)
initn: 1929 init1: 1929 opt: 1929 Z-score: 2190.5 bits: 413.1 E(32554): 1.1e-115
Smith-Waterman score: 1929; 100.0% identity (100.0% similar) in 270 aa overlap (1-270:1-270)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 QNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 LYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFV
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE6 CKSGYHPTKSHSFRAMCQNGKLVYPSCEEK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CKSGYHPTKSHSFRAMCQNGKLVYPSCEEK
250 260 270
>>CCDS1386.1 CFHR1 gene_id:3078|Hs108|chr1 (330 aa)
initn: 1669 init1: 1008 opt: 1201 Z-score: 1364.9 bits: 260.6 E(32554): 1.1e-69
Smith-Waterman score: 1460; 74.1% identity (77.7% similar) in 301 aa overlap (1-242:1-301)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV
:::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MWLLVSVILISRISSVGGEATFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL
::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SPSKSFWTRITCTEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL
70 80 90 100 110 120
130 140
pF1KE6 QNNENNISCVERGWSTPPKCRST-----------------------ISAE----------
::::::::::::::::::::::: :.:
CCDS13 QNNENNISCVERGWSTPPKCRSTDTSCVNPPTVQNAHILSRQMSKYPSGERVRYECRSPY
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180
pF1KE6 --------------------------KCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNL
:::::::::::::::: ::::::.::::::::::
CCDS13 EMFGDEEVMCLNGNWTEPPQCKDSTGKCGPPPPIDNGDITSFPLSVYAPASSVEYQCQNL
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 YQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVC
::::::..::::::::::::::: :::::.::::.::: :.:: .:::: :::. .::::
CCDS13 YQLEGNKRITCRNGQWSEPPKCLHPCVISREIMENYNIALRWTAKQKLYLRTGESAEFVC
250 260 270 280 290 300
250 260 270
pF1KE6 KSGYHPTKSHSFRAMCQNGKLVYPSCEEK
:
CCDS13 KRGYRLSSRSHTLRTTCWDGKLEYPTCAKR
310 320 330
>>CCDS53453.1 CFHR3 gene_id:10878|Hs108|chr1 (269 aa)
initn: 1211 init1: 965 opt: 1028 Z-score: 1170.2 bits: 224.3 E(32554): 7.3e-59
Smith-Waterman score: 1028; 48.0% identity (77.0% similar) in 269 aa overlap (1-268:1-269)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV
: ::..::: .: ..:.. :::: :.:: :. :. .:. : .:. . : :. .:
CCDS53 MLLLINVILTLWVSCANGQVKPCDFPDIKHGGLFHENMRRPYFPVAVGKYYSYYCDEHFE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL
.:: :.: : :...::::. ::: :.::..:::.... :. ..:..... :. :: :
CCDS53 TPSGSYWDYIHCTQNGWSPAVPCLRKCYFPYLENGYNQNYGRKFVQGNSTEVACHPGYGL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 QNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQN
. .....:.:.::: :.: . :.:::::::::.::: :::::.::.: : ::::::
CCDS53 PKAQTTVTCTEKGWSPTPRCIRVNSSEKCGPPPPISNGDTTSFLLKVYVPQSRVEYQCQP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 LYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFV
:.:.:.: .:: ::.:::::.:. ::.:..: :.: ::::: ...: :..::: .::.
CCDS53 YYELQGSNYVTCSNGEWSEPPRCIHPCIITEENMNKNNIKLKGRSDRKYYAKTGDTIEFM
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KE6 CKSGYHPTKS-HSFRAMCQNGKLVYPSCEEK
:: ::. . : ::.:.:..: . :: ::
CCDS53 CKLGYNANTSILSFQAVCREGIVEYPRCE
250 260
>>CCDS1387.1 CFHR5 gene_id:81494|Hs108|chr1 (569 aa)
initn: 1476 init1: 857 opt: 929 Z-score: 1053.6 bits: 203.8 E(32554): 2.3e-52
Smith-Waterman score: 929; 53.5% identity (72.2% similar) in 273 aa overlap (1-270:1-265)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV
: :: :::::: .:.::::. .::::::.::.::::: :.::::::::::::::::::::
CCDS13 MLLLFSVILISWVSTVGGEGTLCDFPKIHHGFLYDEEDYNPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL
::::::::::::.::::::::::::.: ::::.:::::::: ::::::::::::::: :
CCDS13 SPSKSFWTRITCTEEGWSPTPKCLRMCSFPFVKNGHSESSGLIHLEGDTVQIICNTGYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE6 QNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQC-Q
::::.::::::::::::: : ... .: : : : : : :. ....: .
CCDS13 QNNEKNISCVERGWSTPPIC--SFTKGECHVPILEANVDAQPKKES-YKVGDVLKFSCRK
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 NLYQLEGNNQITCRNGQWSEP-PKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVE
:: .. :.... : . :: : : . : ..: ... :... ..::
CCDS13 NLIRV-GSDSVQCYQFGWSPNFPTCKGQVRSCGPPPQLSNGEVKEIRKEE-YGHN-EVVE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KE6 FVCKSGYHPTKSHSFRAMCQNGK-LVYPSCEEK
. :. .. . . .: .:. . :.: :.
CCDS13 YDCNPNF--IINGPKKIQCVDGEWTTLPTCVEQVKTCGYIPELEYGYVQPSVPPYQHGVS
240 250 260 270 280 290
CCDS13 VEVNCRNEYAMIGNNMITCINGIWTELPMCVATHQLKRCKIAGVNIKTLLKLSGKEFNHN
300 310 320 330 340 350
>--
initn: 566 init1: 490 opt: 657 Z-score: 745.6 bits: 146.8 E(32554): 3.3e-35
Smith-Waterman score: 657; 42.1% identity (67.5% similar) in 228 aa overlap (47-268:345-569)
20 30 40 50 60 70
pF1KE6 GGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEG
.:. : .. . . . . . .: .
CCDS13 IWTELPMCVATHQLKRCKIAGVNIKTLLKLSGKEFNHNSRIRYRCSDIFRYRHSVCINGK
320 330 340 350 360 370
80 90 100 110 120 130
pF1KE6 WSPTPKCL--RLCFFPF---VENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRLQNNENNISCVE
:.: : : : : . :... .. .. .:. : ..:. .: : . .. : : .
CCDS13 WNPEVDCTEKREQFCPPPPQIPNAQNMTTTVNYQDGEKVAVLCKENYLLPEAKE-IVCKD
380 390 400 410 420 430
140 150 160 170 180 190
pF1KE6 RGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQIT
:.. :.: . :. ::::: :.::: ::: :::: :::.: :.::..:.:.:. .:
CCDS13 GRWQSLPRC--VESTAYCGPPPSINNGDTTSFPLSVYPPGSTVTYRCQSFYKLQGSVTVT
440 450 460 470 480 490
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 CRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVCKSGYHPT-KS
::: ::::::.::::::.:.: :.: ::.::: :. :::..::: ::: :: .. .:
CCDS13 CRNKQWSEPPRCLDPCVVSEENMNKNNIQLKWRNDGKLYAKTGDAVEFQCKFPHKAMISS
500 510 520 530 540 550
260 270
pF1KE6 HSFRAMCQNGKLVYPSCEEK
:::.::.::. :: ::
CCDS13 PPFRAICQEGKFEYPICE
560
>>CCDS1385.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 (1231 aa)
initn: 612 init1: 612 opt: 826 Z-score: 932.3 bits: 182.4 E(32554): 1.3e-45
Smith-Waterman score: 827; 49.8% identity (72.2% similar) in 255 aa overlap (23-270:989-1231)
10 20 30 40
pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFC-DFPKINHGILYDEEK--YKPFSQVPTGE
: ..:.....: . :.: :: .::
CCDS13 CFEGFGIDGPAIAKCLGEKWSHPPSCIKTDCLSLPSFENAIPMGEKKDVYK------AGE
960 970 980 990 1000 1010
50 60 70 80 90 100
pF1KE6 VFYYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRL-CFFP-FVENGHSESSGQTHLE-
:.: . . : .:: . :. : : : : :.:.. : ...
CCDS13 QVTYTCATYYKMDGAS---NVTCINSRWTGRPTCRDTSCVNPPTVQNAYIVSRQMSKYPS
1020 1030 1040 1050 1060
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 GDTVQIICNTGYRLQNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLS
:. :. : . :.. ..:. . :.. .:. ::.:.. :. :::::::::::::::: ::
CCDS13 GERVRYQCRSPYEMFGDEE-VMCLNGNWTEPPQCKD--STGKCGPPPPIDNGDITSFPLS
1070 1080 1090 1100 1110 1120
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQ
::::.::::::::::::::::..::::::::::::::: :::::.::::.::: :.:: .
CCDS13 VYAPASSVEYQCQNLYQLEGNKRITCRNGQWSEPPKCLHPCVISREIMENYNIALRWTAK
1130 1140 1150 1160 1170 1180
230 240 250 260 270
pF1KE6 QKLYSRTGDIVEFVCKSGYH-PTKSHSFRAMCQNGKLVYPSCEEK
::::::::. :::::: ::. ..::..:. : .::: ::.: ..
CCDS13 QKLYSRTGESVEFVCKRGYRLSSRSHTLRTTCWDGKLEYPTCAKR
1190 1200 1210 1220 1230
>--
initn: 464 init1: 464 opt: 561 Z-score: 632.2 bits: 126.9 E(32554): 6.8e-29
Smith-Waterman score: 561; 32.3% identity (59.8% similar) in 254 aa overlap (23-270:325-567)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFY
::.: :.:: :: :. .:. : .:. .
CCDS13 RNGFYPATRGNTAKCTSTGWIPAPRCTLKPCDYPDIKHGGLYHENMRRPYFPVAVGKYYS
300 310 320 330 340 350
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 YSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQI
: :. .: .:: :.: .: :...::::. ::: :.::..:::.... :. ..: ....
CCDS13 YYCDEHFETPSGSYWDHIHCTQDGWSPAVPCLRKCYFPYLENGYNQNHGRKFVQGKSIDV
360 370 380 390 400 410
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 ICNTGYRLQNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPP-PIDNGDITSFLLSVYAPG
:. :: : . .....:.: ::: :.: : .. :. :.:: :. . ::
CCDS13 ACHPGYALPKAQTTVTCMENGWSPTPRC---IRVKTCSKSSIDIENGFISESQYT-YALK
420 430 440 450 460 470
180 190 200 210 220
pF1KE6 SSVEYQCQNLYQL---EGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQK
...:::. : : ...::: . :: : :. : : . . . . :
CCDS13 EKAKYQCKLGYVTADGETSGSITCGKDGWSAQPTCIKSCDIPVFMNARTKNDFTWF----
480 490 500 510 520
230 240 250 260 270
pF1KE6 LYSRTGDIVEFVCKSGYHP-TKSHSFRAMC-QNGKLVYPSCEEK
. .: ... :..::. : : . .: :: : : :.
CCDS13 ---KLNDTLDYECHDGYESNTGSTTGSIVCGYNGWSDLPICYERECELPKIDVHLVPDRK
530 540 550 560 570 580
CCDS13 KDQYKVGEVLKFSCKPGFTIVGPNSVQCYHFGLSPDLPICKEQVQSCGPPPELLNGNVKE
590 600 610 620 630 640
>>CCDS30958.1 CFHR3 gene_id:10878|Hs108|chr1 (330 aa)
initn: 1092 init1: 528 opt: 784 Z-score: 892.7 bits: 173.2 E(32554): 2.1e-43
Smith-Waterman score: 823; 39.2% identity (62.5% similar) in 301 aa overlap (30-268:30-330)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MWLLVSVILISRISSVGGEAMFCDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFV
:: :. :. .:. : .:. . : :. .:
CCDS30 MLLLINVILTLWVSCANGQVKPCDFPDIKHGGLFHENMRRPYFPVAVGKYYSYYCDEHFE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SPSKSFWTRITCAEEGWSPTPKCLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRL
.:: :.: : :...::::. ::: :.::..:::.... :. ..:..... :. :: :
CCDS30 TPSGSYWDYIHCTQNGWSPAVPCLRKCYFPYLENGYNQNYGRKFVQGNSTEVACHPGYGL
70 80 90 100 110 120
130 140
pF1KE6 QNNENNISCVERGWSTPPKC-------RSTI-----------------------------
. .....:.:.::: :.: .: :
CCDS30 PKAQTTVTCTEKGWSPTPRCIRVRTCSKSDIEIENGFISESSSIYILNKEIQYKCKPGYA
130 140 150 160 170 180
150 160 170
pF1KE6 -------------------------SAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQ
:.:::::::::.::: :::::.::.: : ::::::
CCDS30 TADGNSSGSITCLQNGWSAQPICINSSEKCGPPPPISNGDTTSFLLKVYVPQSRVEYQCQ
190 200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 NLYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEF
:.:.:.: .:: ::.:::::.:. ::.:..: :.: ::::: ...: :..::: .::
CCDS30 PYYELQGSNYVTCSNGEWSEPPRCIHPCIITEENMNKNNIKLKGRSDRKYYAKTGDTIEF
250 260 270 280 290 300
240 250 260 270
pF1KE6 VCKSGYHPTKS-HSFRAMCQNGKLVYPSCEEK
.:: ::. . : ::.:.:..: . :: ::
CCDS30 MCKLGYNANTSILSFQAVCREGIVEYPRCE
310 320 330
>>CCDS41451.1 CFHR4 gene_id:10877|Hs108|chr1 (331 aa)
initn: 963 init1: 613 opt: 756 Z-score: 860.9 bits: 167.3 E(32554): 1.2e-41
Smith-Waterman score: 756; 47.0% identity (74.0% similar) in 219 aa overlap (53-268:115-331)
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 CDFPKINHGILYDEEKYKPFSQVPTGEVFYYSCEYNFVSPSKSFWTRITCAEEGWSPTPK
:.:. .... . . ::: ..::: :
CCDS41 LRTCSKSDIEIENGFISESSSIYILNKEIQYKCKPGYATADGNSSGSITCLQNGWSAQPI
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KE6 CLRLCFFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYRLQ--NNENNISCVERGWSTPPKC
:...: .: ::....:.:. ::.. : ::... :. ..: : : ::: : :
CCDS41 CIKFCDMPVFENSRAKSNGMRFKLHDTLDYECYDGYEISYGNTTGSIVCGEDGWSHFPTC
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KE6 RSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQITCRNGQWSEP
. :.:::::::::.::: :::::.::.: : ::::::. :.:.:.: .:: ::.::::
CCDS41 YN--SSEKCGPPPPISNGDTTSFLLKVYVPQSRVEYQCQSYYELQGSNYVTCSNGEWSEP
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250
pF1KE6 PKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVCKSGYHPTKS-HSFRAMCQN
:.:. ::.:..: :.: ::.:: .. : :..::: .::.:: ::. . : ::.:.:..
CCDS41 PRCIHPCIITEENMNKNNIQLKGKSDIKYYAKTGDTIEFMCKLGYNANTSVLSFQAVCRE
270 280 290 300 310 320
260 270
pF1KE6 GKLVYPSCEEK
: . :: ::
CCDS41 GIVEYPRCE
330
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30 40 50 60 70 80
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:.:. .... . . ::: ..::: :
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90 100 110 120 130 140
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:...: .: ::....:.:. ::.. : ::... :. ..: : : ::: : :
CCDS55 CIKFCDMPVFENSRAKSNGMRFKLHDTLDYECYDGYEISYGNTTGSIVCGEDGWSHFPTC
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CCDS55 YN--SSEKCGPPPPISNGDTTSFLLKVYVPQSRVEYQCQSYYELQGSNYVTCSNGEWSEP
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210 220 230 240 250
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:.:. ::.:..: :.: ::.:: .. : :..::: .::.:: ::. . : ::.:.:..
CCDS55 PRCIHPCIITEENMNKNNIQLKGKSDIKYYAKTGDTIEFMCKLGYNANTSVLSFQAVCRE
510 520 530 540 550 560
260 270
pF1KE6 GKLVYPSCEEK
: . :: ::
CCDS55 GIVEYPRCE
570
>--
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30 40 50 60 70 80
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:.:. .... . ::: ..::: :
CCDS55 LRTCSKSDVEIENGFISESSSIYILNEETQYNCKPGYATAEGNSSGSITCLQNGWSTQPI
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90 100 110 120 130 140
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:...: .: ::....:.:. ::.. : ::. . :. ..: : : ::: : :
CCDS55 CIKFCDMPVFENSRAKSNGMWFKLHDTLDYECYDGYESSYGNTTDSIVCGEDGWSHLPTC
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150 160 170 180 190 200
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CCDS55 YN--SSENCGPPPPISNGDTTSFPQKVYLPWSRVEYQCQSYYELQGSKYVTCSNGDWSEP
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210 220 230 240 250
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:.:.. :: :. : . .: . : .. : ::. . : ... :. :.
CCDS55 PRCISMKPC----EFPEIQHGHLYYENTRRPYFPVATGQSYSYYCDQNFVTPSGSYWDYI
270 280 290 300 310
260 270
pF1KE6 MC-QNGKLVYPSCEEK
: :.: : :
CCDS55 HCTQDGWLPTVPCLRTCSKSDIEIENGFISESSSIYILNKEIQYKCKPGYATADGNSSGS
320 330 340 350 360 370
>--
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CCDS55 MLLLINVILTLWVSCANGQVKPCDFPEIQHGGLYYKSLRRLYFPAAAGQSYSYYCDQNFV
10 20 30 40 50 60
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CCDS55 TPSGSYWDYIHCTQDGWSPTVPCLRTCSKSDVEIENGFISESSSIYILNEETQYNCKPGY
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pF1KE6 YRLQNNENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQ
CCDS55 ATAEGNSSGSITCLQNGWSTQPICIKFCDMPVFENSRAKSNGMWFKLHDTLDYECYDGYE
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CCDS13 IRCEDGKWTEPPKCIEGQEKVACEEPPFIENGAANLHSKIYYNGDKVTYACKSGYLLHGS
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pF1KE6 ENNISCVERGWSTPPKCRSTISAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQ
:.:.: . :. ::.: . :.: :: . :: ... .:. :: ::::::.:.. :
CCDS13 -NEITCNRGKWTLPPECVE--NNENCKHPPVVMNGAVADGILASYATGSSVEYRCNEYYL
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pF1KE6 LEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVCKS
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CCDS13 LRGSKISRCEQGKWSSPPVCLEPCTVNVDYMNRNNIEMKWKYEGKVLH--GDLIDFVCKQ
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pF1KE6 GYH--PTKSHS-FRAMCQNGKLVYPSCEEK
:: : : . ..:. :.. :: : .:
CCDS13 GYDLSPLTPLSELSVQCNRGEVKYPLCTRKESKGMCTSPPLIKHGVIISSTVDTYENGSS
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>--
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: :.. .: .: .: ..:
CCDS13 KTTGGKDEEVVQCLSDGWSSQPTCRKEHETCLAPELYNGNYSTTQKTFKVKDKVQ-----
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: : .. . . . .. : ::: :::: .: : . ..:::. . ::. :::.
CCDS13 -YECATGYYTAGGKKTEEVECLTYGWSLTPKCTKLKCSSLRLIENGYFHPVKQTYEEGDV
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CCDS13 VQFFCHENYYLSGSDL-IQCYNFGWYPESPVCEG--RRNRCPPPPLPI-NSKIQTHS-TT
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CCDS13 YRHGEIVHIECELNFEIHGSAEIRCEDGKWTEPPKCIEGQEKVACEEPPFIENGAANLHS
300 310 320 330 340 350
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CCDS13 KIYYNGDKVTYACKSGYLLHGSNEITCNRGKWTLPPECVENNENCKHPPVVMNGAVADGI
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CCDS13 PLTPLSELSVQCNRGEVKYPLCTRKESKGMCTSPPLIKHGVIISSTVDTYENGSSVEYRC
500 510 520 530 540 550
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 QNLYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVE
. . :::. . : .:.:. :: ::.::..: ::: :. ::: ... . :. .:
CCDS13 FDHHFLEGSREAYCLDGMWTTPPLCLEPCTLSFTEMEKNNLLLKWDFDNRPHILHGEYIE
560 570 580 590 600 610
240 250 260 270
pF1KE6 FVCKSGYHPTKSHS----FRAMCQNGKLVYPSCEEK
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CCDS13 FICRGDTYPAELYITGSILRMQCDRGQLKYPRCIPRQSTLSYQEPLRT
620 630 640 650 660
>>CCDS53452.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 (449 aa)
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CCDS53 RNGFYPATRGNTAKCTSTGWIPAPRCTLKPCDYPDIKHGGLYHENMRRPYFPVAVGKYYS
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CCDS53 YYCDEHFETPSGSYWDHIHCTQDGWSPAVPCLRKCYFPYLENGYNQNHGRKFVQGKSIDV
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CCDS53 ACHPGYALPKAQTTVTCMENGWSPTPRCIRVSFTL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]