Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6211
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6211, 201 aa
1>>>pF1KE6211 201 - 201 aa - 201 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6426+/-0.00102; mu= 11.8799+/- 0.061
mean_var=90.5809+/-18.220, 0's: 0 Z-trim(105.5): 105 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.134758
statistics sampled from 8326 (8438) to 8326 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.259), width: 16
Scan time: 2.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4864.1 GUCA1A gene_id:2978|Hs108|chr6 ( 201) 1323 267.2 4.9e-72
CCDS2954.1 GUCA1C gene_id:9626|Hs108|chr3 ( 209) 661 138.5 2.8e-33
CCDS4865.1 GUCA1B gene_id:2979|Hs108|chr6 ( 200) 559 118.6 2.5e-27
CCDS1671.1 HPCAL1 gene_id:3241|Hs108|chr2 ( 193) 490 105.2 2.7e-23
CCDS6292.1 NCALD gene_id:83988|Hs108|chr8 ( 193) 480 103.3 1e-22
CCDS370.1 HPCA gene_id:3208|Hs108|chr1 ( 193) 474 102.1 2.3e-22
CCDS1689.1 VSNL1 gene_id:7447|Hs108|chr2 ( 191) 427 93.0 1.3e-19
CCDS441.1 HPCAL4 gene_id:51440|Hs108|chr1 ( 191) 413 90.2 8.6e-19
CCDS78448.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 ( 172) 412 90.0 9.1e-19
CCDS6932.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 ( 190) 411 89.8 1.1e-18
CCDS11151.1 RCVRN gene_id:5957|Hs108|chr17 ( 200) 384 84.6 4.4e-17
CCDS7524.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 220) 369 81.7 3.6e-16
CCDS7525.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 225) 369 81.7 3.7e-16
CCDS41562.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 252) 369 81.8 4e-16
CCDS7522.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 270) 369 81.8 4.2e-16
CCDS7521.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 285) 369 81.8 4.4e-16
CCDS64313.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 188) 358 79.5 1.4e-15
CCDS4374.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 216) 358 79.6 1.6e-15
CCDS34285.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 225) 358 79.6 1.6e-15
CCDS34286.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 227) 358 79.6 1.6e-15
CCDS7523.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10 ( 227) 352 78.4 3.6e-15
CCDS47035.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 188) 348 77.6 5.4e-15
CCDS43215.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 216) 348 77.6 6e-15
CCDS43217.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 225) 348 77.7 6.2e-15
CCDS3428.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 229) 348 77.7 6.3e-15
CCDS43216.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4 ( 250) 348 77.7 6.7e-15
CCDS33245.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 ( 230) 332 74.5 5.5e-14
CCDS2013.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2 ( 256) 332 74.6 5.9e-14
CCDS64312.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5 ( 241) 303 68.9 2.8e-12
>>CCDS4864.1 GUCA1A gene_id:2978|Hs108|chr6 (201 aa)
initn: 1323 init1: 1323 opt: 1323 Z-score: 1406.7 bits: 267.2 E(32554): 4.9e-72
Smith-Waterman score: 1323; 100.0% identity (100.0% similar) in 201 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSPSASQYVEQMF
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CCDS48 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSPSASQYVEQMF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 ETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDRDELLTIIQAIR
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CCDS48 ETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDRDELLTIIQAIR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 AINPCSDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQMLLDTLTRSLDLTRIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 AINPCSDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQMLLDTLTRSLDLTRIV
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KE6 RRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
:::::::::::::::::::::
CCDS48 RRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
190 200
>>CCDS2954.1 GUCA1C gene_id:9626|Hs108|chr3 (209 aa)
initn: 668 init1: 445 opt: 661 Z-score: 710.9 bits: 138.5 E(32554): 2.8e-33
Smith-Waterman score: 661; 46.4% identity (78.7% similar) in 207 aa overlap (1-201:1-202)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEGKSV----EELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSPSASQYV
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CCDS29 MGN---GKSIAGDQKAVPTQETHVWYRTFMMEYPSGLQTLHEFKTLLGLQGLNQKANKHI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 EQMFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDRDELLTII
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CCDS29 DQVYNTFDTNKDGFVDFLEFIAAVNLIMQEKMEQKLKWYFKLYDADGNGSIDKNELLDMF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 QAIRAINPCSDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQMLLDTLTRSLDL
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CCDS29 MAVQALN--GQQTLSPEEFINLVFHKIDINNDGELTLEEFINGMAKDQDLLEIVYKSFDF
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KE6 TRIVRRLQNGEQDEEGAD--EAAEAAG
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CCDS29 SNVLRVICNGKQPDMETDSSKSPDKAGLGKVKMK
180 190 200
>>CCDS4865.1 GUCA1B gene_id:2979|Hs108|chr6 (200 aa)
initn: 563 init1: 312 opt: 559 Z-score: 604.0 bits: 118.6 E(32554): 2.5e-27
Smith-Waterman score: 559; 47.2% identity (75.3% similar) in 178 aa overlap (6-175:9-185)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSPSASQYVE
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CCDS48 MGQEFSWEEAEAAGEIDVAELQEWYKKFVMECPSGTLFMHEFKRFFKVTD-DEEASQYVE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 QMFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDRDELLTIIQ
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CCDS48 GMFRAFDKNGDNTIDFLEYVAALNLVLRGTLEHKLKWTFKIYDKDGNGCIDRLELLNIVE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE6 AI--------RAINPCSDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQMLLDT
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CCDS48 GIYQLKKACRRELQTEQGQLLTPEEVVDRIFLLVDENGDGQLSLNEFVEGARRDKWVMKM
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KE6 LTRSLDLTRIVRRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
: ...
CCDS48 LQMDMNPSSWLAQQRRKSAMF
180 190 200
>>CCDS1671.1 HPCAL1 gene_id:3241|Hs108|chr2 (193 aa)
initn: 483 init1: 378 opt: 490 Z-score: 531.7 bits: 105.2 E(32554): 2.7e-23
Smith-Waterman score: 490; 44.2% identity (76.4% similar) in 165 aa overlap (12-170:21-183)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSP-
:... : ..::: :. .::.:.::. ::..... :. :
CCDS16 MGKQNSKLRPEVLQDLRENTEFTDHELQEWYKGFLKDCPTGHLTVDEFKKIYA--NFFPY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE6 -SASQYVEQMFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDR
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CCDS16 GDASKFAEHVFRTFDTNGDGTIDFREFIIALSVTSRGKLEQKLKWAFSMYDLDGNGYISR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 DELLTIIQAIR----AINPCSDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQM
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CCDS16 SEMLEIVQAIYKMVSSVMKMPEDESTPEKRTDKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDPS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KE6 LLDTLTRSLDLTRIVRRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
.. :
CCDS16 IVRLLQCDPSSASQF
180 190
>>CCDS6292.1 NCALD gene_id:83988|Hs108|chr8 (193 aa)
initn: 440 init1: 377 opt: 480 Z-score: 521.2 bits: 103.3 E(32554): 1e-22
Smith-Waterman score: 480; 43.0% identity (74.5% similar) in 165 aa overlap (12-170:21-183)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSP-
... : ..::: :. .::::.:.. ::....: :. :
CCDS62 MGKQNSKLRPEVMQDLLESTDFTEHEIQEWYKGFLRDCPSGHLSMEEFKKIYG--NFFPY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE6 -SASQYVEQMFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDR
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CCDS62 GDASKFAEHVFRTFDANGDGTIDFREFIIALSVTSRGKLEQKLKWAFSMYDLDGNGYISK
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 DELLTIIQAIR----AINPCSDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQM
:.: :.::: .. . : :. :. .: ..:.: ::.:::::::.:...:
CCDS62 AEMLEIVQAIYKMVSSVMKMPEDESTPEKRTEKIFRQMDTNRDGKLSLEEFIRGAKSDPS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KE6 LLDTLTRSLDLTRIVRRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
.. :
CCDS62 IVRLLQCDPSSAGQF
180 190
>>CCDS370.1 HPCA gene_id:3208|Hs108|chr1 (193 aa)
initn: 431 init1: 368 opt: 474 Z-score: 514.9 bits: 102.1 E(32554): 2.3e-22
Smith-Waterman score: 474; 43.0% identity (75.2% similar) in 165 aa overlap (12-170:21-183)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSP-
:.: : ..::: :. .::.: :.. ::..... :. :
CCDS37 MGKQNSKLRPEMLQDLRENTEFSELELQEWYKGFLKDCPTGILNVDEFKKIYA--NFFPY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE6 -SASQYVEQMFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDR
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CCDS37 GDASKFAEHVFRTFDTNSDGTIDFREFIIALSVTSRGRLEQKLMWAFSMYDLDGNGYISR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 DELLTIIQAIR----AINPCSDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQM
.:.: :.::: .. . : :. :. .: ..:.:.::.:::::::.:...:
CCDS37 EEMLEIVQAIYKMVSSVMKMPEDESTPEKRTEKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDPS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KE6 LLDTLTRSLDLTRIVRRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
.. :
CCDS37 IVRLLQCDPSSASQF
180 190
>>CCDS1689.1 VSNL1 gene_id:7447|Hs108|chr2 (191 aa)
initn: 415 init1: 351 opt: 427 Z-score: 465.6 bits: 93.0 E(32554): 1.3e-19
Smith-Waterman score: 427; 42.4% identity (70.6% similar) in 170 aa overlap (4-163:12-178)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEG--KSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSP
::: ::.: .. : .:::: :. .::::.:.: ::.:.. .. :
CCDS16 MGKQNSKLAPEVMEDLVKSTE-FNEHELKQWYKGFLKDCPSGRLNLEEFQQLY--VKFFP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE6 --SASQYVEQMFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCID
.::..... :.::: : :: ::: :.. :::.. .:. :::: : :..::.::.: :
CCDS16 YGDASKFAQHAFRTFDKNGDGTIDFREFICALSITSRGSFEQKLNWAFNMYDLDGDGKIT
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 RDELLTIIQAIRAI------NPCSDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQK
: :.: ::.:: . .. .: :. .: .:::.: : : ...:.:: :....
CCDS16 RVEMLEIIEAIYKMVGTVIMMKMNEDGLTPEQRVDKIFSKMDKNKDDQITLDEFKEAAKS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KE6 DQMLLDTLTRSLDLTRIVRRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
:
CCDS16 DPSIVLLLQCDIQK
180 190
>>CCDS441.1 HPCAL4 gene_id:51440|Hs108|chr1 (191 aa)
initn: 375 init1: 351 opt: 413 Z-score: 450.8 bits: 90.2 E(32554): 8.6e-19
Smith-Waterman score: 413; 41.9% identity (71.2% similar) in 160 aa overlap (12-163:21-178)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSP-
:.: : .:::: :. .:::: :.: ::.:.. .: . :
CCDS44 MGKTNSKLAPEVLEDLVQNTEFSEQELKQWYKGFLKDCPSGILNLEEFQQLY-IK-FFPY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE6 -SASQYVEQMFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDR
.::..... :.::: : :: ::: :.. :::.. .:. :::: : :..::.::.: : :
CCDS44 GDASKFAQHAFRTFDKNGDGTIDFREFICALSVTSRGSFEQKLNWAFEMYDLDGDGRITR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 DELLTIIQAIRAINPC------SDTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKD
:.: ::.:: . .. .: .. .: .:.:.: . : ...:::: :....:
CCDS44 LEMLEIIEAIYKMVGTVIMMRMNQDGLTPQQRVDKIFKKMDQDKDDQITLEEFKEAAKSD
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KE6 QMLLDTLTRSLDLTRIVRRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
CCDS44 PSIVLLLQCDMQK
180 190
>>CCDS78448.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 (172 aa)
initn: 376 init1: 320 opt: 412 Z-score: 450.4 bits: 90.0 E(32554): 9.1e-19
Smith-Waterman score: 412; 38.2% identity (70.3% similar) in 165 aa overlap (13-171:4-166)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSP--SASQYVEQ
.. : .:::: :. .:::::: :.... :.. : . ....
CCDS78 MATITEKEVQQWYKGFIKDCPSGQLDAAGFQKIY--KQFFPFGDPTKFATF
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 MFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDRDELLTIIQA
.:..:: :::: :.: :.. :::.. .: ...:::: :::::.:..: : :.:.: :..:
CCDS78 VFNVFDENKDGRIEFSEFIQALSVTSRGTLDEKLRWAFKLYDLDNDGYITRNEMLDIVDA
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 IRAINPCS----DTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQMLLDTLTRSL
: . . . : :. .: .:. .: :.::.:.:.:: :: . : ....:.
CCDS78 IYQMVGNTVELPEEENTPEKRVDRIFAMMDKNADGKLTLQEFQEGSKADPSIVQALSLYD
110 120 130 140 150 160
180 190 200
pF1KE6 DLTRIVRRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
CCDS78 GLV
170
>>CCDS6932.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9 (190 aa)
initn: 375 init1: 319 opt: 411 Z-score: 448.8 bits: 89.8 E(32554): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 411; 38.2% identity (70.3% similar) in 165 aa overlap (13-171:22-184)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MGNVMEGKSVEELSSTECHQWYKKFMTECPSGQLTLYEFRQFFGLKNLSP-
.. : .:::: :. .:::::: :.... :.. :
CCDS69 MGKSNSKLKPEVVEELTRKTYFTEKEVQQWYKGFIKDCPSGQLDAAGFQKIY--KQFFPF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE6 -SASQYVEQMFETFDFNKDGYIDFMEYVAALSLVLKGKVEQKLRWYFKLYDVDGNGCIDR
. .... .:..:: :::: :.: :.. :::.. .: ...:::: :::::.:..: : :
CCDS69 GDPTKFATFVFNVFDENKDGRIEFSEFIQALSVTSRGTLDEKLRWAFKLYDLDNDGYITR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 DELLTIIQAIRAINPCS----DTTMTAEEFTDTVFSKIDVNGDGELSLEEFIEGVQKDQM
.:.: :..:: . . . : :. .: .:. .: :.::.:.:.:: :: . :
CCDS69 NEMLDIVDAIYQMVGNTVELPEEENTPEKRVDRIFAMMDKNADGKLTLQEFQEGSKADPS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200
pF1KE6 LLDTLTRSLDLTRIVRRLQNGEQDEEGADEAAEAAG
....:.
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