FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5791, 631 aa
1>>>pF1KE5791 631 - 631 aa - 631 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2825+/-0.00111; mu= 14.5139+/- 0.066
mean_var=82.7493+/-16.812, 0's: 0 Z-trim(103.8): 71 B-trim: 140 in 1/48
Lambda= 0.140991
statistics sampled from 7529 (7600) to 7529 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 3.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX ( 631) 4164 857.3 0
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 ( 648) 2527 524.4 1.9e-148
CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 729) 1148 243.9 5.8e-64
CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 731) 1148 243.9 5.8e-64
CCDS82190.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 1130 240.2 6.3e-63
CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 1130 240.2 6.3e-63
CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1031) 1068 227.7 6.2e-59
CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032) 1068 227.7 6.2e-59
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 ( 938) 978 209.3 1.8e-53
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CCDS54854.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 704) 845 182.2 2e-45
CCDS3969.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 724) 845 182.2 2e-45
CCDS55404.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 646) 756 164.1 5.2e-40
CCDS43931.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 662) 756 164.1 5.3e-40
CCDS14782.1 DDX3Y gene_id:8653|Hs108|chrY ( 660) 736 160.1 8.9e-39
CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1 ( 619) 713 155.4 2.2e-37
CCDS13416.1 DDX27 gene_id:55661|Hs108|chr20 ( 796) 695 151.7 3.4e-36
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 881) 679 148.5 3.6e-35
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 882) 679 148.5 3.6e-35
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 455) 670 146.6 7e-35
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 715) 661 144.8 3.7e-34
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 783) 661 144.8 4.1e-34
CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17 ( 599) 654 143.4 8.6e-34
CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5 ( 622) 643 141.1 4.2e-33
CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 ( 483) 640 140.5 5.1e-33
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10 ( 737) 636 139.7 1.3e-32
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 ( 411) 629 138.2 2.1e-32
CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 406) 608 133.9 4e-31
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CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19 ( 483) 591 130.5 5.1e-30
CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6 ( 428) 565 125.2 1.8e-28
CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11 ( 875) 565 125.3 3.4e-28
CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19 ( 427) 560 124.2 3.6e-28
CCDS842.1 DDX20 gene_id:11218|Hs108|chr1 ( 824) 522 116.6 1.4e-25
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12 ( 820) 482 108.4 3.9e-23
CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 483) 456 103.1 9.4e-22
CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 478) 453 102.4 1.4e-21
CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 479) 453 102.4 1.4e-21
CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 347) 441 99.9 5.8e-21
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 369) 436 98.9 1.2e-20
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 370) 430 97.7 2.9e-20
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 507) 427 97.2 5.9e-20
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 447) 397 91.0 3.6e-18
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 448) 397 91.0 3.6e-18
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 453) 397 91.0 3.7e-18
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9 ( 585) 394 90.5 7e-18
CCDS5492.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 547) 342 79.9 1e-14
CCDS9251.1 DDX55 gene_id:57696|Hs108|chr12 ( 600) 298 71.0 5.4e-12
>>CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX (631 aa)
initn: 4164 init1: 4164 opt: 4164 Z-score: 4578.4 bits: 857.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4164; 100.0% identity (100.0% similar) in 631 aa overlap (1-631:1-631)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSHWAPEWKRAEANPRDLGASWDVRGSRGSGWSGPFGHQGPRAAGSREPPLCFKIKNNMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSHWAPEWKRAEANPRDLGASWDVRGSRGSGWSGPFGHQGPRAAGSREPPLCFKIKNNMV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GVVIGYSGSKIKDLQHSTNTKIQIINGESEAKVRIFGNREMKAKAKAAIETLIRKQESYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GVVIGYSGSKIKDLQHSTNTKIQIINGESEAKVRIFGNREMKAKAKAAIETLIRKQESYN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 SESSVDNAASQTPIGRNLGRNDIVGEAEPLSNWDRIRAAVVECEKRKWADLPPVKKNFYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SESSVDNAASQTPIGRNLGRNDIVGEAEPLSNWDRIRAAVVECEKRKWADLPPVKKNFYI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ESKATSCMSEMQVINWRKENFNITCDDLKSGEKRLIPKPTCRFKDAFQQYPDLLKSIIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ESKATSCMSEMQVINWRKENFNITCDDLKSGEKRLIPKPTCRFKDAFQQYPDLLKSIIRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GIVKPTPIQSQAWPIILQGIDLIVVAQTGTGKTLSYLMPGFIHLDSQPISREQRNGPGML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GIVKPTPIQSQAWPIILQGIDLIVVAQTGTGKTLSYLMPGFIHLDSQPISREQRNGPGML
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 VLTPTRELALHVEAECSKYSYKGLKSICIYGGRNRNGQIEDISKGVDIIIATPGRLNDLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VLTPTRELALHVEAECSKYSYKGLKSICIYGGRNRNGQIEDISKGVDIIIATPGRLNDLQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 MNNSVNLRSITYLVIDEADKMLDMEFEPQIRKILLDVRPDRQTVMTSATWPDTVRQLALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MNNSVNLRSITYLVIDEADKMLDMEFEPQIRKILLDVRPDRQTVMTSATWPDTVRQLALS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 YLKDPMIVYVGNLNLVAVNTVKQNIIVTTEKEKRALTQEFVENMSPNDKVIMFVSQKHIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YLKDPMIVYVGNLNLVAVNTVKQNIIVTTEKEKRALTQEFVENMSPNDKVIMFVSQKHIA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 DDLSSDFNIQGISAESLHGNSEQSDQERAVEDFKSGNIKILITTDIVSRGLDLNDVTHVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DDLSSDFNIQGISAESLHGNSEQSDQERAVEDFKSGNIKILITTDIVSRGLDLNDVTHVY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 NYDFPRNIDVYVHRVGYIGRTGKTGTSVTLITQRDSKMAGELIKILDRANQSVPEDLVVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NYDFPRNIDVYVHRVGYIGRTGKTGTSVTLITQRDSKMAGELIKILDRANQSVPEDLVVM
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE5 AEQYKLNQQKRHRETRSRKPGQRRKEFYFLS
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AEQYKLNQQKRHRETRSRKPGQRRKEFYFLS
610 620 630
>>CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 (648 aa)
initn: 2544 init1: 2229 opt: 2527 Z-score: 2778.6 bits: 524.4 E(32554): 1.9e-148
Smith-Waterman score: 2527; 61.8% identity (84.0% similar) in 626 aa overlap (5-628:26-648)
10 20 30
pF1KE5 MSHWAPEWKRAEANPRDLGASWDVRGSRGSGWSGPFGHQ
::: . :: : ...: .::. : :
CCDS49 MSHHGGAPKASTWVVASRRSSTVSRAPERRPAEELNRTGPEGYSV--GRGGRWRGTSRPP
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 GPRAAGSREPPLCFKIKNNMVGVVIGYSGSKIKDLQHSTNTKIQIINGESEAKVRIFGNR
::: .: :::: .:...::.::: .:::::..: .::: ::::. . :. :.:::..
CCDS49 EAVAAGHEELPLCFALKSHFVGAVIGRGGSKIKNIQSTTNTTIQIIQEQPESLVKIFGSK
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 EMKAKAKAAIETLIRK-QESYNSESSVDNAASQTPIGRNLGR-NDIVGEAEPLSNWDRIR
:..::::.:.....: .:.:::: ..:.: : .:.. . :..:. .:: .::.::
CCDS49 AMQTKAKAVIDNFVKKLEENYNSECGIDTAF-QPSVGKDGSTDNNVVAGDRPLIDWDQIR
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 AAVVECEKRKWADLPPVKKNFYIESKATSCMSEMQVINWRKENFNITCDDLKSGEKRLIP
.. .: :::::::.::::: :: ::: ::.... .::::::::: ::::.:::: ::
CCDS49 EEGLKWQKTKWADLPPIKKNFYKESTATSAMSKVEADSWRKENFNITWDDLKDGEKRPIP
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 KPTCRFKDAFQQYPDLLKSIIRVGIVKPTPIQSQAWPIILQGIDLIVVAQTGTGKTLSYL
.::: : :::: ::.....: ..:. ::::::::::::.::::::: :::::::::: ::
CCDS49 NPTCTFDDAFQCYPEVMENIKKAGFQKPTPIQSQAWPIVLQGIDLIGVAQTGTGKTLCYL
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 MPGFIHLDSQPISREQRNGPGMLVLTPTRELALHVEAECSKYSYKGLKSICIYGGRNRNG
::::::: :: . ::: ::::::::::::::.::.:: :::::::.:.:.::: ::.
CCDS49 MPGFIHLVLQPSLKGQRNRPGMLVLTPTRELALQVEGECCKYSYKGLRSVCVYGGGNRDE
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 QIEDISKGVDIIIATPGRLNDLQMNNSVNLRSITYLVIDEADKMLDMEFEPQIRKILLDV
:::...::::::::::::::::::.: :::..:::::.::::::::: ::::: ::::::
CCDS49 QIEELKKGVDIIIATPGRLNDLQMSNFVNLKNITYLVLDEADKMLDMGFEPQIMKILLDV
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400 410 420 430 440 450
pF1KE5 RPDRQTVMTSATWPDTVRQLALSYLKDPMIVYVGNLNLVAVNTVKQNIIVTTEKEKRALT
:::::::::::::: .:..:: ::::.:::::::.:.::::..::::::::::.:: .
CCDS49 RPDRQTVMTSATWPHSVHRLAQSYLKEPMIVYVGTLDLVAVSSVKQNIIVTTEEEKWSHM
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 QEFVENMSPNDKVIMFVSQKHIADDLSSDFNIQGISAESLHGNSEQSDQERAVEDFKSGN
: :...:: .::::.:::.: .:: ::::. . .::.:::::. :: :.:.:.:.::.:.
CCDS49 QTFLQSMSSTDKVIVFVSRKAVADHLSSDLILGNISVESLHGDREQRDREKALENFKTGK
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KE5 IKILITTDIVSRGLDLNDVTHVYNYDFPRNIDVYVHRVGYIGRTGKTGTSVTLITQRDSK
..:::.::..:::::..:::::::.::::::. ::::.: ::.:.::.:.: .:. : .
CCDS49 VRILIATDLASRGLDVHDVTHVYNFDFPRNIEEYVHRIGRTGRAGRTGVSITTLTRNDWR
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KE5 MAGELIKILDRANQSVPEDLVVMAEQYKLNQQKRHRETRSRKPGQRRKEFYFLS
.:.:::.::.:::::.::.:: :::..: .::::. : . ..: : :.:.
CCDS49 VASELINILERANQSIPEELVSMAERFKAHQQKREMERKMERPQGRPKKFH
600 610 620 630 640
>>CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 (729 aa)
initn: 1002 init1: 627 opt: 1148 Z-score: 1261.9 bits: 243.9 E(32554): 5.8e-64
Smith-Waterman score: 1148; 43.6% identity (72.8% similar) in 445 aa overlap (165-603:119-554)
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 GRNLGRNDIVGEAEPLSNWDRIRAAVVECEKRKW--ADLPPVKKNFYIESKATSCMSEMQ
:.:: ..:: .::::.: .. .. ..
CCDS33 DRDRDRGGFGARGGGGLPPKKFGNPGERLRKKKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYE
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 VINWRKENFNITCDDLKSGEKRLIPKPTCRFKDA-FQQYPDLLKSIIRVGIVKPTPIQSQ
: . :... .:: ...:. . :::. :. : : :: .. .. ...::::: :
CCDS33 VDELRRKK-EIT---VRGGD--VCPKPVFAFHHANFPQY--VMDVLMDQHFTEPTPIQCQ
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 AWPIILQGIDLIVVAQTGTGKTLSYLMPGFIHLDSQPISREQRNGPGMLVLTPTRELALH
..:. :.: :.. .::::.::::.::.:...:.. :: :. .:: :::.:::::: .
CCDS33 GFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPAIVHINHQPYL-ERGDGPICLVLAPTRELAQQ
210 220 230 240 250
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 VEAECSKYSYKG-LKSICIYGGRNRNGQIEDISKGVDIIIATPGRLNDLQMNNSVNLRSI
:. . :. . ::: ::::: .. ::.:. .::.: ::::::: :. ....:::
CCDS33 VQQVADDYGKCSRLKSTCIYGGAPKGPQIRDLERGVEICIATPGRLIDFLESGKTNLRRC
260 270 280 290 300 310
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 TYLVIDEADKMLDMEFEPQIRKILLDVRPDRQTVMTSATWPDTVRQLALSYLKDPMIVYV
::::.::::.:::: ::::::::. ..::::::.: ::::: ::::: ..:.: . :
CCDS33 TYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPDRQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLRDYTQINV
320 330 340 350 360 370
440 450 460 470 480
pF1KE5 GNLNLVAVNTVKQNIIVTTEKEK-RALTQEFVENMSPND-KVIMFVSQKHIADDLSSDFN
:::.: : ... : . : :.:: . : : . : :. .. :.:.:: :. :::. .
CCDS33 GNLELSANHNILQIVDVCMESEKDHKLIQLMEEIMAEKENKTIIFVETKRRCDDLTRRMR
380 390 400 410 420 430
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pF1KE5 IQGISAESLHGNSEQSDQERAVEDFKSGNIKILITTDIVSRGLDLNDVTHVYNYDFPRNI
.: : .::.. : ... ....:.::. :::.::..:::::..:: : :::.: .
CCDS33 RDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGKAPILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYPNSS
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 DVYVHRVGYIGRTGKTGTSVTLITQRDSKMAGELIKILDRANQSVPEDLVVMAEQYKLNQ
. ::::.: .:. . ::. :..: . :.: ::::.:..:::.. :. ....
CCDS33 EDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLKQARELIKVLEEANQAINPKLMQLVDHRGGGG
500 510 520 530 540 550
610 620 630
pF1KE5 QKRHRETRSRKPGQRRKEFYFLS
CCDS33 GGGGRSRYRTTSSANNPNLMYQDECDRRLRGVKDGGRRDSASYRDRSETDRAGYANGSGY
560 570 580 590 600 610
>>CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 (731 aa)
initn: 1002 init1: 627 opt: 1148 Z-score: 1261.8 bits: 243.9 E(32554): 5.8e-64
Smith-Waterman score: 1148; 43.6% identity (72.8% similar) in 445 aa overlap (165-603:119-554)
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 GRNLGRNDIVGEAEPLSNWDRIRAAVVECEKRKW--ADLPPVKKNFYIESKATSCMSEMQ
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CCDS46 DRDRDRGGFGARGGGGLPPKKFGNPGERLRKKKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYE
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CCDS11 VETYRRSK-EITV----RGHN--CPKPVLNFYEA--NFPANVMDVIARQNFTEPTAIQAQ
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CCDS11 VQQVAAEYCRACRLKSTCIYGGAPKGPQIRDLERGVEICIATPGRLIDFLECGKTNLRRT
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CCDS75 SDVEQQVIVIEEEKKFLKLLELLGHYQESGSVIIFVDKQEHADGLLKDLMRASYPCMSLH
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CCDS75 SSGFSGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQDSDDEDAAVDIDEQIESMFNSKKRVKD
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CCDS32 LNLRV------SGAAP--PRPGSSFAH-FGFDEQLMHQIRKSEYTQPTPIQCQGVPVALS
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CCDS32 GRDMIGIAKTGSGKTAAFIWPMLIHIMDQK-ELEPGDGPIAVIVCPTRELCQQIHAECKR
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CCDS32 FGKAYNLRSVAVYGGGSMWEQAKALQEGAEIVVCTPGRLIDHVKKKATNLQRVSYLVFDE
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CCDS32 ADRMFDMGFEYQVRSIASHVRPDRQTLLFSATFRKKIEKLARDILIDPIRVVQGDIGE-A
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CCDS32 NEDVTQIVEILHSGPSKWNWLTRRLVE-FTSSGSVLLFVTKKANAEELANNLKQEGHNLG
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