Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5777
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5777, 632 aa
1>>>pF1KE5777 632 - 632 aa - 632 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8324+/-0.000363; mu= 11.4583+/- 0.023
mean_var=97.7842+/-19.512, 0's: 0 Z-trim(114.7): 142 B-trim: 84 in 1/57
Lambda= 0.129700
statistics sampled from 24516 (24668) to 24516 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16
Scan time: 9.190
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061028 (OMIM: 300349) gamma-aminobutyric acid r ( 632) 4276 811.0 0
XP_011529486 (OMIM: 300349) PREDICTED: gamma-amino ( 406) 2592 495.8 1.2e-139
NP_000804 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid r ( 474) 1227 240.4 1.1e-62
NP_068711 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid r ( 512) 1227 240.4 1.2e-62
NP_000803 (OMIM: 137190,617153) gamma-aminobutyric ( 474) 1225 240.0 1.4e-62
NP_000805 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-amino ( 473) 1218 238.7 3.5e-62
NP_068712 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-amino ( 473) 1217 238.5 4e-62
NP_001178250 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 402) 1052 207.6 6.9e-53
XP_011519730 (OMIM: 137192,612269,617113) PREDICTE ( 414) 1052 207.6 7.1e-53
NP_001265560 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 388) 1024 202.4 2.5e-51
NP_001178249 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 388) 1024 202.4 2.5e-51
NP_000806 (OMIM: 137163,613060) gamma-aminobutyric ( 452) 936 185.9 2.6e-46
XP_011539496 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamm ( 465) 936 185.9 2.7e-46
XP_016856425 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamm ( 687) 936 186.0 3.8e-46
NP_000162 (OMIM: 138491,149400) glycine receptor s ( 449) 902 179.6 2.1e-44
XP_016864838 (OMIM: 138491,149400) PREDICTED: glyc ( 465) 902 179.6 2.2e-44
XP_011543798 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436) 901 179.4 2.4e-44
XP_006724550 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436) 901 179.4 2.4e-44
XP_011543797 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436) 901 179.4 2.4e-44
XP_016884916 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 452) 901 179.4 2.4e-44
NP_002054 (OMIM: 305990) glycine receptor subunit ( 452) 901 179.4 2.4e-44
NP_001112357 (OMIM: 305990) glycine receptor subun ( 452) 901 179.4 2.4e-44
NP_001112358 (OMIM: 305990) glycine receptor subun ( 452) 901 179.4 2.4e-44
NP_001243632 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 462) 884 176.2 2.3e-43
NP_002033 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric acid r ( 479) 884 176.2 2.3e-43
NP_001254511 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 392) 876 174.7 5.5e-43
XP_016866178 (OMIM: 137161) PREDICTED: gamma-amino ( 392) 876 174.7 5.5e-43
NP_001243633 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 392) 876 174.7 5.5e-43
NP_001036008 (OMIM: 600421) glycine receptor subun ( 449) 875 174.5 7.1e-43
NP_001139512 (OMIM: 138491,149400) glycine recepto ( 457) 866 172.8 2.3e-42
NP_002034 (OMIM: 137162) gamma-aminobutyric acid r ( 465) 863 172.3 3.5e-42
XP_016864119 (OMIM: 600421) PREDICTED: glycine rec ( 424) 861 171.9 4.1e-42
NP_006520 (OMIM: 600421) glycine receptor subunit ( 464) 861 171.9 4.5e-42
NP_055026 (OMIM: 602729) gamma-aminobutyric acid r ( 440) 836 167.2 1.1e-40
NP_150092 (OMIM: 600233) gamma-aminobutyric acid r ( 467) 823 164.8 6.2e-40
XP_011519732 (OMIM: 600233) PREDICTED: gamma-amino ( 473) 823 164.8 6.3e-40
XP_011534015 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 421) 816 163.5 1.4e-39
NP_000807 (OMIM: 137164,607681,611277) gamma-amino ( 467) 814 163.1 2e-39
NP_944494 (OMIM: 137164,607681,611277) gamma-amino ( 475) 811 162.5 3e-39
NP_000802 (OMIM: 137143) gamma-aminobutyric acid r ( 453) 790 158.6 4.4e-38
NP_001278929 (OMIM: 138491,149400) glycine recepto ( 366) 787 158.0 5.4e-38
NP_001165413 (OMIM: 305990) glycine receptor subun ( 363) 786 157.8 6e-38
XP_016884917 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 363) 786 157.8 6e-38
XP_016884918 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 363) 786 157.8 6e-38
XP_006720522 (OMIM: 137142) PREDICTED: gamma-amino ( 462) 781 156.9 1.4e-37
NP_001158509 (OMIM: 137142) gamma-aminobutyric aci ( 462) 781 156.9 1.4e-37
NP_000801 (OMIM: 137142) gamma-aminobutyric acid r ( 462) 781 156.9 1.4e-37
XP_005268315 (OMIM: 137142) PREDICTED: gamma-amino ( 462) 781 156.9 1.4e-37
NP_001121115 (OMIM: 137160,611136,615744) gamma-am ( 456) 778 156.4 2.1e-37
NP_001121120 (OMIM: 137160,611136,615744) gamma-am ( 456) 778 156.4 2.1e-37
>>NP_061028 (OMIM: 300349) gamma-aminobutyric acid recep (632 aa)
initn: 4276 init1: 4276 opt: 4276 Z-score: 4327.7 bits: 811.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4276; 100.0% identity (100.0% similar) in 632 aa overlap (1-632:1-632)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGIRGMLRAAVILLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MGIRGMLRAAVILLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 KILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 YYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 YYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AACSLDLHKFPMDKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AACSLDLHKFPMDKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 TSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQREVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQREVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 GLTSMLILTTIDSHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GLTSMLILTTIDSHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 QPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVGNVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVGNVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTST
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 SEQAQLATSESLSPLTSLSGQAPLATGESLSDLPSTSEQARHSYGVRFNGFQADDSIIPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SEQAQLATSESLSPLTSLSGQAPLATGESLSDLPSTSEQARHSYGVRFNGFQADDSIIPT
430 440 450 460 470 480
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pF1KE5 EIRNRVEAHGHGVTHDHEDSNESLSSDERHGHGPSGKPMLHHGEKGVQEAGWDLDDNNDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EIRNRVEAHGHGVTHDHEDSNESLSSDERHGHGPSGKPMLHHGEKGVQEAGWDLDDNNDK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 SDCLAIKEQFKCDTNSTWGLNDDELMAHGQEKDSSSESEDSCPPSPGCSFTEGFSFDLFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SDCLAIKEQFKCDTNSTWGLNDDELMAHGQEKDSSSESEDSCPPSPGCSFTEGFSFDLFN
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE5 PDYVPKVDKWSRFLFPLAFGLFNIVYWVYHMY
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PDYVPKVDKWSRFLFPLAFGLFNIVYWVYHMY
610 620 630
>>XP_011529486 (OMIM: 300349) PREDICTED: gamma-aminobuty (406 aa)
initn: 2592 init1: 2592 opt: 2592 Z-score: 2627.8 bits: 495.8 E(85289): 1.2e-139
Smith-Waterman score: 2592; 99.5% identity (99.7% similar) in 389 aa overlap (1-389:1-389)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGIRGMLRAAVILLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MGIRGMLRAAVILLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 KILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 YYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTT
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pF1KE5 AACSLDLHKFPMDKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AACSLDLHKFPMDKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 TSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQREVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQREVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 GLTSMLILTTIDSHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GLTSMLILTTIDSHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRR
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370 380 390 400 410 420
pF1KE5 QPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVGNVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTST
:::::::::::::::::::::::::: :.
XP_011 QPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVGNVQVGMGQASRNPTLIHSPWRSM
370 380 390 400
>>NP_000804 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid recep (474 aa)
initn: 1313 init1: 1211 opt: 1227 Z-score: 1246.3 bits: 240.4 E(85289): 1.1e-62
Smith-Waterman score: 1227; 52.3% identity (84.8% similar) in 310 aa overlap (54-363:31-340)
30 40 50 60 70 80
pF1KE5 NYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQKILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPV
.: ..:.. .::.:. ::.::::.::: ::
NP_000 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
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pF1KE5 PVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDC
: ..: ..::...::.:::::.::.:.:.:.:.::.: :::::: :. ..:::::
NP_000 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
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pF1KE5 YFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLHKFPMDKQACNLVVES
::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::...:.:.: :.: .::
NP_000 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
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pF1KE5 YGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQR
::::..:: ..: . ::. . ....:::... . .:.: : :::: :: :.:...:
NP_000 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
190 200 210 220 230 240
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pF1KE5 EVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLILTTIDSHLRDKLPNIS
... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .:::..:::. ::.:
NP_000 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 CIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVG
.::::.:.. :. :::..::::. .::.:..:::.:: .
NP_000 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKM
310 320 330 340 350 360
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 NVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLATSESLSPLTSLSGQAP
NP_000 DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALER
370 380 390 400 410 420
>>NP_068711 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid recep (512 aa)
initn: 1313 init1: 1211 opt: 1227 Z-score: 1245.8 bits: 240.4 E(85289): 1.2e-62
Smith-Waterman score: 1227; 52.3% identity (84.8% similar) in 310 aa overlap (54-363:31-340)
30 40 50 60 70 80
pF1KE5 NYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQKILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPV
.: ..:.. .::.:. ::.::::.::: ::
NP_068 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 PVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDC
: ..: ..::...::.:::::.::.:.:.:.:.::.: :::::: :. ..:::::
NP_068 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 YFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLHKFPMDKQACNLVVES
::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::...:.:.: :.: .::
NP_068 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 YGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQR
::::..:: ..: . ::. . ....:::... . .:.: : :::: :: :.:...:
NP_068 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 EVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLILTTIDSHLRDKLPNIS
... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .:::..:::. ::.:
NP_068 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 CIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVG
.::::.:.. :. :::..::::. .::.:..:::.:: .
NP_068 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKI
310 320 330 340 350 360
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 NVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLATSESLSPLTSLSGQAP
NP_068 FYKDIKQNGTQYRSLWDPTGNLSPTRRTTNYDFSLYTMDPHENILLSTLEIKNEMATSEA
370 380 390 400 410 420
>>NP_000803 (OMIM: 137190,617153) gamma-aminobutyric aci (474 aa)
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Smith-Waterman score: 1225; 45.0% identity (78.4% similar) in 398 aa overlap (43-431:17-413)
20 30 40 50 60
pF1KE5 LLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANE----AVVQKILDRVLS
:.... : . .:: . :.. .::.:.
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70 80 90 100 110 120
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::.::::.::: :: : . : :.::...::.:::::.::.:.:.:::.::.: :::
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::: :. ..::::: ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::.
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..:.:.: :.: .::::::..:: ..:. . .:. ......:::... ..::.: :
NP_000 RYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFT
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::.: :: :.:...:... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .
NP_000 TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTM
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:::..:::. ::.: .::::::.. :. ::::.::::...::.:...::... .. .
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. ....: : ::. . ..... .: : .: .. : :. : : .: . .
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:.. :.
NP_000 KPLSSREAYGRALDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFN
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>>NP_000805 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-aminobuty (473 aa)
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20 30 40 50 60
pF1KE5 LLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANE----AVVQKILDRVLS
:.. . : . .:. . :.. .:..:.
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::.::::.::: :: : ..: ..::...::.:::::.::.:.: :.:.:::: :::
NP_000 GYDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNL
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pF1KE5 TLDYRMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLH
::: :. ..::::: ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::.
NP_000 TLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLR
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pF1KE5 KFPMDKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFY
..:.:.: :.: .::::::..:: ..: . .:. .:....:::... . ..:..: :
NP_000 RYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFA
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::.: :: :.:...:... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .
NP_000 TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTM
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pF1KE5 TTIDSHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRP
:::..:::. ::.: .::::.:.. :. ::::.::::...::.:..:::.:: .
NP_000 TTINTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKT
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pF1KE5 RRVIARYRYQQVVVGNVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLAT
NP_000 AKAKNDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQS
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>>NP_068712 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-aminobuty (473 aa)
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30 40 50 60 70 80
pF1KE5 YPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQKILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPVP
: . :.. .:..:. ::.::::.::: ::
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pF1KE5 VRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDCY
: ..: ..::...::.:::::.::.:.: :.:.:::: :::::: :. ..::::: :
NP_068 VGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTY
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:::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::...:.:.: :.: .:::
NP_068 FLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESY
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pF1KE5 GYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQRE
:::..:: ..: . .:. .:....:::... . ..:..: : ::.: :: :.:...:.
NP_068 GYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLKRN
190 200 210 220 230 240
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pF1KE5 VNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLILTTIDSHLRDKLPNISC
.. ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .:::..:::. ::.:
NP_068 IGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIPY
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pF1KE5 IKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVGN
.::::.:.. :. ::::.::::...::.:..:::.:: .
NP_068 VKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNRVD
310 320 330 340 350 360
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pF1KE5 VQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLATSESLSPLTSLSGQAPL
NP_068 AHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGDRSLP
370 380 390 400 410 420
>>NP_001178250 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-aminob (402 aa)
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pF1KE5 RLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNLTLDY
:::.::.:.: :.:.:::: ::::::
NP_001 MWATYQTEEDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDN
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pF1KE5 RMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLHKFPM
:. ..::::: ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::...:.
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:.: :.: .::::::..:: ..: . .:. .:....:::... . ..:..: : ::.:
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:: :.:...:... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .:::.
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pF1KE5 SHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRPRRVI
.:::. ::.: .::::.:.. :. ::::.::::...::.:..:::.:: .
NP_001 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAK
220 230 240 250 260 270
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pF1KE5 ARYRYQQVVVGNVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLATSESL
NP_001 NDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPRE
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>>XP_011519730 (OMIM: 137192,612269,617113) PREDICTED: g (414 aa)
initn: 1191 init1: 1052 opt: 1052 Z-score: 1070.3 bits: 207.6 E(85289): 7.1e-53
Smith-Waterman score: 1052; 53.3% identity (85.8% similar) in 261 aa overlap (103-363:22-282)
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pF1KE5 RLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNLTLDY
:::.::.:.: :.:.:::: ::::::
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pF1KE5 RMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLHKFPM
:. ..::::: ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::...:.
XP_011 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
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pF1KE5 DKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFYTGSY
:.: :.: .::::::..:: ..: . .:. .:....:::... . ..:..: : ::.:
XP_011 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAY
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pF1KE5 IRLILKFQVQREVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLILTTID
:: :.:...:... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .:::.
XP_011 PRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
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pF1KE5 SHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRPRRVI
.:::. ::.: .::::.:.. :. ::::.::::...::.:..:::.:: .
XP_011 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAK
240 250 260 270 280 290
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pF1KE5 ARYRYQQVVVGNVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLATSESL
XP_011 NDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPRE
300 310 320 330 340 350
>>NP_001265560 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-aminob (388 aa)
initn: 1112 init1: 973 opt: 1024 Z-score: 1042.4 bits: 202.4 E(85289): 2.5e-51
Smith-Waterman score: 1024; 52.7% identity (85.5% similar) in 256 aa overlap (108-363:1-256)
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pF1KE5 FGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNLTLDYRMHEK
:.:.: :.:.:::: :::::: :. ..
NP_001 MYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQ
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pF1KE5 LWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLHKFPMDKQAC
::::: ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::...:.:.: :
NP_001 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
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pF1KE5 NLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFYTGSYIRLIL
.: .::::::..:: ..: . .:. .:....:::... . ..:..: : ::.: :: :
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100 110 120 130 140 150
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.:...:... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .:::..:::.
NP_001 SFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
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::.: .::::.:.. :. ::::.::::...::.:..:::.:: .
NP_001 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSK
220 230 240 250 260 270
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pF1KE5 QQVVVGNVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLATSESLSPLTS
NP_001 SESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRF
280 290 300 310 320 330
632 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]